船政大臣詹事府少詹事何如璋，守廠是其專責，乃接仗吃緊之際，遽行回省，實屬畏葸無能。著交部嚴加議處。翰林院侍講學士張佩綸統率兵船，與敵相持，於議和時屢請先發，及奉有允戰之旨，又未能力踐前言。朝廷前撥援兵，張佩綸輒以援兵敷用為詞。迨省城戒嚴，徒事張皇，毫無定見，實屬措置無方，意氣用事。本應從嚴懲辦，姑念其力守船廠，尚屬勇於任事，從寬革去三品卿銜，仍交部議處，以示薄懲。福州將軍穆圖善，駐守長門，因敵船內外夾攻，未能堵其出口，而督軍力戰，尚能轟船殺敵，功過尚足相抵。著加恩免其置議。
嗣後閩省防務，左宗棠未到以前，著責成穆圖善、楊昌濬、張佩綸和衷商辦，務臻周密。 ”
這道上諭是連張佩綸的原奏，一起明發的。福建京官，一看大嘩，因為張佩綸所奏報的情形，與各人家信中所說的情形，大不相符。
於是除了公呈以外，福建崇安籍的吏科給事中萬培因，單銜上奏，案由是“為閩省諸臣，諱敗捏奏，濫保徇私，仰懇收回成命，並請迅派大員，馳往查辦，按照軍律，亟置重典，以伸公憤”。其中指出“七可疑”：
“初三之戰，以臣所聞，何如璋有隱匿戰事之事，張佩綸有不發軍火之事，又有遣魏瀚往緩師期之事，堵在照會以前，其可疑一也。
水陸各營之師，以臣所聞，輪船惟福星等四船，死戰屬實。藝新船小逸去，伏波自鑿，揚武並未開砲，餘船縱火自焚。陸軍則方勳所部潮勇先潰，而黃超群一軍，乘亂入學堂、廣儲所、機器房等處，搶掠殆盡。其可疑二也。
敵船被毀之數，以臣所聞，敵以八船入馬江，僅用三船來攻，開巨砲七，我船已相繼沉。惟福星曾擊壞其魚雷船一。
其可疑三也。
方勳、黃超群拒敵之事，以臣所聞，敵攻馬尾後，次日復擊船廠，轟壞鐵廠，煙筒半折，船槽微損，即下船出攻長門。是時，方勳不知何往？黃超群已於初三日退入後山，但竄而未潰耳！其可疑四也。
閩安、館頭等處之戰，以臣所聞，砲台各軍，聞炮即鳥獸散，敵遂上岸，用鏹水裂炮，擲火藥以燔民居。苟不上岸，炮何由裂？其可疑五也。
何如璋之回省，以臣所聞，何如璋預僱輿夫為逃計。六月初二日法人演炮，何如璋短衣大堂呼輿，眾白為空砲乃返。初三，聞炮即從後山遁，是夜奔快安，复奔南台洋行，晨始入城，以便服戴頂帽坐竹兜中，所到眾噪逐之，乃四出狂竄。
其可疑六也。
張佩綸之駐廠，以臣所聞，初三日，張佩綸徒跣走雷雨中，夜奔鼓山下院宿，以葦薦席地坐。遲明奔出後彭田鄉，遣弁向城內巨紳家假絮被，匿累日不出。初四，敵攻廠時，張佩綸方由鼓山入彭田，何守廠之有？其可疑七也。 ”
這“七可疑”雖然傳聞異辭，但與潘炳年領銜的公呈合看，可信之處就多了。此外，萬培因也談到“洋人之論”：
“臣聞洋人之論，謂法兵之闖馬江，駛入絕地，有必敗之道三，地本內港，只須以船摧船，法艦必全沉，此上策也。以四號砲船，護以夾岸陸軍，法兵盡為炮的，敵必不能上岸，此中策也。盡驅兵船以駐上流，只以本地小船，裝置火藥等物，順流蔽江而下，加以陸軍火罐火藥，夾岸拋射，法當大窘，此下策也。”
這些紙上談兵，不一定有人懂，但說張佩綸“陽主戰以排和，陰實望和而怯戰”，卻是一針見血之論。
不過參得雖然厲害，幫張佩綸講話的人也很多，這完全是二李——李鴻章和李鴻藻的關係。有人說，張佩綸屢有“先發”的建議，朝廷為保全和局，又恐誤傷他國兵船，引起意外糾紛，所以不曾允許。說起來，此人還是有才具的，人才難得，不妨責以後效。
又有人說，張佩綸到福建不久，情形不熟，佈置欠周，情有可原。其中最有力的辯解，直接來自李鴻章，他說：“福建的砲台，兵輪不足以抵禦法軍，本在意料之中。福建的砲台，不知如何做法，聽說砲口完全向外，所以法國軍艦，可以由內而攻，這是“失勢'”。砲台不能轉動，是他的同年何璟的“七年經營”，李鴻章早就知道，故意說是“不知如何做法”，無非為了庇護張佩綸，只好“嫁禍”老同年。
他又說：“中國兵輪開辦未久，船不如人家的精堅，操練不如人家的純熟，斷難抵敵是中外盡人皆知的事。”這段話既為張佩綸卸責，亦為他自己解釋，何以必須委屈求知？
談到醇王所一直主張並希望的“誘敵登岸，設伏出奇”，他認為必須有後膛槍、後膛砲才談到此。而各省都沒有後膛槍，“後膛輕炮”亦很少，徒恃肉搏，難有把握。而置備後膛槍砲，甚費財力，北洋累年經營，勉強算有了規模。這意思是不可深責閩軍守廠不力。
以下又論南洋的戰備，說長江水寬而深，是用水師之地，吳淞、江陰等處砲台，亦堅固可用，但是“敵船雖或受砲擊損，其機器皆在水線下，仍可駛行。”接著他引用前兩年由北洋衙門翻譯印刷的一本《防海新論》，其中所敘美國南北戰爭的戰例，證明他不是欺騙沒有見過兵艦的人。
至於談到佈設水雷，確為“阻河”最得力的利器，但馬江寬至十餘里，甚至數十里，何能遍設。總而言之，他的意思是，馬江戰敗，不是張佩綸的責任。而就此刻來說，什麼地方也不能阻止外國軍艦侵入，更不能與外國軍艦對敵。
就為了這些理由，使得慈禧太后除了黯然長嘆以外，無話可說。當然，張佩綸的責任不能不追究，左宗棠就要到福建去了，正好派他就近查辦。
議和的事，倒像有轉機了。楊約翰特地由北京到天津去看李鴻章，說接到美國京城來的電令，法國已要求美國出面調停。美國的意思，中國如果肯讓步，法國亦必採取同樣的步驟，在相互讓步之中，總可以想出一個顧全彼此體面的辦法。楊約翰又表示，他是專誠為此事而到天津來的。言外之意，中國須看調人的面子。
中國如果讓步，自然多少要賠兵費，而煌煌上諭，已經剴切告誡，凡有主張賠償的，一定治罪。所以李鴻章的電文中，根本不敢提兵費二字。
總理衙門當然不敢轉奏。同時對法國求和的誠意，亦很懷疑，因為據上海、香港、福州等地來的電報，孤拔可能顧慮馬江沉船塞口，歸路斷絕，不敢在福州登陸，卻有窺取基隆的模樣，增援的船隻之中，有一艘載有挖煤機器，更為意在基隆煤礦的明證。
果然，八月十三，孤拔第二次攻擊基隆。
第一次是在馬尾之戰二十天前的六月十四。孤拔率領戰艦六艘，載陸軍三千，直到基隆，分艦三艘，窺台灣四大港之一的滬尾——淡水港。
台灣的防務，共分五路，大甲溪到蘇澳為北路，由提督曹志忠領兵四千防守，最近增防，調福建陸路提督孫開華率領所部三營，專責防守台北府。此外又有章高元的淮軍，楊金龍的湘軍，章、楊二人亦都是提督，加上劉銘傳一共是五顆紅頂子守台北到基隆這一線。
六月十五，孤拔一面開砲轟擊，一面派兵一千登陸，曹志忠、章高元力戰卻敵，陣斬法軍中隊長一員，士兵一百多，奪獲聯隊旗兩面。法國陸軍後退登艦時，掉在水中溺死的亦不少。於是孤拔請稅務司出面，邀請劉銘傳登艦相會，劉銘傳峻然拒絕，第一次攻台之戰，不了了之。奏報到京，特發內帑三千兩犒賞。
劉銘傳幕府中有個專管海關，兼與洋人打交道的洋務委員，名叫李彤恩，人很能幹，認為淡水港水道寬闊，“紅毛城”上的五尊舊炮，毫不管用，等於無險可守，因而提出塞口的主張。
駐淡水的英國領事，得到消息，提出堅決的反對，他的理由是秋茶已經上市，如果港口封塞，船隻無法出入，秋茶不能出口，影響英國的商務。
李彤恩不是輕易能讓洋人嚇倒的人，當反复爭辯，不得要領時，李彤恩要求英國領事擔保，法國軍艦不會從淡水港入口。這下算是難倒了對方，照原定的計劃，沉下幾條船，塞住了淡水港口。
就因為這明智的一著，孤拔捲土重來，就不容易占到便宜了。
法國兵艦十一艘，由原駐馬祖澳的孤拔，親自率領，是八月十二到基隆外海的。清晨兩點鐘，法軍五百人由仙洞地方登岸，與曹志忠的重慶中營相遇，展開激戰。章高元接到報告，率領兩百多人赴援，法軍不敵，因為道路迷失，被困至日中，又死了一百多。
這時的劉銘傳，正在基隆砲台督戰。相持不下之際，諜探來報，法國兵艦五艘將到淡水。劉銘傳下令收兵，回救離台北三十里的淡水。
“省帥，”曹志忠疑惑地問：“這不就是把基隆丟掉了嗎？”
“不要緊！”劉銘傳說，“我自有道理。你那裡抽三百人，跟林朝棟一起守獅球嶺。”
林朝棟是彰化巨族，名將之後，他的父親就是林文察，咸豐八年，捐餉助軍，授職游擊，留福建補用。以後領軍轉戰浙東各地，積功升到福建提督，同治三年在漳州陣亡，諡剛愍，在本籍及漳州建有專祠。
林朝棟以騎都尉的世職，捐了個郎中，在原籍做紳士，平日急公好義，深得地方愛戴。中法交涉破裂，戰火將起，林朝棟招募了五百人，自備兩個月的糧餉，去見劉銘傳，願意防守一方。劉銘傳自然嘉許，立刻撥給軍械，指定基隆以南的暖暖，作為他的防區。此時又負起扼守獅球嶺，嚴防基隆棄守以後的法軍南侵的重任。
當然，劉銘傳棄基隆是有道理的，第一、外海沒有兵艦，砲台又不中用，日夜受法艦炮轟，徒然挨打，兵打光了，基隆還是守不住。第二、淡水港塞口以後，法艦不能深入，炮轟的威脅可免，孤拔如果不死心，派軍登陸，則正好迎頭痛擊。第三、是因為南北洋對援台一事，或者不甚起勁，或者口中喊得起勁，並無實惠，等基隆一失，朝廷必起恐慌，嚴旨督飭，後援方始會來。這最後一層用意，孫開華等人，自然是無法了解的。
回到滬尾，重新部署防務。以孫開華專守淡水砲台，章高元和劉銘傳的侄孫劉朝枯分佈沿海一帶，此外還有士勇一營計五百人，埋伏在北路山間，這一營士勇是李彤恩招募來的。劉銘傳奉旨防颱，朝命准許自行募勇，增強防務，劉銘傳便委派候補道充任洋務委員的李彤恩，專司其事。
李彤恩辦事很實在，貼出佈告以後，自己在招募公所坐鎮，只見應募的小伙子，紛至沓來，應接不暇，便也下手幫忙。百忙中一眼瞥見一個人，似乎面善，此人皮膚白皙，面貌清秀，而眉目之間帶著點娘娘腔。定睛細望，想起來了，是唱歌仔戲的小旦張阿火。
“阿火！”李彤恩問道：“你來幹什麼？”
“李大人！”阿火笑道：“我來投軍。”
“投軍！你開什麼玩笑？”李彤恩說，“你也懂得打仗？”
“打仗不要懂的。我不想做夷人，穿夷裝，自然就會跟他們拚命。”
李彤恩大為驚異，想不到演慣佳期密約，一把眼淚，一把鼻涕，訴不盡閨中哀怨的張阿火，能說出這麼一番話來！
“再跟李大人說吧，我也不是冒冒失失，鬧著好玩的。說到打仗，我是頭一回。不過，我想法國人也不會比野豬再兇吧！”
“喔！我懂了，你喜歡打獵？”
“是！”阿火手一指，“這些都是！”
李彤恩往外一望，只見十來個精壯少年，口嚼檳榔，嘻開一張血盆似的嘴，都望著阿火發笑。李彤恩立刻就中意了。從咸豐初年以來，招募鄉勇，都遵循曾國藩的成法，而曾國藩又師戚繼光的遺規，務取一雙泥巴腿的鄉農。此輩假以時日，可以練成一支經得起敗仗的勁旅，但誠樸有餘，機變不足，訓練起來很吃力，尤其不能指望他們救急。這些獵戶，年輕力壯，又會用火器，稍用兵法部勒，便可上陣，豈不大妙？
於是李彤恩欣然問道：“這些都是你的朋友？”
“是從小在一起玩的弟兄。”張阿火答道，“他們聽說我要來投軍，都願意跟我一起來玩玩。”
“玩玩！”李彤恩笑了，卻又正色告誡：“這不是好玩的事。”
“我也這麼說。不過他們還是願意來玩玩，大不了玩掉一條命。”
“肯玩命還怕什麼？”李彤恩察言觀色，對張阿火刮目相看了。市井中原有奇人，張阿火必是講義氣，重然諾，為一方的俠少，因而便又問道：“阿火，你能招多少人來？”
“千把人總喊得到。”
“都是獵戶？”
“也有打漁的；也有種田的；也有做生意的。”
“都聽你的話？”
“都是我的弟兄。沒有什麼事講不通的。”
他雖是不矜不伐的神態，李彤恩卻到底還不敢冒失，想了一下說：“你去招五百人來。要個個管用，這五百人就歸你統帶，我先給你請一張'五品軍功'的獎札，等立了功，保你做官。”
“官倒不要做，只要打退夷人就是了。”張阿火問，“招五百人容易，從山上下來，得有住的地方……。”
“這你放心。我點了人數，馬上發號衣、發餉，自然也要撥地方給你安頓。”
張阿火欣然應諾，當天就回山。在淡水西北的竹仔山，一呼百諾，來了有七八百人，挑成五百，大多是獵戶，帶著土槍下山，直奔台北，守城的兵不敢放他們進城。張阿火倒也很講理，留他的弟兄在城外，單身去見李彤恩復命。
李彤恩細問究竟，聽說都來自基隆、淡水之間的山中，這支士勇，先得地利，已為勝人一籌。等到出城親自編點，益發覺得是一支堪以大用的新銳之師，所以逐一撫慰，異常殷勤。張阿火和他的弟兄們便益發起勁了。
“阿火！”李彤恩說道：“將相本無種，男兒當自強！像你這樣子向上心切，很快就可以立功做官，你的名字要不要改一改？阿火是小名，將來報到朝廷，不大好聽。”
“那就請李大人給我改一個。”
李彤恩想了一下說：“改名李成好了。姓張就是張李成。”
李成之“李”是李彤恩，李成之“成”是成功，取這個名字的意思很容易明白，張阿火由於李彤恩的識拔而能成功，或者也可以說是成全。總之張阿火是非常珍惜這個新得到的名字。
在李彤恩，亦覺得這是一大快事，又看到張李成約束部下，言必信，行必果，更有喜出望外之感。得意之餘，喜孜孜地去報告劉銘傳。
劉銘傳正在苦惱。兵既不足，械亦不精，見到李彤恩，正好發一發牢騷。這也難怪他，駐紮台南的台灣道劉璈，是左宗棠的嫡系，而他與李鴻章的關係，盡人皆知，左李不和，勢如水火，因而劉璈對巡撫銜的長官劉銘傳，並不買帳，四十營防軍倒有三十一營擺在彰化以南，自加節制，對北面的糧餉接濟，亦是多方拖延。如今基隆已失，台北府岌岌可危，長官向部屬求援，而劉璈居然置之不理，劉銘傳如何能不氣惱？
“南北洋三次增援，不過六百人，連以前調到的，總計亦只一千三百人，章營只有兩百餘人。怎麼得了？”
當然，還有孫開華、曹志忠兩軍，不過孫曹是湘軍，而且出身霆軍，尹漋河之役，鮑超與劉銘傳失和，因而霆軍與銘軍一向是死對頭。現在劉銘傳對待孫、曹二人，雖然刻意交歡，但內疚於心，總覺得格格不入，所以有意不提這兩個人。
李彤恩當然知道他的心病，實實在在是心病，孫、曹二人對於當年的嫌怨，已經淡忘，曾經在李彤恩面面有過表示，此時正好用來勸慰劉銘傳。
“省帥怎麼不提孫曹兩位？”李彤恩故意這樣問說。
“老兄不是明知故問？”劉銘傳苦笑著答說，“他們兩位總算捧我的場了，我又何敢苛求？”
“如何談得到苛求？大家在一起，生死以之，禍福相共，省帥如果心存芥蒂，反倒小氣了。”
“那裡？老兄這番責備，我可不認。我是怕人家心存芥蒂。”
“不！適得其反。孫曹兩位，都以為省帥原是推誠相與，但太客氣了，反讓他們有見外之感。”李彤恩說，“我看省帥還是脫略虛文，該如何便如何的好。”
“真的？”劉銘傳驚喜地問，“他們真的有過這樣的話？”
“自然。我何敢在省帥面面瞎說？”
劉銘傳決定接納李彤恩的建議，喚一名親兵，去請孫開華、曹志忠來議事。相見攜手，特致親切，加以李彤恩從中穿針引線，極力拉攏，十幾年的嫌隙，到此才真的渙然冰釋。
然後商定了誘敵之計，各自返回防區，準備迎敵。
到了八月二十清早，淡水口外的法國兵艦開砲大轟，不下數百發之多，然後法國陸戰隊八百人，在砲火硝煙掩護之下，分乘小艇，強行登陸，目的是想佔領砲台。
首當其衝的是孫開華的三營，中右兩營在前，後營接應，短兵相接，各盡全力。孫開華所部吃虧的是槍械不如法軍精良，看看有抵擋不住之勢，而午潮初漲，卻又有後援的法軍，繼續湧到。
於是埋伏在後山的張李成一營出動了。五百人分成兩隊，第一隊兩百五十人，打扮像是野人，散發赤身，口噴大嚼檳榔而生的紅沫，到達砲台前面臨水的斜坡上，一字排開，臥倒在長可及胚的野草中，右足屈起，左足跟擱在右膝蓋上，揸開腳趾，槍管就擱在當中，靜靜等待。
後援的法軍，乘潮上坡，端著槍直往上沖。張李成屏息以待，看看距離夠了，朝天放了一槍，這是“號砲”，二百五十支槍應聲而發，法軍立刻就倒了幾十。未倒的不知彈從何發？相顧錯愕之間，草叢間又來了一排槍，打死了好幾十。
這一下，法軍不能不後退了。然而還有伏兵，張李成的另外一隊，兩翼包抄，直逼面前。法軍搶艇退去，其時正當落潮，小艇膠著在沙灘上的很多，退走不及，又死了好些。
孫開華的部下，見此光景，士氣大振，奮勇肉搏，衝動了法軍的陣腳。孫開華身先士卒，陣斬法國軍官一名，奪旗踏陣，終於將法國兵驅出淡水口外。
在口外，有日本海軍大佐東鄉平八郎率領兵艦在觀戰，在山上，有英國商民用望遠鏡在瞭望。這一仗打得不壞，法軍傷亡慘重，還被俘了十四人，英國人大為喝采。
但是十四名戰俘為孫開華下令梟首，亦為英國商民所親眼目睹，認為中國軍隊違反萬國公法，提出抗議。劉銘傳當然置之不理，飛章奏捷，盛道孫開華的戰功，請求破格獎賞。
提到張李成，只有一句話：“領隊襲之”，但保獎卻不沒其功：“五品軍功張李成，擬請以守備盡先補用，並賞戴花翎，並加都司銜”。
十二天以後，孤拔佈告封港，北起蘇澳，南至鵝鑾鼻，一共三百三十九海裡，禁止所有船隻出入。航行限在距岸五海里以外。
這一來，商貨斷絕，文報不通，台灣日用所需，除茶米以外，無一不缺。當然，各國的商務亦大受影響，尤其是英商的貿易停頓，損失最重。
朝廷得報，大為焦急，但亦只有以嚴旨命令南北洋選派鐵甲快船，多帶兵勇器械，星夜馳援。而南北洋一共只有五分厚的鐵甲船五隻，何敢闖關？就算敢闖，這些小船上也載不了多少兵。所以李鴻章決定趁此機會，逼一逼朝廷，回心轉意，重新談和。只是不敢明言，只用“另設他法，解此危困”之類的話，旁敲側擊。
因此，劉銘傳由廈門轉發的電報，到達北洋，轉給總理衙門時，李鴻章往往加以增刪，張大其詞。台灣海口不過封鎖了兩天，他就這樣電報：
“頃劉提督初三由廈門轉電，初二日法又到船六隻，在台北者不下二十隻。上月二十八日，法四船擾台南、澎湖，存亡無信，富紳多舉家逃走，士勇已募五千餘，無器械不受約束，不能禦敵，徒索餉鬧事。土匪四起，疫癘不止，日有死亡，能戰者不足三千人。敵勢甚大，日內必有惡戰，如十日外無電到，北不保。傳同將士惟拚命死守，保一日是一日，現在洋火藥已缺，食鹽無來，百姓擾亂，餉路亦阻，台局不堪設想，可為痛哭，請轉電總署。”
李鴻章轉發了這個電報，自道亦為“痛哭流涕”。其實電文中他加上了許多顯而易見的假話，既然法國封鎖，“富紳多舉家逃走”又往那裡去逃？劉銘傳自己說過，在官紳中“有可用者，無不廣緻禮羅”，所以除林朝棟自成一軍，扼守獅球嶺以外，台北板橋的林維源捐餉二十萬兩；新竹紳士林汝梅招募練勇二百人，自籌兩個月的糧餉，協守海口；基隆與台北接壤之處，由武舉人王廷理、周玉謙捐款募勇三百人，據險防堵。此外量力捐助兵餉的也很多，絕少舉家逃走的情形，就是逃，亦不過由前線逃到後方，由法國所佔據的基隆逃到台北。
當然，希望談和的，不止於李鴻章，在台灣有貿易利害關係的各國，亦希望中法罷兵議和。特別是英國，因為台茶不能出口，約會駐英公使曾紀澤，打算出面調解。
英國調處的條款，一共四件，主要的是要求中國履行天津條約，勸請法國不索賠償，撤出台灣海口。這些條款，對中國可算有利，但是醇王跟總理大臣都不敢答應。結果提出對案八條，要修改天津條約；要在鎮南關外設官；要法國不用保護越南的名義；要法軍退出基隆，……最後一條是：“中國不索賠款，如法有不允之條，應先賠償中國損失。”
這是南轅北轍，自然談不攏。同時法國又向作調人的英國提出條件：中國完全履行天津條約，法軍佔據台北，直到中國允賠兵費，方始退出。這當然更談不攏了。