一馬當先的是大學士管部的祁雋藻，他的行輩甚高，在當時已列入耆宿之列，山西壽陽人，所以多稱他為“壽陽相國”。此人還存著清初貳臣的觀念，當曾國藩辦團練，出師有功時，他居然以為漢人一呼而集萬千眾，非朝廷之福。此時上疏救何桂清，首先就引用嘉慶的諭旨：刑部議獄，不得有加重字樣。認為余光倬所擬，不合祖制。此外如工部尚書萬青藜、御史高延祜，都是聲名不佳的人物，而薛煥感恩知遇，又以重金替何桂清在京里走門路，所以初夏被逮，到深秋還拖在那裡。
慈禧太后為了籠絡大臣，倒不一定想殺何桂清，但正人君子饒不過他。首先是最早參劾何桂清的御史卞寶第，抗章駁祁雋藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的聖諭，這頂帽子太大，本難指駁，而卞寶第駁得十分痛快，他說仁宗上諭，只就承平時期尋常罪名而言。輕輕一語，就把他那頂大帽子卸掉，然後又說：道光年間浙江提督餘步雲失定海，咸豐年間湖北巡撫青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其時祁雋藻當軍機大臣，沒有聽見他說什麼話，“何獨於何桂清護惜若此？”這個奏摺一發抄，時論大快。
不過，何桂清生死之機，最後決於一個人，就是曾國藩。
當時京卿中有個李棠階，河南人，跟倭仁、曾國藩都是當年做京官時講理學的朋友，慈安太后聽文宗生前提到過這個人，所以特旨內召，任用為太常寺正卿，當浮議囂張時，李棠階上一個密摺，說是：“刑賞大政，不可為謬悠之議所撓，今欲平賊，而先庇逃帥，何以作中興將士之氣？”這是撇開刑律及何桂清個人的禍福，以大局軍務為著眼點，東南軍事在著著進展之時，自然不能做出打擊士氣的事情來，所以，連慈禧太后看了這個奏摺以後，態度也迅速地轉變了。
何桂清這一案的關鍵，本在他為何由常州脫逃？如果這一點能有所辯解，則可以不死，所以刑部審問時，他提出一份薛煥等人所具的公禀，請他退到蘇州，以保餉源重地，證明他本心並不打算棄地。事過境遷，當時是否有必要退至蘇州？是非無從判斷，同時這張公禀，究竟真的出於當時，還是事後補具，以為卸責的餘地，亦無從查究，因而朝廷特意降旨，命現任兩江總督曾國藩查核具奏。
曾國藩身在兩江，瘡痍遍地，目擊心傷，而且他帶著兵負破敵的全責，亦不能不為士氣著想，因此，一向不大肯說題外之話的他，覆奏措詞，如老吏斷獄，犀利無比。
曾國藩的覆奏是這樣說：“督撫權尊，由來已久，司道以下，承迎風旨，不敢違拒，若此類者，無庸深究，疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公禀有無為權衡。”
這幾句話精警絕倫，無人可駁。而在曾國藩覆奏未到以前，救何桂清的祁雋藻等人，費盡九牛二虎之力，已搞出一絲生機，至此又復斷送。
祁雋藻他們所想的辦法，就是將何桂清的罪名，弄成斬監候。為達成此一目的，分兩方面迂迴進行，一方面在廷議中格於公論，仍照刑部所擬“從重擬以斬立決”；一方面由祁雋藻領銜上奏，說“遍察刑律如臨陣而退、棄城先逃等條，罪至斬監候而止”。加重罪名至斬決，“是為擬加非律”，也就是說超乎律法以外，非臣下所得擅請。然後由軍機面奏，擬發上諭：此案既疊經廷臣等會同刑部定擬罪名，自應按律科斷，即不必於法外施刑，以昭公允，何桂清著仍照本律，定為斬監候，歸入“朝審”“情實”，秋後處決。此後為定照定律，詳慎用刑之意起見，非為何桂清情有可原，將來可從末減，致蹈輕縱也。
這道上諭，看起來合法、合理，一秉大公，毫無可議，其實是軍機上欺兩宮太后問政未幾，不諳制度，用的是瞞天過海的手法，因為這年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等慶典，照例“停勾”，所謂“歸入'朝審''情實'，秋後處決”，根本是空話。
所謂“朝審”，起於明朝英宗復辟以後的天順三年，將待決之囚，在霜降以後處決以前，作一次最後的審判。對各省的死囚而言，此一程序稱為“秋審”，而刑部獄中的死囚，則稱為“朝審”，由刑部特選精幹的司官人員，組織秋審處，主辦其事。朝審或秋審的結果，分為五類：情實、緩決、矜疑、留養、承祀，最後兩類多為獨子以承宗祧，奉養父母，可以不死，緩決、矜疑則尚待進一步審訊，惟有情實一類，則在勾決之列，須另繕黃冊呈覽。不過，這年雖然停勾、招審冊，仍應照呈，何桂清的罪名，已指明為“情實”，卻由於打通了秋審處的關節，而余光倬勢孤不能力爭，所以未將上諭中“非為何桂清情有可原，將來可從末減，致蹈輕縱”的“緊要之語”敘入，企圖蒙混過關，不想又遇到了一個硬錚錚的對頭。
這個對頭就是李棠階。軍機大臣中除了恭親王以外，本以恭親王的老丈人桂良為首，桂良在咸豐八年與英法公使在上海議和時，深得何桂清的助力，所以何桂清被逮到京，他亦很出力相救。哪知這年夏天一病而亡，軍機大臣空出來一個缺，秋天補了李棠階，此時便根據曾國藩的覆奏力爭，因而降旨切責刑部，嚴加申飭。
於是刑部補具手續，特降諭旨：已革兩江總督何桂清一犯，因廷臣會議，互有異同，酌中定議，將該犯比照帶兵大員失陷城寨本律，予以新監候，秋後處決，已屬法外之仁。
今已秋後屆期，若因停勾之年，再行停緩，致情罪重大之犯，久稽顯戮，何以肅刑章而示炯戒？何桂清著即行處決！
於是何桂清被綁赴菜市口，一刀斬訖。而余光倬則跟何桂清的私黨結了怨，而本來已考上了御史，而且“京察”一等，照例立即可以升補，為人藉故彈劾，京察一等及御史記名，一律撤銷，竟致閒廢。
＊＊＊
現在再回頭來談王有齡。
他是鹹豐十年閏三月初到杭州的，一到先辦善後，李秀成初次攻占杭州，雖只逗留了七天功夫，但杭州府屬的百姓，死了二十幾萬。城是空城，大小衙門統通燒光，無錢無糧，而要撫輯流亡，確是大不易之事，好在他跟浙江的關係特深，又有朱大器幫忙，勉強修葺城牆，製造器械，將張國樑所部以及他自己從江蘇帶來的親兵，總共三千人不到，分駐各處，算是防務粗定。
但不過一個月的功夫，江甦的局勢急劇惡化，太平軍勢如破竹地一路打過來，佔領松江，並已迫近浙江邊境，果然，四月二十四日嘉興失守。此時如果長驅南下，杭州可能早已不守，但太平軍的基本戰略，是要鞏固“天京”外圍，如果進攻杭州，則一線深入，自蹈危地，為兵家所忌。
太平軍當時的第一目標是上海，如能攻占上海，則不但海關的洋稅，大堪潤澤，而且有了通外洋的海口，購舊船二十艘，水陸並進攻湖北的計劃可以實現，同時軍械糧食，亦可猶得源源接濟。因此，嘉興的一支兵，為攻上海的後備，自然不肯用於無用之地的杭州。
但是，東北面的壓力雖不重，西北面卻又吃緊，廣德失守，總兵米興朝退至孝豐。接著，陳玉成佯攻揚州，牽制官軍的任務，由於李秀成席捲吳中而完成，回金陵休養數日，於六月初五日由宜興入浙江，連佔長興、於潛、臨安，１３天攻到餘杭，離杭州只有幾十里的路了。
其時浙江的兵力，以不受徐有壬歡迎的張玉良一軍為主，正在嘉興一帶防守，浙江除了湖州附近以外，就數嘉興到杭州這一段最富庶，為保餉源，這一路不能不著力防守，所以張玉良一軍不能撤回相救。此外，福建的援兵未到，江西有援兵三千人，卻遠在玉山，只有守門的三千餘人，可以調遣，帶兵官叫劉季三，是個總兵，受命攔截，在杭州城北的拱宸橋遭遇，王有齡亦帶隊上城牆助戰，劉季三總算打得不錯，身先士卒，親以洋槍斃敵。太平軍暫時退走，但大隊有十幾萬人之多，而官軍總數只得一萬三千，就在這眾寡懸殊，形勢危殆之際，陳玉成忽然得了重病，不能指揮。
於是陳玉成全軍撤退，餘杭、臨安、於潛、富陽、新城等地，相繼克復，杭州暫時轉危為安。但是，軍餉卻成了大問題。
浙江全省軍餉，每月需四十幾萬。當時籌餉的方法，各地大同小異，大同者，取之於商民的厘捐，小異者，稅源因地因時而有差別。浙江的厘捐，以絲茶為大宗，皖南一途，兵連禍結，茶商裹足，此外行銷江西徽州的所謂“餉鹽”，亦由於烽煙處處，道路艱難而無法運銷，厘捐收入，大不如前。
除本省自籌以外，又有所謂“協餉”，靠比較平靖而富庶的省分協助，浙江每月的協餉是：江西６萬、湖南３萬、四川５萬。此時都自顧不暇，根本不解，只偶爾福建有所接濟。
這樣通扯計算，每月要差半數，王有齡雖以善於籌餉著名，但差額過大，亦有難於彌補之苦。
幸好，李秀成對上海發動的攻勢，受到了有力的打擊，所以整個東南大局，猶有可為。
＊＊＊
江蘇膏腴之地，其時只剩下馮子材一軍苦守鎮江，以及上海與浦東三縣而已。但上海由於租界的關係，造成了畸形的繁榮，所以關稅百金，數倍於往昔。在何桂清未失蘇常以前，上海的官商就有自保的計劃，官則蘇松太道吳煦作主，商則四明公所的董事楊坊為首。同時，英法領事為了維護其在上海僑民的生命財產及商業利益，亦支持吳煦與楊坊的計劃。
這個計劃是招募洋人編練洋槍隊。有個美國紐約人，叫做弗立克·華爾，軍校出身，在國內犯了法，亡命到上海，本來是想投效太平軍的，為人所勸而中止。結果為吳煦所物色——一說華爾為美國領事署所逮捕，預備押解回國，歸案審判，經吳煦代為向美國領事說項，得獲解放，華爾受惠感恩，是自願投效的。
華爾所編組的洋槍隊，以菲律賓人為主，總數只一百，另外招募了幾百中國人，一半改穿西服，冒充外國人，一半仍著常服，跟在隊伍後面，聊壯聲勢。就憑這一支怪隊伍，經過一個半月的訓練，居然大敗太平軍於松江。
主要的原因，中國人當時雖已會用洋槍，但由洋槍而來的“兵法”，卻茫然無知。當華爾率隊出發之前，他就下了嚴厲的命令：“有進無止，止者斬！”等到兩軍相接，李秀成的所屬陸順德的部卒，槍砲齊發，火網甚密，華爾只是下令“臥倒”，太平軍的槍砲完全虛發。等打過一陣，華爾下令還擊，１２０人的排面，打了一排槍，第二批接著來，然後第一批趁此空隙裝子彈，接著第二批再打。一共只打了３排槍，太平軍就死了幾百人，敗退入城，華爾領先沖鋒，跟著到了城裡，展開巷戰，太平軍四散潰逃，松江城就這樣輕易地克復了。
當華爾出發以前，吳煦曾經禀明已升為江蘇巡撫的薛煥，只要攻入松江，太平軍的一切，以及官府庫藏，都歸洋槍隊所有。因此，太平軍一退，華爾首先就清查戰利品，誰知打開府庫一看，空空如也，太平軍早已席捲而去。華爾跟吳煦提出交涉，結果另外送了他五千銀子，作為補償。
於是華爾以鬆江為根據地，擴充洋槍隊，六月間曾一度進攻青浦，未曾得手，上海得此犄角之勢，總算穩住了。
＊＊＊
在浙江的戰事，始終緊張。張玉良攻嘉興狠打了幾場胜仗，七月下旬，李秀成親自領軍對敵，血戰五晝夜，相持不下。於是李秀成出奇兵自間道攻石門，此地為張玉良的糧台所在，一把火燒了軍糧，前線士氣，大受影響。張玉良負傷敗退，太平軍跟踪而下，從海寧分兵兩路，一路向石門，有進犯湖州的模樣，一路直撲杭州。王有齡與將軍瑞昌、提督饒廷選，分守西北兩城，同時因為各地都有官兵通敵的事情發生，所以王有齡下令，將散兵游勇，盡皆驅逐出城，杭州城內的治安，相當良好，但糧餉不足的困難，卻愈來愈甚。
不久，進犯杭州的兩路太平軍，不戰自退，這是因為李秀成攻上海不利，收兵回蘇州，預備重新整頓補充，檢討局勢，另作部署的緣故。
可是皖南一路，依然吃緊。由廣德過來的大股太平軍，目標是在湖州。湖州的防務，完全得力於趙景賢，當時各地紛紛舉辦團練，自保地方，而功效卓著，則首推湖州。此亦不能不歸功於王有齡當湖州知府時，慧眼識英雄，能夠支持趙景賢。
湖州是水鄉，太湖在北，苕溪在西，汊港紛歧，一葦可航，所以在防務上，到處都是漏洞。趙景賢跟王有齡商量，添築外城一道，緊靠龍溪大河，城牆上下，多築炮眼，外城左右亦安設砲位，只要敵人一過河，火力壓制，便無立足餘地。
當時攻城最通行的戰術是挖地道，填火藥，轟坍牆，一擁而進。湖州由是利用地形，添築這道外城，大為得力，始終不虞敵人挖掘地道，此為湖州得以久守的一個主要原因。
到了十月初旬，嚴州一路失利，新城、臨安相繼不守，富陽隨即失守，前敵兩員主將，總兵劉芳貴，副將劉季三、雙雙陣亡。這一下，不但省城吃緊，而且由富陽渡江，可以威脅寧紹，浙東在此時是全省主要的糧源，不能不保，因而王有齡作了一次奇襲。
他在富陽失守的第２天，抽撥馬隊５００人，步兵１０００人，下令已在傍晚，限定二更拔隊，五更到達富陽，調集最精良的火器，由東南兩面集中攻擊，大聲吶喊，聲勢甚壯，太平軍不知有多少人馬，望西北兩門敗退，王有齡親自領兵攔截，斬獲甚多。到了第二天上午８點鐘，收復富陽。這一仗打得相當漂亮。
在此由七月到十月的１００天中，中國的國際關係，有了極大的變化，英法聯軍，終於內犯，七月初七攻占天津，接著侵入北京，火燒圓明園。文宗倉皇出奔，逃到熱河行宮避難，九月十一日，恭親王簽訂了北京條約十條，成就所謂“撫局”。這自是喪權辱國的條約，但對平定太平天國，卻大有幫助。
在清朝與太平軍之間，英國最初嚴守中立，其後由於兩廣總督葉名琛的顢頇，換約問題，引起軒然大波，英國改變策略，有意利用太平軍來威脅清朝，與江寧方面的接觸，不絕如縷，清朝是希望洋將“助順”，則出入之際，關係太大。
這只是恭親王與英法議和時，不能不委曲求全的苦衷。及至北京條約成立，塵埃落地，英國因為有條約的關係，不論是保護他們自己的利益也好、遵守國際公法、盡其應盡的義務也好，都不能不支持清朝。且不說以後李鴻章的“用滬平吳”，得力於此“正常化”的中英關係，即就當時而論，上海的局面便立刻發生了極深刻的影響。
李秀成是極有政治頭腦的人，他並不以攻城略地，耀武揚威滿足，而是要取得膏腴之地來支持他“北征”的計劃，因此攻取蘇州時，僅派２７０人入城，一面嚴申軍紀，一面極力安平，務求促使地方士氣。上海在短短三數年間，一躍而為東南的精華，當然更不肯輕加兵火，所以他以運動會黨及官軍起義與聯絡洋人，雙管齊下，打算和平接收上海，此中的關鍵，當然係於英法公使的態度，李秀成早於五月間遞送了一件“照會”，申明佔領上海、松江的必要，自以為已取得諒解及默契，而其實不然。
在北京條約沒有簽訂以前，英法公使雖循薛煥之請，以武力保護租界，並派兵協守上海縣城，但對外仍表中立，這就等於間接答覆李秀成，太平軍攻上海，英法將出以“默成”的態度。等到北京條約一成立，英國人公使布魯斯對太平軍的表面如舊，暗底下卻已準備“助順”。這一轉變，李秀成自然不知道，同時當時中國人對國際事務的缺乏了解，他亦看不出北京條約對他會發生這樣迅速而嚴重的影響，因此在上海吃了個大虧。
李秀成只帶了３０００人到上海，先在南市九畝地與清軍遭遇，打了個勝仗，便分西南兩面推進，以為預先有接洽的會黨和官軍會開城迎接，而助守的洋人，一定袖手旁觀。哪知一到城下，城上的一千二百英法聯軍，隨即開火，太平軍死了好幾百。其時風雨大作，李秀成以為視界不明，引起了誤會，不願還擊——事實上在英法聯軍強烈的火力，且是居高臨下的優勢壓制之下，亦無法還擊，急急下令退兵。
其實，誤會的是李秀成，他的整個和平接收上海的計劃，已經完全破滅，除了洋人態度的轉變以外，所聯絡起義的會黨及官軍，亦為薛煥事先防範無法動手。
這些情形，李秀成不知道，第二天又迫近城下，由南門轉往西門，英法聯軍，水陸並攻，開砲轟擊，以致李秀成亦受了輕傷。這時他才恍然大悟，外援內應，皆不可恃，只能撤退。臨走時留下一封長信，痛責英法公使，無非出氣而已。
上海一撤退，浙江方面的壓力便重了。嘉興、石門的攻防戰告一段落，李秀成先回蘇州部署防務，然後到“天京”參加軍事會議，與洪秀全族中的兄弟“幹王”洪仁?，商定了五路進兵援安慶的策略。
安慶是當時整個戰局的焦點。湘軍攻下安慶，便可再度進圍江寧；而在太平軍，則安慶圍解，不獨對“天京”的直接威脅，可以消除，而且進窺兩湖，打通長江，東南與西南聯成一氣，這局面自然非局處東南一隅所可同日而語。
當曾國藩受命總督兩江時，原有東援的任務，但他遲遲不進。這因為曾國藩的用兵，有他與眾不同的一套——清朝的皇帝以明為鑑，而有見識的大臣，亦無不如此，曾國藩熟讀明史，練兵學戚繼光，用兵則學楊嗣昌，以靜制動，穩紮穩打，他的整個戰略，乃是以高屋建瓴之勢，從長江上游，打到長江下游。自東晉開發江東，長江代替了黃河的地位以來，欲保長江下游的金陵，必守住長江上游的武昌，武昌、九江既為湘軍所掌握，那麼，下一步就必攻安慶，捨此而東援，則氣勢不貫，且可能腹背受敵，所以儘管上海、杭州吃緊，薛煥、王有齡乞援的公文，雪片飛來，曾國藩始終不肯撤安慶這圍。圍安慶的是他的幼弟，“老九”曾國荃。
當然，要穩住長江上游，克復安慶，必先控制整個安徽，因此，他除了以曾國荃圍安慶，派多隆阿攻桐城，並請胡林翼經營霍山、舒城一路以外，自統鮑超的霆軍六千人，以及其他部隊總計一萬人，移鎮祁門，接替江西巡撫張蕭，主持皖南軍務。
其時江浙兩會的官軍，奔走不暇，為李秀成擺佈得團團轉，薛煥、王有齡則都寄望於曾國藩，而主張不同。王有齡巴望援軍，薛煥則希望曾軍能直搗“天京”，則太平軍“回顧根本”，壓力便可減輕。這些意見不但訴之於曾國藩，亦上達於朝廷，那時文宗在熱河，恭親王留守在京，肅順與恭親王不和，各行其是，根本拿不出整套的辦法，只是將薛煥、王有齡的原奏，照樣轉給曾國藩而已。
曾國藩當時很不怕得罪人，首先就指責張芾，奏摺中說：“徽寧兩處防軍，歷年取用浙餉，約計千萬，浙中恃為長城。
本省別無防守之師，一旦藩籬盡撤，任賊長驅，杭人慘遭浩劫，張蕭不能不任其咎。皖南地方遼闊，處處與江浙毗連，一片逆氛，幾無完土，惟系臣兼轄地方，自應力籌兼顧。斷不能更顧浙江。 ”另外有一道奏摺，則更說得老實：“臣由皖南進兵，以急援寧國，急攻廣德為要，力不能兼顧，則以專救寧國為要。 ”
又說：“徽寧等屬，一片賊氛，皖南不安，臣軍且有岌岌不保之勢，何能屏蔽浙江，更何能規復甦常？目下兵力未齊，上不能分聖主宵旰之憂，下不能慰蘇人云霓之望，寸心負疚。
惶悚無地。 ”話說到這樣子，江蘇、浙江大可死心了。
不過，曾國藩亦不是全置江浙於度外，只是他的打算緩不濟急——曾國藩的打算是讓左宗棠獨當一面，另練一軍，專負援浙江之任。其時湖南巡撫駱秉章奉命督辦四川軍務。奏請以左宗棠隨同入川，曾國藩急奏挽留，以“湖南本省空虛，人心驚恐”的理由，請留駱秉章於湖南，命左宗棠兼程赴皖，“合兩湖江西之全力，以救浙而攻蘇。”朝旨雖準如所請，但左宗棠領兵五千，要由江西一路打過來，不是三兩個月可以辦到的事，所以“救浙以攻蘇”這句話，亦如畫餅。
＊＊＊
在曾國藩立腳未定之時，太平軍已經展開了５路進兵安慶的計劃，戰鬥序列是：
第一路、由李秀成從“天京”出發，經皖南，西入贛鄂，進攻南岸，直取武昌。
第二路、由陳玉成自皖北西引入鄂，進攻北岸，直取漢口、漢陽。此兩路為大箝形攻勢。期以下一年春天會師武漢，奪取三鎮，則下游安慶之圍必解。
第三路、由楊輔清會同黃文金、李遠繼一軍沿南岸趨贛北。
第四路、由李世賢經徽州進入贛東。此兩路可以牽制南岸湘軍。
第五路、由劉官方、賴文鴻、古隆賢，繼續圍攻祁門曾國藩大營，以牽制其麾下各軍，當然最好乘機消滅。同時，李秀成又行文安慶守將張朝爵、葉芸來等竭力死守。等各路進兵成功，則安慶不救而自救。湘軍如不撤退，回救湖北及祁門大營，將被一網打盡。綜計五路軍隊，多的十餘萬，少亦八九萬。全部動員，總在五十萬人以上，超過湘軍十倍，所以曾國藩的處境，實在也很困難，不能說他坐視江浙危殆而不救。
其中攻祁門大黃的主將是李世賢，由浙西統兵四萬餘人，助攻寧國，曾國藩所部張運蘭一軍，受阻於旌德，於是寧國府以援絕而失守，戴罪圖功的提督週天受殉職，其時距曾國藩立大營於祁門，不過１０天的功夫。
接著徽州也失守了。這是曾國藩一生師友交遊中的一件大事，也是一大憾事。但平情而論，曾國藩亦實在有不得已的苦衷。
徽州失守的責任，全屬李元度。當時李元度是回湖南平江募勇，自成一軍，在寧國府失陷之前，到達祁門。李元度原任浙江溫處道，曾國藩特請調補為皖南道，預備讓他主持皖南的軍務，所以等他帶著平江的人馬一到，隨即派他接辦徽州的防務。此時立足未穩，曾國藩一再告誡，惟當堅守，但李元度急於見功，不遵調度，出城接仗，屢戰屢敗，李世賢由績溪猛撲，平江新募之勇，抵擋不住，竟致徽州失守。
徽州失守後，李元度下落不明，曾國藩馳奏以後，並奉到文宗的溫諭：“李元度謀勇兼優，戰功屢著，此次挫敗，深為可惜。人才難得，著該大臣迅速查明下落具奏。”結果不待查明，李元度自己出現在祁門大營。
曾國藩對他異常失望。這不僅因為喪師失地，還夾有感情上的複雜因素——李元度本是舉人，當曾國藩辦團練時，他在貴州當學官，平生喜歡談兵說劍，此時便寫了一封數千言的長函，暢論戎機。曾國藩得信大為欣賞，招入幕府。咸豐五年，曾軍奉旨移軍江西，命李元度回湖南平江原籍，招募了三千人屯湖口，第二年移兵撫州，後來又移到張天師的老家貴溪，協助沈葆楨防守廣信府，而三千子弟兵，卻只剩下七百了。
咸豐七年，太平軍兩萬攻玉山，而李元度便以七百人迎敵，燒斷了浮橋，敵人無法渡河，由上游淺處涉水而過，包圍玉山。
李元度回城拒守，被敵軍連續不斷地攻了兩晝夜，他在城頭親自督戰，左頰還中了子彈，負傷不退。而敵軍忽然罷攻，仔細查察，發現地面下有雜聲，知道又在挖地道了。於是，相準了地方，先挖一條壕溝等著。地道挖通，太平軍恰好自投羅網，亟亟退去，而李元度已按下伏兵，以寡擊眾，打了極漂亮的一仗，廣信府轉危為安，也就因為這場戰功，得由知府以道員記名，並加按察使銜，賜號巴圖魯——滿州話“勇士”之義，此後又以應援浙之功，放了實缺，是浙江溫處道，但浙江的官卻一直未到浙江效力，為此，浙江前後兩任巡撫羅遵殿、王有齡對曾國藩頗有怨言。
曾國藩對李元度的期望甚殷，而且有意助他成大功、立大業，首先奏調他為皖南道，皖南道本名徽寧池太廣道，慈禧太后的父親惠徵就當過這個官，是有名的一個道缺，照例加按察使銜。
其次當曾國藩出奏之時，曾有一封長信給李元度，所作規劃，可見愛重之意。
入皖南膏腴之地，大有可為。頃已奏閣下調補斯缺。明年國藩有維揚之行，此四府一州者，敬以相屬。大抵地方事，閣下主之，軍務事季高主之，升遷舉劾，則兩公商辦。
由此可見，在曾國藩心目中，是以李元度與左宗棠相提並論的。不僅如此，在感情上，對李元度也有偏愛：閣下不赴浙履任，浙人避免怨閣下而兼及不佞。然僕以貴部守寧國之名城，而以左、張、鮑三軍左右夾輔，則僕之為閣下謀也甚忠。
左是左宗棠，當時正提新軍六千，兼程赴江西，曾國藩預備讓他當廣德一路；張是張運蘭，在廣德與寧國之間游擊接應；鮑則是鮑超，將由石埭攻池洲，所謂“左、張、鮑”三路“夾輔”者如此；曾國藩是以所部精銳，助李元度成大功，就像他多方設法助曾國荃成大功一樣，等於拿元度當同胞手足一樣。
照曾國藩的打算，皖南一地可以託付李元度，他便好去整頓江北大營，既以援安慶，亦以復蘇常。那時候祁門大營，自然由李元度主持，雖不能當欽差大臣，至少會有個“幫辦軍務”名義，然後補實為監司，署理巡撫，順理成章地以方面大員，當方面之任。
就為了這樣一份苦心殷望，變成愛之深則恨之切，大營立腳未定，連失名城，實際上的僨事，亦使曾國藩有創巨痛深之感。如果李元度真的殉了節，則地雖失而士氣不失，對朝廷亦好交代。像現在這樣空身逃了回來，何以慰君父之望，更何以鼓舞將士？因此，曾國藩大傷腦筋，當然也不會有好嘴臉給李元度看。
於是軍中有些刻薄的人，做了一副嵌字的對聯：“士不忘喪其元；公胡為改其度？”橫額叫做“道旁苦李”。李元度受不了這些譏訕，來了個不辭而別。
這一下，曾國藩真的冒火了。照公事來講，李元度此刻是“聽勘”的待罪之身，何能來去自如？因而請幕友具奏嚴劾。
這個幕友也是他的門生，就是李鴻章。李鴻章先從呂賢基回安徽辦團練，後來在安徽巡撫，也是在他的老師福濟幕府中，極不得意，輾轉投入曾國藩大營，專司章奏公牘。平日謹遵師命，唯獨這一件事，卻提出了異議。
“李次青跟老師共過患難。似乎不宜出以如此決絕的手段。”
“李次青自取之咎。”曾國藩說：“大營初立，像他這樣子不中用，又不聽調度，我何能在祁門立足？”
“祁門形如釜底，是兵家的所謂'絕地'，本不宜安營。”
李鴻章又說：“老師如果一定要奏劾李次青，門生不敢擬稿。”
曾國藩摸著鬍子，慢吞吞地說：“我自己來！”
“果然如此，門生也要告辭了。”
李鴻章以去就力爭，而曾國藩絲毫不為所動，將手向外一伸：“悉聽尊便！”
師徒二人言語碰僵了，李鴻章當天收拾行李，投奔江西。
曾國藩果然親自擬稿出奏，十月初十奉到上諭：“皖南道李元度不能堅守待援，著即革職拿問。”
＊＊＊
此時的李元度，已經回到了老家平江。他的從鄰門大營不辭而別，倒不是畏罪潛逃，只覺得自己決不是無人欣賞的“道旁苦李”，預備回平江另外招募人馬，帶出來報仇雪恥。
李元度禦下極寬，但不大明是非，部下犯了法，求個情就可以寬免。所以營官部卒，愛戴有之，卻不大怕他，也不大聽他的號令。畏嚴樂寬，人之常情，家鄉子弟聽說李元度來招兵，十分踴躍，很快地又成一軍，名為“安越軍”。
“越”者浙東，所以“安越軍”顧名思義，可知是一支援浙東的單隊——李元度與浙江再度發生關係，是一個名叫鄧輔綸的人，居間拉攏。
鄧輔綸的父親做過江西臬司，家道小康。由於與李元度是小同鄉，所以替他“管帶”過平江子弟兵。廣信府的攻防戰告一段落，李元度回平江重新招兵，鄧輔綸卻由同知報捐了一個道員，分發浙江，到杭州是在這年七月。
不久李元度就有喪師失地之辱，鄧輔綸跟他取得了聯繫，為他進言於王有齡，說可招募平江勇丁援浙。王有齡所最感困難的就是兵力不足。所以鄧輔綸的建議，深中下懷，應允李元度如能辦到此事，他可以出面奏調，無形中解消了他的皖南失機的責任。於是而有李元度在祁門大營的不辭而別。
及至十月初十的降旨李元度革職拿問時，他已帶兵出平江。其時李秀成由皖南、江西，插入湖北，沿途收羅人馬，復又原途回金陵。李元度就跟在太平軍的後面，由湖南入江西，一前一後，旌旗相望，而實在不曾接仗，但李元度卻誑報克復了江西義寧等地。湖北、江西，居然據以出奏，這一下革職拿問之事，便無形中擱置了下來。
祁門大營，自寧國、徽州接連失陷後，情勢危殆，幸虧鮑超、張運蘭兩軍得力，而左宗棠由幕僚轉為帶兵官，如新硎初發，其勢極銳，駐軍江西景德鎮，與皖南為犄角之勢。左宗棠當時驕氣還不太盛，與曾國藩相處，還能和衷共濟。此外則彭玉麟駐湖口，當水路要隘，對於局勢的穩定，亦頗有幫助，所以在咸豐十一年初，大致已站定腳步。其時的情勢，可由曾國藩致其長子紀澤的一封家書中，看出大概：正月十四日發第二號家信，諒已收到。日內祁門尚屬平安。鮑春霆自初九日在洋塘獲勝後，即追賊至彭澤，官軍駐牯牛嶺，賊匪踞下隅坂，與之相持，尚未開仗。日內雨雪泥濘，寒霜凜冽，氣象殊不適人意，偽忠王李秀成一股，正月初五日圍玉山縣，初八日圍廣豐縣，初十日圍廣信縣，均經官軍竭力堅守，解圍以去。現竄鉛山之吳坊、陳坊等處，或由金溪以竄撫建，或經由東鄉以撲江西省城，皆意中之事。餘屬劉養素等堅守撫建，而省城亦預籌防守事宜，只要李逆一股，不甚擾江西腹地，黃逆一股，不再犯景德鎮等。三、四月間，安慶克復，江北可分兵來助南岸，則大局必有轉機矣！
目下春季尚早，必有危險迭見，餘當謹慎圖之，泰然處之。
鮑春霆就是鮑超。他的部隊即名為“霆”軍。其人是中國行伍出身的軍人中，最可愛的一個，曾國藩平生馭將，亦以得鮑超為賞心快意的一大樂事。彼此相知甚深，有許多佳話流傳。
皖南及江西的局勢倒是穩定好轉了，浙江的局面卻是從咸豐十年二月杭州初次失守，到此時將滿一年，始終未見起色，論各省軍務，浙江是最弱的一環。提督饒廷選固少將略，談浙江本省的兵力，主力不過衢州鎮總兵李定太的一萬二千人，保土禦匪，都靠楊昌濬的所謂“借將”，最顯著的是張玉良，借自江南大營，此外還有林文察，是清朝台灣的唯一將才。
借將以外，復有借勢。借勢者靠恃他省為屏障，因此皖南的軍餉，一直由浙江籌撥，年耗三十餘萬，而周天受門戶之見極深，浙江並未能獲得保護的實益。當洪楊初起時，各省都在練兵，惟有黃宗漢採取禦敵於境外的策略並不錯，且頗受文宗的獎許，但因此便缺乏如胡林翼所說的，“得力之將數人以折衝禦侮於其間。”實亦非始料所及。
至於彼此相仇，則說來最令人痛心，所謂“乖氣致戾”，只談一件事，就可想見：有個四川人，叫王道平，在杭州城內巡撫衙門前面的“梅花碑”擺測字攤，已經十幾年，忽然有人疑心他通匪，說已接受太平天國的偽號，就是王道平三個字翻過來，偽封為“平道王”。
這樣匪夷所思的事，居然有人相信，拿他捆送營務處，要求立即處決。官府當然要依律審問，搜查他的寓所，毫無佐證，而暴民鼓譟轅門，群聚不散，結果將王道平拉了出來，“臠割其肉立盡”，這股乖戾之氣，實在可驚亦復可憂。
乖戾之事，不一而足，愈到危急時愈甚，遠道風聞，只道浙江的局勢，是名副其實的“兵凶戰危”，避之為吉。
當然，認為浙江的局面不祥，僅是他省手握兵符的大帥不肯援浙的三個原因之一，此外兩個原因是：第一，自顧且不暇，如果捨己耘人，何異縱井相救，第二，何桂清失陷蘇常，影響大局不細，士論對何桂清十分不利，而王有齡是何的謀主，連帶予人以很不佳的印象，當然亦無法激起他人奮身援手的俠義心腸。
因此，儘管王有齡賞加頭品頂戴，聖眷甚隆，但他支撐浙江的局面，其中艱難困窘，怨謗叢集，幾次欲哭無淚之苦，實非局外人所能想像。最感棘手的，還是兵餉兩事。餉則竭澤而漁，先以協濟他省的，至此自給不足，先是積欠三四個月始能發給一個月，換句話只能照原額發放三分之一或四分之一，到了咸豐十一年春天，積欠三四個月竟只能發放半個月了。
因此，不但軍紀愈壞，擾民更甚，兵民相仇的程度更深，而且借來的客軍，紛紛求去——當然，討還援兵的省份，亦有其不得已的苦衷，如福建由於咸豐十年冬，武平、連城、長汀失守，第二年春天便不能不要求撤回閩勇。
閩勇由總兵曾玉明、副將惠壽所統帶，而實際上的主將是林文察。他是台灣彰化人，字子明，咸豐八年助剿淡水土匪，捐餉助軍，做了武官，官銜是游擊，留福建補用。咸豐十年，建寧、邵武及寧洋、永安間，有兩大股土匪騷擾，為林文察所破，因功擢升參將，賜號“巴圖魯”，巴圖魯必賞穿黃馬褂，但稱號不同，林文察此時的稱號叫做“固勇巴圖魯”。
林文察受命援浙，是在咸豐十年十二月初。當時太平軍由江西出浙江婺源，攻下常山，接著江山亦易手。林文察以孤軍受命收復江山，在失守後的第五天，與太平軍大戰於大溪灘，旗開得勝，連夜追擊，李世賢屯江山一帶的部隊有兩萬多人，傾巢而出，分三路抄襲。林文察所部只有二千人，分別迎戰，又大勝一仗，斬獲千餘，李世賢退回江山城內，自此日有接戰，互有勝負，形成膠著的形勢。
十二月廿五，林文察發動一次突襲，親自帶兵“踏營”，林文察的部隊，得力於火器精良，一時火光燭天，城內大震。
他在踏毀十幾座敵營以後，乘勝攻城。他一面身先士卒，登雲梯、攀城牆，一面設下埋伏。李世賢所部倉卒遇變驚惶失措，由西、北兩面遁走，為林文察預先埋伏的砲兵所轟擊，傷亡甚眾。江山縣城亦就在這一夜為林文察所收復。因此，擢升副將，晉號為“烏訥思齊巴圖魯”。
到了咸豐十一年二月間，閩浙總督慶端要求撤回閩勇，王有齡萬分不願，但其勢實不可留，因為名義上浙江歸閩浙總督管轄，而總督又有節制轄區軍務的全權，可以直接下令總兵曾玉明撤調人馬。
這一下，去了一萬多人；而且是頗能打仗的台灣和漳州籍的部隊，浙江的防務大受影響，王有齡奏調在湘軍中不甚得意的的將領秦如虎、劉培元募勇來浙。但最盼望的卻是李元度，王有齡讓朱大器籌集了一筆現銀，間關送到軍前，而李元度一入江西境內，行軍甚慢。杭州城內天天傳說：“李道台的兵快到了！”其實是地方大吏，為了安定人心，故意放的空氣。
其時除了杭州以外，上起嘉興，下至浙江與江西、安徽交界之處，都有太平軍的踪跡。所幸者，錢塘江南岸的寧波、紹興兩府，完整無缺，但全省１５路軍需，亦不能盡靠寧紹。
此外湖州孤懸，而趙景賢守得極好，此人是一奇才，與太平軍作戰，幾乎從未吃過敗仗，是王有齡唯一可以信任的帶兵官。
那時已經文武不分，由監司到縣令，莫不是帶兵官，而且亦似軍民不分，辦團練的紳士，亦莫不是帶兵官。寧紹的防務，就由在籍紳士王履謙負責，他寄籍順天府大興縣，本籍紹興，字吉雲，與曾國藩同一年點的翰林，官做到左副都御史，咸豐七年免職，為文宗派為浙東團練大臣，跟王有齡不和，成了浙江局面的致命傷。
＊＊＊
到了這年夏天，太平軍五路援安慶的計劃，幾乎完全失敗。其中最重要的是李秀成的第一路、陳玉成的第二路和李世賢的第四路，第四路的任務是先攻皖南，斷湘軍的糧道，但集中二三十萬人圍攻祁門一隅之地，卻始終未能打垮曾國藩的大營。先是第三路黃文金為鮑起、左宗棠一敗再敗，不能成軍，接著是李世賢的第四路，先勝後敗，為左宗棠大破於景德鎮以南的樂平。統全軍撤回浙江，從此不復再能窺伺皖贛。
第二路先由陳玉成自桐城、霍山進入鄂北，佔領英山，陳玉成其前鋒偽裝清兵，長驅直下，向南疾進，十一日之間，行軍六百餘里，連下三城，由蘄水攻陷黃州。據說英國公使館的參贊巴夏禮，正陪英國海軍司令何伯，從上海坐兵艦西上，到漢口去調查開商埠的事，經過黃州，與陳玉成見面，勸他不可再向西進兵攻武漢，以免妨礙英國通商，否則必致與英國軍隊發生衝突。同時又告訴陳玉成，說一路西來，絕未聽到李秀成或有其他太平軍部隊進兵江西的消息，警告他孤軍深入，必無後援。陳玉成信以為真，放棄了與李秀成會攻武漢的計劃，回軍去援安慶——陳玉成的老母妻兒，全軍都被圍在安慶城內。
當時湖北防務，甚為空虛，武昌只有巡撫的直屬部隊，所謂“撫標”二千餘人。所以聽說黃州失守，在前線的胡林翼，大為震動，調兵回救，則陳玉成已經遠去，安徽巡撫李續宜的部隊，和彭玉麟的水師，一路追擊，頗有所獲。於是湖北解嚴而安慶的大戰爆發了。
安慶是於上年六月間起被圍，城內的太平軍只有一萬多人。曾國荃在城外構築長壕，紮營三處：集賢關、鹽河及城東北的菱湖，互為犄角，並有楊岳斌的水師支援，陣勢相當鞏固。外圍則有多隆阿的馬隊作接應，多隆阿原屬科爾沁親王僧格林沁部下，與鮑超一在皖北，一在皖南，為曾國藩麾下最重要的兩支部隊。
由於“天京”定策，有五路援安慶的計劃，所以此一地區由秋徂冬，由冬至春，戰況沉寂。城雖被圍，糧食彈藥無缺，多由英國商船自上海經長江運來接濟。這樣“相安無事”的局面，至此打破，陳玉成未到之前，就檄調留守天長、六合的太平軍，西來助戰，一方面由菱湖通城內的水路增援城防，一方面在菱湖北岸建營壘１３座，預備里外夾擊攻曾國荃。
曾國荃當然亦有相應的措施，第一步是加強控制菱湖，通知楊戰福開來二十幾隻砲船，由長江抬上岸，再自菱湖東岸入水、巡弋湖面。第二步是向曾國藩求援，其時曾國藩由於左宗棠樂平大捷，皖南局勢安定了下來，已接到陳玉成回撲安慶的消息，移駐安慶附近的東流，派鮑超一軍赴援，同時胡林翼亦派副將成大吉一軍助戰。當然，多隆阿亦早由桐城回師，配合作戰，李績宜以安徽巡撫的身分，守土有責，帶軍會戰，更不在話下。
清軍一增援，太平軍亦不能不再添兵力，五路援安慶的計劃，既已失敗，則安慶一地直接成為雙方短兵相接，勢在必爭的焦點，所以太平軍方面，凡能動用的兵力，無不投入，由洪仁?親自渡江到前線指揮。安慶北面的戰場重重包圍，陳玉成包圍曾國荃，紮營在高路浦的多隆阿包圍陳玉成；而新趕到的洪仁?則屯兵在新安渡至練潭一帶，又包圍了多隆阿。
雙方接戰，由菱湖水面開始，互有勝負。但岸上的仗，清軍打得很好，多隆阿一勝於練潭、再胜於新安渡。而陳玉成想攻破曾國荃，則以憑壕固守，太平軍勞而無功。
於是太平軍重行部署，以掛車河為中心，分左、右、中三路，共３萬人發動總攻擊，多隆阿首當其衝，分五路迎敵。
由於陳玉成“後期”，以致三路皆北。這是四月中旬的事，不久，陳玉成先鋒，安徽桐城人的程學啟，率領部下千餘人，在集賢關投降湘軍。程學啟是太平軍的名將，後來為李鴻章所用，深為得力。
到了五月初一，鮑超與成大吉合力攻赤崗嶺的太平軍，其地在集賢關，共有四壘，鮑超第一天攻破了三壘，守將三人均陣亡。第二天攻殘餘的一壘，這壘的守將，是陳玉成最得力的部下劉瑲琳。因為勢孤力弱，棄壘而走，結果為鮑超部下陣斬。曾國藩一次給朋友寫信，曾稱劉瑲琳為“瑲琳先生”，不知盜亦有道，值得如此尊稱，還是戲謔之詞？
這一仗下來，曾國荃一軍轉危為安。太平軍則另調楊輔清一軍，與陳玉成在皖北會合，預備再舉。但菱湖南北岸的太平軍八千人，卻又投降了。
在傳說中，這八千人的下場極慘。據說，當太平軍派人接洽投降時，曾國荃下令，須先繳械。太平軍遵令而行，結果曾國荃命他部屬中，唯一非湖南人的朱洪章，盡屠此八千人，靡有孑遺。正史中有關安慶之役的記載，及曾氏兄弟與朱洪章的紀傳，都不曾提到有這八千人投降的事，自然更談不到“盡屠”之說。殺降不祥，而況菱湖東岸為曾家的老么貞幹所防守，程學啟的投降，就是曾貞幹的設計，同為降軍，待遇大不相同，似乎是一大矛盾，但研究太平天國史者，多主此說。看來是一重難明的疑案了。
不過到了六月初一，菱湖西岸太平軍的營壘，盡為曾國荃所破，則是記此戰役必須大書一筆的，因為從此安慶城外已無太平軍，而真正的圍城開始了。
適逢其會的是，恭親王所主持，新成立的“總理各國事務衙門”，在外交上相當活躍，與英國公使達成了一項協議：“禁止洋船濟匪”，同時嚴令“禁止漢奸附載長江英法輪船，貪利濟匪”。總理衙門並以同樣內容的照會，分致法國和俄國公使。英國海軍並派兵艦，巡弋長江作有效封鎖。於是安慶城內，大起恐慌，守軍乏食，紛紛出降。城內百姓到後來甚至吃人肉以求生。
外圍的太平軍，當然也要作最後的掙扎，楊輔清會合陳玉成由無為州繞道桐城以北，攻懷寧以西的太湖，同時一路搶割已熟的稻子。這一帶屬於多隆阿的防區，雙方兵力為十比一，但多軍士氣正旺，迎面痛剿，斬獲甚多，太平軍桐城西南二面的七座營壘，為多軍攻破。但多隆阿甚為機警，防備太平軍夜襲，每每紮營以後，又復他去，敵人常常撲空，反為多隆阿所伏擊，死傷甚眾。
到了七月下半月，太平軍集合餘部，獲得四五萬人，重新進入集賢關，築新壘四十餘座，預備固守。集賢關是桐城與安慶之間的一處要隘——安慶府北３０裡，有座大龍山，稍東相接的另一高峰，名為小龍山。兩山盤亙，下瞰長江，南面兩山相夾之處，名為門山，形容其為兩山之門，再向南有白麟、火爐諸峰，山脈潛而復現，聳起如脊，所以名叫脊現嶺。集賢就是脊現二字，以訛傳訛的諧音。集賢關就在脊現嶺上，離安慶府１５裡，安慶的北門，即以集賢關得名，叫做集賢門。
從以上介紹的形勢，可知集賢關易守難攻，但為解安慶之圍，實亦不容此處的太平軍，固守自保，所以從七月二十起，這四五萬太平軍，分１０餘路猛撲曾國荃所部的長壕。城內太平軍亦在四門列隊，準備接應，這樣到了七月廿八，始終無功。
其時城內外兩處太平軍，一線交通，就靠菱湖通安慶水門的河道，城外太平軍以小艇偷運糧食接濟城內，城內則以因為欠缺火藥而廢置無用的槍砲，接濟城外太平軍。不幸在七月廿九日，雙方的接濟，都為在菱湖巡弋的清軍水師所截獲。
在同一天，朱洪章擊退了集賢關向菱湖進攻的太平軍，這是安慶之戰的最後一仗。從此，不但城內守軍已斷指望，集賢關上的援軍亦放棄了救安慶之想，退出集賢關外，退桐城、退石牌、退太湖、退宿松，有的回天京、有的到皖南。
七月三十，城內守軍逃的逃，降的降，殘余少數，與曾國荃取得聯絡，以放一條生路為條件而獻城，於是八月一日卯刻，湘軍入城，百戰艱難，終於克復了安慶。
安慶之克，是平洪楊戰史上的一件大事，亦是曾國藩“以靜制動”戰略成功的一大效驗。雙方的重視安慶，可由曾國藩的函札中見其大概，咸豐十一年四月初四日致其長子紀澤的家書中說：此次賊救安慶，取勢乃在千里以外，如湖北則破黃州、破德安、破孝感、破隨州、雲夢、黃梅、蘄州等屬。江西則破吉安、破瑞州、吉水、新淦、永豐等屬，皆所以分兵力，亟肆以疲我，多方以誤我。賊之善於用兵，似較昔年更狡更悍。
吾但求力破安慶一關，此外皆不遽與之爭得失。轉旋之機，只在一二月可決耳。
在這封信的十天以前，祁門解圍，而陳玉成回軍皖北，曾國藩急遣鮑超赴援時，曾有信致其四弟曾國潢，得失縈懷，憂思忡忡，溢於言表：“忽聞四眼狗逼集賢關外，九弟季弟又十分緊急，不得已抽朱雲嚴五百人，赴安慶助守於壕內，及調鮑春霆帶八千人赴安慶助攻於關外。此次安慶之得失，關係吾家之氣運，即關係天下之安危，不知沅、季能堅守半月，以待援兵否？若安慶能轉危為安，則事尚可為耳。”
在此時，曾國藩的全部希望，寄託在鮑超身上，他確信，只要鮑超能夠趕到，戰局即可穩定。但其時風雨大作，道路泥濘，即令鮑超能冒雨行軍，輜重用羊角車裝載，則無法求速，所以曾國藩所憂慮的是，鮑超未到之前，曾國荃的長壕可能已先為陳玉成所攻破。結果鮑超不負所望，大敗陳玉成於集賢關，所以論克安慶之功，關鍵系在鮑超身上。
安慶既克，曾國藩當日便在對岸的東流接到了捷報，即時有信覆曾國荃說：接喜信，知本日卯刻克復安慶。是時恰值“日月合璧，五星聯珠”，欽天監於五月具奏，似為非常祥瑞。今皖城按時應驗，國家中興，庶有冀乎？
安慶克復，竟被視作非常祥瑞，可知關係之重。但文宗卻已不見此中興徵兆，於半個月前的七月十六，崩於熱河。如果安慶早克復一個月，病中得此喜信，文宗或許竟能延年，則辛酉政變，可能無由而作，歷史便又是另一樣寫法了。
安慶之克，是清廷的喜事，但浙江，特別是杭州卻大倒其楣。從洪楊金田起事以後，失守的名城，不知其數，唯有杭州的遭遇最慘，為百年未有的浩劫。
何以安慶克復，浙江會倒楣呢？這道理說起來很簡單，太平軍百萬之眾，皖北不能立足，皖南又有左宗棠的嚴密防範，自然得要找一條出路，而浙江是唯一的可以“就食”之區。
當時太平軍內部，在戰略上亦有兩派不同的主張，一派以洪仁?為首，認為自古取江山先西北而後東南，由上而下，其勢順而易，由下而上，其勢逆而難。所以仍主張反攻皖北，謀取長江以北，黃河以南的中原。另一派則是李秀成、李世賢兄弟的打算，就雙方形勢著眼，以為皖北以上，及江西、皖南等地，“敵無可敗之勢，譬如食果，尚未合時，其味必苦”，這就是說，浙江是一樹熟得將爛的果子，振力一撼，俯拾可得。
當然，此時太平軍只剩下李家兄弟的兵馬，可稱勁旅，發言的分量，非洪仁?可比。事實上，“天京”對在外的戰將，亦已失去控制。於是李氏兄弟的六七十萬人，由常山、開化入浙江，行軍如螞蟻搬家，首尾不絕，歷時十餘日之久，浙東的守將，閉城自保，不聞不問。加以鮑超在後路追擊，更如驅虎入羊群，鮑超由江西撫州，追到邊界，收復鉛山，亦解了廣信之圍，便收兵回皖北休息，因為再過去是浙江地界，與己無關。
在鮑超之後還有一隊官兵，就是李元度的安越軍，兵到衢州，入了浙江地界，大概耳聞目擊，無一處不是亂糟糟的景象，覺得犯不著淌渾水、打爛仗，因而屯兵衢州，觀望不前，以後敵兵阻隔，更到了杭州，儘管王有齡跟杭州城內的官民，如大旱之望雲霓，安越軍卻始終只在人家的後門口徘徊。
李秀成於九月初二進圍浙東的重鎮衢州，守將總兵李定太，深溝高壘，務求自保，於是李秀成舍衢州而去，在嚴州與李世賢會師，商定了進取杭州的計劃，分南北兩路，李秀成由北路直指杭州，李世賢任南路，繼續攻嚴州。這是九月初十的事，７天以後，嚴州守將張玉良棄城而走，李世賢連佔遂昌、松陽，勢如破竹。
大概在九月中旬，上而金、衢、嚴三府，下而杭、嘉、湖三府，盡是太平軍的天下，所餘者，杭州、湖州兩孤城，以及寧波、紹興兩府。其時寧、紹為浙江全省的餉源，此兩府不失，王有齡猶可緊守待援，不幸地，太平軍畢竟渡過錢塘江，攻向南岸了。
＊＊＊
當此時也，正為曾氏兄弟揚眉吐氣，彈冠相慶之時，曾國藩賞加太子少保銜，曾國荃本是道員，賞加布政使銜以按察使記名，遇缺題奏；曾貞幹的本職是訓導，一縣的學官，奉旨免選本班，以同知或直隸州知州，盡先選用；戰死三河的曾家老六曾國華，陣亡時的官職是同知，小官本不予諡，因為“一門忠義、深堪嘉尚”，特旨賜諡“愍烈”；此外湘軍將領，除卻李元度以外，幾乎無不升官，曾國藩移駐安慶，日日開單辦保案，忙得不可開交。
對於軍務政事，曾國藩當然亦有一番籌劃。湘軍的士氣可用，紀律亦勝於原有的綠營，以及其他各省自招的勇丁，但有個先決條件，就是按月發餉。 “皇帝不差餓兵”；就肯奉差遣，也一定是克敵不足、擾民有餘。曾國藩是上馬治軍、下馬治民的兩江總督，不比專領一軍的將官，只管打仗，糧餉可以跟朝廷、跟地方去要，在他的職責來說，吃了敗仗，可以指名參劾失機之將，如果糧餉不能按時支應，就是自己的責任。因此，他不僅以克復城池為已足；還要維持安定，振興市面，道路暢通，商旅不絕，方能使唯一糧餉所出的“釐金”，源源不絕。
就為了這個緣故，王有齡奏請以太常寺正卿左宗棠督辦全浙軍務，浙江全省提鎮以下，統歸節制。他在奏摺中對“左京堂”推崇備至，說他“體用普優，才識洞達，韜略素裕，紀律嚴明，所部盡皆勁旅”。在左宗棠本人，一向恥於屈居人下，如果“督辦全浙軍務，浙江全省提鎮以下，統歸節制”，便一定是督撫、將軍都不能不尊敬的“欽差大臣”，而且方面之寄，遇事獨斷獨行，可以發抒抱負，亦強似為曾國藩“幫辦軍務”，所以頗有躍躍欲試之意。
無奈曾國藩不放他走，因為皖南一地剛剛穩定，而江西則大致已經肅清，非左宗棠著意整頓，不能確保餉源。
幾經籌劃，決定先調蔣益灃一軍到皖南。蔣益灃字薌泉，也屬於湘軍系統，此時正在廣西作戰，此人湖南安福，少小為鄉里無賴，他的部下軍紀不好，但能打仗。曾國藩認為左宗棠有駕馭蔣益灃這種悍將的能力，所以已奏調，等他到達，接替一部分防務，再讓左宗棠分兵援浙。
至於規復甦常，朝命一再催促，曾國藩亦耿耿於懷，但苦於無法抽調兵力。而在上海的江蘇巡撫薛煥，及避難在上海租界上的江蘇士紳，則亦如王有齡一樣，苦苦乞援於安慶大營。但曾國藩始終表示心有餘而力不足，雖受無以為助。