馬士英作了弘光皇帝的首輔以後，借弘光皇帝之名在軍事上作了一系列部署，提出“江北與賊接壤，遂為中樞，議設四鎮，分轄其他”。命史可法以督師地位坐鎮揚州。命高傑駐守泗州，管轄徐州等十四州縣，經理河北、河南、開封、歸德一帶。劉澤清駐守淮安，管轄淮海等十一州縣，經理山東一帶。劉良佐駐守淮海，管轄鳳陽等九縣，經理河南陳、杞一帶。黃得功駐守廬州，管轄徐、和等十一州縣，經理光固一帶。
馬士英設此四鎮作為軍事據點的目的是，作為南京的保護屏障。如果李自成在河北，則各鎮合力協防淮徐；若李自成在河南，則各鎮協守泗鳳兩縣；若李自成在河北、河南並犯，則各鎮嚴兵固守。
一句話，馬士英作首輔的弘光政權認為威脅自身存在的力量來自農民軍。因此，將軍事戰略重點放到了撲滅農民軍的中興大業之中。
弘光皇帝從登基以後，大興土木，修建興寧宮，建慈禧殿。終日沈湎酒色，以演雜劇，飲火酒，淫幼女為樂。對於國事一概不問，任憑馬士英而為。
一六四四年七月初，吳三桂引清兵入關擊敗李自成的消息傳到了南京，馬士英立刻慌了手腳。因為，他從來都沒有考慮過清兵的力量。現在清兵入關，自然破壞他心中的戰略部署。
於是，馬士英與阮大鋮商量對策。
馬士英說：“現在北京的情況，不知阮大人知道否？”
阮大鋮說：“知道！”
馬士英問：“阮大人認為目前該如何作為？”
阮大鋮默想了一會，然後認真地說：“首要之舉要讓皇帝晉封吳三桂。”
馬士英感到吃驚：“吳三桂引清兵入關，在國人眼裡看來是引狼入室，而大明天子為何反而要晉封他呢？這豈不是置民意於不顧麼？”
阮大鋮說：“吳三桂引清兵入關是引狼入室這不假，但他卻擊敗了李賊，從根本上掃除了大明的後患。至於是否合乎民意。這個可暫且不管！即使我們竭力地投民所好，那李賊會自動繳械麼？”
馬士英由衷地讚道：“阮大人說得有理！”
阮大鋮說：“第二步便是乞求清兵不要南下攻打我們，承認我們政府的合法權利。”
馬士英不解地問：“清朝對我們大明虎視眈眈數十年，現在進了關，其野心豈能自滅。聽說多爾袞在北京揚言'且天下者，非一人之天下'。這話是什麼意思？還不是想入主中原！現在阮大人卻叫我們去乞求清兵，豈不是與虎謀皮麼？”
阮大鋮說：“非也。我們有句話是'伸手不打笑臉人'。我們好端端地求和，那清兵雖然野蠻，卻也不好意思作難我們。再說，我大明這麼大，就讓他們吃，他們也未必吃得下。”
馬士英聽了，覺得有理，便去找皇帝。皇帝正在飲酒作樂，不肯見他，說有什麼事要他看著辦就得了。但馬士英覺得事關重大，自己不敢擅自作主，非得見皇帝不可。弘光帝無法，只得別了群臣，懶懶散散地出來了。
弘光帝說：“馬愛卿見駕有何要事？快快道來。”
馬士英說：“吳三桂引清兵入關，擊敗了賊寇李自成。”馬士英說後便觀察他的態度。
弘光帝說：“這倒是值得慶賀的事！”
馬士英見弘光帝並沒有意識到這其中的威脅，只得點撥他，“現在清兵入關，對我大明構成威脅，不知皇上有何旨意？”
弘光帝一聽，嚇得身體瑟瑟發抖，結結巴巴地說：“我能有什麼旨意呢？”
馬士英心裡覺得好笑，說：“若能拉攏吳三桂，我們與清兵抗衡之時，就不會顯得力量單薄了。”
弘光帝說：“可是，吳三桂是漢奸，我們怎去拉攏？再說我們去拉攏他，他未必會肯！”
馬士英暗嘆，皇帝還沒有糊塗透頂。馬士英說：“吳三桂現在成了沒娘的鬼，而皇上您是大明天子，你給他一個封號，他未必就不想接受。”
弘光帝想了想說：“那你說給他一個什麼封號呢？”
馬士英心想：“什麼封號都可以，反正他又不可能跑到南京來。”他說：“臣看皇上就晉封吳三桂為薊國公吧！”
弘光帝說：“就依馬愛卿之意吧！”然後，他像突然想起了什麼似的，又對馬士英說：“僅僅封他個空號也不好，我看還得給他十萬石米，也表表朕的心意。”
馬士英心裡罵道：好個大方的皇帝！你一開口就是十萬，現在兵荒馬亂的，我到哪調攏十萬石糧食給他吳三桂？但他嘴裡卻說：“臣遵旨。”
弘光帝見事辦完，就要起身離去。
馬士英心裡一驚，自己差點忘了大事。於是立刻對弘光帝說：“臣還有一件大事要奏請皇上。”
弘光帝心想，這馬老頭怎如此囉嗦？什麼事你都給辦了不就得了，不然要你這個首輔幹什麼？弘光帝不耐煩地說：“馬愛卿有事快奏上來。”他的心裡還在記掛著那群風騷迷人的姬妾。
馬士英說：“現在我朝兵力全都部署去對付李賊了，倘若清兵南犯，我朝如何應付？請皇上明示。”
弘光帝嚇得一呆，戰戰兢兢地說：“若清兵南犯我朝，你道如何是好？”
馬士英心裡好笑，我本要問你，你倒反問起我來了。馬士英說：“臣以為，對於清兵，只可交，不可戰，因為我們的力量要用來對付李賊。”
弘光帝問：“我們的兵力既可對付李賊，為何卻不能對付清兵？”
馬士英說：“李賊毀我大明社稷，逼死崇禎帝，我朝與他仇深似海不共戴天。因此，我們的兵力自然要用來對付李賊了。”
弘光帝問：“可是清兵入關，也未必不想滅我明朝啊？”
馬士英說：“皇上英明。然臣以為：李賊，內賊也；清兵，外賊也。內賊對於外賊而言，對我們危害更大些。所以臣主張結清兵而抗李賊！”
弘光帝想了想，說：“馬愛卿言之有理，就依你言去辦吧！”
馬士英說：“可是，皇上，俗話說'空手不進門'，我們跑到北京去求和，怎好空手去呢？”
弘光帝問：“那依馬愛卿之意，應該如何？”
馬士英說：“臣以為須派一使臣前去，攜帶黃金一千兩，白銀十萬兩。”
弘光帝搖搖頭說：“這樣未免使我大明被那清妖小看！你告訴那使臣，若清兵不答應，可發納白銀十萬兩，還可以割地給他。”
馬士英一聽，倒抽一口涼氣，但事已至此，卻無法更改。於是他向皇上辭別，走出宮來安排事項。
馬士英回到府上之後，為派誰去做這個使節傷痛了腦筋。因為在他看來：攜這麼多黃金白銀前去北京，事情成與不成都無所謂，但如果丟掉了金銀便實在可惜。
思前想後，他覺得派自己的心腹前去還是好些。他把自己的世侄馬虎叫來，然後將一切事宜招呼妥切。
弘光政府的侍郎左懋弟、都督陳洪範、馬大人世侄馬虎攜金帶銀，率領使節團前去北京了。只是弘光帝讓馬士英捎給吳三桂十萬石糧，馬士英嫌麻煩，就不讓帶了。