關於劉文典在北大和清華任教時的性格、神態，錢穆與周作人已有勾畫，大體是不差的。錢氏文中所說的劉文典“晚年喪子”一事，發生於1931年著名的“九·一八事變”之後。面對日軍大舉侵占中國東北領土，進逼華北，張學良軍隊不戰而退，東北淪陷，舉國悲憤，學界更是群情激昂。北平青年學生為敦促國民黨政府出兵抗日，除罷課結隊南下向政府請願，還發起臥軌請願行動。時劉文典的長子劉成章正在北平輔仁大學讀書，欲參加臥軌行動，回家請示後，得到了劉文典支持。作為教授的劉氏認為在中華民族生死存亡的非常時期，若非採取一些極端辦法，不足以令高高在上的黨國領袖和軍政大員醒悟並認識到下層民眾的力量。當時北平已進入了滴水成冰的嚴冬季節，身體羸弱的劉成章因在雪雨交加的曠野裡連夜行動，飢寒交迫，不幸身染風寒，不治而亡。
劉文典失子之時為42歲，正是人生的鼎盛時期，算不上錢穆所說的“晚年”。中年喪子，給予劉氏精神上的打擊可想而知，在極大的悲憤憂傷中，原本就較單薄的身體漸漸垮了下來。後來，隨著馮玉祥發起的“長城抗戰”事起，劉文典似乎又看到了一線救亡圖存的希望。國難家仇使他強打精神，每次上課都要給學生講一段“國勢的阽危”，並以自己兩度留日的親身感受和對這一民族歷史的觀察研究，告訴弟子們日本對中國的險惡用心及歷史背景，號召學生們趕快起來研究日本，以便找到這一民族瘋狂無忌的根源、癥結與“死穴”，在未來抗戰中給予致命的打擊。與此同時，極具血性的劉文典懷著國破子亡的悲憤心境，夜以繼日地翻譯與日本有關的資料，有時竟通宵達旦工作。據一位學生回憶：“有一天上國文課時精神委靡得連說話都幾乎沒有聲音，說是因為昨晚譯書到夜里三時才休息。我當時聽了劉先生的話，眼淚真要奪眶而出了。”
就在這一時期，號稱“南天王”的陳濟棠，聯絡孫科、李宗仁等輩在廣州密謀造反起事，與南京中央政府對抗叫板兒，並效法孫中山當年在廣州召開非常國會的方法，成立了“中國國民黨中央執監委員非常會議”，以“打倒獨裁”、“護黨救國”“中正當死，兆銘當立”為旗號，提出凡國民黨第一、第二、第三屆中央執監委員贊成反蔣者（共產黨員除外），均自然成為非常會議的委員。陳濟棠、李宗仁等人邀請躲在香港的汪精衛出任領袖，並在汪精衛的主持下，成立了廣州國民政府，否認南京國民政府的合法性，與蔣介石集團公開唱起了對台戲。在新內閣急需用人之際，陳濟棠想到劉文典曾是老同盟會員，曾做過孫中山秘書，在安徽大學校長任上又被蔣介石當眾侮辱性地扇了兩個耳光，從此與蔣結下樑子，便多次函請並出重金禮聘劉文典，讓其離平赴粵，共商“抗日興國大局”。劉文典深知這幫烏合之眾只圖私利，不計國家民族危難，成不了什麼大器，乃仰天長歎曰：“正當日寇侵華，山河破碎，國難深重之時，理應團結抗日，怎能置大敵當前而不顧，搞什麼軍閥混戰？皮之不存，毛將焉附？”遂婉言謝絕，並將重金退回，以明心志。
就在內外交困與感傷中，劉文典心力交瘁，直至一病不起。有好事者為其出主意，謂吸食少許鴉片可以療治心靈之痛。劉依計而行，神情雖有好轉，但漸染鴉片癮而不能自拔，後雖屢有戒意而不能根絕。
1937年七七盧溝橋事變爆發後，北平陷入日軍的鐵蹄之下，劉文典因家庭拖累而未能及時離平轉移長沙，暫時蟄伏下來，在北平北池子騎馬河樓蒙福祿館三號宅院內埋頭研究學問，等待逃脫的時機。隨著華北淪陷區日偽政權的建立，附逆者一時如過江之鯽，並為爭權奪位八仙過海，各顯神通。整個北平氣焰宣騰，濁浪滾滾。時劉文典的四弟劉蘊六（字管廷）也不甘心落後，很快附逆並在冀東日偽政府謀到了一個肥缺。當不知輕重的蘊六滿懷喜悅，興沖沖地回到家中在餐桌上言及此事並露出得意之色時，劉文典大怒，當即摔掉筷子道：“我有病，不與管廷同餐。”霍然起身後又說：“新貴往來雜沓不利於著書，管廷自今日始另擇新居。”毫不客氣地將這位同胞兄弟逐出了家門。
劉蘊六捲起鋪蓋率妻子兒女頗有些怨恨與不服氣地走了，另一位附逆者、原北大同事周作人又找上門來，遊說劉文典到偽教育機構任職。周說“文典兄以一部《淮南鴻列集解》而譽滿學界，如今政府雖偽但教育不可使偽，以你的學問才識，應到'維持會'做事，以維持教育，抵抗奴化。”劉文典強按怒氣，平和婉轉地說：“你有你的道理，但國家民族是大義，氣節不可污，唐代附逆於安祿山的詩人是可悲的，讀書人要愛惜自己的羽毛啊！”
周作人面帶羞愧地低聲道：“請勿視留北諸同仁為李陵，卻當做蘇武看為宜。”言畢，嘴裡嘟嘟囔囔地說著什麼退了出去。之後，又有幾批身份不同的說客分別登門遊說，皆被劉文典嚴詞拒絕。由於劉文典留學日本多年的經歷以及在學界、政壇的聲望，日偽組織始終不願放棄拖其下水的計劃，為逼其就範，索性派日本憲兵持槍闖入劉宅強行搜查，施以顏色。凡劉文典與海外朋友往來的信函一律被查抄，國內友人吳忠信、於右任、邵力子、陳獨秀、胡適等人的來信亦無一倖免。面對翻箱倒櫃，氣焰洶洶的日本憲兵，劉文典以他的倔犟、狷介性格，不知從哪裡翻出一套袈裟穿在身上，做空門高僧狀，端坐椅上昂首抽煙，冷眼斜視，任憑日本“豬頭小隊長”搖晃著信函嗚裡哇啦地質問，劉氏始終以鄙夷譏誚的神態，口吐煙圈，一言不發。一油頭粉面的年輕翻譯官見狀，用標準的北京油子腔兒喝道：“你是留日學生，精通日語，毛驢太君問話，為何不答？”劉文典白了對方一眼，冷冷地道：“我以發夷聲為恥，只有你們這些皇城根底下太監們生就的孫子，才甘當日本人的奴才與胯下走狗！”翻譯官聞聽惱羞成怒，猛地蹦將起來，拉開架勢揮手欲扇劉氏的耳光，卻意外地被日軍“豬頭小隊長”一腳踹了個趔趄，頭撞到牆上差點暈倒，待轉過身來，面露懼色，手摀頭顱齜牙咧嘴地嗚裡哇啦一陣，躲在一邊不再吭聲。
面對越來越險惡的環境，劉文典深知北平不能再留，乃決計盡快設法脫逃，到西南邊陲與清華同事會合。行前，他莊重地寫下了“臣心一片磁針石，不指南方不肯休”的詩句以自勵。
1938年初，劉文典托英國大使館的一位朋友買到了一張船票，獨自一人化裝打扮，悄悄離開北平，轉道天津乘船抵香港、越南海防，輾轉兩個多月進入雲南境。一路顛沛流離，受盡苦楚。當他沿途看到因戰火而造成“公私塗炭”，百感交集，內心發出了“堯都舜壤，興復何期？以此思哀，哀可知矣”的悲鳴。
當年5月22日，劉文典乘滇越火車終於抵達西南聯大文學院所在地——蒙自。此時的劉文典衣衫破爛不整，原本黧黑的臉龐滿面風塵，身體瘦削不堪，手中除了一根棍子和一個破包袱，別無他物，形同一個流浪的乞丐。當他搖晃著茅草一樣輕飄單薄的身子自碧色寨下車，拄著棍子一瘸一拐地步行10公里，一路打聽來到聯大分校駐地，抬眼看到院內旗桿上迎風飄揚的國旗，激情難抑，立即扔掉手中之物，搓拍雙手整理衣衫，莊嚴地向國旗三鞠躬。禮畢抬頭，已是淚流滿面。數日後，劉文典夫人張秋華攜次子劉平章逃出北平，自天津乘郵輪經香港、河內踏入滇境，一家人總算得以團聚。劉文典精心收藏的四大箱文化資料、圖書和手稿，在妻子歷盡艱難險阻攜出後，於香港停留時托劉文典一位學生暫為保管，等待一家在內地落腳後再由香港托運至蒙自或昆明。劉文典一聽，甚感不妙，對夫人大聲斥責道：“這些書稿傾注了我一生的心血，寧肯損失綾羅綢緞，也不該把書留在香港！”在苦苦等待中，劉文典的不祥預感終於成為不幸的事實。 1941年底珍珠港事件發生，香港淪陷，四箱書稿全部被日寇擄去，下落不明，成為終生遺憾。後來劉氏在給學生上課時說道：“我的書籍資料都在逃難中丟失了，就把腦子裡的東西給你們吧！”據劉文典的一位學生鄭千山說抗戰結束後，國民政府行政賠償委員會於1947年11月致函雲大，告知劉文典當年在香港遺失的四箱書籍於東京上野圖書館發現，要求劉填報財產損失報告單及申請歸還表格，然後寄回賠償委員會，由賠委會與相關方面交涉辦理。劉文典聞訊大喜，立即辦理了手續。想不到此後國共內戰越打越烈，國民政府搖搖欲墜，劉氏書籍與手稿交涉事無人予以理會，其他黨派自封的政府與機構又得不到國聯和盟軍司令部承認，此事便告夭折。 1961年，劉文典次子劉平章曾寫信向周恩來總理反映此事，總理辦公室回信稱：“鑑於中日關係未恢復正常，目前暫時不宜提這件事。”
此事無果而終。據悉，雲南省檔案館存有一份日寇侵華時劫走劉文典四箱書籍的檔案材料，劉平章得悉，表示要向日本政府交涉，使這批書籍和手稿重新返回中國云云——當然這都是後來的事了。
卻說抵達蒙自的劉文典經過數日休整，身體、精神明顯好轉，上課之餘，經常與陳寅恪、吳宓等人結伴到郊外散步。一日幾人散步至南湖岸邊，偶遇一滿身泥巴的當地農民在暴打老婆。劉文典平時最恨男尊女卑，不把女人當人看待的男人。見那漢子打得凶狠，激憤不已，走上前去質問為何如此凶悍地毆打一個弱女子。想不到那農民漢子並不解釋，氣勢洶洶地回道：“你管不著！”言畢繼續揮拳飛腳地毆打已倒在地下殺豬般嗷叫、口吐白沫的妻子。劉文典見對方如此刁蠻，大怒，挺身上前指著那漢子的鼻尖大聲罵道：“操你媽，蒙自這塊地盤上還有我管不著的事！”說罷拉開架勢，掄圓了胳膊，狠狠地抽了對方一個響亮的耳光。那漢子遭此重擊，捂臉抬頭望著劉文典那剛正威嚴的神態，很像個有來頭的紳士，聽對方說著北平官話，又自稱在蒙自地盤上沒有他管不著的事，心生怯意，遂低頭弓背溜之乎也。
吳宓與陳寅恪望著這一戲劇性場面，心中竊笑，本想一走了事。想不到現實生活有時比戲劇更加戲劇化，只見那個倒在地上披頭散發，口吐白沫，鼻青臉腫的女人如得神助，忽地立起，由一隻受傷的兔子變成了一隻野性十足的老虎，張牙舞爪地躥將上來，一把拽住劉文典的衣袖，質問為什麼憑白無故打她男人，並騰出一隻手向劉氏的脖子和臉抓撓起來。劉文典頓時被弄得目瞪口呆，不知作何解釋。幸得吳宓和幾個遊湖的男生一齊圍上前來，連拉帶拖將那女人擒住，狼壩不堪的劉文典才趁機灰溜溜地逃脫。此事很快作為笑料在蒙自分校傳開，諸位師生在議論紛紛中表示了不同的看法，有人認為那個男人固然該打，女的更加操蛋，她可能想表白一種說不清的心理，才恩將仇報不惜向劉文典宣戰。對於劉氏的舉動和諸種議論，中文系教授王力卻不以為然，他在一篇叫做《夫婦之間》的隨筆中公然宣稱：“夫婦反目，也是難免的事情。但是，老爺撅嘴三秒鐘，太太揉一會兒眼睛，實在值不得記入起居注。甚至老爺把太太打得遍體鱗傷，太太把老爺擰得周身青紫，有時候卻是增進感情的要素，而勸解的人未必不是傻瓜。莫里哀在《無可奈何的醫生》裡，敘述斯加拿爾打了他的妻子，有一個街坊來勸解，那妻子就對那勸解者說'我高興給他打，你管不著！'真的，打老婆，逼投河，催上吊的男子未必為妻所棄，也未必棄妻；揪丈夫的頭髮，咬丈夫的手腕的女人也未必預備琵琶別抱。”有人謂這篇文章是針對劉文典蒙自南湖勸架受辱而發的感慨，意謂劉氏不諳世故，竟至惹火燒身。看來劉大師確是做了一件老鼠進風箱——兩頭受氣的傻事。
聯大蒙自分校遷往昆明後，劉文典開出了與《文選》等課。生活相對安靜，以及工作上的順利，又讓他找回了在清華園時代的感覺，恃才傲物，狷介不羈與國學大師的名士派頭漸漸流露出來，且一發而不可收拾。此前，劉文典曾公開宣稱整個中國真懂者共兩個半人，一個是莊子本人，一個是自己，另一個是指馬敘倫或馮友蘭，因當時馬、馮二人皆從哲學的角度講。另有一說是指日本某學者，意思是指在中國真正懂者乃他自己一人而已。劉文典如此自誇，並不是信口開河或真的“精神不正常”，的的確確有個三踢兩腳的本事。每當他開講，吳宓等幾位重量級國學教授經常前去聽講，劉文典見了並不打招呼，仍旁若無人地閉目演講，當講到自己認為出彩的節骨眼上，戛然而止，抬頭張目望著教室最後排的吳宓，慢條斯理地問道：“雨僧兄以為如何啊？”吳宓聞聽立即起立，恭恭敬敬地一麵點頭一面回答：“高見甚是，高見甚是！”見此情景，劉文典與學生們都忍不住大笑起來。
如此情形，令劉文典越來越不把一般教授放在眼裡，且極端鄙視現代文學，對搞新文學創作的學者更是輕視，放言“文學創作的能力不能代替真正的學問”。當有學生問劉氏對現代作家巴金作品的看法時，劉文典頗為傲慢地道：“只知把她娘，不知有把妗。”為顯示自己的氣勢，劉還不顧情面地公然大罵在聯大任教的同事沈從文。沈是林徽因“太太客廳”時代的新生代人物，原來只有小學文化水平，曾當過兵、做過苦力，屬於和錢穆一樣靠自學成才的“土包子”學者、作家，後入校教書，但一直沒有西洋與東洋“海龜”的神氣，而現代文學在中國傳統的學術體系中被視為末流，《經》《史》《子》《集》才是學問的大道，故沈從文在校中頗為東西洋大小“海龜”輕視，沈氏在文章中也不斷稱自己為“鄉下人”。
有一次警報響起，日本飛機前來轟炸，眾師生匆忙向野外山中或防空洞奔跑躲避，劉文典夾著一個破包袱於狂奔中，突然發現一青年人衝到了自己前面，定睛一看乃是他平時最瞧不上眼的沈從文，立時火起，一把抓住沈的衣領，喝道：“我跑是為了給學生講，你一個搞新文學的跑什麼跑呵，要跑也應該是'莊子'先跑！”沈從文在聯大由於輩分較低，加之生性靦腆，不太輕易與人較勁兒。此時見瘟神一樣的東洋“海龜”兼“國寶”劉文典氣勢洶洶地逼來，未敢計較，索性一縮脖子掙脫劉的束縛，來了個逃之夭夭。劉氏仍不知趣，在後面繼續嘟囔叫罵，忽見敵機飛臨頭頂，炸彈落下，乃立即收住嘴巴，放開腳步狂奔起來。 ——畢竟炸彈是不管莊子本人還是什麼“海龜”或“國寶”的。
正是由於劉文典對新文學與現代作家的輕視，幾年後當他得知學校當局提拔沈從文由副教授晉升為教授時，勃然大怒，對眾人大叫道：“在西南聯大，陳寅恪才是真正的教授，他該拿400塊錢，我該拿40塊錢，沈從文該拿4塊錢。可我不會給他4毛錢！如果沈從文都是教授，那我是什麼？我不成了太上教授？”
劉文典對沈從文的輕視是否有失公允，仁者見仁，智者見智，但對陳寅恪的評價大概是不差的。許多年後，漸入老境的劉文典在雲南大學對自己弟子張文勳等人經常說起：“我最大的缺點就是驕傲自大，但是並不是在任何人面前都驕傲自大。”劉氏列舉了蔡元培、陳獨秀、胡適、陳寅恪都是自己一生敬重服膺的重量級人物，而對陳寅恪極為尊崇，不敢有半點造次。劉文典公然坦承自己的學問不及陳氏於萬一，並多次向他的學生們說自己對陳氏的人格學問“十二萬分地敬佩”。除了像陳寅恪、胡適之類的大師級人物，一些學術淵博的老教授也同樣得到劉文典內心的尊重，如1934年10月24日，在北平的劉文典進城遇到清華中文系同事、時年50歲的語言文字學家楊樹達，便主動向前打招呼，並告之曰：“近讀《學報》大著，實屬欽佩之至。不佩服者，王八蛋也！”