就在傅斯年電報發出的當晚，梅貽琦抵達昆明，這讓在夾縫中掙扎突圍的傅氏大為驚喜，由此長吁了一口氣。
12月2日，正在北平辦理清華復員事務的梅貽琦接到了促返的電報，因事務纏身，遲至11日才得以飛返重慶，住進上清寺中央研究院招待所。時李濟、梁思成、林徽因等幾人皆由四川李莊來到重慶。李濟是辦理公務，梁陪林于重慶中央醫院治病，在這多事之秋，幾位師友相見自是一番感慨。梅發現“徽因甚瘦弱，但精神猶甚足”。 （南按：此時亦有人傳說林因肺病不治，在重慶一家小旅館裡死去，作家李健吾還專門寫了悼文）安頓之後，梅貽琦趕到教育部向朱家驊匯報北平事宜並聽命，朱對此講述了昆明方面的情況，要其盡快赴昆處理。晚上，朱家驊設便宴為梅貽琦接風洗塵，陪坐的有中央研究院同仁薩本棟、李濟與營造學社的梁思成、林徽因等，席間再次談及昆明學潮，朱得知蔣介石當天下午又萌發了解散西南聯大和雲南大學各校的念頭，因而“似甚緊張”。見此情形，梅貽琦藉著酒勁當面向朱保證，明日即赴昆明，到週末一定爭取復課，倘“本週末不能安定復課，則與其經政府解散，毋寧自請停辦耳”。聯大本來就準備解散復員，只是按原定計劃要在明年春夏之間，現在既然政府為平息學潮強行解散，那就乾脆由校方提出，這是梅貽琦為顧全上下左右各方的面子而出的下策。
12日上午，梅再度與朱家驊晤談後告別，由於當日沒有去昆明的客機，只好搭乘一架貨機於當天晚上8點抵達昆明。梅下機顧不得回家，匆忙“搭公司車至才盛巷，晤孟真、今甫、枚蓀、廉澄，以湯麵一碗作晚餐，且食且談，乃詳知半月以來之經過。十二點後始返寓，家人驚起開門，略話北平情形，一點半睡”。梅在日記中的寥寥幾語，形像生動地勾勒出當天緊張忙碌情形。
12月13日，盧漢在不知梅貽琦已到校的情況下，致函傅斯年和雲南大學校長熊慶來，措辭強硬地指出：“務請約束貴校學生，自明日起，停止一切校外活動。否則此一責任應由校方負之。”
同日上午，梅貽琦先後約見葉企孫、錢端升、馮友蘭、傅斯年、朱經農等人會談，朱進門後說自己剛從盧漢處歸來，重慶密電告盧，有“十五日以後如不復課（蔣）即準備舉動”之語。梅聽後未作表示。談話會結束後，至雲大醫院慰問受傷未癒的學生，隨後又拜訪了盧漢與新上任的昆明警備總司令霍揆彰等軍政大員，對各種情形有了較為詳細的了解。
與梅貽琦的冷靜沉著大為不同的是，傅斯年在接到盧漢措辭強硬的函件與朱經農的報告後，心情又見焦慮，脾氣顯得異常暴燥。由對學生的哀其不幸，演化成了怒其不爭，並懷著對“罷聯”的憤怒與怨恨在致朱家驊電文中稱：“彼等只是以四個棺材拖延日期，似有所待。兩大學當局已明白表示，十七日非一律上課不可，月涵到與談，認為以後我輩當積極行使職權。如近日（仍做）不到，（即）自請解散。”
主意打定，傅與梅聯合起來開始對主張繼續罷課的師生進行夾擊行動。因得到重慶密電，15日是最後期限，故二人在14日緊急召集聯大常委會，確定把復課期限拖到17日。選定這一日期，是因為15日恰逢週末，只有周一的17日才能看出是否復課。此舉既與蔣介石要求不相衝突，又為校方從中周旋延長了時間，同時這個時間正好也是美國總統特使馬歇爾抵達中國的日子。倘學潮即此結束，不啻對馬特使獻上的一個不是禮物的禮物，對國民政府的形象亦分外增添光彩。
有了這一計劃，傅斯年又鼓起信心，經過反复思考琢磨，與梅進行沙盤推演，共同製定了一套攻防戰術。第一步，先由聯大、雲大兩校當局出面發布必須復課之最後期限；第二步，如學生違命不遵，則傅與梅宣布辭職，逼教授會走上前台；第三步，教授會全體出面做學生工作，不成，亦全體辭職，以向學生施壓；第四步，學生若再不聽，則可斷然採取“自我解散”之措施，來個樹倒猢猻散，各奔東西，乾脆又利索地徹底解決問題。
就在傅、梅等人急如星火召開常委會之時，盧漢、霍揆彰聯名於14日上午向蔣介石拍發密電，謂：“處理昆明學潮，職等與朱次長、傅校長等已盡最大努力，期早平息，照常上課，經過情形，曾由職漢以亥元（十二月十三日）密報電詳呈。昨又由漢函雲大、聯大兩校負責，使學生停止一切校外活動，並限校長於十七日復課，如果無效，決遵鈞示為最後之處置，刻已準備待命。”
14日下午5點，梅貽琦特約聞一多談話，想從側面摸清“罷聯”與中共地下組織方面的反應。二人交談後，梅對聞的言行頗為失望，當晚在日記中寫道：“一多實一理想革命家，其見解、言論可以煽動，未必切實際，難免為陰謀者利用耳。”
15日晨，蔣介石侍從室幕僚唐縱奉命電話昆明梅貽琦問學潮情形，“如果不能如期復課，其不上課之學生一律開除，政府無解散學校之名，而貫徹處理學潮之決心”。梅得電後不敢怠慢，迅速與常委會全體召集學生代表在清華辦事處談話，先由梅說明學校規定17日上課之緣由，及屆時不上課後果之嚴重。繼由傅斯年、馮友蘭、潘光旦、陳序經、周炳琳等名重一時的大牌教授發言，強調學生不僅應顧及為死難學生申冤，而且亦應為學校前途著想的道理。會後，耐不住來回拉鋸之痛苦的教育部次長朱經農離昆返渝匯報。
朱家驊為打消傅斯年的焦慮，防其一怒之下作出立即宣布“解散聯大”的下策，在聽完朱經農匯報後，於當日（15日）向傅斯年拍發電報，雲“李事照弟看法，早已不成問題，主席似亦深知其人此次事件，亦知其處理失當，言行不妥，唯因當時不能全昭真相”。但處理李宗黃之事“似不能於復課以前再有舉動”。同時強調，此“亦屬情理之常故”，只要“能按期復課，此後問題均能順利解決，因其他重要各方亦如此看法，並都主張將來李應必去”。又，“此事已與月涵兄言之，日來觀察，更證明李去稍緩，無甚難處，兄可將此意暗示教授以解其憤”。
然而，朱家驊的看法只能是他自己隔衣撓庠，瞎子摸象般琢磨猜測得出的判斷，與蔣介石內心所想，還隔著一個雖有些乾癟但尚鮮活的肚皮，所謂人心隔肚皮是也。在政治鬥爭中，蔣畢竟比朱與傅等輩站得更高，看得更遠，視野更加博大宏闊。他清晰而明了地意識到，無論現在還是將來，在何時何地，共產黨才是他真正的心腹大患。遙想當年，在“九一八”瀋陽事變爆發前的1931年8月22日，蔣介石在南昌發表講話，謂：“倘中國亡於帝國主義，我們還能當亡國奴，尚可苟延殘喘；若亡於共產黨，則縱肯為奴隸亦不可得。”蔣在處理國內一切紛爭的基本立場，從來都是以是否有礙於其統治權威作為衡量的標準。昆明學潮爆發，他斷定肯定是共產黨陰謀所致，因而在處理李宗黃問題上，除了私人交情與當初的許諾，還有一個不便向外人道的隱秘情結，那就是絕不能讓共產黨撈到便宜。
於是，12月15日下午，蔣介石電諭朱家驊，聲稱“此次昆明學潮情形複雜”，責令西南聯大和雲南大學將“其中主謀及領導分子希速查明具報為要”。在國民黨中樞混跡多年的朱家驊自然掂得出這個電諭的分量，遂立即將此電轉發西南聯大和雲南大學，待弄清基本情況後，於當夜電複蔣介石，報告說：“學潮主謀及領導分子，聞各校教授中態度激烈者為聯大教授聞一多、潘光旦、吳晗及雲大教授潘大逵、尚健庵、楚圖南等，整個首要分子名單，已電令各校當局密查具報，除俟查明立即呈報外，謹先電陳。”
就在重慶與昆明之間密電頻傳過程中，遠在延安窯洞的毛澤東，於12月15日為中共中央起草的黨內指示《一九四六年解放區工作的方針》明確指出：“目前我黨一方面堅持解放區自治自衛立場，堅決反對國民黨的進攻，鞏固解放區人民已得的果實；一方面，援助國民黨區域正在發展的民主運動（以昆明罷課為標誌），使反動派陷於孤立，使我黨獲得廣大的同盟者，擴大在我黨影響下的民族民主統一戰線。”自此，中共中央南方局對昆明學潮地下組織者和領導者加強了聯繫與指導。
就在毛澤東文章刊發的同一日，美國總統杜魯門發表對華政策聲明，表示贊成“召開全國主要政黨代表的國民會議，以謀早日解決目前的內爭——以促成中國之統一”。但聲明中說：“自治性的軍隊例如共產黨軍隊那樣的存在，乃與中國政治團結不相符合，且實際上使政治團結不能實現。”這表明美國對華政策的目的，是幫助蔣介石國民黨解除中共的武裝。
12月16日，美國總統特使馬歇爾銜命到達中國“調處”內戰。同日，周恩來率中共代表團吳玉章、葉劍英等人抵達重慶，出席即將召開的全國政治協商會議。仍然是這一天，西南聯大學生自治會召開代表大會討論後，表示拒絕復課要求，並送給梅貽琦一份書面答复：“經代表大會決議，在條件未圓滿解決前不能複課。”——繞了一個大圈，事情還是落到了最初的起點上。
梅、傅等人見此情形，決定實施反制，命人在西南聯大張貼佈告，以強硬的姿態表示，全體師生一律於17日復課。雲南大學80名教授聯名發出《告全體同學書》，勸告學生復課。聞一多等另類派教授感到無限期罷課，可能逼迫蔣介石採取“最後措施”，而教授們對當局解散聯大也憂心忡忡，頗為淒惶，遂有了讓步的念頭。此時中共雲南省地下工委經過醞釀研究，認為“罷課必須適可而止。應修改復課條件，除懲兇一條由聯大教授會提出公訴外，如其他條件得到解決，即可採用停靈復課的辦法，以便鞏固勝利，積蓄力量，爭取全勝”。
據中共聯大地下總支書記袁永熙回憶：“會後我見到聞先生，他見面就問：'你們下一步打算怎麼辦？'還說：'罷課不要拖得太久，過去我們在教授會上說話，多數人都支持，現在會上我們成少數派了。'又說：'教授們從學校利益考慮，都希望早些復課。'我見聞先生這種態度，便將我們開會的情況告訴他。聞先生聽了很高興，說：'這樣好，這樣好！我馬上去告訴梅先生，他是我的老師。'”
當晚，聞一多與梅貽琦進行了晤談，梅在當天的日記中記載道：“飯後九點，光旦偕一多來，一多告學生方面可有轉機。甚喜，即走告孟真。”