爭勝令梅貽琦大失所望的是，事情並不如聞一多、潘光旦所說的那樣有所“轉機”。當他於17日上午10點冒著寒風冷雨，哆嗦著身子與傅斯年同往聯大新校舍察看，竟沒有一個上課的人影。於是，二人在失落中張皇，於心虛中調整。下午3點，梅以懊喪沉鬱的心情約教授會同仁茶話：“報告最近數日經過及本人（與傅）感覺無望，不能不退避賢路之意。”繼梅貽琦之後，傅斯年起身以哀婉的聲調說道：“為學校前途和為學生命運計，在萬般無奈，無所希望中，作為校務負責人，我們只能引咎辭職，別無他法可求之。”說到這裡，淚水不知不覺地順著面頰流了下來。他摘下眼鏡，用手絹不住地擦拭著，欲述而不能語。受梅、傅二人情緒影響，許多教授對學校前途悲觀失望起來，於是紛紛提出辭職。面對此情，向來與聞一多、潘光旦等站在一條線上的張奚若適時地站起來對眾教授道：“何必呢，我們應該盡力地挽留梅、傅二常委，凡是慰留常委的都請站起來。”如此一說，茫然四顧的教授們不得不站起來表示慰留，梅、傅二人也只好半推半就地表示打消辭職之意。
帶有表演性質的茶話會尚未結束，有人提議轉開本年度第六次教授會議，梅、傅二人表示同意，教務長潘光旦等簽名，入會者達88人，由周炳琳任會議主席，聞一多仍以書記員身份負責記錄。會上，圍繞復課與懲兇問題再度展開辯論，以傅斯年為首的大多數教授都主張復課日期再延長三天，諸位應勸導學生於20日一定復課，如介時仍不能複課，則“教授同仁只好辭職”。
針對這項提議，聞一多、潘光旦、錢端升等人則反其道而行之，弄出一個反提議，即“要求政府將李宗黃立即撤職，如不能辦到，則全體辭職”。這個反提議再度將事情繞回過去一直爭論不休的“先復課再懲兇，還是先懲兇再复課”的老路上來。於是兩派之間就這一提議和反提議，你來我往拉鋸式地進行了長達5個多小時的爭吵未分勝負。傅斯年氣喘吁籲，用他那龐大的煙斗不耐煩地敲得桌子“啪啪”亂響，而聞一多則不時地放下記錄的筆桿，手攥比傅氏小一號的煙斗，邊抽邊與傅展開激烈論爭。相互之間越爭越惱火，越論越偏離主題，聞一多在猛吸了一口煙後，對傅斯年大聲道：“這樣，何不到老蔣面前去山呼萬歲！”據當時出席會議的張奚若說，聞一多這是揭傅斯年的舊疤，很少有人知道的。於是，張與其他教授開始勸解，謂“大家爭執，何必重提以前的舊事”云云，意在指責聞一多有些過分。而此時的傅斯年臉漲得比豬肝還要黑一大半，沉默了足有兩分鐘，突然站起小山一樣的軀體振臂高呼“先生們——”略作停頓後，又用一種顫抖的聲音急促地喊道：“有特殊黨派的給我滾出去！”接著又高呼：“布爾什維克給我滾出去！”
面對傅斯年的叫罵與呼喊，聞一多忽地站起，怒氣沖沖地對傅道：“我就是布爾什維克！”意思是你想怎麼著？這一極具挑戰意味的口氣，令傅斯年更加暴躁狂怒，他把大字號煙斗往桌上“砰”地一摔，劇烈的碰撞使煙斗蹦跳著帶動風聲從馮友蘭耳邊擦過，馮氏為之失色。傅斯年復大聲喊道：“你這個布爾什維克給我滾出去！”
這一聲明顯帶有顫音的叫喊，在場者大為震驚，眾人用一種近似陌生的眼光打量著這位當年五四運動學生領袖、北京遊行隊伍總指揮、目前的聯大常委兼北京大學代理校長兼北大文科研究所所長兼中央研究院史語所所長兼國民參政員傅斯年，心中百感交集，大有今昔何昔之慨。當眾人把傅斯年強行按回椅子上，坐在身邊的馮友蘭伸過腦袋，悄悄對傅斯年半開玩笑地說：“你原來也是個學生頭頭，專門跟學校當局鬧彆扭。現在彆扭鬧到你頭上來了，真是'請看剃頭者，人亦剃其頭'。”傅瞥了一眼馮友蘭，鐵青著臉，只顧猛喘粗氣，話已說不出來。
此次會議在無休止的吵鬧中總算熬到結束，最後形成三項決議：大意是：本會代表於明日起召集學生自治會全體代表，勸導學生復課，並聽取其意見。擔任書記員的聞一多在關鍵的第三項中記錄為：“本會認為本星期四應行複課。”會議主席周炳琳在審查中認為該記錄不夠明確，乃改為：“勸導學生時與說明本星期四務必復課，如不肯復課，教授同仁只好辭職。”但又加了一個附加條件：“只要星期四（20日）整天中有一個學生上課，教授就不集體辭職。”
聞一多等人一直吵鬧堅持的那個反提議方案，在本次會議中遭到斷然否決，未能寫入會議記錄。對此，中央社昆明分社於當日發往重慶的電訊稿明確說道，“今下午全體教授會議中，兩常委報告此次經過後，各教授一致堅勸勿辭職，並決議於18日全體教授再勸導學生一次，如在20日不復課，即總辭職。同時亦希望政府早日罷免李宗黃”云云。
教授會在紛亂爭吵中形成的這個決議，依然沒有得到學生自治會代表認可。梅、傅等派出各系主任與大批教授加緊做學生的勸導工作，姚從吾等國民黨聯大支部負責人全力以赴，集結校內黨團力量，或明或暗地對學生進行內部拉攏、分化、瓦解，各派力量皆憋著一股氣進行最後一搏。此時，眼看杜魯門總統已公開宣示對華政策，要求國民黨必須擴大政府基礎，容納國內其他政治勢力，實行民主改革，馬歇爾的專機已在中國落地。對國民黨政府而言，昆明學潮問題已到了必須攤牌的最後關頭。
12月18日上午，盧漢給蔣介石發出特急密電，稱：“對於學潮最後之處置工作，業已就緒。”目前“作最後努力”。並暗喻，如果勸解失敗，即以武力解決之。
刀已出鞘，箭在弦上。
12月18日下午3時，蔣介石給朱家驊發出一封蓋有“中華民國國民政府”紅印的“國民政府代電”。文稱：
教育部朱部長勳鑑。昆明學潮受少數反動學生操縱，遷延反复，妨害全體學生學業甚大，如延至二十日尚有未復課學生，應即一律開除學籍。除電昆明盧主席查照辦理並一面仍準備軍訓辦法候令實施外，希知照並速密知各校當局為要。
中正。 （三十四）亥巧。府軍信。
朱家驊接電後，見蔣介石明令學生復課的最後期限可緩至20日，意識到蔣在極度的忍耐中作出讓步，懸著的一顆心遂稍稍緩解。他把蔣令轉發昆明，特地告誡傅斯年以及盧漢與霍揆彰諸軍政大員，特別強調在“如何與何時執行”蔣令的問題上，務必“妥慎辦理”。言外之意，即使限期已到，也要三思，不可貿然動武，以免重蹈李、關之覆轍。同時，他明確要求聯大和雲大兩校當局“再盡最大之努力，懇切勸導學生即日復課，以重學業，以副期望”。
朱家驊在重慶與昆明間全力調和，傅、梅二人與聯大、雲大的多數教授亦積極運作勸導，學生自治會開始鬆動。中共聯大支部負責人洪德銘找到聞一多，正式委託聞單獨會晤梅貽琦，表示學生會方面的複課條件還可修改，爭取梅打消顧慮站在學生會一邊。聞一多當天晚上單獨面見梅貽琦，並把學生會的條件向梅交了底。心中有數的梅貽琦與傅斯年商定，於19日再度召集教授會，通過了以書面形式勸告學生的決議，同時推馮友蘭、周炳琳等為代表，面見盧漢，請其取消“禁止自由集會”之前令，如果取消此令，學生會減少敵意，事情可得緩解。盧漢聽罷，極其痛快地允諾。政府當局作出了讓步，佈告貼出，學生方面也明顯開始發生了分化。到了最後期限的20日，聯大各系均有學生陸續到教室上課了。
面對這一動態，傅斯年仍心存疑慮，而暗中操縱聯大內部國民黨與三青團的姚從吾卻欣喜異常，興奮起來，他當即發密信以郵代電致重慶的朱家驊，通報這一“振奮人心”的消息。信中寫道：“聯大教授堅持二十日不復課，全體辭職。此點極重要。一、教授辭職，則一切抬棺遊行煽動全國學潮，向美特使馬歇爾示威等，均無意義。上兵伐謀，此最扼要。二、聯大解散，中立學生極恐慌，可使就範。三、二十日為最後關頭，教授會把握堅定，可以消釋少數奸人陰謀，可以鼓勵黨團員，可以扶持中立派。此事孟真持之堅，枚蓀主之力，若能從此復課，此策實為重要關鍵。頃聞已有十分之五學生復課，特先奉聞。”
既然部分學生已開始上課，就意味著事情有了轉機，這一情形，無論是重慶的蔣介石，還是昆明的盧漢與校方，不便再採取其他措施強令全體學生上課，只能靜觀其變，向各自期待的目標進展。其間姚從吾等指揮黨團員加緊活動，對學生實施分化。中共地下黨支持的學生自治會一方也針鋒相對地採取了“反分化”措施，如此一來一往，使得佔大多數的中立派學生進退兩難，事情陷入膠著狀態。如此連拖兩日，局面並沒有大的改觀，上課人數依然不到五分之一，脾氣暴躁的傅斯年又沉不住氣了。
22日下午3時，傅、梅二人再次組織教授會開會，由梅貽琦主持，朱自清等86人參加，商量如何進一步推動復課的問題。各路派系的教授積極獻計獻策，最後以折中的方式形成決議：在17日會議中，曾有人提出政府將李宗黃先給予撤職處分，學生再复課，如不能辦到，則教授全體辭職。這項當時未獲通過的決議，茲補為“從今日起，以兩個月為求此事實現之最大限度”。此決議實際上既照顧了聞一多等人的強硬態度，又默許了傅斯年等人提出的“先復課，再撤職”的主張。對於這項決議，學生自治聯合會方面表示基本滿意，中共地下黨聯大支部與民青組織負責人洪德銘認為，聞一多“確在這裡立了大功”。為表明校方態度，由教授會決議，授權梅貽琦向學生自治會發表書面談話，梅在談話中稱：“本月二十日，本人曾對學生自治會理事會代表面加告誡，對於上課同學不得加以阻攔或採取其他行動。乃近兩日學生會對於上課同學竟採取行動，剝奪同學應得權利，殊屬違背學校紀律，應迅即自行糾正，以後如再有此種行動，本人決將執行學校紀律，嚴予懲處，以維持秩序。”22日晚，梅貽琦在日記中寫道：“下午三點教授會，學生會又有函，報告'罷聯會'對於復課條件再加修改，其意似欲得早日結束者。聞未到會，派壽民暫代。孟真頗示焦躁，蓋已決於明日返渝，校事不過問矣。會散後留週、馮、趙晚飯，草'談話'之二。飯後又隨週、趙訪傅，勸其稍緩返渝，未得諒允。以後只好仍自支撐耳。”此時的傅斯年認為大局已定，自己無須久留，但梅貽琦等人卻頗不情願傅在事情未明確之前過早離開。從梅的日記可以見出，內中透出一股獨木難撐、孤苦無助的蒼涼。
令梅貽琦出乎意料的是，事情正朝著他期望的目標急速進展，並且急轉直下。
21日，馬歇爾由上海飛至南京，與蔣介石舉行了首次會談。處於對國內外輿論壓力和盡快平息學潮的考慮，同時為達到斬草除根的目的，蔣忍痛割愛，電令李宗黃速赴重慶述職，並於23日電告盧漢，對昆明學潮問題應“忍讓為懷，謹慎處理”。
同樣是對馬歇爾已經來到中國“調處”的事實，原來暗中推動學潮的中共一方也迅速改換了原有的方式。中共地下云南省工委書記鄭伯克接到中共中央南方局從重慶發來的緊急密電，指出：“運動已在政治上獲得重大戰果，應改變鬥爭方式，及時復課，以便鞏固勝利，積蓄力量，把民主運動引向深入。”也就是說，此事鬧騰得差不多了，該收攤打烊了。
12月24日，李宗黃捲起鋪蓋，在萬眾聲討中黯然離開昆明飛赴重慶。
同日，聯大常委梅貽琦與雲大校長熊慶來聯合舉行記者招待會，報告“一二·一”慘案真相，明確指出地方黨、政、軍當局“處置大錯”，“應負激成罷課風潮之責任”，並保證學校將根據法律控告殺人兇犯等。國內外報刊紛紛轉載了這一消息。
25日，昆明學生“罷聯”經過討論，一致通過《復課宣言》，聲明為顧全大局，“忍痛抑悲，停靈復課”，昆明各校學生即日復課。至此，持續了一個月的罷課風潮算是暫告一個段落。關於這一事件得以平息的頭功者屬誰，當時美國駐昆明領事館有一份秘密報告：“傅斯年博士至少把局勢控制住了。無論是雲大的熊校長還是聯大的葉企孫代常委都沒有表現出多少主動性。”這個結論不能說全面，但還是較為恰當的。
學潮暫時得以平息，但整個“一二·一”慘案還沒有了結，尚有四具冰冷的屍體還躺在聯大圖書館漆黑的棺材中。而四具黑棺外加一條吊在梁檁上鮮血淋漓的大腿標本，皆由學生自治會掌控。昆明學潮能否再度爆發，四具屍體一條腿到底何去何從？就看兩個月內重慶國民政府對李宗黃的處理結果了。