傅斯年搖晃著肥胖的身軀，喘著粗氣踏進西南聯大大門後的情形，學校“罷聯”內部簡報以答問的形式在題為《關於“一二·一”慘案的談話》中說道：
傅常委歸來後，罷委會交際股即派代表二人前往晉謁。傅常委說：“我是2日下午在重慶聽到同學被屠殺的事情時，曉得非回來不可了。4日在機場等了一上午，到昆明已是下午四點，沒有趕到教授會議。今日上午拜訪了盧主席，下午去看關麟徵，我對他說：'我代表學校當局，對於這次屠殺事件不勝其憤慨，我以前跟你是朋友，現在是站在對立的地位了。'關麟徵說：'那何必，我們還是朋友。'我說：'你殺了同學，比殺了我的兒女還要使我傷心。'關麟徵說：'你怎麼說是我殺了同學呢？'我跟他爭辯了一大頓。”當代表問到傅常委怎樣處理這件事時，傅常委說：“我盡我所有力量，依照教授會議所決定的去做，請你們轉告同學們，請他們信任我和先生們，假如我有一點不站在同學的立場上做，我就對不起自己良心的。”代表出來的時候問：“傅常委是不是要等這事情完全解決了才走呢？”傅常委說：“當然。”
很明顯，傅斯年是挾政府之命，以學校負責人的身份帶著平息事態的重任飛抵昆明的。行前，朱家驊專門請示過蔣介石，蔣認為傅斯年是合適的人選，也會在政府與聯大師生之間周旋，並不至於和其他政客一樣引起知識分子的反感。傅斯年對事件經過稍作了解，便以他的精明和以往處理學潮的經驗，認為必須堅持將學生復課與懲兇事項分別辦理，只有如此，方有處置的可能，這個想法與朱家驊不謀而合。第二天，朱家驊自重慶拍發密電告訴傅斯年並轉馮友蘭、周炳琳和姚從吾，說“學潮若不早息，影響所及實匪淺解”，同時認為“一俟事實明了，兇必嚴懲，弟可保證”。但又站在政府立場上，竭力主張“復課與懲兇似應分別辦理，至復課至關重要”，要求傅斯年等“全力協助，約同其他至友，勸導學生早日上課，最好能俟復課後再來較妥，否則罷課久延或將波及他處，致難收拾”。
12月5日，重慶《新華日報》以《昆明學生流血慘案》為題發表社論，指出：雲南當局“一面在昆明動手，一面在重慶的官辦報紙上已登著皇皇大文，硬指反對內戰的教授和學生都是共產黨所煽動，來作為把他們當做'匪徒'，用美國機關槍來對付的理由。像這樣的周密佈置和輿論配合，那是段祺瑞和宋哲元萬萬及不上的”。與此同時，全國其他報刊相繼刊發文章，矛頭直指國民黨當局，昆明慘案成為重慶大街小巷議論的熱門話題。
當各種說辭傳到蔣介石耳中時，蔣明顯有些不耐煩起來。據唐縱日記12月6日載：“美國務卿貝爾納斯至函安德遜闡明美國在華政策，主張建立一'強大團結民主之中國'，設法協助中國完成國內之團結與穩定，基於機會均等及尊重國家主權原則循正當合法之途徑努力。由此可知馬歇爾元帥使華，其任務在調查蘇聯在遠東之勢力與動態，並將相當修改赫爾利對華之態度，而用各種方法與力量以促成中國之團結與民主運動。”又記：“主座兩次電話詢問昆明學潮情形。主座致盧主席電，謂如不能解決，即應解散其學校，另將學生集訓。”
這則日記透出的信息是，蔣介石的焦急與焦慮不安，與國際大環境有著密切關聯，他極不願因為昆明的血案而在國際政治旋渦中造成被動。但事實上，眼見昆明學潮有蔓延全國之勢，蔣所謂解散學校、集訓學生，也只是一時氣極的瘋話罷了，誠如歷史學家黃仁宇所分析的蔣介石的性格和處世手段：“當歷史已在他蔣介石眼前和手下高速地展開，他無從採取通常合乎情理的方法對付。於是他以直覺作判斷，先以道義為手段，不及則雜之以權宜，多時仁厚，偶爾心狠。被逼不得已則以宗教哲學思想和禦己的紀律堅持下去。”
蔣在處理此次學潮的一系列做法，正應了黃仁宇對其性格的判斷和歸納。蔣採取的措施仍是加緊安撫學生，如下令批准立即槍決陳奇達、劉友沼以表當局態度。這一做法在得不到學生和輿論認可的情形下，蔣介石開始“雜之以權宜”，下令關麟徵停職，著其立即赴渝報告。
關麟徵預感大事不妙，為顧全臉面，於12月7日，向重慶拍發電報自請處分。電雲：委員長蔣：
自昆明學潮發生以來，職深知其中有人操縱，含有政治陰謀，故無時不在戒慎恐懼，本鈞座之意旨，小心防範，以免事態擴大，殃及無辜。而東日（一日）午聯大文法學院與軍官第二總隊之鬥毆及聯大師範學院之慘案，陡然而起，職已竭盡諸種方法，以求補救。緝兇慰撫，凡於職分應盡之事，無不廢寢忘食，竭盡綿薄。今投彈兇手陳奇達、劉友治均已就捕，並於盧主席主持之下，約請各界首長約百餘人公開會審，據供確係受共黨分子薑凱嗾使，凶器亦姜所與，事態已明，學潮理應告一段落。然恐奸人絕不以此為足，仍將利用學生併其生命，以為遂行其陰謀之工具，而職身負治安之責，事前防範未週，以致可愛青年死者四人，傷者十餘，擬請先於撤職，並以法議處，以平奸人之憤，兼慰罹難學生之心，且為失職者戒。謹請鑒核。
職關麟徵叩殘酷的現實與社會各界強烈反響以及傅斯年等人的態度，促使蔣介石不得不作出讓步。決定將關麟徵“明令停職，聽候處分”，由青年軍編練總監霍揆彰中將接替其職。同時撇開李宗黃，正式授權由盧漢出面主持慘案的調查和善後事宜。
12月8日，昆明《中央日報》刊登了關麟徵的自請處分電文，同時發表了蔣介石於7日草就的《告昆明教育界書》。書云：“昆市發生學潮，學生課業中輟，已逾旬日，妨害青年學業，貽誤建國前途，興念及此，痛心無已！我國抗戰八年，犧牲慘重。今勝利甫告實現，復興時機不可複得，正宜同德同心，積極黽勉，進行建國之工作，乃訛言流傳，波及學府，演成如此不幸之事件，此真所謂仇者所快而親者所痛也。……中正愛護青年，不啻自身之子弟，更不忍我純潔之青年學生，有自誤誤國之舉動……”
在說了一通冠冕堂皇的話之後，蔣氏筆鋒一轉，態度頗為強硬且暗含殺機地繼續說道：“中正維護教育，保持紀綱，皆屬責無旁貸。對於此次事件，必當根據是非與法紀，作公平負責之處理，決不有所偏袒，亦不有所姑息。唯我各校教職員對於學校對於國家亦均負有神聖之責任，應導學生於正軌，為社會做表率，切不可任令罷課風潮再有遷延，造成學校與社會無政府無秩序之狀態，以貽國家之羞。目前一切問題必以恢復課業為前提，以正常手續為解決，否則政府縱如何愛護青年，亦不能放棄其維護教育安定秩序之職責。切望我各校當局與教職員諸君，深體此意，對全體學生剴切勸導，務令即日上課，恢復常態，勿負餘諄切之期望，至深企盼！”最後署名是：蔣中正手啟。
深知蔣介石脾氣的朱家驊，已從這封公開書中嗅出了軟中帶硬，且真有解散學校的意味。朱氏深恐學潮擴大會迫使蔣出此下策，故一面請示蔣介石，允派教育部次長朱經農急飛昆明，會同各方處理死傷學生的善後問題，一面向傅斯年等拍發急電，強調：“主席七日文告，對昆市不幸事件指示公平處理，政府已負責處理，我昆市各校即應恢復常態克日復課。務請諸兄會同各校教授同仁對吾青年學子剴切勸勉，應以學業學校為重，而更應以教育前途及國家榮譽為重。吾人職責貴在善後，一切有利善後之意見及辦法，政府無不採納，然一切有違善後及有礙教育事業之舉動，自應擯除。”
朱經農飛抵昆明後，轉交了一封蔣介石致傅斯年親筆信，曰：
孟真先生：
回昆以後，體力如何？賢勞為念。關於處理學潮事，已另致各校教職員一書，想可同時察閱，尚望吾兄為一般友好詳述之。務希共同為國家為青年與為校譽負其職責也。馀托經農次之面達，不贅。
信中所說的“另寄各校教員一書”，即指報紙公開發表的蔣介石《告昆明教育界書》。想來蔣介石怕傅斯年感到突然，以及產生當局對自己處理此次事件不信任的誤會，特寫此函以示慰撫。而信的內容顯然比報上的言辭要溫和得多，這應是蔣在盛怒平息後“以宗教哲學思想和禦己”的策略糾結而成。
傅斯年詳細研究揣摩了蔣介石的心理，覺得事尚可為，而通過在昆明城幾天的內察外調，與師生數度座談，對慘案經過與師生的憤怒心情也了然於心。根據昆明各方面的形勢，傅氏深感懲兇一事必須抓緊，否則夜長夢多，更難收拾。而所謂懲兇並非弄一兩個兵差小卒就可以蒙混過關了事，必須懲治真正的主凶、大凶如李、關、邱等軍政大員，否則事情不會輕易了結。關麟徵辭職後，昆明學界的矛頭又轉向了李宗黃，並響起了去李倒李的呼聲。鑑於此情，12月8日，傅斯年給朱家驊、陳布雷拍發密電，態度鮮明地表達了自己的立場：“此事既由李宗黃、邱清泉等弄糟到此地步，又將關總司令拖入。手榴彈案之內幕，此間各地人士所詳知，包括美國外交記者在內，到處宣騰，只有政府先佔著地步，然後大多數之教授觀念可改。今關總司令既赴渝，李邱二人可否暫時調開？果能如此，教授可發揮甚大之力量，復課有十九把握。縱不能立即復課，教授必對堅持罷課之員生予以道義制裁，下一步無論如何易於辦理。再李宗黃至今仍堅持此次學潮由政府派盧漢來而起，對盧漢及雲南多數人士猛烈攻擊，此公如不暫離昆明，不特學潮無法結束，即大局亦不了。”
朱家驊把傅斯年密電呈報蔣介石，蔣接連要求朱轉告傅斯年速勸學生復課，恢復秩序，壓根不提去李、邱之事。而這個時候的李宗黃又不識或不願顧及主子的苦衷，在昆明依然指手畫腳，態度倨傲，堅不請辭。同時四處放風，把學潮的責任說成是盧漢就任省主席之職和共產黨暗中煽動的結果。礙於自己此前曾向李許下宏願，蔣介石只好對李的所作所為聽而不聞，咬緊牙關，艱難地支撐著地陷一樣從四周集來的巨大壓力，堅持不為此事給李任何處罰。蔣一面繼續暗中請傅斯年等人向昆明學界疏通解釋，要學生們先行複課，再容逐步解決李宗黃問題；一面發狠威脅，宣稱學生若再不復課，將採取最後嚴厲之處置，一律開除學籍。
此時，處於第一線前沿陣地，夾在政府與學生之間的傅斯年，由一隻“稀有的蟋蟀”（羅家倫語）變成了風箱中的老鼠，兩頭受氣，血壓呼呼上躥。但身在其位，又不能抗命不遵，必須隨著風箱中那個雞毛活塞來回抽動而急速地兩頭躥奔，否則就有被擠壓而死的可能。當他搖晃著肥胖的身軀，氣喘如牛地在各校教授和學生會代表間反复奔忙周旋一陣子後，得到的結論仍是李若不去，自己所做的一切努力皆為徒勞。為在夾縫中求生存、圖希望，傅氏經過一番思考，只好暫取“緩兵之計”，以時間換空間，等待柳暗花明的時機。
12月8日，盧漢約集各校教授談話。 9日再約集各校學生代表談話，表示懲兇、撫卹傷亡學生，賠償損失，條件是學生們需先行複課，學生一方略表滿意。但當學生代表們回校敘及談話情形後，卻遭到另一派學生的強烈反對，對方認為學生代表軟弱無能，不應該接受復課，主張改組罷課委員會，並提出了罷免李宗黃，組織聯合政府的要求。
12月9日晚，傅斯年向蔣介石再次拍發密電，頗有和稀泥意味地稱道：“今日勸導四校學生會代表，彼等已允接受鈞座勸諭，早日復課。但時期及喪葬事，明晨由斯年再與彼等細談。”同日，美國、英國等一些國家的媒體報導了昆明慘案情形，並尖銳抨擊美國政府乾涉中國內政，引起了較大的國際反響。
為給傅斯年以援手，同時達到向“罷聯”施壓，逼其就範的目的。 12月10日，昆明《中央日報》發表云南省主席盧漢《告各校同學書》。第一句話就是：“漢不幸，就職之日，即昆明學潮釀成慘案之時。”接著，看似自責，實則在抽李宗黃耳光地說道：“消弭無由，防護無方，雖為時甚暫，諸君諒我，然職責所在，我豈能無愧于心？誰無父母？誰無子女？使我之子女為慘案中之犧牲者，痛心何如？今日之官吏，即昔日之學生。易地而居，憤慨何如？”當抽完了李宗黃耳光，又巧妙地撇清了自己的責任，落得個一身乾淨後，盧氏立即板起黨國大員的面孔，軟硬兼施，勸學生復課，並暗含譏諷地說道：“我蔣主席愛護諸君，有如子弟，昨命漢轉致各大學校長一書，披諸報端，諒在見聞，諄諄以上課恢復常態相期望，並謂學生一言一動，應為社會之模範，亦係國家之命脈，必須明辨是非，認清職責，重視課業，遵守紀綱，勿自誤誤國，為親者所痛，仇者所快。又昭示對於此次事件，必當根據是非與法紀，作公平負責之處置。三讀主席手書，仁愛之懷，溢於言表，此真慈母嚴父，備於一身。蔣主席為中華民國之元首，漢認為每一中華民國之官吏及國民，均有接受服從其命令之義務。”盧漢暗示自己作為地方長官對罷課不能“袖手不問”，在一定時候可能採取斷然措施。最後又說：“憶自抗戰，於茲八年，諸君或轉徙入滇，或負笈晉省，共甘苦者有日矣。漢今日為地方之長官，昔日固諸君之朋友，今各校行將復員，惜別伊爾，為己為國，願諸君採納此一忠告！”
最後幾句，看似纏綿動情，實則暗含更大的玄機秘訣，即有意透露如不復課，當局將解散聯大的口風，以警告學生，挾制在學潮處理問題上趨於中間派的大多數教授，促使其為了自身利益轉向政府一邊。
出乎意料的是，盧漢文告的發表，不但沒有達到平息學潮的目的，相反卻激起了昆明教育界對李宗黃新一輪的仇恨，“誰無父母？誰無子女？使我之子女為慘案中之犧牲者，痛心何如？今日之官吏，即昔日之學生”。這字字血，聲聲淚的述說，無不痛扎著師生的心，激發著對李的憎恨之情。按照盧漢的話推演，那便是：你李宗黃也有父母，也有子女，也是從學生時代度過的。如今做了黨國大員，不為國家人民福祉謀利，竟喪心病狂地拿起屠刀砍向無辜的學生。天理何在？道義何在？國法何在？李若不被嚴懲，何以對天下父母兒女？面對當局對李的庇護，深受刺激的學生們更趨激烈地以去李相要挾，並立下宏心大願，如果李宗黃不去，決不復課。同時一併提出了另外幾條要求，令當局回复。
有研究者認為，盧漢發表此文，真正的目的就在於刺激學生，煽動仇恨，借學生之力向重慶最高當局施壓，以扳倒李宗黃，拔去這顆眼中釘。此說當然有其道理，但如果既掃蕩了李宗黃，又平息了學潮，則是盧漢最願看到的結果。只是學潮未能平息，去李之聲卻高漲起來。面對此局，12月11日，昆明《中央日報》轉發一條中央社訊：
警備總部息：關總司令麟徵以聯大手榴彈案曾向委員長自請懲辦，此次赴渝又堅請予以嚴厲處分，並以此次慘案發生，皆因身負治安之責，事前疏於防範所致，請勿追究其他，所有懲罰，皆願以一身當之雲。
顯然，這是重慶方面最高當局欲保李、邱而採取的政治策略，既然身負治安之責的關總司令都認為慘案與他人無關，並願“以一身當之”，要殺要砍要腰斬，或抽筋剝皮暴屍都願一人承擔，對於李、邱等人又何必非抓住小辮不放，欲扳倒在地或剷除掃蕩之而後快？在昆明的傅斯年看到這條消息，比一般的師生更能領會重慶方面的意圖。不過，他的領會並不透徹，僅限於表面的以平息學潮為大局的現象，至於更深層的內因則沒有去想，或根本無法想到。既然有了關麟徵“一身當之”的公告，傅斯年也只好按這個意圖再度向學生施壓，力圖勸說學生代表降低要求，早日復課。但雙方在討價還價時均火氣甚大，傅斯年以“五四”學生運動領袖、老前輩的派頭自居，感情用事多於理性。但此時“罷聯”的代表也正處於情緒激動中，不把這個陌生的、臉上沁著汗水、喘著粗氣的大塊頭常委放在眼裡，更不買其當年任五四運動北京學生總指揮的舊賬。在聯大學生代表們看來，傅斯年當年那一頁輝煌的歷史已經翻過去了，今非昔比，新的歷史使命與輝煌需要新一代年輕人來承擔和創造。於是，雙方在爭執中發生了意見衝突，傅斯年暴跳如雷，差點躥上去以自己的“體積乘速度”和學生代表來一番對打，幸虧被人拉住方罷，最後的結局當然是不歡而散。事後，傅斯年認為這一切都是因為老妖怪李宗黃所致，盛怒難消中，於11日給朱家驊拍發一封急電，再一次強調“李宗黃如能即去，教授心意可以平”，因為“彼實為主謀主使，去彼則政府佔著地步，罔僅受李之愚而已”。
但是，傅斯年顯然低估了李宗黃多年的政客生涯在國民黨內部形成的影響力，更不清楚此前蔣介石與李氏在雲南人事上的密謀以及蔣對李的許願。 1945年10月5日，唐縱在日記中記載：“現雲南省政府改組業已完畢，均係主席個人獨運匠心，外人鮮有知者。”所謂“鮮有知者”，並不是沒有一個外人知曉，但傅斯年肯定是不知其奧堂之妙的。而已躋身於國民黨中樞，身為黨國大員的朱家驊，在政治舞台的搏殺中，顯然比傅看得更遠更透，並深知各種政治勢力合縱連橫、鉤心鬥角的秘訣要領。此時他雖未必了解蔣與李之間的幕後交易，但顯然從蔣寧肯撤換黃埔一期的嫡系愛將關麟徵，也不肯動李宗黃一根毫毛，且還要關總司令公開聲明“一身當之”的強硬態度這一點，已領悟到其中必有私密和隱情。因而朱以多年官場歷練出的政治敏感和判斷力，於當日回電，明確告知傅斯年說：“李事一時尚難辦到，因此延長必生枝節，務請先行上課，恢復常態，一切俟兄返渝面報主座後似無甚問題。”但“務盼勸導學生即日復課，否則後果莫測，弟亦難負責矣”。
傅斯年接電後陷入了極大痛苦與鬱悶，他不能理解蔣的嫡系、堂堂警備總司令、軍權在握的關麟徵可輕易解決，而一個黨棍惡徒李宗黃為何就不能調離昆明？其中到底有何隱情？李宗黃不走，不僅自己說不服學生，就連教授方面也難有說辭。這一點，朱經農抵昆明的次日就曾明顯地註意到了。他在給朱家驊的電報中說：此次學潮“不僅為教育界問題，亦不僅為共產黨（問題），更有其他方面夾雜在內”，解決起來相當困難。而“目前最大問題即為學生'抬棺遊行'。原擬明日舉行，經孟真設法，已允改至十四日遊行。有無變化，尚不敢說。倘得五天猶豫時間，或可設法將其打消，否則亦當極力避免衝突。此點黨政軍方面已均同意”。因了這樣的情形，傅斯年越發感到事態嚴重，心中焦慮不安。血壓自然也隨之狂長猛躥。
12日，激憤之情有些平息的學生會代表出於對師長的尊重，主動向傅斯年就昨日雙方的不愉快道歉，但又明言幾項要求不能改變。既然學生有此強硬姿態，而李宗黃又不能去，傅斯年再度陷入兩塊巨大夾板之中而無一絲出路的焦慮、失落與惶恐中。在反復權衡後，傅認為集中精力推倒李宗黃這塊風刮不進、雨潑不透的鐵板，是最為急需和關鍵的一招，否則皆無出路。主意打定，傅斯年狠下心來，於12日干脆發出一封經朱家驊轉呈蔣介石的特急密電，電中先是對自己未能盡到復課之責表示“負罪極深”，接著明確、強硬地指出：“教授對李宗黃極度憤恨”，希望蔣速下去李之決心。據朱家驊檔案顯示，傅斯年的這封電報，當天便由朱轉給了蔣介石，但蔣仍猶豫不決。