就在雲南軍政大員表演性地“公審”投彈罪犯時，4日上午9時，代梅貽琦主持校務的葉企孫在清華辦事處召集聯大教授會，就學潮問題進行討論。會議主席由葉企孫擔任，中文系教授聞一多以書記員身份負責記錄。教授們圍繞學潮是息事寧人地盡快結束，還是添油加醋地繼續擴大等問題激烈辯論。以聞一多、潘光旦、吳晗等為代表的一派教授力主擴大學潮，與當局爭勝，鬧他個人仰馬翻，天地變色。而以三青團負責人姚從吾為代表的另一派教授，表示強烈反對，力主盡快結束學潮，恢復校園秩序。兩派的主張分別都有共產黨與國民黨的政治背景支撐，因而整個教授會議實際演變成了國共兩黨安插在聯大的代表在較勁、談判。雙方你來我往，唇槍舌劍，各不相讓，最後出現了“空氣緊張，且幾瀕分裂”的局面。
關於三青團與中共力量對西南聯大的滲透並形成氣候的具體時間，據可考的資料顯示，源於1938年。這年的7月9日，三民主義青年團在重慶成立，蔣介石任團長，陳誠為書記長。 9月底，國民黨西南聯大直屬區黨部及三民主義青年團西南聯大分團部籌備處成立，由歷史系教授姚從吾任籌備處主任。未久，姚從吾任直屬區黨部書記長，教育系主任陳雪屏任青年團分團部主任。為了加強隊伍建設和發揮作用。姚、陳二人領導的黨、團部門，分別在聯大師範學院設有專門辦公室，三青團還在新校舍佈置一間“中正室”，陳列《中央周刊》《文藝先鋒》等雜誌，每天午後開放，同時出版《青年》壁報，發表與學生社團群社主辦的《群聲》《臘月》等壁報，以及其他壁報針鋒相對的言論。也就在這年的10月，中共西南聯大地下臨時支部成立。 1939年春，中共雲南省工委批准中共西南聯大地下黨支部委員會正式成立並開始活動。
隨著兩派性質不同，主義不同的黨團隊伍在聯大崛起，往日純粹的學術氛圍被打破，越來越濃厚的政治空氣籠罩了整個校園。兩股勢力明爭暗鬥，長此消彼，直至鬧到難解難分的膠著狀態。而這兩股政治力量的叫板爭雄，不但為西南聯大的學潮再度興起與寂滅起著至關重要的影響，也為震驚中外的“一二·一”血案埋下了伏筆。
據聞一多長孫聞黎明編撰的《聞一多年譜長編》說，當昆明學生聯合會決定於12月25日晚舉辦演講會時，曾事先邀請過聞一多、吳晗等當時被看做激進派或稱為“左派”的教授出席。中共雲南地下黨組織聞訊，派人指示聞、吳二人：“為了擴大影響和個人安全，要適當減少公開出面，而在下面多做工作，要注意團結爭取大多數，盡可能推動更多的人站出來說話，這樣對鬥爭有利”云云。聞、吳聽從了這個指示，當晚沒有參加演講（南按：唐縱日記列舉名單中有聞一多）。但當云南大學迫於壓力不借給會堂，演講會即將無果而終時，聞一多力主改在聯大操場進行，並最終促成了此事。
時與聞一多、潘光旦、吳晗等一派教授聯繫的神秘人物，是一位叫洪德銘的西南聯合大學二年級學生。此人乃湖南臨澧縣人，早年加入共產黨並出任過新四軍某團政治處副主任，蔣介石下令摧毀新四軍大本營的皖南事變發生時，洪氏因重傷被俘，後成功脫險。 1944年，洪考入西南聯大，創建民主青年同盟，為西南聯大地下黨的主要負責人，受中共南方局昆明方面的負責人華崗和地下云南省工委直接領導。後來中共在聯大成立了黨總支和下屬兩個支部，由袁永熙出任總支書記（南按：1947年，袁與陳布雷之女陳璉結婚），洪德銘、馬識途分別出任支部書記，暗中發展學生，反對國民黨在校內的統治。聞一多、吳晗等一派教授在政治方面主動向中共靠攏，並無條件地聽從袁、洪等幾位中共地下黨員學生的直接指揮調遣。據洪德銘回憶：“慘案當天晚上深夜，我把工作安排好後，到吳晗、聞一多處碰頭，三人一見面就情不自禁地淚流滿面地哽咽起來。接著在一起交換情況，商量工作。聞、吳先生說教授會的工作、民盟的配合、文化教育界的發動，由他二人負責，每天他二人向我介紹情況。民青、罷聯有什麼意見要求，可以委託他二人辦理（南按：按中共指示，洪還負責分管罷聯工作）。我按照黨的指示，把我們如何擴大、堅持鬥爭的部署向他二人作了匯報，他二人表示完全同意，全力支持。聞先生還說：'大事不先和民青商量，決不隨便向外表態。'”與聞一多等人針鋒相對的派系，是以聯大歷史系主任姚從吾為首的國民黨右翼集團骨幹分子。儘管姚氏面貌長相似一河南農民老粗，卻如傅斯年所說“外似忠厚，實多忌猜”，同時更有陳寅恪指斥“愚而詐”的特性。就是這樣一位貌不驚人、土里巴地的人物，可能受幼年所在地理環境影響熏陶，像他的很多同鄉一樣對政治和政客生活備感興趣，並竭盡投機鑽營之能事。 1940年，傅斯年在給胡適的信中提到的“只有從吾胡鬧。此人近辦青年團，自以為得意……我真不能忍耐，即與之絕交”等，指的就是此人。儘管傅對姚的所作所為很不感冒，但姚還是得意洋洋地干了下去，將青年團辦得有聲有色，很受國民黨省黨部及上層的重視。初涉政治的姚從吾見辦團已有所斬獲，又開始熱火朝天地負責組建西南聯大國民黨黨部，在政治上大有衝出聯大扶搖直上之勢。
當11月27日學潮爆發後，姚就開始以西南聯大國民黨與三青團組織總負責人的名義，致快件向教育部長朱家驊匯報昆明學潮發生情況和他所採取的對策。內中說，“據團中同志言：中立派簽名者至廿七日已有八九百人”。按姚當時的觀察分析，只要不再發生過分刺激學生的情況，事情仍有可為。因此頗有點遠見地認為：“應與辭修（南按：即陳誠）部長即電關、邱諸同志與王政（南按：即云南省教育廳廳長）同誌及大學團部負責人切實聯繫，將'結束罷課'與'防遏反動'分開，以政治為主，軍隊彈壓為副，萬勿隨意行動。隨意刺激群眾，無益實際，徒增困難。簡言之，不妨及治安者，軍人切勿干涉。”又說：“聯大事除與學校負責人接觸指示之外，應再專函週枚蓀（南按：周炳琳）、張奚若，請二先生貢獻意見，協同處理。因枚蓀實具有若干鎮壓能力，張先生尚得學生信仰。至於端升，壞事有餘，易受利用。又CP（南按：共產黨英文縮寫）為孤注一擲計，自必竭力搗亂，此次壓下去或即可永久相安也。”
令姚從吾大失所望的是，地方軍政大員並沒有按他這位自號南陽諸葛孔明的“深謀遠慮”行事，他提出的警告可能還沒有到達朱家驊手中，慘案不期而至，這一切不能不使姚等聯大黨團人員備感沮喪與不滿。儘管如此，姚從吾還是從維護當局利益出發，竭力阻止學潮蔓延擴大。從事件發生前後他給朱家驊等人的一系列信函中，可以清楚地看出姚的政治傾向和當時大學內部國民黨組織應對態度的脈絡。
與姚氏的舉措相反的是，根據中共地下黨組織指示，聞一多等人卻要使罷課鬥爭擴大和持續下去。於是，在12月2日由葉企孫主持的教授會上，聞一多不但贊成學生罷課，還力主全體教授罷教，以聲援學生的示威遊行。這一提議受到了姚從吾等人的強烈抵制，最後以“罷教問題延緩討論”進行了否決。此舉令聞一多大為不快，雙方都窩著一股心火，並在背後積蓄力量，準備再戰。
在4日召開的教授會上，聞一多、潘光旦、吳晗等人舊事重提，力主全體聯大教授以罷課聲援學潮，給當局施加壓力。此舉同樣遭到了以姚從吾為首的國民黨籍部分教授的強力阻擊。就當時的情況而言，由於教授們所處環境關係，絕大多數人明顯地既不贊成蔣介石不問青紅皂白的嚴厲處置措施，更不贊同李宗黃、關麟徵等人所採取的暴力行動。他們認為學校可以暫時停課，但不能按聞一多等人的意見宣布罷教，理由是大學畢竟是大學，是做學問和傳播、發展學問的地方，不是古羅馬鬥獸場，也不是黨派政治爭鬥的風水寶地與戰略據點或什麼所謂“堡壘”。經過長達6小時的唇槍舌劍，雙方不分勝負，討論仍無結果。聯大國民黨籍教授為數眾多，但在對待學潮處置上又有明顯分歧。一派是強烈反共分子，故認定學潮的發生是中共暗中挑撥或煽動的結果，主張分化學生，孤立“另類”分子，使其無機可乘。另一派總體上站在國民政府一邊，因對國民黨恨鐵不成鋼，故對學生抱以一定的同情，相信學潮發生根源在於地方當局專橫與野蠻，中共摻雜其間搗亂鼓動，亦不過乘機利用而已，因而不主張用激烈的方式與當局對抗。鑑於各大小派系互不相讓和自以為是的強硬態度，最後由會議主席葉企孫提議，以投票方式決定勝負。結果是當日入會者共82人，贊成停課者61票，主張罷教者僅19票。最後會議形成的決議是：自即日起本校停課七天，對死難學生表示哀悼，對受傷師生表示慰問，並對地方當局不法之橫暴措施表示抗議。
這一決議，意味著聞一多等人在罷教問題上連戰連敗，而姚從吾等人總算有驚無險，最後取得了勝利。對此，姚氏沾沾自喜，其興奮之情從他於當月11日給正在北平辦理北大復員事務的聯大教育系主任、國民黨三青團中央直屬西南聯大分團部主任陳雪屏，以及聯大總務長、歷史系教授鄭天挺的信中可以得見。信曰：
雪屏兄：
毅生多方面希望的“聯大亂子”，十一月二十五日，突然實現了，痛心之至！詳情非十紙不能詳。茲先述個輪廓，以慰盼望。二十五日學生召開時事座談會，請的人有端升、啟元、西孟、一多、費孝通等。並推西孟為指導，啟元為主講，用意有二，其一在表現力量，冀在後方搗亂，牽制駐軍北調，完成C。 P。割據東北的陰謀。其二在改變同學的觀點，企圖繼續把持學生會（自大公報質中共一文發表，整個形勢實有轉變之可能）。
二十五日下午，華熾曾參加警備司令部召開的聯席會。他回來說，他們主張嚴厲干涉。我即去找西孟，西孟當晚即未出席，晚九時突聞槍聲，華熾說：“糟了！希望不在聯大！”那知道真的就是在聯大，次日即罷課了。當時同學與教授都很激憤，我們對罷課，不但不能挽救，且只有隨聲擁護。二十六日，程陶、高乃欣、張錫芝等來了。決定採用分化方略，只將第二項要求，美國撤兵下加上“蘇聯不干涉中國內政”九字，以瞻全校的反應。分頭活動，冀有收穫。至二十七日上午，簽名贊同者已有九百六十餘人。下午開大會討論，因為組織不嚴密，被搗亂者破壞了。但中立分子的勢力，仍在增加。學校也決議用全體大會的名義，勸告大家上課。更不幸在這個當兒，李宗黃、關麟徵（熱心有餘，見識太差！）邱清泉諸公又組織了一個反罷課委員會（由支團與黨部等主持，以第五軍為後盾），與學生撕打。到了十二月一日，竟打入學校（新校舍、師院、工學院、雲大），投擲手榴彈，搗亂者希望的慘案，他們竟代人家造成了！從一日起，不管事的學生也起來了，助教、教員，聯合附中的教員，組織了一個講師、助教聯合會，也參加活動。六個棺材停放在圖書館內，一方面進行募捐（刻已達七百餘萬元，龍夫人捐五十萬），一方面鋪張祭吊，一方面四出講演，鬧得人心惶惶，秩序紊亂。幸而教授會於四日全體決議，否決罷教，改為停課七日，算是教授站在政府的方面，學生的氣焰，才算稍稍好轉了（四日自九時開會，到下午三時始散，出席八十二人，贊成停課者六十一票，贊成罷教者十九票。決議案原文：一、停課七日，對死亡同學表示哀悼，對受傷教授同學表示慰問，對地方當局橫暴措置表示抗議。二、繼續勸導學生上課。三、組織法律委員會，進行懲兇等控告）。教授會精彩緊張，可謂空前。一多自稱反對政府。枚蓀發言也力量大增，幾乎受全場支持。端升表現的最糟。奚若仍是罵人老套。他們竟真的把枚蓀烘托成正義派了。
……罷課風潮起後，我代華熾草一代電，報告中央團部，同時指揮程陶諸人，進行分化工作。
慘案發生後，即與華熾命令同志停止活動，程、孫、張十餘人主張取消分團，改為秘密活動，以圖有所挽救。蔡麟筆行為相當荒謬，已與華熾特加告誡。高雲裳與週紳率領參加，被指為禍首。事後，黨推團，團推黨，醜態百出，可笑極了！邱清泉異常自是。我同老鄭倆留德關係，再三勸阻他，全然無效。他的義憤是可佩服的（他們說，學生貼標語，讓兵士回家，讓老百姓不納糧，共黨扒鐵路，阻止杜司令接收東北，不是造反而何？我們有阻止或製裁的義務！我們不能聽他們這樣胡鬧！）。但是打死了中立的學生，不是正中敵人的奸計麼？這一點他們不知道。風潮的擴大，全是由於軍人的盲目洩憤，風潮若能解決，則全賴總裁的英斷。所謂黨與團也者，就雲南而言，指揮既不統一，見識又甚卑陋，實在沒有政黨的組織，也沒有政治鬥爭的能力。就這次學潮而說，C。 P。可能完全勝利了！弟身經目睹，不勝氣憤！華熾與我打算特別與倪文亞一談，作一詳盡的檢討，從此真的要任何事都不過問了！
這次風潮太離奇了。若能就此而止，保持了三校，則教授會的態度，實是一個重要的關鍵。教授會無形中分成兩個系統。一是國民黨左翼，以枚蓀、西孟、自昭為代表。一是C。 P。 ，以一多為代表（一多不是C。P。，但他站在最左的一邊，公然反對政府，又說是可以指揮學生會）。吳辰伯只能引起大家的反感，而實毫無能力（比方，他說：“人被打死了，我們再不行動就不是人！”但是同時就有人說，自己不犧牲，專讓青年去犧牲，那才真的不是人呢！）。同事中百分之八十，雖不言，辨別是非則至精。一多在開會前到處遊說罷教，結果61對19票。他應該恍然大悟了（他的奔走自然也不是毫無結果的。劉晉年舉手贊成罷教，即說，他們太慘了，太難看了！我只得幫他們一票！又大公報說停課為罷教，或許有人搗鬼，已去函更正）。
就在姚從吾寫這封信的時候，國內外政治形勢又發生新的轉折，西南聯大學潮由國內事務漸漸演化成世界矚目的熱點並危及美國對華政策。
11月27日，美國白宮宣布前陸軍參謀總長馬歇爾繼赫爾利為駐華大使，並將以杜魯門總統特使地位赴華，領大使銜，藉此執行特別任務。這個任命意味著此前調處國共衝突不利的赫爾利將要灰頭土臉地屎殼郎搬家——滾蛋，由素以強勢手腕著稱的老將馬歇爾親自出馬赴中國斡旋，以此完成白宮寄望的“國共團結”大任。赫爾利與馬歇爾的顛倒沉浮，使中國的政治情勢變得更加嚴重和撲朔迷離。自感在國共調處中沒有功勞也有苦勞，沒有苦勞也有疲勞的赫爾利，認為在美國駐華使館的五位外交人員——艾其森、謝偉恩、戴維斯、傅瑞門、林華德，或明或暗地支持中共反抗中央政府蔣主席，從而壞了他的對華施政方針——羅斯福政策（南按：赫爾利曾於12月7日在美參議會報告中公開責備其五人）。但這五人的辯解和輿論的報導是，他們同情共產黨而厭惡國民政府，但所厭惡的是內政和人事腐敗，並不是蔣介石本人。
面對美國政壇吵吵鬧鬧與中外媒體對國民黨內政與腐敗的指責，國民黨高層一邊忙於應付掩飾，一面準備各種指責中共的說辭，力謀改善外界對政府和官吏的看法。想不到在這個關鍵時刻，平地響手雷，昆明慘案爆發，進一步惡化了國民黨在國際上已極其糟糕的形象。蔣介石聞訊自是大為懊惱，急圖迅速滅火，以平息國內外輿論和批評指責之聲。但是，昆明各校學生和教師並不接受雲南當局的解釋和處置，成立了“昆明各校聯合罷課委員會”，發表了《罷課宣言》以“嚴懲兇手，撤辦慘案主使人”與當局抗爭。面對血淋淋的四具屍體、一條腿和洶洶輿論，李宗黃、關麟徵、邱清泉等被迫收手，不敢進一步採取暴力行動。學生們不僅繼續罷課，而且擁上街頭進行抗議宣傳活動，並與全國各地高校遙相呼應，聲勢越來越大。在重慶的蔣介石把教育部長朱家驊找來，狠狠地罵了一頓“娘希匹”之類的咒語，令其立即設法平息事端，否則嚴懲不貸。朱家驊多年從事教育，他本人就是由教授起家的政客，且在從政後一直與教授們保持了良好的關係，對學校內情自是比蔣介石了解得清楚。因此，慘案一發生，他就相信，共產黨的作用尚在其次，地方當局過激反應是關鍵，此事就壞在地方軍政大員手中。因了這樣的事實，朱家驊深知此事處理絕非易事，但又不能迴避，頗有兩姑之間難做婦的意味。受命後，朱急忙找到在重慶正準備赴北平處理北大事務的傅斯年，令其速乘機趕赴昆明進行調處，以平息洶湧狂漲的學潮。同時拍發電報至北平，催促正在接收清華校產的梅貽琦速返重慶面授機宜。傅斯年得令亦覺事關重大，不敢怠慢，於12月4日下午乘機抵達昆明。