正是昆明的艱難生活與困苦處境，最終導致蔣夢麟的思想和人生觀發生了大的嬗變。北京大學校長在士林中吵吵嚷嚷，看上去熱鬧風光，但說到底還屬儒生、寒士一個。按照古代對社會各階層的劃分，在三教九流中，儒生列入九流之“中流”階層。到了元朝，政府按人們所從事的職業，把被征服的臣民劃分為十個等級即“十流”：一官、二吏、三僧、四道、五醫、六工、七匠、八娼、九儒、十丐。此時的儒生已經成為地地道道的“臭老九”，位列娼妓之後，連一個妓女的地位都不如（南按：再後來的“文革”期間，“臭老九”們多數成了反革命分子而被送進大獄，享受起老虎凳與辣椒湯的待遇了），與乞丐成了門對門、眼對眼的親兄弟。作為一個大學的校長，幾近一個丐幫幫主，並無真正的地位和風光可言，其落魄之狀在戰時的昆明尤為明顯。 1943年12月，在昆明的蔣夢麟利用鑽防空洞的時間，以英文撰寫完成了自傳體回憶錄《西潮》一書。在寫作間隙，他曾寫信給正在美國任大使的胡適，希望對方能幫忙校正一下其中的錯誤。在談到自己不用中文而用英文寫作時，表面上的理由是在防空洞光線不足的情況下，使用英文寫出的字較易辨識，但內在的動機還是為了在美國出版方便。此時蔣的5個子女都在學校讀書，開銷頗大，一切全靠自己與妻子微薄的收入艱難支撐，因而在請胡適校正的同時，也希望對方設法幫忙在美國尋找出版商盡快出版，以便“能賺點稿費養家糊口”。蔣認為在當時的貧困處境下，“如能摸幾文錢，使全家的靈魂不與體魄分離，已是意外的收穫了”。身為國立北京大學校長，竟困窘至此，確也是令人扼腕太息。
與西南聯大教授包括蔣夢麟、梅貽琦等校長級的人物生活條件形成鮮明對比的是，在抗戰的大後方，同時存在著“朱門酒肉臭”的現象。身為名牌大學校長，有時總不免要參加一些官場、豪門的聚會，這些聚會的場面以及宴會的奢侈程度，蔣夢麟沒有留下太多的記錄，但從梅貽琦日記中可以尋出一些線索。如1941年10月13日，梅在日記中寫道：
晚曾養甫請客在其辦公處（太和坊三號），主客為俞部長，外有蔣夫婦、金夫婦及路局數君。菜味有烤乳豬、海參、魚翅；酒有Brandy、Whisky；煙有StateExpress。飲食之餘，不禁內愧。
曾養甫乃廣東平遠人，北洋大學畢業後留學美國，歸國後曾任廣州特別市市長、廣東財政廳廳長等職，1934年發起興建錢塘江大橋，並對主持修建大橋的茅以升助力甚多。時任交通部滇緬鐵路督辦公署督辦。日記中提到的蔣夫婦，即蔣夢麟與陶曾榖。面對如此豐盛的酒肴，梅貽琦在深感“內愧”的同時，不知蔣氏夫婦作何感想，想來應該感覺很爽的吧，至少陶曾榖的心中是會有這種感覺的。
1943年1月27日，梅貽琦日記載：
晚赴李希堯夫婦飯約，主客為美國各部高級武官，男女客共四五十人，酒肴均甚豐盛，或太費矣。
1945年10月31日，梅貽琦又記：
下午在常委會之前約孟真來談關於兩校復員問題。七點前會散，赴段克昌（曉峰）飯約，因其請帖未書“夫人”，故餘自往。他客為衛夫婦、梁華盛夫婦、關太太、邱太太。菜甚好，金錢魚、北風菌、鹿筋、熊掌等羅列滿前，惜太多，不能盡賞耳。
段克昌時為陸軍軍需監（後為總監），其職屬典型的肥差，從菜餚中罕見的鹿筋、熊掌即可見差使之肥。這個宴會也正應了當時流行的一句話“前方吃緊，後方緊吃”，且奢侈得讓客人眼花繚亂，以至到了“不能盡賞”的程度。這一情形正應了聯大教授王力所言：“路有凍死骨的反面是朱門酒肉臭。用不著研究經濟學，大家都能明白，朱門的酒肉越臭，路上的凍死骨越多。”甚也。
然而，這些宴會只是表面上奢華的一面，至於高官大員們貪污受賄，中飽私囊更是驚世駭俗。 1945年，蔣夢麟的本家兼好友、原清華名教授，後為行政院政務處長蔣廷黻調任救濟總署署長，其奢華與氣派程度從他的侄子，自小跟隨蔣廷黻長大的蔣濟南後來在《人民日報》發表的《致蔣廷黻的一封公開信》中可見一斑。蔣濟南說：“救濟總署黑幕重重，如以汽車送人，大批冰箱被宋子文拿到私人公館去了，救濟物資，好的賣了吃了。壞的一部分丟到海裡（丟到海裡也有好的，後來又有人控訴），以一部分給了老百姓。你到湖南去時，餘籍傳（湖南分署長）準備了好久，要'歡迎'你，花了二千萬（當時相當於十部大新卡車的價）。國民黨政府貪污案件處處有，而以救濟總署最甚，美國人也在內。芝麻大的官也有一大幢房子，一部汽車。你看看，福州路一百二十號停了多少汽車？建國西路五百七十號房子，是汪精衛的'公館'，你接過來大加修飾，住的人經常只有六七人，可是工友卻有二十餘人之多，汽車一叫，工友們便一哄而出來排隊迎接！”此時蔣廷黻的派頭與收受的金錢，已遠遠超過了當年蔣夢麟在家鄉看到學台所開動的“載著官吏和陋規禮金的小型艦隊”。儘管蔣夢麟沒有親眼看到蔣廷黻衣錦還鄉的宏大豪華場面和私底下收受的賄賂，但類似現象滿目皆是，蔣夢麟不會陌生。閃光耀眼的金錢、寬敞明亮洋房，外加香車、美女，所有這一切，都是刺激蔣夢麟心肺的原料與活生生的榜樣，那種蟄伏在童年記憶中“大丈夫當如是也”的感觸再次從心底萌生，於是便有了在人生的晚年棄學從政，在夕陽沉墜的最後一刻伸手撈一把的夢想。而這一切，也正是其夫人陶曾榖所日夜渴盼的幸福生活。
除了生活貧困造成的壓力，以及在這種高壓下分娩的在人生晚境大撈一把的夢想，在蔣的心中還有一個無法繞開的情結，那便是對學潮的恐懼與厭惡。隨著抗戰勝利的來臨，蔣夢麟憑著十幾年執掌北大的經驗與深刻洞見，深感西南聯大亂像已生，無法扼制的學潮大風暴即將到來，身心俱疲的他再也沒有精力和心境捲入這場前途未卜的政治運動了。
1919年，當震動全國的五四運動爆發後，蔡元培為防事態進一步擴大，在營救出被當局逮捕的學生後辭職悄然離京，自天津、上海一路跑到杭州，在一位朋友家中隱居下來。未久，當時正在南方的蔣夢麟於西湖邊一座住宅秘室與蔡元培會晤，蔡向蔣坦陳了自己對北大未來的擔憂，認為自此之後北大的校規校紀將分崩離析，主校者很難維持局面——因為學生們很可能為此次取得的勝利而陶醉，“他們既然嚐到了權力的滋味，以後的慾望將更加強烈，也更難滿足”。如此下去，後果不敢想像。也正是這次秘密會晤，促使蔣夢麟鼓起勇氣，與前來勸駕的學生會代表張國燾一起，乘火車前往北大代理了蔡元培的校長職務，這是蔣夢麟正式介入北大高級領導層，也是結識傅斯年、羅家倫等五四運動健將之始。主校後，蔣與胡適等教授們接觸並交談時勢，對方同樣表現出與蔡元培一樣的憂慮。
擔憂很快變成了現實，北大學生在“五四”小胜之後，果然為其成功陶醉得忘乎所以。蔣夢麟驚奇地發現，“學校裡的學生竟然取代了學校當局聘請或解聘教員的權力。如果所求不遂，他們就罷課鬧事。教員如果考試嚴格或者贊成考試嚴格一點的紀律，學生就馬上罷課反對他們。他們要求學校津貼春假中的旅行費用，要求津貼學生的活動經費，要求免費發給講義。總之，他們向學校予取予求，但是從來不考慮對學校的義務。他們沉醉於權力，自私到極點。有人一提到'校規'，他們就會瞪起眼睛，撅起嘴巴，咬牙切齒，隨時準備揍人”。這一情形到蔡元培於同年9月重返北大執掌校柄後都未改變。 1922年10月，北大教授評議會通過一項辦法，規定學生必須繳講義費，此舉令部分學生大怒，馬上揭竿而起，糾集一干人馬氣勢喧騰地來到辦公樓前示威，要求學校當局立即取消這一規定。蔡元培聞訊趕到現場，告訴示威的學生必須服從學校規則，但在勝利中被權力和慾望膨脹起來的學生，已不再把這位使舊北大脫胎換骨為新式的“北大之父”放在眼裡，繼續高喊口號並張牙舞爪地擁進教室和辦公室，四處尋找主張這條“可惡規定”的人算賬，誓要砸爛他的“狗頭”。蔡元培見對方如此囂張，竟然蹬著自己的鼻子上臉，遂一改往日溫文爾雅的面目，怒目圓睜，一邊把袖子高高地捲到肘子之上，一邊搖擺著拳頭，神色俱厲地大叫道：“你們這班懦夫，有膽的就請站出來與我決鬥。如果你們哪一個敢碰一碰教員，我就揍他！”
蔡元培向示威的學生逼近幾步，對方就後退幾步，但始終圍成一個半圓形，如同群狼圍攻猛虎，躍躍欲試又不敢強攻，雙方陷入難分難解的僵局。在這尷尬情形中，幸得北大教務長顧孟余聞訊出面表示延期收費，緊張的局面方得緩和。 ——當然，學生們明白，所謂延期即是取消，示威者再度取得了“勝利”。這件事給蔣夢麟留下了深刻的印象，並清晰地記住了在此次紛亂中有一個高個子青年，一直躲在人群背後暗中鼓動學生們高聲叫罵。後來學校開除了幾個鬧得最兇的學生，但這位鬼頭鬼腦的青年卻成了漏網之魚，毫髮未損。多少年後，蔣夢麟在一個偶然的場合發現了他，此人已成為手腕圓滑的政客，而且還是一個心黑手辣的貪官。據說此人抗戰勝利不久即死去，空留下了一大堆造孽錢。對此，蔣夢麟得出一個結論，即生活中那些總是鬼頭鬼腦的傢伙，多半會成為社會的渣滓與不良分子。
當蔣夢麟正式執掌北大之後，學潮越來越兇，並出現了針對他本人的風潮。這個風潮的起因是有一件事蔣拒絕了學生們的要求，部分學生盛怒之中關閉了學校大門，並把蔣夢麟關在校長辦公室施以顏色。情勢緊張中，北大文學院院長胡適通過電話問蔣是否需要找警察救援，但被蔣謝絕。大門關了兩個多小時後，由於需要進出的教員與學生太多，在各方叫罵、推搡甚至廝打的多重壓力下，帶頭鬧事的學生不得不重新打開校門，放人群進出，最後蔣夢麟也被教員們從辦公室解救出來。但鬧事者仍緊跟不捨，叫罵不絕，最後的結局是，幾個帶頭鬧事的學生被學校評議會宣布開除。
對於學潮的爆發和學生們的陶醉心理，蔣夢麟認為，大多數學生開始是出於愛國熱情，起先是遊行、示威、罷課和抵制日貨，接著就轉而攻擊北京政府，因為他們認為一切毛病都出在北京政府身上。等發現沒有重要的國際問題或國內問題足資攻擊時，繼而掉轉矛頭與學校當局作對。造成這一切的主要原因，在於青年心理上的不穩定性，一旦受到刺激而採取行動時，這種不穩的情緒就爆發出來，而作為學校當局想壓制這種澎湃的情緒是極其困難的。學生如是，工人的情形亦復如此。他們因生活不如意或勞動強度太大而心理不平衡，在找不到發洩與示威對象時，就把一股怨氣發在雇主身上。不過。中央政府或地方政府對付那些罷工工人，要比對付學生簡單得多。有時用武力來鎮壓，有時干脆就拿機關槍掃射一番了事。後來，段祺瑞執政府認為機關槍是對付一切群眾運動的不二法門，在一群學生包圍執政府時，遭到殘酷的機關槍掃射。 1926年著名的“三一八”慘案事件，蔣夢麟算是親身經歷者，他在後來的回憶中說：“我在事前曾經得到消息，說政府已經下令，學生如果包圍執政，軍隊就開槍。因此我警告學生不可冒險，並設法阻止他們參加，但是他們已經在校內列隊集合，準備出發，結果不肯聽我的勸告。他們一到了執政府，子彈就像雨點一樣落到他們頭上了。”結果是“這次災難有一百餘學生死傷，二十餘具死屍留在了段執政官邸門前的廣場上，另有數十人在送往醫院的途中或手術台上斷了氣”。段祺瑞執政府的這種殘暴行動，引起了全國各界人士的普遍抗議，段政府後來終於垮台，此為重要原因之一。
除了對準政府，似乎永遠處在亢奮中的學生們還經常把矛頭對準號稱由“豬崽”議員們組成的“腐敗之家”——國會。蔣夢麟清楚地記得，有一天下午，幾千名男女學生包圍了國會，要求取消議程上若干有關教育的議案，結果學生與守衛警察發生衝突。若干學生氣憤之餘，竟在幾天之後從天津偷偷運來三顆炸彈準備去炸議會，但“這事被我們勸阻了，總算沒有見諸行動，炸彈也運出城外丟到河裡。幾個禮拜之後，一位漁夫撿到其中的一顆炸彈，他把炸彈提在手裡搖來搖去，希望弄清楚裡面究竟是什麼東西。轟隆一聲，炸彈爆炸，炸得這位好奇的漁人血肉橫飛。警方認為這顆炸彈是革命時期投下河去的，因此根本未進行任何調查”。北大當局與那運炸彈的學生算是躲過了一劫。
面對形形色色的學潮和暴力與反暴力行動，十幾年後，在昆明防空洞中就著慘淡昏黃的菜子油燈回憶這段往事的蔣夢麟，頗有洞見地總結道：“學生勢力這樣強大而且這樣囂張跋扈，除了我前面所談到的原因外，另一個原因是這些學生當時多半是統治階級的子女。學生的反抗運動，也可以說是子女對父母的反抗。做父母的最感棘手的問題就是對付桀驁不馴的子女，尤其是這些子女的行為偏偏又受到鄰居們的支持。工人們情形可就不同了，他們的父母或親戚，既不是政府大員，也不是社會聞人，因此他們命中註定要挨警察的皮鞭或軍隊的刺刀。只有在學生領導下，或者與學生合作時，工人才能表現較大的力量。”蔣氏之言可謂一針見血，入木三分，真正道出了當時的學生運動與社會形態的內在原因。隨著學潮一浪接一浪湧動不息，原本躲在背後暗中操縱和鼓動的教員，也因欠薪、改革和官僚們腐敗等問題，與時俱進地紛紛走上前台，向學校當局或政府公開叫起板兒來。如1921年6月，北京大學與其他七個國立大專學校的幾百名教員“為飯碗的問題”（陳獨秀語）掀起風潮，直至發生到總統府請願討要欠薪造成流血事件發生。教員們在學生們大隊人馬簇擁下，浩浩蕩盪地來到教育部，強迫部內大員與聞訊趕來居中調停的八校校長到總統府請願。結果是，當不情願的教育部次長馬鄰翼與八校校長被教員與學生裹挾著來到總統府門前時，沉寂的大門轟然洞開，大批武裝憲警蜂擁而出，刺刀亂刺，槍把亂劈。年齡略長的教員和女學生紛紛跌入濁水游蕩的溝中，有的滿身泥濘，有的一臉血污，叫的叫，哭的哭，亂成一片。法政大學校長王家駒像死人一樣躺在地上，紛亂的腳步從他身上臉上踩過，差點被踩成人肉餅子。領頭的北大國文系教授馬敘倫（夷初）額頭被打腫一塊，鼻孔流血，嗷嗷大叫。對於此次流血事件，向來不贊成鬧風潮的胡適在事後的日記中，有些自責地記述道：“我這一年半以來，太'不好事'了。因為太不好事，故我們竟讓馬夷初帶著大家亂跑，跑向地獄裡去！”
蔣夢麟則更是深有感觸地說：“多事的那幾年裡，差不多沒有一月不發生一兩次風潮，不是罷課就是罷工。在那時候當大學校長真是傷透了腦筋。政府只有偶然發點經費，往往一欠就是一兩年。學生要求更多的行動自由，政府則要求維持秩序。嚴守紀律，出了事時，不論在校內校外，校長都得負責。發生遊行、示威或暴動時，大家馬上找到校長，不是要他阻止這一邊，就是要他幫助那一邊。每次電話鈴聲一響，他就嚇一跳。他日夜奔忙的唯一報酬，就是兩鬢迅速增加的白髮。”對這一段不堪回首的歲月，已是58歲，蹲在昆明地下防空洞走筆龍蛇的蔣夢麟慨歎曰：“我記下這些往事以後，又做了場噩夢，有時看到青年男女橫屍北京街頭，有時又看到憲兵包圍北京大學要求交出群眾領袖。夢中驚醒之後，輾轉反側無法安枕，一閉上眼睛，一幕幕的悲劇就重新出現。”
所謂日有所思，夜有所夢，蔣夢麟此說並不虛妄，當是苦思焦慮的結果。此時的西南聯大已今非昔比，黨派滲透，各種政治勢力介入，使原本較為平靜的校園變得風生水起，波詭雲譎，不知什麼時候就將發生奪夢驚魂的血腥事件。而這個時候，蔣氏對西南聯大那些所謂的左派文人如聞一多、吳晗等輩的囂張氣焰，頗看不順眼，深感西南聯大在聞、吳等“另類”人物的暗中操縱下，已卷於黨派政治鬥爭的急流旋渦而不能自拔，血腥之氣已在整個聯大校舍瀰漫飄蕩。面對這一險象環生、處境難料的艱危情勢，蔣夢麟感到自己桑榆已晚，寒秋將至，再也無力與之抗衡和周旋了，對聯大局面逐漸失去信心，最終產生了對傅斯年所說“聯大局面之下無辦法，一切待將來”的頹廢之想，以及“北大沒有希望”等消極心理。在這一悲觀、頹唐的心理作用下，蔣氏開始為自己的前程打算，並考慮脫身之計。因了這諸多方面的緣由，便有了傅斯年給胡適信中所言，蔣與北大教授之間的感情越來越“不算融洽”了。
除了以上的緣由和心理動機，還有一點令蔣夢麟感到心理恐懼的是，時逢亂世，若遇到一個善良寬厚的名主，知識分子們尚可苟延殘喘，甚或人五人六地生存下去。而一旦遇到焚書坑儒的秦始皇帝，或比秦始皇帝還要惡劣霸道的新主子，那就不是一場“知識分子改造運動”可以了結的了。稍有不慎，即身陷囹圄，甚至遭遇滅門之災。在這歷史動蕩的轉折點上，寧肯做一個政府無聊的幕僚或幫閒，也比做一個朝不保夕、奔波忙碌的“丐幫”幫主要平穩安全得多。此次入主宋子文幕府，說不定通過宋氏家族的斡旋，還可以順梯登天摘月，撈取更大的高官厚祿，以便獲得在童年時代心嚮往之的家鄉那位學台“封藏在箱子裡面的神秘禮物”。 ——正是怀揣這樣一個輝煌的夢想，蔣夢麟才不顧北大同仁和士林好友們的竭力勸阻，甘願在宋氏小朝廷效犬馬之勞而置聯大於不顧。至於西南聯大解體之後北大何去何從，是有希望還是“無希望”，是死是活，已決心入主宋氏堂廟的蔣夢麟就顧不得許多了。
在學界一片惋惜、困惑甚至怨懟、斥責聲中，國民政府於同年8月免去蔣夢麟北京大學校長職。經蔣介石授意，政府欲任命有“大砲”之聲譽的傅斯年為北大校長，以維持局面。蔣介石之所以讓傅斯年出面收拾聯大殘局，主持北大復員工作，並非一時頭腦發熱，確是經過一番深思熟慮的。傅斯年本身是一個自由主義知識分子，同時也是知識分子群體中享有很高威信的代表人物，但傅又具有熱心公事、疾惡如仇的性格，正如他在致胡適信中所說，往往把公家的事弄成了自己的事，最後成為“亦官亦學”之人。恰恰是傅的威望、性格與對政府的忠誠擁護等條件，令蔣介石作出瞭如此決定。早在1945年2月26日，蔣介石侍從室高級幕僚唐縱，就奉命與原北大教授，時任《中央日報》總主筆，號稱國民黨權威理論家的陶希聖，交談過知識分子與政府的關係問題。唐縱當天做了這樣一段記錄：“與希聖談轉移自由分子對政府之惡感，希聖認為胡適之為最恰當之人物，可惜適之不能歸。其次傅斯年對西南聯大亦頗能影響，如果自由思想派能了解政府，則青年學生不致為共黨所愚。”
陶氏這一見解在被唐縱接受的同時，對蔣介石自然要產生影響。事隔幾個月，身處亂離之世的傅斯年因歷史的風雲交會被委以重任，但他的頭腦尚屬冷靜，深知北京大學在天下儒林中的分量，更深知此時還有一個比自己威望大得多的學界領袖胡適遠在美國，而胡適才是收拾西南聯大殘局、復興北大的“最恰當之人物”——儘管傅斯年並不知道陶希聖對唐縱所說的話，更不是所謂的“英雄所見略同”，因為胡適在學界的地位則是眾人皆知的。就像當年清華研究院成立之初胡適沒敢忽視王國維、梁啟超的存在一樣，傅氏同樣沒敢忽視胡適這個高大身影的存在，只要胡老師一息尚存，自己是萬萬不能邁過鍋台上炕，窺視北大第一把交椅的。於是，傅遂向朱家驊建議，讓德高望重的胡適回國主持北大事務，自己可做胡氏大旗下的一個大字號嘍囉搖旗吶喊，擂鼓助威。朱聞聽此言，出於復雜的考慮，對胡適頗不以為然，且對傅的薦舉表示冷淡。但傅斯年既不上任，又令朱很感為難，只好推託此舉是禀承黨國最高領袖介公的旨意，不好擅自更改，否則將有“欺君之罪”，如傅氏堅持不就，可徑自奏明介公，與教育部無涉云云。朱的一番說辭，傅斯年覺察有推託之意，但仍不改初衷，決心讓自己尊敬的胡老師來坐北大第一把交椅。
8月17日，傅斯年決定放手一試，徑自上書蔣介石，動之以情，曉之以理，為自己不敢承襲如此名譽和重擔開脫。書中說道：
日昨朱部長騮先先生，以尊命見示，謂蔣夢麟先生之北京大學校長出缺，即以斯年承乏。騮先先生勉之再三，雲出於鈞裁，強為其難。伏（夫）思斯年以狷介之性，值不諱之時，每以越分之言，上塵清聞；未蒙顯斥，轉荷禮遇之隆，衷心感激，為日久矣。今復蒙眷顧，感懷知遇，沒齒難忘。惟斯年賦質電戇，自知不能負荷世務，三十年來，讀書述作之志，迄不可改。徒以國家艱難，未敢自逸，故時作謬論。今日月重光，正幸得遂初志，若忽然辦事，必累鈞座知人之明。兼以斯年患惡性血壓高，於茲五年，危險逐年迫切，醫生告誡，謂如再不聽，必生事故。有此情形，故於勝利歡騰之後，亦思及覓地靜養之途，家族親友，咸以為言（然）。若忽任校務，必有不測，此又求主席鑒諒者也。
傅斯年開頭所說的顯具六朝駢文特性的幾句話，單從行文來看，儘管有官場慣用的套話與阿諛奉承的氣味，但也不乏真誠。作為文章斫輪老手，傅氏在分寸的拿捏上不失為恰到好處，無論是自謙還是抬捧，並不顯生硬，對方心中一定很爽並願意笑納的。而“每以越分之言”等句，想來二人都心照不宣，自是孔祥熙被罷官的暗指，而孔氏之丟掉官帽，蔣介石是在迫不得已的情形中，不惜得罪夫人宋美齡和樹大根深的孔氏集團與姻親宋藹齡，於痛苦中作出的抉擇。凡事一有被迫，被脅迫之人自是對脅迫者心懷怨恨，此為人之常情。儘管各自肚中明白，卻不能解釋，一解釋就是弄巧成拙。傅藉此次事件以隱喻的方式巧妙地舊事重提，顯然地是把對方置於了一個夾道跑馬不能回馬的境地，而此時的蔣公對傅的“越分之言”當是更進一步理解與釋然了。在傅斯年這邊，僅是對舊事和自己的“忠心”理解和釋然是不夠的，必須拿出過硬的理由讓對方在保持權威和麵子的情況下收回成命，絕不能讓一個國家元首感到自己令不能行，並為此惱怒或失落，更不能讓蔣公心中萌生傅氏此舉乃驕狂自大，甚或狗坐轎子——不識抬舉的印象。於是有了傅斯年祭出“惡性血壓高”這一撒手鐧，以保全於萬一。傅氏之說並非故弄玄虛，後來赴台灣出任台大校長就是因此病而倒於講台。在重慶時，孔祥熙經常對人放風，“聽說傅斯年快不行了”，也是緣於此惡症，想來蔣介石讀到此處，會多少有點感動並生出一絲諒解之情的吧。
當然，傅斯年上書的目的不僅在此，根據肥水不流外人田的古訓，既然聚義廳這把椅子自己不願或不便來坐，也不能便宜了別人，總要自家弟兄來坐才好。於是便有了下面這妙文：
抑有進者，北京大學之教授全體及一切有關人士，皆盼胡適之先生為校長，為日有年矣。適之先生經師人師，士林所宗，在國內既負盛名，在英美則聲譽之隆，尤為前所未有。今如以為北京大學校長，不特校內仰感俯順輿情之美；即全國教育界，亦必以為清時佳話而歡欣；在我盟邦，更感興奮，將以為政府選賢任能者如此，乃中國政府走上新方向之證明；所謂一舉而數得者也。適之先生之見解，容與政府未能盡同，然其愛國之勇氣，中和之性情，正直之觀感，並世希遇。近年養病留美，其政府社會，詢諮知昔，有助於國家者多矣。又如民國二十四年冬，土肥原來北平，勾結蕭振瀛等漢奸，製造其華北特殊化，彼時中央軍與黨部撤去久矣，適之先生奮臂一呼，平津教育界立刻組織起來以抵抗之，卒使奸謀未遂，為國長城，直到七七。蓋適之先生之擁護統一反對封建，縱與政府議論參差，然在緊要關頭，必有助於國家也。今後平津將仍為學校林立文化中心區，而情形比前更複雜。有適之先生在彼，其有裨於大局多矣。
與一般的推薦書大為不同的是，傅氏的這些話是頗費了一番心思的，可謂暗伏玄機。作為自由知識分子的胡適，在許多方面並不受蔣介石真心喜歡。但胡適對國民黨政府又多是以“客卿”的身份“小罵大幫忙”，大範圍與蔣政權尚屬於一股道上的人，處在內憂外困中的蔣也要拉攏利用，但與黃埔軍校嫡系又大不相同。如果傅氏上書沒有後面幾句話，或許蔣介石還要考慮、掂量一番，有了這幾句，情形就變得不同尋常。傅斯年在不動聲色的轉承起合中暗含了刀兵，並為胡適過去和未來的存在加重了砝碼，其筆鋒之犀利強勁，直讓人想起諸葛孔明的《隆中對》：“荊州北據漢、沔，利盡南海，東連吳會，西通巴蜀，此用武之國，而其主不能守，此殆天所以資將軍，將軍豈有意乎？……天下有變，則命一上將將荊州之軍以向宛、洛，將軍身率益州之眾出於秦川，百姓孰敢不簞食壺漿，以迎將軍者乎？誠如是，則霸業可成，漢室可興矣。”
傅斯年一番縱橫捭闔，把胡適的身份和地位上升到治國安邦不可或缺的高度，以及矗立在平津學界不可撼動的定海神針，有胡適即有平津。蔣介石信以為然，遂決定任命胡適為北大校長。 9月4日，國民政府頒令：“國立北京大學校長蔣夢麟呈請辭職，準免本職，任命胡適為國立北京大學校長。胡適未到任前，由傅斯年代理。”
像當年劉備與諸葛亮沒有想到作為持節駐守的關羽將軍竟大意失荊州，不但做了刀下之鬼，最終導致復興漢室的局面和希望全盤盡翻一樣。此時的蔣介石與傅斯年也沒有料到，三年之後的冬日，駐守平津的學界領袖胡適，於赤水洪流與炮火硝煙中棄北大倉皇南遁，再次上演了一出歷史悲劇。