事件的起因是南開大學外文系召開批判“俞平伯研究”的討論會上，以巫寧坤、李天生為首的幾位外文系教授，按規定批了一通俞平伯的錯誤思想，話題逐漸轉向了外文系領導人，對系領導專斷和不民主的作風以及學術水平低下提出了批評，同時對南開大學如何改進教學工作提出了批評性意見和建議。當時的穆旦也準備了發言稿，但他剛講了一句話，就被早已氣灌心胸、怒衝丹田的會議召集人厲聲打斷，不許其繼續講下去。穆旦見來勢兇猛，揣起發言稿起身離開了會場。巫寧坤等教授面對召集人如此粗暴蠻橫大為不滿，指責其“這種做法不對，要讓大家把話說完”。召集人眼看幾個書生竟敢當面對自己不敬，且還頂撞起來，怒髮衝冠，用拳頭狠狠地捶著桌子將巫寧坤等幾人罵了個狗血噴頭，繼而起身離座，一腳將桌子踹翻，轉身走人。巫寧坤等幾位教授先是目瞪口呆，待慢慢回過神兒來，一個個垂頭喪氣地各自回家。當天晚上，南開大學把巫寧坤等參加會議發言的幾位教授定為“反黨小集團”。儘管穆旦只說了一句話就被打斷並離開了會場，仍被以與巫寧坤等人過從甚密，且不懷好意地“準備發言”為由，羅織到“反黨小集團”之中。 ——這便是南開大學轟動一時的“外文系事件”。
這次事件帶來的後果是：巫寧坤與李天生被隔離審查，中途退出的穆旦在接受審查的同時，抗戰期間參加過“中國遠征軍”的歷史被重新翻出，並作為一種逆天大罪成為“肅反”的對象。當年的穆旦於野人山叢林中九死一生終於活著逃了出來，想不到事隔十年，他在野人山的光影裡复陷入另一個看不見、摸不著、再也逃脫不掉的羅網遍布的深山大澤。隨著“審查”不斷深入，穆旦由國民黨遠征軍的“偽軍官”和“蔣匪幫的英文翻譯”，晉升為歷史和現行的“雙重反革命分子。”當1955年大規模批判聲討“胡風反革命集團”運動興起時，南開文學院召開全院教職員一百多人的大會，主持會議者聲色俱厲地宣布巫寧坤不僅是南開的頭號“暗藏的反革命分子”，而且是穆旦等人組成的“反革命集團”的頭目。主持者的話音落下，巫寧坤與穆旦被從人群中揪到“斗鬼台”接受批判。正當一夥積極分子蜂擁而上，揪住巫寧坤與穆旦等人脖頸往“斗鬼台”連拖加拉的混亂之時，另一夥積極分子跳上講台宣佈在這個集團的背後，還隱藏著一批“反革命分子”，也要一同揪出來。在咄咄逼人的態勢和一片嘯叫聲中，一個曾任偽滿洲國皇帝溥儀翻譯官的俞姓俄語講師，嚇得當場昏倒在地，口吐白沫不省人事，隨後被人抬出扔到會場之外，以落後分子“裝死”處理。
繼這次行動之後，穆旦和巫寧坤因在芝加哥大學攻讀的經歷，又被“晉升”為“美國特務”，接下來是搜查兇殺武器和秘密電台等行動。對於這段經歷，週與良與巫寧坤皆有回憶文字傳世，據巫的回憶說：就在那位曾任偽滿洲國皇帝溥儀翻譯官的俞姓俄語講師當場昏倒的批判會結束後，他剛到家，就有三男一女破門而入，自稱是公安人員，還亮出一張“搜查證”。那個女的竟搜查已經有孕在身的巫寧坤的妻子李怡楷，並蒐查已患糖尿病多年的老繼母的身。
翻箱倒櫃地搜查，東西扔得滿地，並問巫寧坤有沒有手槍和別的武器、收發報機等。來者折騰了半天，沒有找到任何與“特務活動”有關的物證，感到很失望，便把巫的信件、地址本、筆記本、文稿等全部帶走。臨出門時，有一人還踹了巫寧坤一腳，警告讓其老老實實，不要自絕於人民。
當此之時，穆旦夫人周與良雖也有在芝加哥大學的求學經歷，但平時在校不顯山露水，實在沒有把柄可抓。更重要的，以她時任天津市副市長的父親為中流砥柱的龐大家族還沒有倒塌，且屬於光榮的“革命家庭”之列，校方一時無可奈何，其家庭成員的角色從周與良的大哥週一良的回憶中可看出一斑：“我們家大多數對他（南按：指穆旦）過去的情況都不夠了解，因此他每次到我們家來，當大家（兄弟姐妹十人中六個黨員，兩個民主黨派）歡聚在父母身邊，興高采烈，高談闊論時，他常常是向隅獨坐，落落寡歡。許多年中，我去天津，記得只上他家去過一次。現在回想起來，那時我們對他的態度是非常不公正的，感到非常內疚。”
這段回憶除了透出當時的周氏家族這個“革命家庭”在天津具有超強的實力，也為穆旦此前給巴金夫人蕭珊信中所說的“這是一個沉悶的時期”、“朋友們都這麼彼此多疑”、“人生如此，快快結束算了”的憂傷悲情找到了一個歷史性註腳。週一良這段“懺悔”，是內在的良心與文化良知雙重壓力之下，不得不做的一點表面文章，但仍暗含著為自己開脫的投影。其他的人尚不必說，週珏良與穆旦既是清華與西南聯大時代的同學好友，又是芝加哥大學先後的校友，同時又是穆旦與週與良愛情的隱形牽線人與見證者，如何一個“對過去的情況不夠了解”就說得過去的？作為親屬尚且如此，而普通的同學、同事、朋友又將如何？真的是“人間熱淚已無多”了。
儘管週與良謹小慎微地為人處世並有如此的家庭背景，但她畢竟是穆旦的妻子，自是與其夫脫不了乾系。於是，學校令她停止開課，在家中“幫助”丈夫“反省”和撰寫“交代材料”，實際已被當做潛伏回大陸的“女特務”內部控制和監視起來。這一時期，與穆旦斜對門的一位俄語講師的妻子和一個在他家寄宿的先生，因為“運動”的關係雙雙上吊自殺。接著又傳出南開其他係有教授自殺的消息，所有這些自殺的人，都被說成是“抗拒運動，自絕於人民”。並說：“黨和人民絕對不會被他們的罪惡行徑嚇住。”
1956年5月中旬，學校人事處通知巫寧坤即將調往北京一所為黨中央培養機要外語人才的學院任教，他的妻子李怡楷也去該學院工作。 6月中，巫氏夫婦帶著老繼母和五個月的兒子巫一丁前往北京任教，算是暫時擺脫了遊蕩於校園的幾隻翻手為雲、覆手為雨，神龍見首不見尾的鐵血魔掌。此時的巫寧坤尚不知道，日後等待他的將是更加酷烈的人格污辱與身心迫害。
好友巫寧坤走了，當年的“反黨小集團”也在政治風浪沖擊下分崩離析，穆旦陷入了人生最為孤獨和艱危時期。 1957年，風浪再起，剛剛在政治上抬頭的穆旦又稀里糊塗地落入圈套，在《人民日報》發表了《九十九家爭鳴記》，再一次被監視居住，隔離審查。以前被定的“反革命分子”似乎只限於領導者口頭上和批鬥會場上“內定”，這一次卻要落實到官方文書與實際行動上來。 1958年12月，穆旦作為南開大學“反右傾運動”放出的“一顆衛星”，當年參加遠征軍和出任“中校英文翻譯”的歷史，再度成為反革命的“鐵證”，被天津中級人民法院以“歷史反革命分子”罪名判處三年勞動改造，“接受機關管制”。當法院派人到學校宣讀判決書後，穆旦被逐出課堂，降職降薪，強迫在南開大學圖書館和洗澡堂接受管制，監督勞動。
1962年，穆旦終於熬到了被解除“管制”，但校方仍不讓到課堂上課，繼續留在圖書館“監督使用”，以觀後效。其主要工作是每天打掃廁所與洗澡堂等。儘管仍在“監督使用”，作為公民的基本權利尚未恢復，此時的穆旦蟄伏在心中的文學之火與傾吐慾望再度迸發開來，他開始了一生中最大一項工作計劃——翻譯英國19世紀初期偉大的浪漫主義詩人喬治·戈登·拜倫（George Gordon Byron）的長篇敘事詩《唐·璜》（Don Giovanni）。白天從事繁重的體力勞動和無休止的思想匯報，晚上拖著疲憊的身心回到家中，吃過飯後即關上房門偷偷伏案工作。經過三年含辛茹苦的勞作，到1965年年底，這部長達一萬六千多行的鴻篇巨著終於譯完了初稿。當他剛要歇一口氣時，“文革”風暴突起，穆旦首當其衝，被造反的紅衛兵拉出來批鬥，然後是抄家與打砸。繼之穆旦被關於“牛棚”，接受造反派監督勞動改造。當時穆旦一家居住的是東村七十號共三間屋的平房，因出入方便，抄家的紅衛兵一批接一批，把一些書籍、手稿或搬走，或撕爛，或乾脆一把火燒掉，甚至連家庭生活用具、被褥、衣服全部洗劫一空。這一令人悲憤心悸的場景給穆旦的孩子們留下了深刻的記憶，據幾個兄妹回憶說“記得那年8月的一個晚上，一堆熊熊大火把我們家門前照得通明，牆上貼著'打倒'的標語，幾個紅衛兵將一堆書籍、稿紙向火里扔去。很晚了，從早上即被紅衛兵帶走的父親還沒有回來……直到午夜，父親才回來，臉色很難看，頭髮被剃成當時'牛鬼蛇神'流行的'陰陽頭'。他看見母親和我們仍在等他，還安慰我們說：沒關係，只是陪鬥和交代'問題'，紅衛兵對我沒有過火行為……母親拿來饅頭和熱開水讓他趕快吃一點。此時他看著滿地的碎紙，撕掉書皮的書和散亂的文稿，面色鐵青，一言不發……突然，他奔到一個箱蓋已被扔在一邊的書箱前，從書箱裡拿出一疊厚厚的稿紙，緊緊地抓在發抖的手裡。那正是他的心血的結晶《唐·璜》譯稿。萬幸的是，紅衛兵只將其弄亂而未付之一炬。”倒臥在床上的穆旦望著窗外漆黑的夜幕，聽著外邊不斷傳來的喧囂和“打倒”之聲，他的腦海中突然湧入那首多年前寫就的《讚美》詩的最後一個迭句：“一個民族已經起來！”想到此處，竟露出了少有的微笑。孩子們看了，不知何故，以為是父親在發神經。
折騰到1968年6月，穆旦的住房被生物系一個職工何某倚仗紅衛兵的勢力強行搶占，一家人被掃地出門，家中殘剩的衣物等被蠻橫地扔出房外露天地上。走投無路的周與良經過與校方“工宣隊”反復交涉，才被允許搬入南開大學13宿舍3樓337室一個朝西向、只有17平方米的房間，全家六口在這間屋子裡一住就是五年之久。
一波未平，一波又起。 1968年下半年，在“清理階級隊伍”中，週與良又被造反派盯上。其時，天津周氏家族因是民族資本家出身，隨著“文革”風浪興起早已崩潰。作為天津市第一位黨外副市長的周叔弢被革職查辦，而後是揪鬥、批判、抄家、交代問題，居宅被一個紅衛兵組織強佔。其他的幾個兒女如周一良等在教育界服務的教授，全被關入了“牛棚”，成為革命者專政的對象。在這一大的政治背景下，週與良被南開大學定為有嫌疑的特務，於12月3日從家中抓走，關押於校內生物系教學樓二樓朝北一個房間內“隔離審查”，逼迫寫“交代材料”。因穆旦已進入校內集中關押的“牛棚”，週與良的四個孩子（最大的14歲，最小的7歲）除了相依為命，還要每天為母親做飯、送飯。當然，幾個孩子不能與母親見面，送來的飯由看守的“工宣隊”人員檢查，確認沒有夾帶情報後才轉給隔離的周與良。有一天，穆旦的大兒子查英傳給媽媽送來了一盒稀飯，飯下有一塊醬豆腐，“工宣隊”看守查出後立即扣留，並在生物系師生大會上宣布，這塊豆腐就是周與良與外界串通消息和特務之間慣用的暗號，是穆旦授意週與良“一犟（醬）到底，抗拒不要交代”。因了這塊醬豆腐，週與良與穆旦又慘遭更深重的迫害和折磨，連續幾個晝夜的審問，直至二人在各自的隔離場所被整得倒地不起、嘴不能言才罷休。
半年之後，週與良被解除隔離放回家中。未久，穆旦也被從“牛棚”放出，夫婦二人與南開大學一批“牛鬼蛇神”被下放到河北省保定地區完縣勞動改造。週與良下放到完縣的王各莊，穆旦被“隔離”在相距幾十里的另一個公社農村，彼此不通消息。當1969年的春節即將到來時，穆旦的心情變得焦慮不安，除了不通音信的周與良，還有留在天津的四個孩子也不知死活。在一個大雪紛飛的冬日，穆旦借不能出工的機會，悄悄溜出居處，頂著漫天大雪向王各莊跑去。兩個多小時後，終於見到了分別達半年之久的愛妻。週與良看到丈夫又瘦又弱，臉色蠟黃，大口大口地喘著粗氣，滿頭汗水與雪水混和在一起順著額頭向下流淌，頭頂上升騰著白色的煙霧，話未開口，眼淚刷地湧出眼眶。當穆旦得知妻子同樣好久沒收到孩子們的信息時，一陣悲傷掠過心頭，很快又強忍淚水以平靜的口氣安慰週與良說：“孩子們都很好。”又說：“事情總會弄清楚的，要忍耐，不要惦著孩子。”繼之以負疚的心情一遍又一遍地說：“我是罪魁禍首。不是因為我，一家人不會這樣。”週與良看丈夫淚水在眼眶中打轉，幾度哽咽，遂反過來安慰道：“我也是特務，應該受到懲罰。”穆旦見妻子心情漸趨平靜，便要告辭。身子轉過去又猛地轉過來，從兜里掏出一小包花生米，還有幾塊一分錢一粒的糖果，拉過妻子的手輕輕地放下。週與良一見，熱淚再次奪眶而出，堅決不肯接受。穆旦將妻子的手抓得更緊，非要留下，並說“你暈了，吃塊糖也好些。”週與良搖搖頭，說：“身體還可以，也不想吃零食。”穆旦還是堅持讓妻子把糖果留了下來，最後說了聲“要多注意身體”，轉身消失在茫茫風雪之中。週與良一直跟在身後送到村口，望著穆旦遠去的身影，週與良感慨萬端，才53歲的年紀，已是步履蹣跚的衰弱老人了。
穆旦的突然來訪，很快被負責監督的領隊得知，頭頭們把周與良找到隊部，讓其“老實交代”傳遞了什麼“情報”，同時派人進入周與良的居處搜查，幸而那一小包花生米與幾塊糖果沒有被發現，最後在“查無證據”的情況下被釋放。而一路小跑往回趕的穆旦，剛到村口就被監督者派出的“積極分子”擒獲，繼之是審查與逼迫交代“串通情報”的經過，召開批鬥會批鬥。這個結果，早在穆旦出門的時候就已經想到了，既然十五年的苦難與厄運都熬過來了，淚已流乾，心已變硬，精神越發強健，這點風浪算得了什麼？況且，自己能與日夜掛念的妻子見上一面，即使為此被處之一死，亦無遺憾。正是怀揣這樣一種悲壯決絕的心境，穆旦才義無反顧地出走，並敢於吞下由此帶來的這枚苦果。
1971年，週與良返回天津，穆旦則由完縣農村遣送到南開大學“五七幹校”繼續勞動改造。這所干校設在津郊大蘇莊，原為犯人的勞改場所。此為校方就穆旦的“罪過”與“態度”特別賞賜的果子。
1972年，隨著政治氣候好轉，穆旦結束了勞改生活，回到南開大學圖書館當職員，除了被“內部控制使用”整理書籍，仍兼任打掃廁所的任務。自1973年起，穆旦又恢復了夜間翻譯的習慣，開始在夜深人靜之時，默默伏案修訂已擱置了七年的《唐·璜》譯稿。隨後開始翻譯雪萊、濟慈、艾略特、奧登等詩人的作品。 1975年，在“文革”結束前夕，隨著政治風暴的式微，停止寫作多年的穆旦，心中鬱積已久的詩情於亂世風雲中再次得到了噴射，他一口氣創作了《智慧之歌》、《停電之後》、等近30首作品，其中《神的變形》以“詩劇”的形式，通過“神、魔、權、人”四個人物的戲劇性衝突，展示了一個寓言式的人類悲喜劇，充滿苦澀的智慧，表達了“中國知識分子的受折磨而又折磨人的心情”，這個詩劇是他在生命晚年對人生命運的回顧和總結。
“夕陽無限好，只是近黃昏”，可惜最後的輝煌過於短暫。由於身心長期受到的摧殘和折磨，身體極度虛弱，1976年年初的一天晚上，穆旦騎自行車到南開大學校外德才里居民區，找人打聽“知青”招工的信息，以便為孩子尋找出路，好“掙碗飯吃”。回來時沒有路燈，不幸於昏暗中闖入一個深坑，穆旦從車上摔下，右大腿骨折，從此病臥床榻。在排隊等候到醫院治療期間，於病痛中繼續普希金詩歌的改譯。當傷痛難忍時，便讓孩子們燒一塊磚給他熱敷止痛，傷痛稍減，又拿起譯筆繼續工作。延至1977年2月24日，穆旦將《歐根·奧涅金》修改稿的抄寫工作全部做完之後，住進天津總醫院，準備接受傷腿手術治療。此時的他已油盡燈枯，感到死亡正向自己逼近，而自1954年以來嘔心瀝血翻譯的近十幾部譯稿，仍看不到出版的一絲曙光。為此，在入院手術之前，他曾將翻譯的《歐根·奧涅金》修改稿抄寫完畢，連同已抄好的《普希金抒情詩》譯稿，整整齊齊放於一隻帆布小提箱中，交給小女兒查平，說“你最小，希望你好好保存這些譯稿。也許等你老了才能出版”。說此話時，情甚悲戚，望之令人心酸。
穆旦入院的第二天又反常地返家更換衣物，再度對文稿作了料理，並與來津的妹妹相見。午飯後，心髒病突發，經南開大學校醫院心電圖診斷為“前心壁大面積壞死”，急送天津第一中心醫院搶救。無奈醫生回天乏術，2月26日凌晨3時含冤去世，時年60歲。
死前，穆旦對自己一生的歷史作了回顧，特別對當年參加中國遠征軍並以此獲罪的得失作了反思，並重溫了《森林之魅——祭胡康河谷上的白骨》這首壯美詩篇。當他讀到“歡迎你來，把血肉脫盡”時，突然覺得自己這句話已不是普通意義上的詩行，而是一句讖語。隨後的穆旦作為一個即將走到生命盡頭的學者、詩人，在病榻上寫出了新的詩篇《冥想》，道出了自己一生的感悟：
為什麼萬物之靈的我們，遭遇還比不上一棵小樹？
今天你搖搖它，優越地微笑，明天就化為根下的泥土。
為什麼由手寫出的這些字，竟比這隻手更長久，健壯？
它們會把腐爛的手拋開，而默默生存在一張破紙上。
因此，我傲然生活了幾十年，彷彿曾做著萬物的導演，實則在它們永久的秩序下我只當一會兒小小的演員。
但如今，突然面對著墳墓，我冷眼向過去稍稍回顧，只見它曲折灌溉的悲喜都消失在一片亙古的荒漠，這才知道我的全部努力，不過完成了普通的生活。
其實，即使“普通的生活”也未能過得安寧和順暢。按穆旦生前好友、南開大學教授、著名史家來新夏的說法，穆旦自美國回歸祖國的二十幾年，“幾乎沒有一天舒心日子，主觀的嚮往和客觀的反饋，反差太大，不論做什麼樣的詮釋，穆旦終歸是一個悲劇人物”。
來氏所言與穆旦的同族兄弟金庸總結的海寧人物天然的悲劇性，可謂不謀而合。天歟？命歟？抑或際遇之不幸歟？
然而，穆旦作為一個天才的詩人和翻譯家，他留給這個世界的豐厚文化遺產，將隨著時間的推移越發彌足珍貴而不斷被人憶起，或許正如穆旦的知己評論家謝冕所發出的感慨：“他的詩歌創作所擁有的創造性，他至少在英文和俄文方面的精湛的修養和實力，作為詩人和翻譯家，他都是來不及展示，或者說是不被許可展示的天才。彗星尚且燃燒，而後消失，穆旦不是，他是一顆始終被烏雲遮蔽的星辰。我們只是從那濃雲縫隙中偶露的光瑩，便感受到了他曠遠的輝煌。”