穆旦之所以入芝加哥大學，與他的女友週與良已先在該校就讀有關。
週與良原籍安徽東至，曾祖父周馥發跡於李鴻章的淮軍，清末先後任山東巡撫、兩江總督，家業隨之興旺發達。祖父週學海，1892年進士，官至浙江候補道，《清史稿》有傳。週學海、週學熙兄弟曾師事李慈銘，李氏在日記中說周氏兄弟無貴族子弟氣。週學海性喜醫學，刊有《周氏醫學叢書》三集。週與良之父周叔弢乃著名的民族實業家、藏書家，後輾轉青島與天津，新中國成立後曾出任天津市副市長、全國政協副主席等職。
週與良兄弟姐妹十人，分別是：長子週一良、次子週珏良、三子週艮良、四子週杲良、五子週以良、六子周治良、七子周景良、長女週珣良、次女週與良、三女週耦良。因是名門望族和財富充盈的書香之家，十個兄弟姐妹皆受過良好教育。其中周一良、週珏良、週艮良、週杲良、週與良後來皆成為著名教授、學者，在20世紀中國歷史上，其政治、經濟、文化、醫學、宗教、收藏、戲曲等領域，時常見到周氏家族中人的身影。而周與良的大哥週一良，更是名噪一時，被學術界認為是繼承陳寅恪學術衣缽的最得力人選，只是“文革”時期在北京大學參加江青組織指揮的“梁效”寫作班子而名聲掃地，與陳寅恪的學術衣缽徹底絕緣。週珏良是清華大學外文係出身，與穆旦屬同班同學，戰後和穆旦的另一位同學王佐良同任清華大學外文系教授。正是因為這一關係，穆旦於1946年在周珏良家中結識了其妹、時正在燕京大學生物系攻讀研究生的才女週與良，並很快建立了戀愛關係。 1948年年底，週與良赴美國芝加哥大學生物系攻讀博士學位，穆旦隨後進入芝加哥大學攻讀，也算順理成章。
自20世紀二三十年代起，芝加哥大學就是中國留學生主要集聚地之一。若以大的歷史框架劃分，像戰前在此就讀過的饒毓泰、葉企孫、查良釗等人屬第一代，而戰後進入該校的應算第二代，而第二代學生人數遠勝第一代數倍。當穆旦進入芝加哥大學校園的時候，在此就讀和訪學的就有楊振寧、李政道、李志偉、鄒讜、盧懿莊夫婦、週與良的二哥週珏良、傅斯年的侄女、傅樂煥胞妹傅樂淑、陳夢家夫人趙蘿蕤，以及剛由哈佛大學得了博士學位轉入芝大教中文的王伊同、婁安吉一家和在芝大教數學的陳省身，另外還有一個西南聯大外文系畢業的學生巫寧坤等。許多年後，巫寧坤回憶說：“1948年3月，我從美國印第安那州曼徹斯特學院畢業後，進入芝加哥大學研究院攻讀英美文學博士學位。當時已有數十名中國研究生在那裡深造，多半在'國際公寓'寄宿。我到校後也住在那裡，結識了其中不少人。在英文系研究生中有趙蘿蕤、週珏良、查良錚（穆旦）等人，他們都是國內英語界的精英，我的良師益友，後來數十年中的患難之交。”又說：“珏良，我曾在昆明西南聯大見過一面，他的堂兄、我的忘年交周煦良教授介紹的。當時他已從清華大學外文系畢業，留校任助教，我是外文系一年級新生。那是1939年的事了，一別九年，倒成了朝夕過從的異國同窗。”
巫寧坤比穆旦早到芝加哥大學一年多，因而與週與良、趙蘿蕤等女生相識並成為朋友，當穆旦到校時，趙蘿蕤已經回國任教於燕京大學，二人並未於芝大謀面，而趙的丈夫陳夢家更是提前歸國，週與良的哥哥週珏良已受清華大學之聘歸國，在行至舊金山時與赴芝加哥的穆旦相遇，穆旦還把帶在身邊的幾十美元讓周帶給北平的母親。應當說，當穆旦進入芝加哥校園大門的時候，戰後赴美留學的高潮已經退卻，已經到了決定是走是留，是回歸大陸，還是投奔台灣這一關係人生命運的最後關頭。
1949年12月23日，穆旦與週與良在佛羅里達州傑史遜維爾（Jacksonville）結婚，結婚儀式極其簡單，在市政大廳登記後，由周與良的四哥、時正在哈佛大學動物研究中心從事博士後研究的周杲良，以及兩位美籍導師做證婚人。婚後，夫妻二人在一家小旅館住了一個星期即返回芝加哥大學，先是同芝大經濟系的李志偉合租一套公寓，後又與巫寧坤合租一套有兩間的公寓。正是這段同學、同吃、合住的經歷，使穆旦夫婦與巫寧坤結下了終身友誼，並在未來的人生道路上互相慰藉，共同度過了一段苦難慘烈的悲情歲月。
1950年，國內大局已定，穆旦夫婦的去向也漸趨明朗，即一旦週與良獲得博士學位，便共同返回祖國大陸，為中共領導的新中國服務。因了這一決定，穆旦在攻讀英美文學的同時，開始有意識地選修俄羅斯文學。在西南聯大時代，穆旦曾學過俄文，還一度選修了俄語專家劉澤榮教授的俄國文學課。據當時在芝大的同學傅樂淑回憶說：“這門課程，每天六個小時，天天有課。從字母學起，到能讀俄國文學作品、報紙新聞、政府公文為止。選這一門課，等於平時上三年的俄文課。”1947年6月畢業於北大文科研究所的傅樂淑，因俄文功底太差，被這門課程弄得焦頭爛額，異常痛苦。但在外文係出身的穆旦看來，並沒有多大難度，在不長的時間裡，他的閱讀能力就超過了美國本土的研究生，為此經常被導師提名在課堂上做閱讀示範。遙想在抗戰時期，穆旦由長沙步行昆明，曾創造過背誦一部英文詞典的奇蹟。在芝加哥大學校園裡，再度上演了當年的一幕，在一年的時間裡，一部俄文詞典已被穆旦背誦完畢。而此時的穆旦與楊振寧、李政道等公費留學生的生活條件可謂天壤之別，他作為自費生必須半工半讀，白天上課或自修，夜間到一家郵局從事只有黑人才肯幹的繁重的運送郵包工作，以此賺取學費和生活費用。每天凌晨三四點鐘才能回家休息，為了省錢，每當休工回家，只是到黑人區買一個5美分的“熱狗”充飢，有時實在太過勞累，當“熱狗”拿在手中，不覺悲感交集，流下淚來。
1951年，穆旦夫婦與楊振寧、李政道、鄒讜、巫寧坤等芝加哥大學的中國留學生，組織了一個“研究中國問題小組”，對新中國成立後的情況進行探聽研究。對是否回國，楊、李等人舉棋不定，而穆旦與巫寧坤則傾向於盡快回國，迎接已經到來的偉大時代。
在學習英國文學與俄國文學的同時，穆旦試著把自己的詩譯成英文在美國一些報刊發表，居然很受讀者歡迎，並引起詩歌評論界關注。 1952年，由美國詩人赫伯特·克里克莫爾（Herberc Creoreore）主編的《世界名詩庫（公元前2600－公元1950年）》（ALittle Treasury of World Poetry），收入了穆旦的兩首作品：《飢餓的中國》（From HungryChina）、《詩八首》（There Is NoNearer Nearness）中的部分章節，署名查良錚（ChaLiang-cheng）。這部《詩庫》僅有兩位中國現代詩人入選，另一位是擔任過中國科學院文學研究所所長的何其芳。
也就在這一年夏初，週與良獲生物學博士學位。未久，穆旦夫婦收到了台灣大學的邀請函，邀其至台大任教。幾乎與此同時，亦收到印度德里大學的聘請書（南按：時穆旦的族兄查良釗為德里大學教務長）。當時美國南部一些大學經常到芝加哥大學選聘教師，若到南部大學任教亦不繁難。但夫婦二人還是決定回歸祖國大陸，其緣由是夫婦雙方父母兄弟姐妹等親屬皆在大陸，回國後在各自的專業上也能開創一番新天地。在穆旦心中，牽掛和夢想更多的還是他熱愛的詩歌創作與翻譯外國文學作品，並認為中國的詩歌若想來一次“文藝復興”，非得借鑒外國詩歌的長處和新的意境不可，否則，絕無出路，而自己無疑是這項偉大使命的承載者與新墾土地的播種者之一。這一心境和志向，在穆旦歸國後致原西南聯大外文系同學，時正下放山西勞動的“九葉派”詩人之一杜運燮信中已明顯流露，信中說道：“我把拜倫的長詩又弄出'錫隆的囚徒'和'柯林斯的圍攻'兩篇，這種敘事詩很可為我們的詩歌借鑒。我最近還感覺，我們現在要文藝復興的話，也得從翻譯外國入手。你談到你的學生看你的'冬與春'而'不易懂'，欣賞的水平如此之低，真是哭笑不得。所以如此，因為他光喝過白水，沒有嚐過酒味。國內的詩，就是標語口號，分行社論，與詩的距離遠而又遠……在這種情況下，把外國詩變為中文詩就有點作用了。”
然而，祖國大陸已經改色，因中共已明確表示倒向蘇聯一邊，要在此時回返已不是件容易事。據周與良回憶：“當時留學生拿的都是國民黨政府的護照，又正值朝鮮戰爭時期，美國反華反共情緒正盛，且我為理科博士畢業生，美國政府根本不批准回中國大陸。”因而不得不設法求人，四處打聽能回歸的辦法。折騰了一個段落後，終於“找到一位猶太律師，花錢代向移民局疏通，加上我的導師B.Palser教授向移民局寫介紹信，證明'此人所學與生化武器無關，對美國國防沒有危害'，加之我們夫婦稱回國是定居香港，才最終獲准回香港。而國內親屬已替我們辦好香港入境手續。……實際上我們根本沒有進入香港，直接由中國旅行社接回深圳”。
1953年1月，穆旦夫婦由廣州至上海，受到巴金、蕭珊夫婦的宴請。 1940年夏，穆旦於西南聯大外文系畢業留校任助教時，結識了考入聯大外文係不久的陳蘊珍，也就是後來成為著名現代作家巴金夫人的蕭珊。因對文學和詩歌共同的熱愛，穆旦與蕭珊建立了深厚的友誼。當穆旦夫婦從芝加哥歸來時，巴金正在上海主持平明出版社工作，老友相遇，於談天說地中自是談到一直掛在心懷的文學之夢。當穆旦說自己準備譯介俄羅斯及蘇聯文學作品給中國讀者時，得到了巴金與蕭珊的鼓勵，希望盡快譯出交平明出版社出版，以便適應新形勢下文學轉型和讀者的口味。穆旦聽罷，自是以感激的心情應諾。
這年2月底，穆旦夫婦由上海抵達北平，穆旦暫住教育部招待所，週與良回天津家中。穆旦在等待分配工作的間隙，開始著手翻譯蘇聯季摩菲耶夫所著的《文學原理》。當此之時，就讀於芝加哥大學的趙蘿蕤已回國並出任燕京大學西語系主任，為擴大西語系陣營，趙蘿蕤報請校長陸志韋批准，邀請巫寧坤歸國至燕大任教。 1951年上半年，尚未完成博士論文的巫寧坤怀揣滿腔激情和幾年海外苦讀的沉甸甸的收穫離開芝加哥大學，於7月初來到舊金山等船返國。時已獲得芝加哥大學博士學位、正在加州大學伯克利分校任助理研究員和講師的李政道聞訊前來幫忙收拾行李，並在巫氏搜羅來的裝滿左派書刊的幾個鐵皮箱和紙板箱上，端正地寫上了“北京燕京大學巫寧坤”等字樣。
7月18日早晨，巫寧坤登上了駛往香港的郵輪，同學好友李政道專程前來送行道別。就在二人相互道別的瞬間，巫寧坤突然有一種莫名的傷感和不祥之兆湧上心頭，一句話衝口而出：“你為什麼不回去為新中國工作？”李政道似乎沒太在意，笑笑說：“我不願讓人洗腦子。”巫寧坤似有感覺，但沒有放在心上，也就一笑了之。令巫氏沒有想到的是，二人再度相會竟是20年後的北京飯店國賓館，作為諾貝爾物理學獎得主的李政道自是中國政要迎接的貴賓，而巫氏的身份則是一個剛從牛棚裡放出來“內部控制”的“牛鬼蛇神”。當然，這是後話。
巫寧坤於這年的8月中旬自廣州乘火車來到北京，與分別兩年多的趙蘿蕤見面並順利進入燕大西語系任教。此時巫寧坤心中有一種忐忑不安、坐臥不寧的感覺，這種感覺絕不是由於對北京和燕大校園以及人事而來，而是發乎一種看得見又辨不分明、忽隱忽現的底色之中。或者說，當他風塵僕僕的身影進入北京城的那一刻，就有一種不祥的預兆衝入心頭，而使他突發這一預感的則是前往北京前門火車站迎接自己的趙蘿蕤。面對書生們心目中仙女下凡般的一代美人趙蘿蕤，巫氏卻“不無好奇地看到，她的衣著起了很大變化。當年在芝大，她總愛穿一身樸實無華的西服，顯得落落大方，風度宜人。眼前她身上套的卻是褪了色的灰布中山服，皺巴巴，不倫不類，猛一看人顯得有些憔悴了，但風度不減當年”。
巫寧坤到校不久，趙蘿蕤即安排其教授“英國文學史”和“高級英文作文”的四年級課程，並鼓勵試用馬列主義觀點講授英國文學史。不料幾個月後“知識分子改造運動”從天而降，北京市委工作組進入校園，要求“人人過關”，並且發動全校批鬥趙紫宸、陸志韋，以及哲學系主任張東蓀，要求人人與他們“劃清界限”。作為趙紫宸女兒和陸志韋幹女兒的趙蘿蕤自是不能倖免，成為討伐批鬥的對象，又因為巫寧坤是趙從美國引薦而來，巫氏也就很難“過關”。其結果是所教的課程下馬，繼之在1952年全國院系調整中因燕大與北大部分科系合併而被掃地出門，“發配”到了南開大學。對於這段經歷，巫寧坤在回憶中說：“7月，蘿蕤來訪，向我傳達本系教師分配情況。五名教授中，她本人和其餘三位教授都去北大（南按：三人指俞大絪、胡稼貽、吳興華），唯有我的去處是天津南開大學。話一出口，她就忍不住放聲哭了起來。我明白她的心情。當初是她讓我放棄未完成的博士論文，萬里來歸，而現在卻只能讓我任人擺佈，無可奈何，吉凶莫測，她怎能不感到由衷的負疚？當初，她滿懷信心，要壯大燕京的英語教授陣營，以芝大英語係為藍本建立一個優異的英語專業。如今她以稀有的才華構建的象牙之塔在狂風暴雨中化為灰燼，美好的夢想成為鏡花水月，她怎能不傷心欲絕？”儘管趙蘿蕤傷心欲絕，無奈大廈已傾，除了“相顧無言，唯有淚千行”，夫復何言？
巫寧坤被當政者踢出燕大校園，於1952年11月秋風蕭瑟中，攜帶老繼母和簡單的行李由前門火車站乘車駛往天津，進入南開大學外語系任教。正是這段因緣，當巫寧坤得知當年的同學好友穆旦夫婦歸國的消息後，在校方缺乏師資急需用人的情況下，經巫氏牽線、校方與教育部批准，穆旦夫婦於1953年5月雙雙跨入南開大學的校門，穆旦出任外文系副教授，週與良為生物系副教授。這對年輕的夫婦算是所學有成，葉落歸根了。穆旦夫婦任教南開之後，分配的宿捨與巫寧坤相鄰，經常相互串門聊天，從清華到燕京，從西南聯大到芝加哥大學，從提前歸國的陳夢家、趙蘿蕤，到遲遲觀望尚未決定動身的楊振寧、李政道等，另有南開大學的過去與未來……有的是回憶，有的是話題，有的是憧憬與夢想。歸國時的孤獨與寂寞消失殆盡，有的是在新的天地裡奮起的身影和理想。在這期間，因先前得到巴金夫婦的鼓勵和新形勢的需要，穆旦在授課之餘，加緊從事翻譯外國名著。繼1953年12月譯完季摩菲耶夫的《文學原理》之前兩部分《文學概論》、《怎樣分析文學作品》，並由巴金主持的上海平明出版社出版之後，1954年2月，穆旦又翻譯並在平明出版社出版了蘇聯季摩莫菲耶夫的《文學發展過程》。之所以在如此短的時間內就完成了上述工作，是因為穆旦早在芝加哥大學時，就已經通讀了俄文原版並斷斷續續地做了一些翻譯筆記。上述三種文學理論著作的出版，立即引起了國內文學理論家的注意和好評，被許多高校作為文學概論課教材選用並受到師生的喜愛。
當然，作為詩人的穆旦，最為傾心和喜愛的自然是詩歌創作與翻譯。自1954年3月到年底短短的9個月時間內，穆旦翻譯並由平明出版社出版了普希金的《波爾塔瓦》、《青銅騎士》、《高加索的俘虜》、《歐根·奧涅金》、《普希金抒情詩集》等系列作品，其翻譯和出版速度之快、質量之高、讀者群之廣大令人驚嘆，一個“普希金熱潮”旋即在社會上掀起，穆旦的聲名除了在像牙塔的學術界小圈子引起矚目，在更大範圍的讀者群體、特別是青年學生中間引起了廣泛的關注和追捧。這一情景，幾年後在穆旦寫給詩友杜運燮的信中有所表露：“我也有時聽到人們欣賞普希金詩的情況而為之鼓舞。總之是'特別'愛好，不同於一般。工廠里三十多歲的工人師傅，在南大開門辦學去時，問老師們認識不認識這譯者（並不知我在南大），他想見見。一個譯者能有此幸會，確實不易。就是這類偶然的小事使我增加了力量。”
因譯詩受到工人師傅們喜愛而“增加了力量”，心中增添了學有所用的成就感，並且還想以此業績，“想證明，給沒回來的人看，回來了是多麼好”的穆旦沒有想到，屬於他的人生春天馬上就要過去，即將到來的是酷暑與寒冬。許多年後，週與良回憶說：“那時是良錚譯詩的黃金時代。當時他年富力強，精力過人，早起晚睡，白天上課，參加各種會議，晚上和所有業餘時間都用於埋頭譯詩。”然而，很不幸的是，“業務拔尖”、“書出得多”、“課教得好”、“受學生歡迎”等，卻無意中引來某些人的“不能相容”。這種出於嫉妒而不能相容的心態，很快便藉助於政治的威力爆發出來。隨著1954年年底南開大學著名的“外文系事件”，穆旦的厄運就此到來。
在發生這個著名的事件之前，南開大學像全國所有的大學一樣，隨著一個波次接連一個波次的政治運動，進行無休止的“思想改造”、清除“胡適思想”、“俞平伯研究錯誤思想”等批判。為在全國做出表率，南開大學領導又別出心裁地設置了一個“馬列主義夜大學”，勒令全校教授必須夜間到這所特殊大學聽報告，接受“洗腦”性質的思想改造。一位被南開派到中國人民大學學習的年輕男教師返回南開後，作為“教授的教授”向包括巫寧坤、穆旦在內的全校各系教授，朗讀他在人大“深造”時蘇聯專家講授的馬列主義筆記。校方規定，凡聽課的教授人人必須做筆記，期終還要考試。一時間，弄得教授們十分疲憊又感到無聊至極，有的教授在聽課中不停地抽煙，有的干脆以打瞌睡的方式進行抵制。如此連續不斷的十幾個夜晚下來，聽課的教授開始表達不滿情緒，年輕氣盛的巫寧坤在夜校散罷之後回家的路上對年長的同事們嘰咕道：“這簡直是對教授先生們智慧的侮辱！”想不到第二天就被人打了小報告，校方領導派人找到巫寧坤，指責其“思想落後”，並嚴厲警告只許老老實實聽課，不許亂說亂動，否則按反對馬列主義分子處理。
因了這一系列的政治改造、批判外加學習運動，人與人的溫情越來越淡薄，同事與師生之間的關係越來越冷漠，直至發展到相互猜忌，戰戰兢兢如履薄冰，甚至水火不容，非把對方置於死地而後快的殘忍、恐怖局面。面對這一惡劣的政治、生活環境，穆旦感到極為不適和沈悶，在致蕭珊的信中，他直白地道出了心中的憤慨、厭惡和無奈的心境：“這是一個沉悶的時期。我上封信裡的話想你也看到了，朋友們都這麼彼此多疑。杜運燮不但覺得得罪了我，也覺得得罪了巫寧坤，等我把這話和寧坤一提，他說哪來的這回事。……我這幾天氣悶是由於同學亂提意見，開會又要檢討個人主義，一禮拜要開三四個下午的會。每到學期之末，反倒是特別難受的時候。過得很沒有意思，心在想：人生如此，快快結束算了。”
正所謂人生不易，死亦難。延至年底，“外文系事件”終於是在長期鬱悶壓抑中爆發了。