曾昭燏禀承和堅持的獨身主義，可謂生逢其時，但又並不得意。在一個紛亂並漸漸失去理智的社會裡，她所得到的不是心靈的安靜與快慰，相反的卻是沉滓泛起的鼓譟與不懷好意的流言甚至毒箭。面對內心的苦痛，她只好躲到無人處，或像魯迅所說自己痛苦時索性躺在荒山里，在草莽中，舔著自己的傷口。但這個躲時避世的方法，仍無法使她的傷口癒合，無休止的思想改造運動一直伴隨著她形影不離，且逼迫其走出荒野直面酷烈的人生苦痛。湘鄉荷葉塘曾氏家族從前是一種榮耀的世家身份，而如今已完全變成一座壓在自己頭頂上推之難去、避之不及的大山，隨著改天換地的時勢巨變與政治風浪興起，曾家和太平天國在南京的陳年舊事，於新的歷史交叉點上又陰陽差錯地再度掀動起來——儘管矛頭指向的是“漢奸、劊子手曾國藩”，而沒有指向原本無辜的曾昭燏。 1949年底，國共兩黨徹底翻盤，江山易主後，整個大陸掀起了一股歌頌農民造反的熱潮，鼓吹社會的進步是農民戰爭直接作用的結果。一些政客文人見風使舵，很快把精力集中到農民造反與革命的主題上來，借題發揮，興風作浪。在這一歷史背景下，南京市開始籌備太平天國起義百年紀念會並籌建紀念館，而已是太平天國史研究專家的羅爾綱奉命與文物考古人員，在太平軍當年活動的主要區域南京、上海、蘇州、無錫、紹興等地收集、鑑定有關太平天國史料，並為即將舉行的大規模展覽作準備。在蒐集史料過程中，發現了許多與太平天國相關的遺跡和文物。 1952年，在南京堂子街72號、74號住宅，發現了疑似太平天國壁畫的東西。這年12月7日，羅爾綱邀請曾昭燏、潘菽、胡小石等文物專家前往堂子街實際勘察並確定為原物。曾昭燏事後執筆撰寫了《南京堂子街太平天國某王府遺址調查報告》一文刊布。隨後幾年間，大量太平天國史料陸續被發現，據羅爾綱在1954年底批判胡適運動時所說，除了具有頭等的人民藝術價值的太平天國壁畫，另有“蘇州忠王府的建築經過鑑定了，太平天國結婚證書在紹興發現了，天朝元勳曾水源的墓在南京發現了，太平天國實行耕者有其田的政策也得到文獻證實了，在解放前我所見太平天國文獻不到四百種，現在已發現了一千二百多種了，這一切的一切，使我深切地體會到黨和政府領導的無比正確”。
就在羅爾綱於全國政協大會上頗為得意自豪地說這個話的時候，當年隨他一道前往堂子街鑑定壁畫的曾昭燏，對政治始終保持高度警覺，如同躲在窩中受驚的野兔，一有風吹草動便迅速拿出相應的脫險對策，在太平天國問題上也是如此，否則就落入圈套。據後來一度擔任過南京博物院院長的梁白泉說“上邊每有個什麼運動，她（曾昭燏）總是聞風而動”，當批判胡適唯心主義思想興起時，她又“聞風而動”，立即把胡適當年親自題名贈與她的一部印刷精美的《胡適文存》從箱底翻出來交給了“組織”。梁白泉此言，意在表達曾昭燏對黨的忠誠和對政治運動的熱情，但觀其後來的言行，便可知這個“聞風而動”實是一種表象，內在的真相則是隱含著曾氏內心的恐懼與自保策略的無奈之舉。
曾昭燏與胡適的交往並不多，由於她與其兄曾昭掄，以及陳寅恪、俞大維、傅斯年等學界名流和軍政要人等親友保持著千絲萬縷的聯繫，與胡適相識進而相知則是自然和順理成章的事情。
1948年冬，國民黨在淮海戰場上節節失利，大批傷兵空運到南京，一部分進駐中央博物院籌備處陳列室治療養傷，搞得整個博物院烏煙瘴氣。曾昭燏對此大為不滿，在勸說無效的情形下，致函北大教授、著名敦煌文物專家王重民，懇請王氏向時任北京大學校長，也是中央博物院理事的胡適反映。王在12月2日致胡適信中說：“曾昭燏女士來信，說最高（當局）命令中央博物院古物集中，空出房子住榮譽軍人，明知先生愛莫能助，但她願重民轉告先生。”由這封信可見曾氏對胡的敬重和仰仗之情。當江山易主，“批胡”與“倒胡”運動山雨欲來時，已成驚弓之鳥的曾昭燏以一套《胡適文存》倉皇應對，於危急中不失體面地蒙混過關，實屬無奈中的一個對策。眼看批胡的高潮大幕在全國拉開並逐漸升級，眾多文化學術界人士或被迫、或自願地在報刊電台對著鏡子喊王八——既罵胡適的幽靈又罵自己，喪心病狂地歪曲事實並對胡適的影子一頓刀砍斧剁。深受儒家文化熏陶並具有西方教會學校背景的曾昭燏，在表面積極響應的同時，內心的文化良知與道德規範又使她作著脫逃溜滑的準備。當“組織”派出官員挾“運動”之威到南京博物院下達批胡任務時，作為一院之長的曾昭燏只是召集全院人員開會傳達指示，讓眾人現場聲討，會散之後便偃旗息鼓，未再鼓動群眾撰寫批鬥文章在院內張貼和報刊發表，更未親自出頭露面對胡適展開口誅筆伐。當“組織”派人令其書寫文章在報上發表，以彰顯本省文化思想界對運動的態度和批胡業績時，曾氏以“與胡適交往不深”為由作了堅決的拒絕。
許多年後，南京博物院研究員陸建芳認為，曾昭燏這個冒有極大政治風險的做法和抉擇，除了對胡適的友情和學問人格的認可，更深層次的原因是對胡氏一貫倡導客觀看待太平天國，亦即客觀對待曾國藩與湘軍歷史功績的感激。其說是否屬實，尚可探討，但無論如何，曾昭燏沒有捲入這一運動的旋渦，算是她本人和身懸大洋那邊的胡適都值得欣慰的一件幸事。然而，所幸之中的不幸是，此時曾國藩已被當局定性為“鎮壓農民起義的漢奸、劊子手”。而學術界忽傳有海外新印《李秀成供狀》問世。未久，隨著這份《供狀》進入大陸，以及羅爾綱對李秀成言行進行顛覆性重新評價和戚本禹的再顛覆，以曾昭燏為代表的曾國藩家族留在大陸的子孫，再度陷入了難堪和痛苦境地。
《李秀成供狀》所涉及的內容，是一個在朝野流傳了百年的懸案，即太平天國城陷之日，曾國藩在天京匆匆處死太平軍將領、忠王李秀成的一段隱情秘事。
在處死之前，曾國潘曾命李秀成寫了一份口供，而後將李之供詞抄錄，一面上報清廷軍機處，“以備查考”；一面在安慶刻印公開，題作《李秀成供》，亦有作《克復金陵賊黨供招》者，原稿藏於湘鄉荷葉塘曾家老宅秘而不宣。
隨著太平天國灰飛煙滅以及與其對立的大清王朝滅亡，此事本來告一段落。想不到民國建立之後，另一批農民造反起事和革命口號又興行起來，洪楊之亂開始被一些人拿來作為革命的先驅和样板加以鼓吹仿效。於是，一股太平天國史研究熱潮在軍閥混戰、槍砲隆隆的中國大地悄然升起。據羅爾綱說：“在抗日戰爭前，著名歷史考據學者陳寅恪先生，得看過《李秀成自述原稿》，他對人說曾國藩不肯把它公佈，必有不可告人之隱。其實，何止曾國藩不肯公佈，曾家後人也同樣不肯公佈。明清史專家孟森先生於1936年6月，為北京大學影印《李秀成供》作序，曾以委婉的言辭向曾家後人提了意見，希望他們及時發表原供。孟森的話可說是代表當時社會上對曾家收藏《李秀成自述原稿》不肯公佈的輿論，可是曾家後人並不理會。1944年，曾國藩的曾孫曾昭樺因在廣西工作的關係，經過家庭會議才勉強答應廣西通志館派人前往抄錄。後來那個抄本和十多張照片，一再排印和影印出版。”
羅爾綱所說前往湘鄉荷葉塘曾家抄錄《李秀成供》的人，是廣西通志館秘書呂集義，呂氏根據流傳本與曾氏家藏秘本兩相對勘，補抄下了流傳本被曾國藩刪除的五千六百餘字，並攝影16頁返回廣西。經羅爾綱鑑定、研究，確定曾氏秘本屬於真品，被刪內容正是對曾國藩和湘軍極其不利的語句。 1951年，羅爾綱《忠王李秀成自傳原稿箋證》一書由開明書店出版，書中提出了李秀成偽降說，認為忠王此舉意在效仿蜀漢大將薑維偽降鐘會故智，以圖恢復太平天國大業。 1957年，該書增訂本依然持“偽降”說。就在羅氏的觀點如羊群裡竄出一頭叫驢般在學術界和社會上引起鳴響之時，卻遭到部分學者的阻擊。 1959年，史家趙矢元指出，李秀成“承認太平天國革命已經失敗，消失了對革命前途的信心，要求曾國藩招降他的部眾，這也是應該承認的”。此後，史家苑書義認為李秀成在生命最後十幾天的言行，是對革命前途喪失信心和對封建勢力產生幻想的表現，其性質是“妥協投降”。
對於“假降”和“真降”兩種不同的觀點，各路學者與政客紛紛撰文表態，臧否不一。同時，曾國藩當年是否塗改刪節、毀滅了李秀成供詞的問題，也一併成為史學界爭論的熱點。
就在史學界圍繞以上問題爭得不可開交之際，1962年，忽然傳來消息，台北世界書局影印出版了原藏於湘鄉荷葉塘曾氏家族的秘本《李秀成供》，題簽《李秀成親供手跡》。這一諱莫如深的秘本，據說是曾約農於1949年離開大陸時，秘密攜往台灣的。曾約農與其姊曾寶蓀一起離開大陸後由香港轉赴台灣定居，繼續從事教育工作。臨走之前，他們帶走了部分湘鄉“福厚堂”曾國藩的藏書，其中就有這部對考證太平天國具有重大史料價值的秘藏本《李秀成供》。
《李秀成供》出版的消息在大陸政學兩界引起震動，有關方面很快派人通過香港購得此本鑑定。這個影印本清晰地保留著曾國藩等人用朱筆、墨筆進行刪改的痕跡，篇幅比曾國藩當年的安慶刻本多出九千餘字。經過多方鑑定，影印本為《李秀成供》的真本內容無疑。全本七十四頁，全頁寫滿，最末一頁最後一句話是“實我不知也，如知”，全篇結束。
從寫滿的頁碼和書寫的規律來看，李秀成的話似未講完，下面應有延續，至少要把“如知”這句話講完。何以成為影印本的現狀呢？這意味著李秀成最後一部分供詞一定包含著更深的隱秘，或者對曾氏來說極不利的話語。為怕暴露於世，曾國藩或曾家後人便有意把最後一部分撕去銷毀了。至於這個真本為何要在此時印出，據羅爾綱推斷，因當時廣西通志館抄錄本已在社會上廣為流傳，“這才追使曾家後人不得不把原稿影印公佈”。
台灣影印本《李秀成親供手跡》傳入大陸不久，羅爾綱再度提出李秀成“假降”說，一時得到眾多學者的呼應，羅氏對李秀成這一顛覆性評價，眼看就要成為不可撼動的鐵案，除報刊電台予以呼應外，一些表現李秀成被俘後寧死不屈，圖謀東山再起的戲劇也紛紛出籠，在全國各地上演。令羅爾綱和他的擁護者想不到的是，一隻更加驕悍的黑馬又從羊群中鳴叫著竄出，此人便是號稱史學界“新銳”的戚本禹。年輕氣盛的戚本禹在題為《評李秀成自述——並與羅爾綱、梁枯廬、呂集義等先生的商榷》一文中，對羅爾綱等人的評價再次進行了顛覆。文章說：“太平天國後期的重要將領忠王李秀成，在1864年7月22日被曾國藩的軍隊俘虜了。他在敵人的囚籠裡寫了一個自述。這個自述，從它的史料價值來看，無疑是極其珍貴的；但是，從它的根本立場來看，卻是一個背叛太平天國革命事業的'自白書'。”最後的結論是：忠王不“忠”，李秀成是叛徒，並“認賊作父”。
戚文一經發表，在史學界引起了一場更大的震動和爭論，各色人物紛紛表達不同看法，致使爭論呈越演越烈之勢，最後演化成文化思想界最高層的一場角逐。當年被魯迅指斥為“四條漢子”之一，此時掌控中央宣傳部的周揚，對戚文觀點予以否定。但自稱文藝界“流動哨兵”的江青出於政治目的適時跳將出來，明確指出周揚等人的觀點是錯誤的。正官場得意且不明就裡的周氏及其一幫大小嘍囉表示不服，雙方你來我往地交起手來。江青一看自己的威力不足以製伏周揚等輩，將戚本禹的文章送給毛澤東審閱。毛讀了戚文和《忠王李秀成自述》原稿影印本後，作瞭如下批示：“白紙黑字，鐵證如山，晚節不忠，不足為訓。”隨著這十六字手諭的傳達，江青握到了尚方寶劍，寒光閃過，周揚等幾條漢子於亢奮中勃起的頭顱當場蔫了，角逐的大幕轟然落下，李秀成被定性為“忠王不忠”。
既然大勢已定，明白過來的周揚急轉航舵，迅速指示中宣部給各地打電話，發布通令：今後凡是歌頌李秀成的文章和戲劇，不要發表和演出。於是，正在上演的話劇《李秀成》被封殺。而竭力主張李秀成“假降”、忠王還“忠”的羅爾綱等人，自然地成了站在革命對立面的人物，被扣上“叛徒李秀成辯護士”的帽子加以整肅。一時間，文化思想領域又掀起了一個批判李秀成運動。在這個運動中，洪秀全成為一個完美無缺的革命的農民領袖；楊秀清定性為“野心家”；韋昌輝為“階級異己分子”；石達開為“分裂主義者”；李秀成為不折不扣的“叛徒”。整個太平天國的重要人物可謂紅臉、黑臉、花臉、白臉各有所得，各得其所了。
就在太平天國歷史隨著政治形勢的變化顛來倒去，主要人物頭上的“鋼盔”不斷變換的十餘年間，蹲在南京博物院的曾昭燏，以一種複雜的心境密切關注外界的一舉一動。只是不管洪秀全、楊秀清、韋昌輝、石達開，特別是爭議最大的李秀成頭上的“鋼盔”如何變化，作為鎮壓太平天國的“漢奸、劊子手曾國藩”的黑色“鋼盔”則無人為之更換。不但沒有更換，隨著《李秀成供》的爭論與台灣影印本的出現，一種有形無形的壓力向整個曾氏家族襲來。一直對曾家後人遲遲不肯交出《李秀成供》真本大為不滿的文化學術界人士，對留在大陸的曾氏家族人員未能保住這一珍貴的歷史文獻，卻讓一個曾約農偷偷攜往台灣並且於國民黨掌控的出版機構出版發行，更是滿腔惱怒，強烈懷疑曾國藩本人與其後人的險惡用心。這種憤怒和懷疑十幾年之後仍不能從心中消失，正如羅爾綱後來所說：“曾國藩為什麼不肯公佈《李秀成自述原稿》交給清廷呢？這就是陳寅恪先生所說的'不可告人之隱'。'不可告人之隱'是什麼呢？就是我們上面所舉曾國藩那些欺騙清廷、損人利己和把現存原稿七十四頁以後毀滅的秘密。”羅氏的激憤之詞，代表了學術界多數人的態度，曾一度影響了最高當局並引起部分領導者的不快，紅極一時的史學家範文瀾也隨聲唱合，撰文聲稱曾國藩是地地道道的反革命分子和漢奸劊子手。在如此的政治形勢和語境下，身在文化、文物界且主掌一個國家級大型博物院的曾昭燏自是百感交集，痛苦不堪又不能公開言說，只有私下向要好的友人訴說心中的苦悶。有一天，曾氏滿面悲憤地對南京大學歷史系主任賀昌群說：“範文瀾說的'漢奸劊子手曾國藩'，怎麼也想不通；說他是鎮壓太平天國的劊子手，是不錯的；但說他是漢奸，我們曾家絕不能接受，因為這不是事實。”
1963年春，曾昭燏借到南方出差之機專程到中山大學拜訪了陳寅恪，就台灣影印本《李秀成親供手跡》一事與陳氏進行了密談。所談內容和計謀的應變之策外人不得而知，可以想像的是，話題自然涉及曾國藩、湘軍與太平軍等陳年舊事。當曾昭燏說到欲購海外新印太平軍將領李秀成供狀等事宜時，陳寅恪也一定為自己祖輩與曾家三世之交，以及祖父陳寶箴在為曾國藩幕僚期間曾施計活擒幼主洪天貴福之事，於心頭湧出一種白雲蒼狗，滄海桑田，聚散無常的感觸。
當年曾國藩特別賞識俞樾“花落春仍在”的詩意，如今是落花流水春去也，寒風苦雨中，已是英雄遲暮，美人白頭，只有“我自無語向天行”了。就在曾昭燏訪問的當日，陳寅恪於愴懷哀愁中賦詩一首：
銀海光銷雪滿顛，重逢臏足倍淒然。
澗瀍洛下猶馀地，韋杜城南莫問天。
雄信讞詞傳舊本，昆明灰劫話新煙。
論交三世無窮意，吐向醫窗病榻邊。
因陳詩向來以隱晦艱澀著稱，又有一套獨特的密碼系統，後來的釋家雖破釋了澗瀍，指澗水、瀍水，皆流經洛陽注入洛水，後泛指洛陽，而此處的洛陽又喻指曾昭燏所在的南京，以及“單雄信為王世充的將領與李世民為敵，而李秀成作為太平天國的將領與曾國藩為敵”、“讞詞，犯人供詞，此句扣緊詩題所指的《李秀成親供手跡》”等詩句的喻意，但仍難讀懂和全面破譯陳詩中隱含的密碼。隨著曾昭燏與陳寅恪先後謝世，二人的談話內容更不為外界所知。稍能透露曾昭燏在批判李秀成運動中內心活動與應變之策的，是1964年曾氏所作《讀李秀成自述手跡》詩兩首：
一火金陵萬屋墟，焚身猶欲救池魚。
百年心事分明在，試讀名王自白書。
萬家春樹感深思，巷哭江南盡淚痕。
身後是非誰省識，欲從遺墨共招魂。
又：
曠代功勳曠代才，擎天高柱复危榱。
緣何一著差終局，百戰英名付劫灰。
鴻毛岱岳須臾事，取捨分明是丈夫。
寄語世人須著意，親仇有界莫模糊。
詩中的“緣何一著差終局，百戰英名付劫灰”句，當是曾昭燏緊跟形勢，對已定調的“叛徒”李秀成，因最後十幾天“投降變節”而使一世英名付於劫灰的扼腕嘆息。最後兩句當是警告活著的人，對輕如鴻毛與重如泰山這般人生大事，一定要想好、想開了，不要稀里糊塗地親家與仇寇不分，把本是狗熊一樣的反革命分子當成革命的英雄，或像羅爾綱最初稱頌的“反革命的英雄”來對待。特別是最後半句，既是痛惜李秀成“認賊作父”，不該乞降於“偽君子”“反動劊子手”曾國藩，同時旗幟鮮明地宣示自己愛憎分明，界線清晰，堅決與羅爾綱所一口咬定的“中國近代史上第一個反革命的巨魁”曾國藩決裂。
當曾昭燏獨自趴在南京博物院一間空寂的屋子裡寫下這首詩的時候，正是李秀成遇難一百週年。曾氏這首在嚴酷的政治壓力和為自保而苦心孤詣吟出的詩行，與一百年前李秀成身陷囹圄時的“供狀”對比，自是令人悵然太息。而這個時候，離曾昭燏身死靈谷塔還有不足一年的時間。