批判李秀成運動方興未艾，波及社會各階層的“四清”又成燎原之勢。這場自1962年底開始的、由中國農村逐步推開的政治運動，最初的口號是“清工分，清賬目，清財物，清倉庫”，後來擴大為“大四清”，即“清查歷史、清查思想、清查政治、清查經濟”運動。又名“社會主義教育運動”。在清查中，鬥爭對象由農村和城市的貪污腐敗分子，逐漸出現帶有個人恩怨和嚴重政治傾向的階級鬥爭，重點集訓、戴鋼盔、立罰規、搜查、批鬥、群毆等現像開始大規模出現——這是全面混亂的十年“文革”的前奏。
在這一聲勢浩大的運動中，曾在學術界紅極一時，不可一世的紅色巨頭楊獻珍、孫冶方、翦伯讚、羅爾綱等輩，遭到公開點名並被當權得勢者提著脖子拎出來大加批判。曾昭燏雖在此前的幾場運動中僥倖躲了過去，但當運動來臨時，感到了一種更加劇烈的痛苦、迷惘與恐懼。按照“四查”的行動原則，曾照燏除了自信經濟上無問題可查，“歷史問題”則無話可說。曾氏家族被定為“反革命歷史家庭”已是鐵板釘釘，且這個釘子還是拐了彎的鐵案。而在思想、政治上，曾氏始終認為這是懸在自己頭上的一把利劍，時刻有落下並刺向自己頭顱的可能，必須拼盡全力來應付這場對自己兇多吉少的風浪。此時曾昭燏的身體已大不如前，明顯消瘦無力，無精打采。這年3月，曾昭燏在巨大的壓力下導致精神崩潰，患上了憂鬱症，不得不入住南京丁山療養院接受醫治。
1964年12月初，第三屆全國人民代表大會即將召開，當曾昭燏躺在病床上收到燙金的代表證書時，先是目光呆滯，毫無表情，而後潸然淚下。送證書者一看對方精神狀態處於崩潰的邊緣，遂好言相慰，令其放下一切思想包袱與生活煩憂，勇敢、理性、熱情地投入偉大的“四清”運動中來，展開雙臂擁抱火熱的社會主義新生活云云。面對風雨共濟幾十年的老同事那充滿善意和真誠的目光，曾昭燏淒然地說：“別再寬慰吧，我不行了！”
此時曾昭燏的心境如同曾國藩晚年“心力交瘁，但求速死”的詛咒，她心如死灰，感到活著已了無生趣，對生命的最後一點留戀隨風飄散。十幾天之後的12月22日，曾昭燏主動提出要用南京博物院的小轎車送為她治療的醫生回家。當送回醫生後，她對司機淡淡地說：“去靈谷寺吧，我想散散心。”司機會意，駕車向靈谷寺駛去。
靈谷寺位於南京中山陵東，最早修建在紫金山獨龍阜，是紫金山風景最勝之區，原名開善寺，乃南朝梁天監十三年（514）梁武帝蕭衍為葬其師寶誌和尚所建。寺內葬有名僧寶誌和尚遺骨，造有誌公塔，唐代更名寶公禪院，南唐改稱開善道場，北宋稱太平興國寺，明初改名蔣山寺。明洪武十四年（1318），明太祖朱元璋決定在獨龍阜建明孝陵，遂將寺與塔遷移於後來的中山陵附近，並改名靈谷寺。當時的靈谷寺規模龐大，佔地500餘畝，山門上書“天下第一禪林”，後寺院毀於兵燹，僅存無梁殿。清同治六年（1867）兩江總督曾國藩在原址上修建“龍王廟”，成為民眾祈雨之地。 1931年，國民政府在原寺址始建國民革命軍陣亡將士公墓，1935年建成，在公墓的中央安葬了1932年“一·二八”淞滬抗戰中陣亡的128名將士的遺骸，其中有威名赫赫的十九路軍70名，第五軍與憲兵團58人，這些名字作為中國國民黨軍人頑強精神的象徵，受到社會各界的瞻仰紀念。新中國成立後，此處改名為靈谷公園，但習慣上仍稱靈谷寺。寺內有一標誌性景點靈谷塔，塔高66米，九層八面，底層直徑14米，頂層直徑9米，為花崗石和鋼筋混凝土混合結構。 1933年建成，當時稱陣亡將士紀念塔，俗稱九層塔。塔內有螺旋式台階繞中心石柱而上，計252級，每層均以藍色琉璃瓦披簷，塔外是一圈走廊，廊沿有石欄圍護，供遊人憑欄遠眺。塔上有蔣介石親筆手書“精忠報國”四字，以及蔣介石所撰“黃埔軍校第一至六期同學錄、序”各一篇，分別由戴季陶、張靜江等國民黨元老書丹。
曾昭燏乘坐的小轎車悄然停在了靈谷寺前，她把一包蘋果送到司機懷中，輕輕地說：“請你吃著，等我一會兒。”說畢打開車門，匆匆向靈谷塔走去。在塔下茶室，曾氏逗留沉思，又拿出筆在一個小字條上寫著什麼，寫畢將紙條裝進大衣口袋。在外面等候的司機似乎感到了一點不祥氣息，急忙棄車走進茶室，曾昭燏表情木然，把大衣脫下交給司機，讓其在此稍候，自己要到塔上散心，言畢即登上塔梯向上攀緣。十幾分鐘後，外面遊客忽見高聳的靈谷塔上，一個身影凌空一躍，如同天空一朵瑰麗的彩雲飄然而下，悠忽間落入枯草叢生的石階，鮮血噴濺處，枯草被染成殷紅——一代女傑與世長辭。
據有關部門派來的驗尸者說，曾氏是從靈谷塔第七層跳下，屬自殺身亡。後在其交於司機的上衣口袋裡發現一個小字條，上寫“我的死，與司機無關”。
由於記載曾昭燏生命軌跡，特別是1949年之後的第一手材料，因複雜的歷史原因未能公佈，不免讓外界對曾氏的死因產生種種猜測甚至妄言。
當時任南京博物院辦公室秘書的梁白泉回憶說：“曾昭燏跳樓之前，曾投到郵筒一封信給我，她死後，全院被有關部門封鎖，這封信落到了省委統戰部有關人士手中，上面寫的什麼內容，我現在仍一無所知。”
據梁氏推測分析，曾昭燏的自殺，除無休止的政治運動牽涉曾氏家族與她本人，使她整日戰戰兢兢，如履薄冰，造成巨大心理壓力，還有下面幾件典型事例，也是導致她最後走向毀滅道路的深層原因：
一、新中國成立初期，地主階級被打倒掀翻，除了被押赴刑場或槍決，或亂棍打死、亂刀砍死外，其罪小惡少的地主家屬如老人與“狗崽子”外加“狗腿子”等大多被掃地出門，流落街頭。湖南湘鄉荷葉塘曾家一個老年“狗腿子”——頭戴瓜皮帽、眼戴老花鏡的賬房先生，在被掃地出門後因一時生活無著，於五十年代早期輾轉來到南京求助於曾昭燏。當年在家鄉生活的曾大小姐，是在賬房先生的尊崇與愛撫下一天天長大成人的，二者自有非同尋常的感情。儘管事隔多年，面對故人求助，曾昭燏毫不猶豫地接待了他，並做了力所能及的招待和救濟。大約與這位賬房先生在南京見面的某個夜晚，二人談到了湘鄉荷葉塘曾氏家族的情況，以及在新形勢下面臨的險惡處境。出於一種自保、自救的心理，曾昭燏把一直壓在她箱底秘不示人的湘鄉曾氏家族（南按：或許只是曾國潢一支）的地契、房契等被中共認為“變天賬”的證據，全部秘密燒毀。後來隨著“精神洗澡”不斷深入，曾氏猛然頓悟，認為當時應該把曾家的“變天賬”全部無條件地交給“組織”，不應由自己悄悄燒毀，立感這是自己所做的一件對黨對人民不可饒恕的罪行，遂產生了悔恨、責己之心，精神壓力驟然加大。
梁白泉的說法得到了書面材料的支撐。曾昭燏在向組織提交的“供詞”中，在談到“我的童年”一段時說：“在我滿六歲的時候，母親即從衡陽請了一位貧寒的讀書人來做我們（那時我還有位姐姐在世）的老師，此人名曾筱屏，從輩分算，是我們的叔父。”另據曾昭楣回憶說：“族叔筱屏老師從姐［昭燏、昭懿］教起（長沙兩兄另從一師），至我讀書，整整在我家教了十八年。姐學得最精，詩詞歌賦，無所不能。後人藝芳攻讀六年，學行俱佳。”1920年，曾昭承與昭掄兄弟皆在國外留學，而這一年天下大亂，土匪活動猖獗，曾昭燏全家整日生活在恐嚇之中。曾昭燏回憶說：“我們不敢在家裡住，總是這個佃戶家住一晌，那個佃戶家住一晌，回到家裡來，也是偷偷摸摸的，晚上讀書，點燈的時候，要把窗戶全遮了，怕外面看見，夜裡不敢在正房裡睡，躲到書樓上去睡，我們孩子們還把磚砌成一個個的空洞，準備土匪來的時候躲進去。有幾次聽見門外響動，竟從床上爬起來，往菜園裡跑，準備越牆逃走。這種恐怖的生活，使我對於這個古老的家庭，老是懷著一種陰森憂鬱的感覺。”
就是在這樣的亂世中，有一天，曾家被一股強悍的土匪搶劫，曾昭燏的祖父與父親等人皆遭土匪綁票，曾家陷入混亂。筱屏師除了負責曾氏子弟讀書。還四處奔波求助曾家的親朋好友，設法營救被綁去的主人。主人被救回後，筱屏師兼任曾家的賬房。 1925年，曾昭燏祖父曾紀梁去世，“家中的氣氛一片悲哀”。曾氏姐妹每日與業師曾筱屏一起在書樓上埋首讀書。有一天，曾昭燏的大妹曾昭懿因躲在黑暗的書樓上讀書，不慎從樓上墜落，把手腕跌斷，醫治甚久方愈。接連的痛苦折磨，和“憂鬱的環境”，使得曾昭燏不願再待下去，她與母親反复商量，懇求離開這裡，加上二位哥哥的支持，母親終於“無可奈何地答應了”。 1948年4月，筱屏師辭去教職兼賬房職務，告老還鄉，曾家給了這位業師一份撫卹金與妥當安排，使其能安度晚年。令曾家和這位筱屏師意想不到的是，一年之後，隨著曾國藩成為地主階級的代表和“鎮壓太平天國的漢奸、劊子手”的定性，這位塾師自然成了地主階級和漢奸劊子手的孝子賢孫，受到當地政府的鎮壓與控制，最後被驅出家門，流浪街頭。正是在這樣一種政治、生活背景下，筱屏師一路流浪來到了南京博物院找到了他一手拉扯成人的曾大小姐昭燏。而此時的曾院長一見業師如此落魄狼狽，自是百感交集，淚眼婆娑，領回家中熱情招待，一切都不在話下。
此處有個至關重要的情節，就是梁白泉說的這位賬房先生把他掌握的曾家的地契或者還有其他家產賬目交給了曾昭燏。這些東西在“打土豪，分田地”之後的新政權嚴密控制下再度浮出現世。對曾昭燏產生的心靈震撼和驚恐是不言而喻的。也正是這種突然而至的恐懼，使曾昭燏在兩難的抉擇中選擇了一種在當時看來明智的做法——一把火燒掉。只是智者千慮必有一失，歷史的詭吊處在於，那位筱屏師沒有在燒掉之後當場死去，使此事做到死無對證，而是活著回到了原籍。如此這般，事情變得嚴重起來。隨著政治形勢越來越緊，一個個運動不斷展開與升級，已回到湖南老家受到監控和鎮壓的賬房先生，如果經不住世道人心的誘惑或銅頭腰帶抽打的折磨，被迫洩露天機，並供出與曾氏合謀銷毀了地主頭子的“變天賬”，後果不堪設想。一旦追查起來，曾昭燏無疑是對黨和社會主義新中國的背叛，以“現行反革命分子”罪行論處自是必然，或革職查辦、批鬥，或蹲幾十年深牢大獄。 ——這種徹入骨髓的恐懼，隨著時間的延遲和政治環境的惡化越來越重，成為導致曾氏神經崩潰的一個重要原因之一。
二、1946年10月，中央研究院史語所與教育部在南京聯合舉辦了一個展覽，內部傳說是專為蔣介石祝壽。當時參展的教育部只是個名義，具體承辦者是隸屬於教育部的中央博物院籌備處，作為總幹事的曾昭燏自然成為具體的操作者。為此，曾氏主持了展品的選擇，並對展品的設計作了具體指導。開幕那天，曾昭燏以主持者的身份接待了蔣介石、宋美齡夫婦，以及美國駐華特使馬歇爾與太太凱瑟琳等高官顯貴。這段歷史，曾昭燏在1951年的“供狀”中曾向“組織”作過坦白交代：
一九四六年十月，我同博物院許多人員復員到南京，中央研究院史語所與偽教育部聯合舉辦了個文物展覽會（據說為替蔣介石祝壽而辦的，不過外面一點沒有表示出來），找我去臨時幫忙，當蔣介石與宋美齡陪著馬歇爾夫婦來參觀的時候，我還去招待了他們，特別是馬歇爾太太……蔣介石一行參觀時有大批中外記者隨行，並有大量照片發表於報刊，這個事實曾昭燏自是心知肚明，硬抹是抹不掉的，只有根據中共“坦白從寬，抗拒從嚴”的口號加鐵律，戰戰兢兢，如履薄冰地試探著招供。但從這幾句短短的“供詞”中可以看出，曾昭燏確實算得上是個聰明的女人，她快速蹚過蔣宋這對“戰犯夫妻”與馬歇爾這個“美帝國主義走狗”等潛伏著凶險暗流的聯合板塊，接著滑向馬歇爾夫人一邊，並以“特別”二字抱住了這位黃發碧眼的凱瑟琳女士。曾昭燏知道，在薄如白紙的光滑冰面上，夾在幾位權要顯貴之間的凱瑟琳夫人離中國的政治最遠，腳下的冰層最厚，身處政治危機中的曾昭燏在不能撇清或抹掉這段歷史事實的處境中，這個“供詞”著力點是明智的。然而，與蔣介石的瓜葛並未到此結束。 1948年5月29日至6月8日，中央博物院籌備處與故宮博物院南京分院在中山門新落成的陳列廳聯合舉辦展覽會。中博方面奉獻的展品有商周銅器，漢代文物，歷代帝后像及中國西南及南部民族文物，以及印度名畫。其中，最令人矚目的是安陽殷墟出土的著名的司母戊大方鼎。此鼎由安陽小屯村附近農民在抗戰期間於地下商代陵墓中盜掘而出，後落入駐豫北國民黨第三十一集團軍總司令王仲廉之手。 1946年蔣介石六十歲壽誕時（虛歲），王仲廉敬獻此鼎作為壽禮，蔣把這件禮物批轉給中央博物院籌備處收藏保管（南按：國民黨敗退時，曾打算把此鼎運台，但終因體大沉重被棄之機場而作罷）。當展覽會開幕時，蔣介石受邀前往出席典禮，順便參觀了展品。在參觀中，曾昭燏作為中博籌備處的總幹事和聯合展覽的主持人之一，為蔣介石一行進行了導遊和講解。蔣氏這一次顯得特別高興，待興致勃勃觀畢，特別在大廳內率群僚與主辦方負責人合影留念——這是曾昭燏一生中唯一一次與蔣公的正式合影。但到了江山易主，政權更迭之後，曾氏意識到當年與“蔣賊介石”那張合影很可能成為自己反黨反人民。擁護蔣家王朝的“罪證”，而要全面銷毀已不可能，遂惶惶不可終日，驚悚而不能安寢。
三、曾昭燏當上南京博物院院長後不久，深感江浙畫家在明清畫壇上的重要地位，而當年的中央博物院籌備處自成立之初，就特別注重這一方面的收集並有重大收穫。只是在新中國即將成立之際，包括聞名於世的《歷代帝后像》、《唐明皇幸蜀圖》等約3萬件一流藏品皆被國民黨運往台灣，所剩無幾且檔次較低。在道統上承續中央博物院籌備處衣缽的南京博物院，仍打著以歷史與藝術收藏、研究、展出為主體的招牌，若要做到名副其實，除了田野考古發掘所獲出土文物，另一個側重點必須主動到社會上徵集書畫作品，以充實館藏和展出。在這一思想指導下，自1950年始，曾昭燏率領同事為此奔波，取得了極其理想的效果。至1960年短短的十年時間，南京博物院徵集的書畫達到了一萬餘件，明清以來的“吳門畫派”、“揚州八怪”、“金陵八家”、“海上畫派”等作品皆有斬獲，其中不乏如閻次平《四季牧牛圖》、夏珪《灞橋風雪圖》等珍品。後經國家文物局組織專家鑑定，其品級位列全國第三，僅次於北京故宮與上海博物館。
就在書畫徵集的過程中，出現了一個意外插曲。時任江蘇省文化局副局長的鄭山尊（南按：到過延安並聆聽毛澤東在延安文藝座談會上的講話）有一位叫龐增和的親戚，龐是著名海內外知名大收藏家龐萊臣（虛齋）之孫，在蘇州繼承了家族遺留的大量書畫文物。鄭氏出於愛國熱忱，在徵得省委宣傳部同意後，動員龐氏把祖上留下的這批珍貴文物捐贈給南京博物院。龐為之所動，遂專門挑選了137件自宋至清各個時代的代表作品，如宋徽宗趙佶的《鴝鵒圖》、黃公望的《富春大嶺圖》、吳鎮的《松泉圖》、倪雲林的《叢篁竹石圖》等國寶級文物捐獻給南京博物院。龐增和捐獻的這批“虛齋”藏畫，正如文物專家趙啟斌所言：“無論就學術意義還是文物價值，確實非同一般。這批藏品對於南京博物院展開學術研究，起到了巨大的支撐作用，也為南京博物院的學術繁榮作出了特殊貢獻。”儘管有如此了不起的價值和意義，但龐增和不圖一分錢之利，主動謝絕了南京博物院本該獎勵給自己的兩千元現金。主持接收這批書畫的曾昭燏面對龐氏的義舉，深感過意不去，便用這筆錢對龐增和做了一次高規格款待，即在南京某有名的餐館好吃好喝了一頓，而後又為已故的收藏家龐虛齋做冥壽，刻有硯台一方送龐家做紀念等。當政治運動到來時，有人提及此事，認為曾昭燏大吃大喝並搞資產階級腐朽迷信，曾氏對此事無法辯解和說得清楚，內心的痛苦進一步加重。
四、1964年，毛澤東明確提出城市“五反”，農村“四清”，並向各地派駐工作隊。
這個運動原來與潔身自好、終生愛惜羽毛的曾昭燏沾不上邊，卻觸動了她一塊心病。其病源是：1954年，曾昭燏主持山東沂南畫像石墓發掘過程中，與山東博物館派出協助的文物專家台立業、蔣寶庚建立了友誼。蔣、台二人年輕氣盛，工作時經常調侃。不諳世事的台立業自稱“姓台灣的台”，蔣寶庚則自稱“姓蔣介石的蔣”。當“反右”風暴一來，台、蔣二人便被作為人民公敵“台灣老蔣”的孝子賢孫打成右派分子。因“老蔣”的姓氏比“台灣”地名響亮得多，罪過也就嚴重得多，台立業仍在博物館接受群眾監督改造，而蔣寶庚被打成“極右”，停薪停職，發配到一個偏遠農村勞動改造，家人全部隨往。未久，令人談之色變的“三年自然災害”到來，蔣寶庚一家生活陷入困頓，全家人幾欲餓死。走投無路中，蔣寶庚便偷偷寫了一信向曾昭燏求援。面對昔日的同志，今日的“反動分子”，曾昭燏思慮了許久，最後還是冒著極大的政治風險匿名給這位落難的“老蔣”郵寄了30元錢。
樂善好施本是有家教學養的中國女性一種美德和高貴品性，但在當時以階級鬥爭為綱的政治風浪下，卻是一種極大的冒險行動。儘管“老蔣”心知肚明，沒有吭聲，幾年來南京博物院也沒有什麼風聲傳出，但曾昭燏一直放心不下，當“四清”運動來臨時，曾氏心中打起鼓來。因為雙方不能通信通電言明此事，曾氏對“老蔣”的情況無所知曉，更增加了幾分神秘和恐怖。假如這位憨直的大嘴“老蔣”把不住門，或在勞動改造中突然提高了政治覺悟，決定“反水”立功，把30元錢的舊事掀動出來，曾昭燏無疑成為引火燒身、站在黨和人民對立面的反動分子，後果不可想像。
五、與“四清”緊密相連的是針對城市的“五反”，其中一個重點是在城市劃分階級成分，江蘇為中央確定的試點省，關係重大。曾昭燏深知自己的家庭背景，無論如何表現和撇清，這個“五反”與自己是脫不了乾系的。而恰在這個時候“已經有人開始對她在運到台灣南遷文物中的責任，開始清算”。因而，當江蘇省的“五反”開始不久，曾昭燏便認為大限將至，精神高度緊張，直至精神全面崩潰。當她聞訊自己被選為全國人大代表時，不但沒有解脫，反而壓力加重，認為自己身心沾滿了污泥濁水，不配做“人民代表”。當時梁白泉奉命每週一次到丁山療養院去看望曾昭燏一次，並帶去相關信息。梁白泉看到，“此時她一臉木然，眼光呆滯，並沒有要去北京開會的意思”。在深深的自責與恐懼中，痛苦至極的曾昭燏最終決定遠離紅塵滾滾的三千大千世界，孤身一人駕鶴西去。
曾昭燏於靈谷塔上縱身一跳，不禁令人想起了王國維頤和園的自沉，想起了“五十之年，只欠一死”的悲愴遺言，想起了陳寅恪那“凡一種文化值衰落之時，為此文化所化之人，必感苦痛……殆非出於自殺無以求一己之心安而義盡也”的精闢宏論，同時又讓人想到屈原在汨羅江的自沉。此前，曾氏為其師胡小石所撰的墓誌中，特地點出他生平所最致力的三大領域，即古文字之學、書學和楚辭之學，這也是曾昭燏得益最多的三個方面。楚辭之學對於出生於楚地的曾昭燏來說，自有一種特別的感情，曾家老母親對包括她和曾昭掄在內的七個子女都教讀過屈原的作品，曾昭燏後來還寫過《讀楚辭》九首之類的詩作，如“哀吾生之無樂兮，幽獨處乎山中，吾不能變心以從俗兮，固將愁苦而終窮”。屈原不能變心從俗，但二千年後的曾昭燏卻能，晚年居住於南京且與曾氏有往來的世家子弟陳方恪也能。如陳方恪就曾說過，“人不可俗，但也不能不隨俗”，陳氏所指的“俗”，可認為是社會風氣和政治形勢。青少年時代風流成性，整日在脂粉中徜徉磨蹭的花花公子陳方恪，與他的兄長陳寅恪在性情、處事等諸方面可謂大異。新中國成立後，陳方恪經過不斷的“精神洗澡”，思想忽於一夜之間發生了突變，陳的一位同事後來說：陳方恪“能在黨領導的期刊編輯部處理文史稿件，與黨內同志相處融洽，從無間言。學習時政，三言兩語，頗得要領。真是'日對千賓，不犯一諱'，對世道人心皆有把握，處世圓滑嫻熟得已是爐火純青，寅恪與方恪兄弟二人的巨大差異，真讓人有龍生九子，各有不同之浩慨。”
曾昭燏經過“洗澡”後，基本上也按這個路數走了下來，她在當時的南京學術界頗受尊重。因一直未婚，孤身一人在博物院生活，外間俗事少有牽掛，特別敬業，幾乎把全部精力都投入工作中。五十年代早期，她的辦公桌旁掛有一張蔡元培的照片和一幅毛公鼎拓片，蔡元培是其精神領袖，毛公鼎拓片則是她追求事業的象徵，也是她理想生活的全部內容。隨著思想“洗澡”不斷深入和各種運動風起雲湧，蔡元培的畫像已作為資產階級的代理人，並與胡適同流合污的侏儒醜八之類的人物被她悄悄扯下銷毀，代之以偉大領袖毛主席揮動手臂的巨幅肖像來指引她的精神航向了。在這一系列無休止的洗心革面，痛改前非的“一日三省”中，曾氏的精神始終處於高度緊張狀態，一旦出現一點疏忽或差錯，就痛心疾首，不能自製，終致走向精神分裂與崩潰，直至像她的先輩曾國藩晚年所發出的“身力交瘁，但求速死”的絕望悲鳴一樣，以速求一死的方式謀得解脫。 ——這便是一代傑出的女性考古學家、博物館學家、古文字學家死亡的幾個主要脈絡。
當然，歷史是複雜的，許多隱秘往往埋藏於歷史深處而被人忽略，除了曾昭燏在新的政權之下由於家族關係和個人思想觀點而深感自責，以及在多波次政治運動中被迫在刀刃上起舞旋轉而產生的恐慌懼驚，還有一個不可忽視的癥結，就是曾昭燏蟄伏在內心深處的孤獨、孤傲、孤憤和耿介剛烈的性格，這種性格與以蠻霸著稱的湖南人脈管裡流淌的血液有關，也與她長期獨身有一定關聯，即通常所說的“老姑娘症”是也。對於此點，與曾氏相識的博物館學家陳晶曾專門問及抗戰中在李莊的王世襄和羅哲文二人對曾昭燏的印象，羅說“她很有學問，也謙虛。那時我年輕，她很關心我，教過我外文，輔導我工作。她自尊心很強，你對她好，她也會對你好得不得了，若對她不好，就不高興”。而王世襄的評價與羅似有差距，王說：“在李莊時常見，她留學德國（按：為留學英國之誤，但確在德國柏林國家博物館參加過考古實習），跟李濟、傅斯年先生工作，很傲慢的樣子。也經常到營造學社去，但沒有多大接觸。”
從上述回憶可以看出，曾昭燏對王氏這位燕大畢業的土包子學者的不屑，也見出王世襄並沒有把這位“海龜”女學者太放在眼裡。文人相輕，自古已然，於是有人公開批評曾氏性格剛烈，說她“孤傲、嚴肅、不易親近，沒有親和力”。對此，早年曾受曾昭燏指導的曾憲洛同學許复超說：“先生是即之冷靜理智的學者，也是心如熾火耿介的性情中人。在別人可以不以為意的言語、氣色，在先生很可能無法釋之、置之。這是先生的性格使然，也是賢者難為的短處。”
許氏的評價應是公允的。或許正是這樣的性格，才有了在她殞命之前偶爾露崢嶸的一幕。一次，曾昭燏以政協委員的身份參加了省裡組織的一個民主黨派座談務虛會。會上，眾人附和主持者的說法道：“形勢不是小好，是大好。”交頭接耳中，曾昭燏突然站起身大聲說道：“我看你們都是佞臣！”眾人大驚，立即啞然無聲。待緩過神來，群起反攻，疾言厲色地質問曾：“我們怎麼是佞臣？”曾昭燏似感到自己過於激動，也知道此舉戳了馬蜂窩，遂轉身離開了會場。這個看似偶然的事件，除了曾氏骨子裡暗含的一種對當政者的不服氣和阿諛奉迎者的厭惡，也是她長期精神壓抑之後真情的流露和爆發。
或許，從這個時候起，曾昭燏開始反思她的人生歷程，以及江山易主時自己抉擇的得失。因這一時期的日記一直藏於曾氏後人家中未能公佈，思想流變與具體的言辭不得而知，但從曾氏自作的文章中可以發現一個特別值得重視的細節，即她在自殺前曾寫過一篇《我也來談談＜桃花扇＞的結尾問題》的戲劇評論。在這篇評論中，曾昭燏謂孔尚任所創作的，對劇中人物，特別是侯朝宗、李香君兩個男女主角的褒貶，是合乎歷史事實和恰當的。但這齣戲經歐陽予倩改為話劇後，人物形象遭到扭曲，特別是結尾寫侯朝宗赴清朝的鄉試，中了副榜，為李香君所唾棄一幕，與孔氏原劇大不相同且離譜太遠。對此，曾昭燏直言不諱地指出：當看到戲劇結尾處，侯朝宗穿著清朝衣冠出場，那種卑鄙的樣子，總令人心中感到不爽，覺得實在是有點委屈了侯朝宗，甚或是一種人格侮辱。按曾昭燏對歷史史實和人物背景、身份的把握，侯朝宗在入清以後是被迫應鄉試的，侯的應試策已刊佈於世，內中很少阿諛逢迎、希圖得到新朝恩寵的言辭，只是對當時政治經濟上一些問題提出意見和建議，而對順治皇帝入關後貴族官僚弄權枉法，指斥頗為切直。面對侯的試策和其他遺留的材料，曾昭燏認為：“推侯之意，這時滿洲人統治中國，已成定局，要推翻已不可能，自己既已應試，爽性進些直言，希望新朝政治修明一點，老百姓少受點苦。至於自己，本無意功名，中與不中，在所不計。當然，假如侯朝宗當日竟高掇巍科，則很有可能他從此投身仕途，不顧名節。可是他的直言，觸怒了有關的人。於是給他一個副榜，以損害他的才名。侯朝宗受此侮辱，心中自然更加痛苦，不久就跑到南方去了。”又說：“侯朝宗應試，到底非出於本心，應試後心中痛苦，越三年而死，與甘心投敵者不同。孔尚任在劇的末尾，寫皂隸訪拿山林隱逸，就暗暗點出當時一些隱居的人的出山是出於不得已，在他的心中，侯朝宗是屬於此類的。至於借皂隸之口，說'那些文人名士，都是識時務的俊傑，從三年前俱已出山了'，鞭撻的是錢牧齋之流，侯朝宗不在其列。”
曾昭燏是很少寫戲劇評論的，這是目前發現的唯一的一篇，可見她是有意而為之。在敘述侯朝宗內心痛苦與不得已而“出山”，最後鬱憤而死的悲慘結局時，曾昭燏是否想到了自己的命運？映射自己在改朝換代的新時代隱逸山林而不得，被迫“出山”的無奈？而戲評中把侯朝宗的言行舉動與甘願降清的錢牧齋（謙益）之流截然分開，是否是對自己的自我標榜與評價？抑或此時曾昭燏已預料到自己沉入九泉之下，後人會對她真實的內心世界與言行產生誤解或予以歪曲，而特意把侯朝宗拉出來，以明自己不可為外人道的心曲？ ——這是一個隱喻。或許曾昭燏在生命的中途戛然而止的密碼，就隱藏於歷史空隙這不經意間的偶然流露吧。
當曾昭燏血濺靈谷寺時，據說“組織”上已批准了她的入黨申請，只是未來得及通知她本人。南京博物院副院長姚遷把曾氏的死訊向江蘇省委、省政府作了匯報，因當時中國各階層特別是知識分子自殺者太多。每有人“自殺”，便被認為是對革命的背叛，是自絕於黨和人民的一種“罪惡”，而曾昭燏又恰恰是在安葬國民黨抗戰陣亡將士與蔣介石題字的靈谷塔絕命，無疑有蔣介石經常提及的“一死報黨國”的況味，自是一種超級罪過。因了這種種只可意會不可言說的理由，江蘇省黨、政高層決定對曾昭燏之死秘而不宣，不准家屬到現場和火葬場看屍體，並給南京博物院下達了三條指示：一、不發訃告；二、不開追悼會；三、以家屬的名義料理喪事。在省委統戰部部長親自坐鎮指揮、調度下，南京博物院採取從速、從儉和“打槍的不要，悄悄地進墳墓”的方式，將曾氏的遺體秘密收殮於一個木質薄棺中，於一個夜色朦朧、星光慘淡的黎明悄然無聲地運出城外，於牛首山腳下一個人跡罕至的角落匆匆挖坑掩埋——中國考古文物界一代女傑就此長眠於荒草野墳之中。
曾昭燏之死，如一盞殘燈熄滅，如此迅捷又悄無聲息，令他的同事、親朋故舊驚愕不已，一種人生無常的感慨油然而生。事隔近兩個月的1965年2月14日（舊曆正月十三日），遠在中山大學的陳寅恪從曾氏後人信中得知這一噩耗，於驚愕中悲不自勝，當場流下了熱淚，遂強撐年邁體衰的殘軀，作詩一首，以示敬挽。在這首《乙巳元夕前二日始聞南京博物院院長曾昭燏君逝世於靈谷寺追挽一律》中，已是76歲高齡、雙目全瞽的陳寅恪，深情地追憶了兩家三世之交的情誼，對曾昭燏的獨身生活、高才短命發出了憂憤哀苦的悲鳴：
論交三世舊通家，初見長安歲月賒。
何待濟尼知道韞，未聞徐女配秦嘉。
高才短命人誰惜，白璧青蠅事可嗟。
靈谷煩冤應夜哭，天陰雨濕隔天涯。
因曾昭燏的自殺在當局看來是屬於政治抗議和對黨不滿的表現，當局對此草草埋葬不作聲張，曾氏的親朋故舊自是不敢觸怒天顏，自入牢籠，只能仿效曾國藩當年奉行“打掉牙，和血吞”的處事哲學，默默哀悼。此時陳寅恪已被劃為“中右”分子，受到革命隊伍的監控，時刻有被打翻在地的危險，因而詩成之後不敢公開，特別在附言中交代：“請轉交向覺明先生一覽，聊表哀思，但不可傳播也。”從後來輾轉流傳的詩稿看，此詩不止一個版本，或許是陳寅恪怕被當局抄沒銷毀而特別匿留。另一稿後四句為：
多才短命人咸惜，一念輕生事可嗟。
靈谷年年薰寶級，更應流恨到天涯。
對曾昭燏的死，陳寅恪不能在詩中明言自殺，只能隱晦地以“逝世於靈谷寺”表白，並特別註明“不可傳播”，可見當時政治高壓和陳氏小心慎謹。附言中轉交的向覺明，即向達，時任北京大學歷史系教授兼圖書館館長。陳、曾二人皆與向達友善。 1942年9月至1943年5月，向達以敦煌專家的身份參加了中央研究院組織的西北史地考察團，出任考古組組長，與副組長夏鼐及弟子閻文儒，前往敦煌及周邊長城、烽燧考察。其間，向達與時任中央博物院籌備處總幹事的曾昭燏通信達29封，信中詳細介紹了沿途見聞和考察經過，以及經斯坦因等帝國主義分子劫掠和破壞後敦煌的慘狀。這部分書信在曾昭燏去世十五年後被發現，並由南京師範大學於1980年刊布。通觀向、曾通信內容，可見二人交情篤厚純美，言辭禮數堪稱由士大夫脫穎轉變為自由知識分子這一新興階層交往的典範。正是緣於這樣一種肝膽相照、心底皎潔的深情大愛，陳寅恪才敢冒政治風險由嶺南寄喻遠在北京的向達，以示共同緬懷悼念。
陳詩中的前兩句，指陳家與曾氏家族自曾國藩與陳寶箴一輩起，已有三世之交。 “長安”意指國民黨首都南京。 “初見長安”，當指陳寅恪與曾昭燏相識於南京。 “歲月賒”，意指二人相識已經很久。三、四句，當是以東晉女詩人、著名才女謝道韞比擬曾氏，並以謝道韞與徐淑、秦嘉之典，指曾昭燏雖有忠貞之情卻終身未婚的身世。五、六句借陳子昂《宴胡楚真禁聽》“青蠅一相點，白璧遂成冤”句，喻指讒言陷害無辜，以及曾昭燏因家庭和政治受誣陷而蒙冤釀成悲劇。最末二句前後稿不同，後稿中的“靈谷年年薰寶級”，一般解釋指佛教殿堂建築。錢謙益《長干偕介邱道人守歲》有：“頭白黃門熏寶級，香爐曾捧玉皇西”句，疑陳氏此處“薰寶級”乃借錢詩用辭。但據南京博物院考古學家陸建芳釋解：此句首先要追述曾昭燏的身世，曾氏之所以終身未婚，除了家庭文化熏染，更多的是與西方教會學校背景有關，此有與曾昭燏本家曾寶蓀、曾昭懿，以及金陵大學的吳貽芳和嶺南大學的冼玉清等一代才女和社會名流為證。這種獨特的身世，使之思想觀念自然地傾向於宗教，並受宗教的感染與不同程度的教化。 “寶級”應是指佛門修煉的一種境界，也就是六道輪迴和十法界中的最高境界。佛教中的六道輪迴與十法界說，即預知和測定人死後生命靈體的歸宿及飄向何方的命題。按佛教中六道的能量級劃分：一級能量以下的生命靈體要向下墮，墮入地獄道；二級生命能量靈體，下墮為鬼道；二級以上至三級的生命能量靈體進入畜生道；三級以上至四級的生命能量體進入人道；五級以上、六級的生命靈體上升為天人道；七級能量的生命靈體進入羅漢法界；八級生命能量體進入菩薩法界；九級能量的生命體入九地菩薩位，即進入佛法界最高的“寶級”，從而成佛得道。
作為受東方儒家文化浸淫並有西方教會學校背景，同時又對佛學教義頗為傾心並有一定研究的曾昭燏，對於生命的終結，一定經過了較長時間的思考和內心搏鬥，最後去意已決，便從容自若，心如止水，這從她死亡前的言行中便見得清楚，其間的過程自是與宗教信仰有著千絲萬縷的聯繫。曾氏將生命的終點選定在靈谷寺，理由自是多多，比如此處較其他佛門寺院更加神秘幽邃，瀰漫著靈異濃郁的神佛氣氛，但其主要的緣由可能還在於靈谷寺由廢墟中重新興起，與曾國藩有著密不可分的關係。在曾昭燏的心中，此處乃是鐫刻著曾氏家族施以恩德，佛家香火得以延續，佛家教義得以興行的具有明顯歷史印痕的神聖之地，這個神聖之地就是曾氏家族光榮與夢想的一個組成部分。曾昭燏因了這份光榮與夢想而來，更是為了心中的宗教理想而選擇靈谷塔而去。曾氏之所以從靈骨塔的第七層，而不是最高的第九層跳下，按陸建芳的說法，其內在原因就是曾昭燏認為自己的精神修煉尚未達到佛家所說的最高境界，故從七層飄然而下，進入心中的佛國淨土與佛家所說的羅漢法界。自此，便是“天陰雨濕隔天涯”，靈魂飛升，世間萬物不復見矣。
繼陳寅恪的哀鳴與嘆息，隱住於武漢大學校園的沈祖棻聞曾氏死訊，有《屢得故人書問，因念子雍、淑娟之逝，悲不自勝》六首，前三首是悼念曾昭燏的詩文，其中有“猶記芸窗共一編，幾回風雨對床眠”句。子雍即曾昭燏表字，沈、曾二人早年在中央大學和金陵大學讀書時相識相知，並與杭淑娟、遊壽、尉素秋、章伯瑤、徐品玉、張丕環、胡元度、龍芷芳等同學在中大校內六朝松下“梅庵”結成詞社，名為“梅社”，吟詩唱和，度過了一段快樂時光。當年同學情深誼厚，如今人世兩隔，沈詩格調分外哀惋淒涼，讀之令人淚下。 1974年，沈氏再作《歲暮懷人四十二首》，其中一首為緬懷故人曾昭燏而作：
湖邊攜手詩成誦，座上論心酒滿觴。
腸斷當年靈谷寺，崔巍孤塔對殘陽。
沈祖棻夫婿、當年金陵大學的同窗程千帆為沈詩箋釋雲：
子雍長南京博物院，位高心寂，鮮友朋之樂，無室家之好，幽憂憔悴，遽以一九六四年十二月二十二日墜靈谷寺塔，享年僅五十有五。傷哉！