正當“南曾北夏”於文物、考古領域大展宏圖之時，始料不及的政治運動接踵而至。在風捲浪滾的政治背景裹挾下，作為一名踏入新政權門檻的自由知識分子，倘只埋頭學術研究，則被認為是落伍甚至是對抗革命的惡劣表現，思想改造成為不可避免的生活方式。早在1951年10月23日，毛澤東在全國政協一屆三次會議上明確提出：“思想改造，主要是各種知識分子的思想改造，是我國在各方面徹底實現民主改革和逐步進入工業化的重要條件之一。”至於為什麼“要思想改造”，周恩來曾作過這樣的解釋：“因為我們過去的思想不是受著封建思想的束縛，就是受著帝國主義奴化思想的侵蝕。只要我們有些知識，就在受到這些影響。”“這就需要我們每一個人不斷地在思想上求得改造，以適合我們今天新中國的需要，適合於人民的利益。”
1951年12月23日，南京為迎接“思想改造運動”，成立了南京市毛澤東思想學習委員會，曾昭燏受聘擔任該會委員。就在這年冬天，她主動要求參加赴皖北太和土改工作隊，到基層接受“改造”。據當時剛從學校分配到南京博物院的羅宗真回憶：南京博物院第一批人員去安徽太和地區搞土改，此地人民生活異常艱苦，社會治安混亂，前來進行土改工作的工作隊隊長晚上都把手槍枕在頭下睡覺，時刻防備不測之事發生。有位年輕人把情況寫信向曾昭燏匯報後，曾院長表示要作為第二批隊員來太和，與大家同甘共苦，共創理想中的改造運動之偉業。羅說：“她當時的身份是官宦地主家庭出身，南京博物院副院長，南京市婦聯副主席，頗有一定聲望的知名民主人士，主動要求下來參加土改運動，體驗生活，接受教育，這是非常不容易的。後來經過批准，她終於下來了。……給人以印像她是強烈地要求思想改造，以消除自己身上地主階級的烙印。這和她後來一直向黨靠攏，並在1960年前後屢次向黨提出申請，要求加入共產黨組織，是她一貫的思想發展軌跡。”同許多知識分子一樣，當五星紅旗在南京博物院粗壯高大的旗桿上升起之時，星光照耀下的曾昭燏瘦小的身影，仰望代表著中共勝利與光榮的獵獵旌旗，頓時覺得自己的渺小與身心所帶有的“罪惡”，一股恐怖與不祥的陰影瀰漫心頭。根據上級指令，她必須老老實實地向中共組織交代自己的家庭背景和人生經歷，並毫無保留地交代做過哪些對共產黨不利的事。指令下達，曾昭燏如泰山壓頂，氣喘胸悶，無論是家庭出身還是人生經歷，在江山易主、改朝換代的歷史輪迴時刻，都令她感到英雄氣短，心生愧疚。如果當年自倫敦歸國不是跑到昆明，或蒼山洱海甚至四川李莊的小鎮上搞田野考古發掘、研究，而是像後來改名尹達的劉耀一樣，越過國民黨軍與日軍血戰的武漢戰場，一路化裝打扮，穿越國民黨在晉陝的封鎖線，跑到延安寶塔山中的窯洞裡蹲起來研究馬列主義，那該是多麼光榮偉大的革命事業呵？那樣的前景該是多麼光明？歷史已矣，後悔已遲，青春歲月如潮水東流，一去不返。現在要做的只能是立功贖罪，爭取黨和人民的寬宥，加之拼命工作，低調做人，如此這般，可苟全性命於盛世。然而，這個苟全也並不像當年在南陽耕地的諸葛孔明那般舒適瀟灑，必須眼觀六路，耳聽八方，在每一個生活細節上謹小慎微，三思而後行，否則，後果依然不堪設想。
有了這一清醒的認識，曾昭燏在交代材料中所採取的策略是，盡量真實地敘述家庭背景和人生經歷，但在敘述的同時必須注意稱謂和情感的流露，旗幟鮮明地表示哪些事是不該做的，哪些人是反革命的，對過去做錯的事與接觸的反革命分子如傅斯年之類，必須予以唾斥和譴責，以示決絕的態度與對黨的忠誠。只有如此，才能達到機關算盡又誤不了卿卿性命的境界。在這個思路指導下，類似於《李秀成供詞》的《自傳》就此出籠。
按照上級組織的要求，在這份供狀中，曾昭燏需要著重交代的當然是被中共認為狗坐轎子——不識抬舉，跟著國民黨政府和蔣介石亂跑一氣，並被毛主席點名唾斥的胡適、傅斯年、錢穆之流，而這幾個被視為“帶著花崗岩腦袋去見上帝”的反動分子，與曾昭燏本人和曾氏家關係最近、交往密切的自然是傅斯年。因而，這位墓已宿草的“傅大砲”，便成為供詞的重中之重。為此，曾昭燏首先承認傅斯年對自己無論是思想、學術還是生活上，是一個影響重大的人，而後敘述自己的內心感受及對傅氏的評價：
……直到最近我把傅的生平仔細地分析一下，才認清他始終是站在反革命的立場，是國民黨蔣匪幫的幫兇者，而我對於他那樣的懷念，純全是從個人的感情出發，嚴格說起來，這是種反人民的意識與行為。
在大罵傅斯年和對自己進行精神“洗澡”的同時，並不算糊塗的曾昭燏還沒有傻到把過去的陳年舊事兼個人私情全部抖出來的程度。事實上，有一些關乎家族榮辱與個人性命的隱秘，是不能輕易披露傾吐的。這個情結的糾纏發酵，成為日後曾氏壓力與恐懼不斷加大並終於走向絕路的因子。
1956年3月6日，曾昭燏向全院職工傳達全國政協會議內容，說：“知識分子問題是最中心的問題，特別是思想改造的問題。郭老引曾子'吾日三省吾身'說，每個知識分子每天都可以把自己問三次：一、我為人民為社會主義建設服務是否有不夠積極的地方？二、我為擴大隊伍加強團結上做得多少？三、我學習馬列主義是否有高度的積極性和自覺性？”
自此之後，曾氏開始真誠地“三省吾身”，每日都要反思檢查自己的言行是否符合政治形勢和黨的要求。當中共提出要“完成台灣與祖國統一大業”時，曾昭燏立即按“上邊”的要求，通過國際廣播電台三番五次地對台廣播，用現身說法規勸對方“棄暗投明”，趕快想法離開那個“水深火熱的孤島”，重新投到人民的懷抱，享受幸福自由的生活云云。身在廣播室的曾昭燏心中明白，當局之所以選她出來對台廣播，並不是因為她的北京或南京官話說得地道，也並不是她的官帽子足以震懾台灣群僚，實在是因為她的家族有許多重要親友雲集台灣。這些直系親屬又與國民黨許多官僚有著千絲萬縷的聯繫，如畢業於西南聯大生物系的曾昭楣，夫婿是譚延闓的公子譚季甫，而譚季甫的妹妹譚祥則是台灣國民黨政府“副總統”陳誠之妻。曾昭燏二嫂俞大絪雖留在北大西語系繼續任教，但她是台灣國民黨“國防部長”俞大維之姊、傅斯年之妻俞大綵的姐姐。這些盤根錯節的關係，令當局對曾昭燏格外看重又放心不下，她必須如實交代且要表明自己的態度。
遙想當年，曾昭楣就讀於西南聯大時，其母於1939年冬在昆明惠滇醫院病世，當時正在大理與吳金鼎、王介忱組織考古發掘的曾昭燏，於11月23日得到消息，她在當天的日記中載：“下午歸，連接二電報一為母親病重，一為母親棄養，晴天霹靂，夢寐未曾想到！！！傷哉！遂為無母之人，此生尚有何趣味也！”26日，曾昭燏趕回昆明，與親友相見，“惟有痛哭而已”。料理了母親的喪事，曾昭燏對兩個時在西南聯大讀書的三妹昭鱗、四妹昭楣主動承擔起關愛的責任。對此，曾昭楣回憶說：母親去世後，“燏姐待我，姐兼母職，自己節衣縮食，每月匯我用費從不間斷，如昆明有轟炸，必從大理來信問訊，真是無微不至，直至我婚後”。正是這種亦姐亦母的雙重身份，曾昭燏才當仁不讓地插手妹妹的婚事並產生了影響。
關於四妹曾昭楣的婚事，曾昭燏在《自傳》中說：“一九四五年抗戰勝利以後，她在重慶和剛從歐洲回來的譚季甫訂了婚。譚是曾任偽國民政府主席譚延闓的兒子，當時為經濟部次長譚伯羽的親弟，當時為國防部部長陳誠的妻弟。那時我正在從川西李莊來到重慶，昭楣和譚季甫已經相好了，我對於這段婚姻沒有反對，而且在他們訂婚以後，我促成他們在10月結了婚。”事實上，對於這門婚事，曾昭燏不但沒有反對，還做了一些牽線撮合的工作。據俞大縝女兒彭鴻遠口述，曾昭楣與譚季甫之婚姻，曾昭燏出力甚大，因“我的母親俞大縝與陳誠妻，即譚家的女兒關係極好”。通過俞大縝與陳誠之妻牽線，曾昭楣與譚季甫接上了火。曾昭燏聞訊後，對這門親事極表贊成，再度添柴加油，使這對年輕戀人的慾望之火越燒越旺，有情人終成眷屬。作為姐姐的曾昭燏為何要扮演這樣一個角色，她在《自傳》中有如下交代：
譚季甫是在國外學了14年冶金的工程師，學問和技術總是不存在問題的，人又老實，昭楣嫁給他，總算有個依靠……昭楣到他家去，不至大吃苦，關於譚家與陳誠的親戚關係我也想過。我認為陳誠在國民黨軍人中是一個比較廉潔的人。沒有舊軍閥那許多壞習慣，昭楣在那裡，不會學壞的。而且這時毛主席到了重慶，我對國共和談還抱著很多的幻想，認為在全國人民一致要求之下，這個仗打不起來。再退一步想，便是打起來也是國家大事，我們管不了。好在譚季甫是技術人員，不一定靠親戚吃飯……我還保留著濃厚的封建意識對於妹妹只是溺愛，只希望她嫁個有錢有本事的丈夫，可以享福。
曾昭燏自以為當年管不了的“國家大事”，如今像一把利劍落到自己頭上，且非讓她表態“管一管”。她必須硬挺著身子表明立場，且在對台灣親友的公開政治表態和廣播講話中，顯得異常激烈，勢如冰炭甚至仇寇，如此方能過關。曾昭燏這樣做了，且做得還算令當局滿意，因而尚未引來大的麻煩。令她想不到是，按倒葫蘆起來瓢，海外的親屬剛剛按住，國內的親屬卻接二連三的“出事”，痛苦與恐慌隨之加深、加重。
1957年，曾昭燏最敬重的二哥曾昭掄因提出所謂的“反黨反社會主義的科學綱領”被打成右派，同時撤銷高教部副部長職務，發配到武漢大學接受監督改造。兩年之後的1960年，曾昭掄身患網組織細胞癌和非典型白血病，生命受到嚴重威脅，不得不住院治療。這一不幸遭遇，除曾昭掄和夫人俞大絪，也給在南京的曾昭燏帶來極大痛苦，而這種痛苦和焦慮才剛剛開始。
曾昭燏的大哥昭承赴台後，他的兒子曾憲洛隨父赴台，後又回到南京迎接共產黨解放。與胡適之子胡思杜不同的是，在四十年代末，就讀於金陵大學的曾憲洛就成為中共地下黨員，並開始按中共的要求展開政治活動。據早年畢業於金陵大學歷史系的章開沅回憶：1948年前後，“金大中共地下黨員根據教會學校的特點，利用基督教團契的形式來團結、教育有進步傾向的同學。我曾參加的是'爝火團契'，主要由金大和金女大歷史系學生組成，具體負責聯絡這個小團體的是地下黨員曾憲洛。團契活動一般是舉辦讀書會，共同閱讀進步書刊並交流心得。記得我們有一大皮箱書籍，包括莫斯科中文版的《國家與革命》、《列寧主義問題》、《聯共黨史》以及延安出版的毛邊紙《新民主主義論》、《論聯合政府》等。”
大約在1955年“肅反”運動後期，由於曾憲洛的家庭出身問題，被組織上“勸退”（勒令退黨），自此曾憲洛失去了黨籍。他本人自視一貫追求中共，僅因“出身不好”被視為階級異己分子而橫遭打擊，情緒大壞，身體也漸漸衰弱下來。到了1957年6月，曾憲洛和好友肖亦五等人發起組織了一個叫做《江南草》的刊物，撰寫一些政論文章，8月即被報章點名批判，曾憲洛被打成右派分子，遭到批鬥圍攻，繼之被放逐到一個偏遠農場勞動改造。 1961年，曾憲洛難以忍受勞改農場的非人生活，在一個月黑風高之夜晚翻越圍牆鐵網，潛逃回南京，並翻牆進入陳方恪家。陳方恪是陳寅恪的七弟，屬陳氏家族兄弟中唯一風流倜儻，不拘小節的文人，精通版本之學，時正在南京任《江海學刊》編輯，專門審讀文史方面的稿件。陳家與曾家有“三世之交”，此時陳方恪見曾憲洛深夜潛入，先是大驚，待問明情況後，頓覺事關重大，勸其千萬不能逃跑，要他繼續回農場老老實實地接受改造。但自此以後，曾憲洛下落不明，死活不知。一直把曾憲洛當兒子看待的曾昭燏得知此消息，精神大受刺激，憂傷悲痛不能自製。
1962年3月，曾昭燏最敬重的恩師、南京大學胡小石教授帶幾個學生到夫子廟吃館子，回來後中風不治去世，對曾的精神再度給予重擊。胡氏在南京乃至全國文史界享有很高的地位，曾氏終生服膺。胡生前還兼任南京博物院顧問，在南唐二陵發掘時，曾昭燏專門請其去一道勘察，後又請他為南博工作人員作《中國文字與書法》系列講座。曾氏一些重要文章。如《關於沂南畫像石古墓年代的討論》、《江蘇古代歷史上的兩個問題》等，都是由胡小石審讀後才公開發表的。學術是曾昭燏生命中的重要一部分，如今突然少了一位能與之探討學問、真心交流的師長，黯然神傷之情不言而喻。
曾昭燏一生未婚，自然免不了背後有人議論與猜測，特別是在單身主義尚不能為大眾理解的愚昧年代，更有不懷好意者以“小人之心”在曾氏師生與同事和她的秘書之間妄意揣度，說曾氏與某某有男女關係，且所列男人有四五人之多，致使曾昭燏又平添了一份苦惱。而這個苦惱不只是一個人對婚姻的選擇不被理解，在政治與“生活作風”問題無孔不入的惡劣環境中，很有可能一不小心就被染上各種顏色而拋入萬劫不復的深淵。因而每當面對一些不知好歹者刨根問底式的探詢和不懷好意的眼神與笑意，曾昭燏便從心底里湧出一種膩味不堪又無可言解的苦痛。當曾昭燏命殞幾十年後，有研究者循著曾氏的生命軌跡細加考察推研，才發現她的獨身主義理念與她對社會苦難的認識與感悟，以及家庭背景、青年時代接受的教育和文化熏陶有著重大關係。對於此點，曾昭燏生前曾有過流露，她說：童年在家鄉的時候“親眼看到許多中年母親，帶著一群骨瘦如柴、衣不蔽體的孩子，向大戶人家乞討，哀聲叫'老爺太太做好事'，叫了一整日，得不到一點殘羹冷飯……還聽說一個貧家的女兒，業已定了人家，就要過門，被個地主搶去做小，過了一年多，生了個兒子，大太太嫉妒，用繡花剪刀把她的喉管剪斷，她死了，她娘家忍氣吞聲，不敢打官司。”又說：“我有位表嫂，為著和小叔子說了幾句話，被丈夫看見了，說她和小叔子不正當，用門槓把她打得頭青目腫，遍體鱗傷，還罰她跪了一夜。我那時就想：為什麼世界上有這樣多不平的事？”
從這段記述可以看到，中國婦女的悲慘生活在曾昭燏幼小的心靈中打下的深深的烙印。當她到長沙讀中學的時候，“所看見、所聽見的，還是這類事，女學生的命運並不比農村婦女好多少。某女校一個學生，長得很漂亮，功課又好，被一個軍閥看中了，強要娶她做第九個姨太太，她和她父母抱著哭了幾天，最後還是被迫上了轎，從此過著玩物般的生活，羞愧得不敢和同學們見面”。又說：在抗戰前後的重慶和南京，“親眼看到許多機關的女職員，打扮得妖妖艷艷，來討上司的歡心，甘受'花瓶'的稱號而不辭。一些公務人員，為著保住自己的飯碗或者想升官發財，讓自己的太太穿得花花綠綠，到大官們的公館裡去陪著打牌跳舞”。面對這樣一種生活狀況和態勢，曾氏感到的只有厭惡與憎恨，心情沉重，“甚至有些恐怖”。這種感受使她對女人自身命運生感到一種心底的悲涼，而對婚姻的美好幻想也漸漸被這慘痛的事實與烏煙瘴氣的社會生活場景所消融。
以上所見所聞所感，只是在曾氏心中留下了巨大陰影，還不能說就是她抱定獨身主義的全部，促使她作出這一決定的，還有時代潮流的推波助瀾。
曾昭燏所處的時代正是中國社會“三千年未有之大變局”的劇烈轉型時期，受過教育的女性開始追求個性解放並欲在經濟上獨立，擺脫男人的束縛，不靠男人供養且同男子具有平等的社會地位——也就是魯迅所倡導的“必須地位同等之後，才會有真的女人和男人，才會消失了嘆息和苦痛”。而在追求平等的道路上，婚姻則被視為一大障礙，女性一旦結婚就如同進入墳墓，葬送一生的追求與幸福。在這股大潮推湧下，曾昭燏認識並接受了這種理念，認為不少女子結婚後整天忙於家務，埋沒了她們的聰明才智，為了自己嚮往的事業，決心不結婚，過自己的獨身生活。據可考的材料顯示，這個念頭自她在長沙藝芳中學讀書的時候就產生了，並與她的家族背景和受的教育緊密相連。
就曾氏家族成員而言，曾昭燏的二妹，也就是林巧稚的那位得意門生，後來出任北京市第三醫院院長的曾昭懿，同樣終身未婚。曾執掌長沙藝芳學校的曾寶蓀、曾約農姐弟均終身未婚，直到赴台灣之後，二人仍相依為命。曾寶蓀曾對自己終身未婚解釋說：“一個人結婚，頂多只能教育三五個子女……如果獻身教育，卻可以教育千千百百人。”曾寶蓀的本家曾寶菡為了獻身事業，與她的同輩曾寶蓀一樣，也是終身未婚，後來領養姐姐寶荷的養女富生，待富生長大成人，又是終身未婚。獨身主義似乎成了曾氏家族一個無法繞開的情結，這種情結不只是曾家所獨有，當時社會上已不罕見，比如金陵女子大學校長吳貽芳，嶺南大學教授冼玉清等，皆是終身未婚的獨身學者。而上述人物的一個顯著特點是，各自都有教會學校的背景，或乾脆就是虔誠的基督徒。在這種精神洗禮下，這些女性不但對婚姻不以為然，反而視婚姻為人生事業的羈絆。吳貽芳當年有以學校為家，以學生為兒女，“為中國女子提供最好的教育”之心志。深受基督精神熏染與啟示的曾昭燏，同樣以這種精神和人生態度為楷模，把事業當做心靈的寄託和安身立命之所在。曾寶蓀也怀揣與吳貽芳相同的觀點，並親口對曾昭燏說過這樣一句話：“你要是結婚就只能服務幾個人，不結婚卻可以服務無數人。”——這一切內在與外在的情感糾結，便是曾昭燏獨身主義觀念形成的線索與終身未婚的緣由。
與這個緣由相伴的，還有一個與曾昭燏有關的不太為人知的小小插曲，即抗戰時期，曾寶蓀、曾約農姐弟倆隨父避居香港，珍珠港事件發生後，姐弟倆隨父逃出香港回到湖南湘鄉荷葉塘老家居住。 1944年，族人推舉曾約農主持對曾氏家族族譜進行第五次拾遺補闕的修訂。時日寇侵凌湖南，“風聲鶴唳，彈雨槍林”，然而，曾約農欣然應約受命，全力整理家族檔案和族譜，雖兵荒馬亂，“未曾少息，不辭辛苦，欣欣然以譜為樂”。 1946年修成付梓，簡名為《大界曾氏五修族譜》。是譜十九卷，首一卷，三省堂木刻活字本，是湘鄉曾氏家族歷修族譜中內容最豐富的一個版本。譜中除通常收錄歷修序、跋外，在“褒頌”目內收錄了清朝皇帝給曾國藩及其兄弟和兒子紀澤的御制匾額、恩詔、御製祭文、碑文；在“祖訓”目內收錄了“文正公遺訓”；在“傳志”目內收錄了曾國藩、李鴻章、郭嵩燾、曾國荃等人寫的墓表、壽序、祭文、傳略；在“典制”目內，收錄了大量的有關條規、契據等資料，曾寶蓀還專門為此撰寫了跋語，從而使這部族譜的質量和使用價值得到了全面提升，成為中國譜諜文化和曾氏家族人物以及湘鄉乃至湖南文化研究的重要史料。
《大界曾氏五修族譜》一個最引人注目的特點是，打破了民間以往私修家譜的慣例，准允女子入譜。過去中國的家譜、族譜，女子只能作為男子的附屬入譜，沒有名字，只以×氏或××氏相稱。在曾約農所主修的族譜“凡例”中規定“女子不字，且經親支公認，有承嗣權者，得照男丁例提行”，算是開了湖南家譜乃至全國有女子入譜的先聲。但畢竟受歷史與風俗的局限，雖開風氣之先，也有保留，只有“不字”女子才可，也就是終身未嫁的女子才有資格入譜。因此，譜內有曾寶蓀、曾寶菡等名字“照男丁例提行”入譜。在譜中“傳贊”目內有曾昭燏寫的“家祭文”，不知為什麼她的名字未上族譜。或許家人認為當時這位只有三十六七歲的曾大小姐，還有結婚生子的機會，想不到曾昭燏竟是終身未婚。
在曾昭燏生命的後期，湘鄉荷葉塘曾氏長輩便讓曾昭燏從小一手帶大的侄孫曾寧（曾憲洛之子）稱呼曾昭燏“爺爺”。曾寧說：“因她終身未婚，按照我們湖南老家的風俗習慣，家里人叫我喊她'爺爺'。據說爺爺出生時有算命先生來，說爺爺命中缺'火'，故而家里長輩為其取名'昭燏'。”曾寧說這個話的時候，可能並不知道真正的內情。類似晚輩喊未婚女性為“爺爺”之事，並不是湖南的風俗習慣，可能是曾氏家族的規矩，且這個規矩應始自曾約農主持修訂族譜之時。作為“不字”女性的曾昭燏當年未列入族譜中，而幾年之後曾氏家族的族譜，又在政治運動中被當做“變天賬”、“封資修”和“反革命的鐵證”予以查抄，在新的政權統治下，繼續家譜已無可能，也就只能以男性身份的稱呼來聊補當年的虧欠，並在形式上給予曾昭燏在家族中一個“宗主”的地位，以立香火於曾氏祠堂，令後世子孫永誌不忘。