因內地戰事連連失利，凶悍的日軍燒殺搶掠，大批官僚、士紳、商人與難民紛紛向西南邊陲，尤其被譽為春城的昆明逃奔而來，使這座舒展安詳的“世外桃源”很快淹沒在滾滾人流與嘈雜的喧囂之中。物價開始上漲，房舍更是高度緊張，幾有爆棚、揭蓋的跡象。面對此情，提前趕至昆明的西南聯大常委蔣夢麟，遂產生讓聯大師生暫在雲南蒙自落腳之意。 1938年2月底，蔣夢麟給長沙臨大外文系主任葉公超拍發一份電報，內稱：“昆明校舍無著，工料兩難，建築需時。蒙自海關銀行等處閒置，房屋相連，可容900人，據視察報告，氣候花木均佳，堪作校址。”未久，在“雲南王”龍雲直接過問、協調與昆明各界人士鼎力相助下，臨時大學總算在昆明租到昆華農校與幾家會館以備急需，但校舍仍不能滿足全校師生需求。於是，蔣夢麟親赴蒙自考察，受到當地政府與士紳的歡迎，蔣認為此處可以供部分師生容身。 3月14日下午，由蒙自返昆的蔣夢麟召集張伯苓、周炳琳、施嘉煬、吳有訓、秦纘、鄭天挺等校務負責人在昆明全蜀會館開會，決定聯大文法學院設在蒙自，暫名蒙自分校，並派出鄭天挺（北大）、王明之（清華）、楊石先（南開）前去籌備。王、楊二人先於鄭天挺抵達蒙自辦理租賃等手續，很快籌備就緒。
蒙自位於雲南省南部邊陲，為一偏僻的縣級小城，靠近紅河，可與安南（今越南）通航。 19世紀50年代末60年代初，法國用武力侵入越南南部，繼而探測從越南通往中國雲南的航線，期間不斷派出軍隊窺探、入侵越南北部，1882年侵占北越重鎮河內等地。
1883年，法國擴大侵越戰爭，迫使越南朝廷屈服，法國取得了對越南的“保護”權。中國原與越南屬宗藩關係，清政府為防止法國占領北越、危及中國邊境，遂在西南邊陲增派了軍隊，加強防務。此時法軍已不把奄奄一息的大清王朝放在眼裡，公然向清軍挑戰，中法戰爭隨之爆發。光緒十一年（1885）4月4日，中法雙方匆匆簽訂停戰條件，戰爭終止。這年的6月9日，清政府代表李鴻章與法國公使巴特納在天津正式簽訂《中法和約》，即《中法會訂越南條約》，或《越南條款》，又稱《中法新約》《李巴條約》。條約共十款，其中第一、二條為：清政府承認法國對越南的保護權；中越陸路交界開放貿易，中國邊界內開闢兩個通商口岸，一在保勝以上，一在諒山以北，允許法國商人在此居住並設領事。
光緒十三年（1887年），雲南蒙自依照中法續議商務條約闢為商埠，設有海關、法國領事館、法國銀行、醫院等，更有希臘人歌臚士在該城開設洋行、旅館等商業設施。一時間，國內外商人蜂擁而至，紛紛向這塊原本並不起眼的偏僻卑濕之地砸錢扔金，蒙自小城迅速熱鬧繁榮起來，四周的錫礦、銅礦等礦業加大了開采力度，聞名於世的“個舊滇錫”通過蒙自商埠，沿著滾滾紅色河道，源源不斷運往世界各地。據當時的數據顯示，鼎盛之時，僅其一地的外貿額就占到了雲南全省外貿的77％至89。9％，小小的蒙自一躍成為滇南甚至整個雲南商業的龍頭重鎮。
光緒二十一年（1895年），法國藉口在三國干涉日本退還中國遼東時有功，強迫清政府簽訂協定，取得了滇越鐵路的修築權，並於光緒二十七年（1901年）興工。當389公里的越南海防至老街段築成後，法國人考慮到中國境內山高谷深，路況十分複雜，決定全線鋪設彎道半徑小的米軌（兩軌間距1米的鐵軌）。中國段原擬從河口經蒙自、臨安（今建水）、通海、新興（今玉溪）、昆陽、晉寧、呈貢等州縣達昆明，因建水、蒙自等地的無知官僚裹脅一群不明真相的群眾和流氓無產者，上躥下跳，強烈反對在其境內修建鐵路。加之法國勘測隊在蒙自等地為非作歹，四處尋找良家婦女和花姑娘陪酒作樂，強暴姦淫，激起了沿線有良知的士紳和民眾的強烈反對，迫使法國人放棄原選路線，從河口沿南溪河北上，偏東避開蒙自城，經碧色寨，過阿迷州（今開遠）、婆兮（今盤溪）、宜良、呈貢抵達昆明。
光緒二十九年（1903年），法國政府批准東線全長466公里的規劃，於次年正式開工。宣統元年（1909年）4月15日，一期鐵路建成，通車至碧色寨。次年4月1日，全線通車。雲南第一條鐵路，也是中國第一條國際線路——滇越鐵路就此誕生。自此，雲南的交通狀況產生了突破性進展，這條線路對物資的內進與出口發生了重大作用。當然，在鐵路修築過程中，中國人民付出了慘重代價，法國殖民者對中國築路工人進行極其野蠻的奴役、壓迫，僅在滇段修築的7年間，從各省招募民工總數30餘萬，而被虐待折磨致死者近8萬人，可謂每一根枕木下都有中國人的縷縷白骨。
碧色寨位於蒙自縣城東北12公里，未通火車前，是一個只有十幾戶人家的偏僻鄉村。通車後，一躍成為滇越鐵路上的特等車站。便利的交通給這個原先名不見經傳的小村莊帶來了勃勃生機和無限商機，每當吐著黑色濃煙和淡淡蒸汽的火車呼嘯而來，車站便擠滿了上下車的旅客和堆積如山的貨物。碧色寨像一個被注入空氣的紅色氣球，眨眼間便熱鬧膨脹起來，成為一個裝卸、搬運、運輸極為繁忙的車站和商家、官家、旅人畢集的大集鎮。
被冷落的蒙自、建水等地的礦主和商人眼見火車使碧色寨迅速崛起，遂於宣統二年（1910年）五月，聯名上書云貴總督李經羲，要求修建一條由碧色寨經蒙自縣城至個舊城的鐵路，以便把成色優質的個舊錫與其他礦物銷往國外。 1921年，個碧鐵路全線通車，以後又延長到建水、石屏，稱為個碧石鐵路。碧色寨車站正好處在北迴歸線與滇越鐵路交彙的地方，是滇越鐵路（米軌）與個碧石鐵路（寸軌）交會換乘之處，碧色寨在商業上的地位如同一顆閃耀的明星，在滇南騰空而起，各色逐利謀財者在星光照耀下競相奔來，一個小小鄉村很快成為雲南的繁華之區。
未久，碧色寨設有海關分關，國際巨商如美孚三達水火油公司、英商亞細亞水火油公司、法國加波公司、德國德士古水火油公司等十多家外國公司在碧色寨設立代辦處。車站旁還有一家希臘人開設的歌臚士大酒店，經營項目應有盡有。中國商人、越南商人、法國商人、意大利商人在這塊小小地盤上開設的各種旅館、店鋪更是不可勝數，此地一度被稱為東方的“小巴黎”。
碧色寨的名聲迅速躥升，繁榮一時的蒙自縣城卻一蹶不振。原駐蒙自的海關移至昆明，很多商號、洋行要么搬遷碧色寨，要么搬遷省城昆明，蒙自很快衰落下去，重新回到了幾十年前的景況，只剩一片片被主人捨棄的高大堅固的洋房蹲在原處空守寂寞，偶爾以黯然的余光向世人昭示曾經的輝煌。 ——正是蒙自商業地位的衰落，大片房舍閒置，才給予聯大文法學院師生進駐的歷史機緣。
由長沙撤出的部分教授如湯用彤、賀麟、吳宓、毛子水等到達昆明後，暫住昆明迤西、全蜀兩會館，4月初分幾批乘火車到達蒙自準備開課。校區主要分三部分：
一、原蒙自海關作為學生上課的教室，租期為一年零三個月，租金僅為國幣一元，其像徵意義遠遠大於實際意義。
二、法國銀行、領事館作為圖書館和教職員宿舍。此三處房舍在一個大院中，來往還算方便。據吳宓記述：“此乃法國人昔所經營佈置，為一法國式之花園。花木繁盛，多近熱帶植物如棕榕（白樹。寅恪雲，即玉樹神油，其汁可避瘴氣，制金雞納）等。綠蔭濃茂，美麗繽紛。……惟房屋甚稀少，半中半西式，且多破壞傾圯，現正在芟除修理之中。此間分校庶務，暫由鄭天挺君（毅生，福建）主持，其人賢而才，而工程則夏震寰君任之。宓等均暫住銀行一排有地板之半西式房內。宓與塗文君合住311室之前半小間，兩床兩寫字台即佔滿矣。飯食在教職員食堂。晨粥，一雞蛋。午晚米飯，每日飯費0。04元，恆患不飽。宓以安南人咖啡店所售之麵包佐餐，夜晚以線繩懸麵包於空中，防鼠食也。”
三、希臘人歌臚士（Kalos）開辦的洋行，為另一批到達的教授居住，這是分校租賃的第二處，也是主要一處居住地。歌臚士洋行屬於前後兩進的二層樓房，面湖臨街，建築精美氣派。臨街一進的樓上作為教職員宿舍，樓下與後進作為男生宿舍。鄭天挺回憶說：“我第一次去該處時，記得室內的月份牌為192×年×月×日，說明以後未再營業。洋行中尚存有大量洋酒待售，一些清華的教授見到，高興極了，當即開懷暢飲。”
4月8日之後，到達蒙自的教授漸多，房舍開始緊張起來，在海關院內銀行居住者，由每室2人增至4人，而各室內均有門互通，故其“喧擾紛亂之狀況，與昆明全蜀會館亦相差不遠，讀書寫信均難”。
4月12日至20日，經粵、港來滇的男女學生，分批抵達蒙自。由長沙步行來滇的學生，也於4月底到達，如此多的外鄉人突然擁入，當地鄉民與士紳紛紛趕來觀望，整個縣城為之轟動。
5月4日，聯大分校宣布開學，寂寞的蒙自小城又重新熱鬧起來。全體女生借住城內早街周伯齋宅第一幢被學生們號曰“聽風樓”的三層小樓，周家不僅借出一幢樓房照應女生住宿，還設宴款待聯大先遣團成員，令師生深為感動。因蒙自地處邊陲，社會成分混雜，打家劫舍的匪徒不時前往光顧。為防不測，分校負責人經與當地政府商妥，由縣里派保安隊40名駐紮在“聽風樓”附近的三元宮，對女生實施保護，每當晚自習散後，女生們要由校警護送進城住宿。
前來的師生髮現，蒙自地理環境與內陸省份很有些不同，春天就是雨季，暴雨連旬滂沱不止，搞得人不能出戶，城中店鋪多數關閉，而“最堪憂懼者，乃時有巨蛇進入室中，驚惶逃避，不可言狀”。原居住在蒙自海關的教授，因一室多人，性情各異，喧擾紛亂，不宜備課和休息，一些個性獨特的教授開始自覓居處。 4月下旬，吳宓、湯用彤、賀麟、浦江清和一位外籍教授於校外合租一幢西式二層小樓，吳宓為其取名為“天南精舍”。到了5月，幾乎每天下雨，且較之前更大更猛，道路泥濘難行。由“天南精舍”到蒙自分校教室，須經一片田野，久雨則積水成為泥淖，跨越極其艱辛，一不小心就滑倒於泥潭，成為水中鴨子，或一個情形頗為狼狽的泥猴。不堪忍受其苦的吳宓等教授又陸續返回校內宿舍，在教職員食堂用餐。以久雨之故，凡居住在平房或樓房一層的教授，室中積水淹及床腳，除了蚊蠅亂飛，還有花花綠綠的大小群蛇竄入室內，沿床纏繞，對著主人搖頭擺尾，瞪眼吐舌，作囓人狀。教授們一見，便驚呼奔逃，久久不敢回宿舍就寢。有一位清華來的青年講師，晚上看見海關院內牆上有條黑乎乎的大裂縫，頗覺奇怪，拿燈一照，只見一條碗口粗的大蟒從房頂倒掛下來，講師大驚，手中的燈盞“砰”地一聲摔出丈餘，後退兩步一仰身倒地不起。因海關舊址荒草叢生，蛇蚊特多，令人生畏，大多數教授想到條件較優的哥臚士洋行樓上居住，但洋行房間有限，需抽籤決定。對此，鄭天挺有過這樣一段回憶：“我原住法國銀行314號，大批教授來到後，又重新抽籤。314號為羅常培、陳雪屏抽得，我抽至歌臚士洋行5號房，邱大年住4號房，於5月3日遷入。此外住在歌臚士樓上的尚有聞一多、陳寅恪、劉叔雅、樊際昌、陳岱孫、邵循正、李卓敏、陳序經、丁佶等十幾人。”又說：“寅恪先生到蒙自稍晚，未帶家屬。經常與我們一起散步，有時至軍山，有時在住地附近。當時他身體尚好，我們一起去過蒙自中學參觀圖書。臨離開蒙自時，大家曾去該地的黑龍潭遊玩，往返15裡，歷時數小時。”
陳寅恪與政治系教授浦薛鳳（號逖生）及一女生，在安南乘火車於4月23日下午4時才抵達碧色寨，爾後轉乘小火車到達蒙自海關舊址，時已暮色蒼茫，在與朱自清等教授見面後，方知臨時大學已改為國立西南聯合大學。而原設在西安的臨大，也已遷往漢中，改為國立西北聯合大學了。第二天，經與分校總務主任樊際昌商量通融，陳寅恪與浦薛鳳、沈乃正等三教授沒用抽籤，即允准移住歌臚士洋行樓上一大一小相通的兩室，浦、沈住外面一大間，陳寅恪獨住裡面一小間。一個星期後，聞一多由昆明來蒙自，住歌臚士洋行樓上二號一室。教授房中設備統一配置，分別是每人板床一張（三塊板兩張長凳拼鋪而成），書桌一，木椅一，洋油燈一，餘則一無所有。因條件實在過於簡陋，陳寅恪等各出四元錢，每人向歌臚士洋行購得舊藤椅一把，後來的教授雖欲出重價索購，但藤椅早已售光，只能因陋就簡，應付度日了。
由長沙經香港、安南赴滇時，陳寅恪把自己隨身攜帶的文稿、拓本、照片、古代東方書籍，以及經年批註的多冊《蒙古源流注》《五代史記註》等，連同部分文獻資料，裝入兩隻木箱交於鐵路部門托運——這是他幾十年心血凝聚並視之生命的珍貴財富。萬沒想到的是，待陳氏趕到蒙自，僱人力車夫將運來的木箱拉到居住處興沖衝打開校點，卻發現箱內只有磚頭數塊，書籍等物踪跡絕無。面對如此慘狀，陳寅恪當場昏厥。後據校內同事分析推斷，很可能木箱在越南海防換滇越火車時發生了變故，而盜竊者可能就是鐵路行業內部的不法分子，他們誤以為箱內盛有金銀珠寶，或其他貴重物品，遂想法竊走，因多數書都由包袱或其他物包藏，竊賊並不以為是書，或以為書中夾有重金。為防盜事過早暴露，另易磚頭數塊入箱內，以此蒙混過關。可以想像的是，當盜賊們懷著滿腹發財的慾望在暗處打開包袱，發現包藏的竟是一堆破舊書籍時，一定氣得七竅生煙。而流亡西南的陳寅恪眼望一堆磚頭和兩隻空箱，自是悲憤交加，頓足搥胸，徒嘆奈何？奈何？ ！
陳寅恪所丟之物，並不是傳統意義上所謂的“珍籍秘本”，而是他曾花費無數心血用蠅頭小楷，在書眉詳細記錄相關資料以及自己心得的批註本，其間有蒙古史、佛教史和古代東方書籍。這一批眉批本，可說是他研究工作的“半成品”，是心血與思想的結晶，若在此基礎上進一步加工潤色，便是一部完整的作品。這些書籍在陳寅恪心中的地位之高和價值之巨，是一切讀書人特別是靠讀書、著書安身立命的知識分子所能深切體會的。 1942年9月23日，陳寅恪在給好友、武漢大學文學院院長劉永濟信中，對此次遺失書籍與手稿作瞭如下披露：
弟廿十年來所擬著述而未成之稿，悉在安南遺失。中有蒙古源流注，係依據其蒙滿文諸本，並參稽其所出之西藏原書四庫提要所謂咖喇卜經等者，考訂其得失。與沈乙庵書大異。後聞伯希和在庫倫獲元秘史元本，故欲俟其刊布，再有所增刪。用力雖勤而原書價值頗不高，今稿既已失去，亦不復談論此事矣。
又有世說新語注，主旨在考釋魏晉清談及糾補劉注之疏失。
又有五代史記註，其體裁與彭、劉舊注不同，宗趣亦別，意在考釋永叔議論之根據，北宋思想史之一片斷也。
又凡佛經與之存於梵文者，與藏譯及中譯合校，凡譯匠之得失，元本之為何（今梵本亦非盡善本，有不及譯本所依據者。又其所據之本，亦有與今不同者。其異同得失，皆略能窺知）列於校記。今雖失去，將來必有為之者。又鋼和泰逝後，弟复苦其煩瑣，亦不敢涉及此事。但有巴利文普老尼詩偈一部，中文無今譯本，間散見於阿舍經。鋼君不甚精巴利文，在北平時未與詳校。弟前居柏林時，從德名家受讀，頗喜婦人入道之詩，哀而不怨，深契詩經之旨。然俱是公曆紀元前作品，尤為可貴。欲集中文舊譯並補譯及解精（？）其詩，亦俱失去。
正因為這批傾盡了陳寅恪心血與汗水的書籍與稿本遭竊，使若干部可以在短時間內完成的新著不得不加以延遲，甚至成為泡影。如《世說新語箋證》《高僧傳箋證》等“半成品”，一直未成完璧，遂成終生憾事。在此期間，還發生了一個小小插曲，即此劫發生17年之後的1955年，棲身嶺南的陳寅恪突然收到越南華僑彭禹銘一封信，言其家居西貢，曾到海防搜買舊書，偶得陳氏當年遺失《新五代史》批註本兩冊，寄存家中。陳寅恪聞訊大喜，急欲見到實物，惜越南政府禁書出口，法令甚嚴，一時無法攜出，只好等待時機。未久，越南戰火突起，兵火所及，將西貢數万家變成瓦礫之場，彭禹銘家不幸亦在其內，家藏數千卷古籍盡付一炬，陳寅恪批註本《新五代史》一併化為灰燼。據陳寅恪後來說，他唯一得到的“原箱遺物”，是一位舊時清華畢業生梁秩風輾轉買得的《論衡》一部，惜這部書不過是當年為填塞箱子起見，偶爾放置其中，實非欲帶之書。對此，陳寅恪在致他的學生蔣天樞信中滿含遺恨地說道：“當日兩箱中文書及古代東方文書籍及拓本、照片幾全部喪失。此時身邊舊箱中原物，僅餘填補空隙不足輕重之《論衡》一種，可嘆也。”
陳寅恪的命運如此，而戰時流亡西南的知識分子，在旅途中丟失財物者比比皆是。 1937年11月27日，吳宓日記載：“陰，微雨。上午9：00至車站，宓之卯箱已運到，遂自舁歸。但已破毀，以繩索之。箱內之黑雲絲棉袍亦已為人取去。後此宓將卯箱中物，歸併其馀各箱，而此牛津紀念品之卯箱遂不復存矣！”時局動盪，世道如此，面對一幕幕慘象，作為一介知識分子除了扼腕長嘆，夫復何言？
遭竊事件使初到蒙自的陳寅恪一病不起，悲憤交加中，仍做著登堂授課的計劃。待身體稍有好轉，便寫信向中央研究院史語所同仁求援。時史語所歷史組的勞榦（字貞一）、陳述（字玉書）等人已抵達昆明，並與史語所同仁丁聲樹、全漢昇等借住拓東路663號趙元任家。 5月1日，陳寅恪致勞榦、陳述二人信中，以哀傷的筆觸寫道：“弟到蒙已將十日矣，欲授課而無書。不知史語所之三國志、晉書、南北史、魏書、隋書、通典等在昆明否？如在昆明，無論何種版本（即開明廿五史本亦可），請借出，郵寄或託友人帶下均可。如昆明史語所無此類書，則朋友中能輾轉借得否？此次來蒙，只是求食，不敢妄稱講學也。”
5月7日，陳寅恪向勞、陳二人追加一函，謂：“三國志、晉書已在此間借得，可以不寄。通典如一時未能藉得，亦可從緩。近中央研究院史語所有書箱運到蒙自，借與聯大。以無目錄，又無人到此點交，故不知其中有無大藏經、四部叢刊、三通在內，請兩兄代弟一查，並速示以在何號書箱內為感。此間聯大已催史語所派人來蒙自點交，愈速愈好，因有許多功課皆視書籍之有無以為開班與否之決定也。弟俟孟真先生到昆明後當來昆一行，大約在五月底或六月初也。所中同仁均乞代致意。”
勞榦與陳述接到陳寅恪求援信後立即行動，於5月5日寄出第一批書。然而路途關口阻隔，寄送並不順利。 5月12日，陳寅恪在復信中說：“南北史收到，感荷感荷。北史為百衲本，然則百衲本未運到耶？（五日寄南北史，八日即收到。）來示謂本月六日已寄魏書，今尚未收到，乞一查為感。”信未補充道：“蒙自已入雨季，起居飲食尤感不便，疾病亦多，吾儕僑寄於此者皆叫苦連天，想昆明或較此略勝。”
三天后的5月15日，陳寅恪接到勞、陳二人於11日發出的信件，謂大藏經不在昆明而在重慶。焦急中的陳寅恪再發一函述說急迫之情：“大藏經弟急需用，因弟在此所授課有'佛經翻譯'一課，若無大藏則徵引無從矣。乞速航空信請重慶速徑寄蒙自，不勝感盼之至。魏書今日已收到，謝謝！那君信已收到，所以急盼那君者，為大藏耳。今大藏既在重慶，不知昆明方面尚有哪位可賣或可藉否？前云南省長王九齡提倡佛教，曾請歐陽竟無講經，疑昆明或尚有可藉處也。”
陳氏信中提到的那君，指史語所圖書管理員那廉君，此前史語所擬派那氏赴蒙自點交寄往聯大分校的書籍，陳寅恪欲讓那廉君把大藏經一併攜往蒙自，想不到昆明無書，希望落空。歐陽竟無，名漸，字竟無，亦稱宜黃大師，江西宜黃人，著名佛學家、居士，與陳寅恪屬同鄉舊識，曾赴昆明講經並為陳氏所知。
幾天后，那廉君來到蒙自欲點交書籍，因涉史語所與聯大的運費問題發生糾葛，未能開箱。陳寅恪亦收到勞、陳二人寄送的昆明佛經流通處所刊佛經目錄。陳氏看罷，認為可買者不多，遂於5月21日回復道：“茲將目錄寄上，乞查收，並希將右列六種購就寄下……屢次煩瀆，心感不已，所費郵資諒已不少（如航空信），希示知，以便弟照數奉還。又，高去尋君文稿亦交那君帶回，並附一複書，乞轉交為荷。”
6月17日，陳寅恪給勞榦、陳述二人再發一函，此為迄今可查的陳氏在蒙自期間發給二人的最後一書。內容如下：
大作均收到，容細讀再奉還。弟於七八月間必到昆明，如兩兄不急於索還，則俟弟親帶至昆明面還。如急需，即乞示知，當由郵局寄上也。
聯大以書箱運費係其所付，不欲將書提出。現尚未開箱，故聯大無書可看。此事尚須俟孟真先生來滇後方能商洽解決。研究所無書，實不能工作。弟近日亦草短文兩篇，竟無書可查，可稱“杜撰”，好在今日即有著作，亦不能出版，可謂國亡有期而汗青無日矣。大局如斯，悲憤之至。匆复。
許多年後，陳氏弟子蔣天樞在《陳寅恪先生編年事輯·師門往事雜錄》中，摘錄了陳寅恪致陳述三封信函，多涉學術方面的問題，陳氏對二人的關愛、呵護、教誨之情溢於言表。在轉引6月17日致勞、陳二人信後，蔣氏曾注云：“其時先生漂泊西南，備歷艱困，當流亡逃死之際，猶虛懷若谷，獎掖後學，孜孜不倦。其以文化自肩，河汾自承之情偉矣！錄上四信，藉見先生彼時情懷。世之讀上錄函件者，其亦省識先生當日感憤之深歟？”