就在傅斯年為梁思永、林徽因的病情處心積慮謀劃籌款、醫治之時，史語所與中央博物院籌備處最為宏大和重要的支柱——李濟，由於家庭突遭不幸，又出現了坍塌崩毀的跡象。抗戰爆發後，李濟帶著一家老小六口（父親郢客老人、妻子、女兒鳳徵、鶴徵、幼子光謨），從南京到重慶、長沙、桂林、越南直至昆明，輾轉數千里，備受艱難困苦，總算有了一個喘息的機會。萬沒想到，1940年夏，在史語所議遷李莊時，14歲的二女兒鶴徵突患急性胰腺炎，因得不到藥物及時治療而死去。一枝含苞待放的鮮花，無聲無息地凋落在紅土結成的高原之上，在西南邊陲那溫暖的陽光照耀下，永久地與青山茂林做伴了。
心中滴血的李濟夫婦在巨大悲慟中，來到愛女的墳塋作最後辭別，旋即含淚打點行裝，帶領全家匆忙遷往李莊。積在心頭的哀痛尚未淡去，1942年初春，在李莊中學讀書即將畢業，17歲的大女兒鳳徵又不幸身染傷寒，一病不起。因李莊缺醫少藥，終於不治。愛女臨走的那天下午，握著父親李濟的手，有氣無力地說：“爸爸，我要活下去，我要考同濟大學，在李莊讀書，永遠不離開您和媽媽，還有爺爺……”縱然如偉大的學者李濟博士，連同遷入李莊的同濟大學醫學院數位留德“海龜”教授共同努力，亦回天乏術，只能眼睜睜地看著女兒美麗的雙眸悄然滑下兩滴淚珠，帶著無盡的遺憾，走了。
鳳徵的墓地選在李莊郊外一座小山岡的平坦之處，這是李莊鄉紳張官週出於對郢客老人和李濟父子的敬重，特地從自家的園地中闢出無償出讓的一塊地方。小小的山岡之上，痛失愛女的李夫人撕心裂肺的呼喊，在荒草萋萋的山野迴盪。李濟的眼睛裡汪著一潭痛楚的淚水，將一把把溫潤的泥土輕輕地撒在女兒的墓穴裡。一片片於西南早春盛開的黃色花瓣被拋向天際，於新起的墳塋上空飄舞飛旋。沒有葬禮，沒有悼詞，唯有滾滾的江水和陣陣襲來的山風，讓人感到生命的淒美與哀傷。
從1940年到1942年的兩年間，李濟的兩個愛女一“鶴”一“鳳”，撇下風燭殘年的祖父、悲痛欲絕的雙親以及年少的弟弟，悄無聲息地撒手人寰，乘風而去。
面對接踵而至的災難，李濟的心靈受到了重創，在一夜接一夜痛苦的失眠與哀嘆中，精神支柱開始傾斜。徹骨的淒涼與過度的悲傷，終於使李濟病倒床頭。李濟的父親李權（郢客）老人，這位滿清王朝末年的小京官，著名的詞人雅士，面對兩個從小圍在自己身邊唧唧喳喳，小鳥一樣惹人愛憐的孫女不幸夭亡，更是悲情難抑，身體很快垮了下去，不久即中風癱瘓在床，生活不能自理。老爺子自感將不久於人世，遂立下遺囑，一旦自己魂歸道山，讓家人在其墓碑上鐫刻“詞人郢客李權之墓”以示紀念。五年之後，當身衰體殘，骨瘦如柴的郢客老人在南京去世時，李濟按照遺囑一字未改地書寫了碑文，算是實踐了老人的遺願。在淒涼悲苦的心境中，李濟勉強從病床上支起身體找到傅斯年，於李莊郊外板栗坳一個月高風清的晚上進行了一次秉燭長談。按李濟的想法，他要辭去史語所考古組主任和中央博物院籌備處主任之職，去掉安在自己頭上的兩頂“官帽”，以便擺脫行政事務繁擾，調整心態，做點案頭研究工作，藉以緩解日甚一日的精神苦痛。對李濟的處境，傅斯年深感悲戚，清醒地意識到這根宏大支柱一旦坍塌，對史語所和中央博物院籌備處的工作將意味著什麼。在如此艱難困苦的緊要關頭，他所做的不是順水推舟，而是要盡可能地使對方從頹喪委靡中振作起來，在事業上開拓出一片新天地。
1942年3月27日，李濟在中央博物院籌備處於李莊鎮張家祠租賃的辦公室，以憂傷的筆調給傅斯年修書一封，派人送到幾里地之外的板栗坳，信中說：
前日所談，感弟至深。弟亦自知最近生活有大加調整之必要，但恐西北之行（未嘗不願）未必即能生效，或將更生其他枝節。數月以來，失眠已成一習慣，中夜輾轉，竊念研究所自成立以來，所成就之人才多矣，而弟愧不在其列，有負知己，誠自不安，然此亦非弟一人之咎。弟自覺念日最迫切之需要，為解脫，而非光輝。衷心所祈求者為數年安靜之時間。若再不能得，或將成為一永久之廢物矣。
從信中可以看出，前天晚上的交談，傅斯年除了給予同情、理解和好言相慰，還為李濟想出了一些解脫之法，如到西北地區進行田野調查等，以緩解對方的精神壓力與惡劣的情緒。但一直處於極度痛苦與悲傷中的李濟，雖被傅氏的真誠與熱情所感動，終未能回心轉意。
三天之後，傅斯年回信，再次以誠摯坦率之言勸慰：
惠書敬悉，深感！深感！大約四十為一大關，過此不能不寶愛時光矣，弟之大症，有一好處，即能辭去總幹事也。雖今日治學未必有望，而在總幹事任中必無望。援庵①之“開快車”（彼亦同感而言），寅恪之“損之又損”②，前者弟不能，後者弟亦求其如是矣。兄目前之事，不在博物院，而在精神之集中。博物院事，似乎辦事人不比史語所少，兄可不必多操心（此人勸我語，兄或鑑於裘事③，然彼等事不能再有？亦不可有反常之心理也）。安陽報告固為一事，此外似尚須有一大工作，方可對得起此生。弟所以勸兄一往西北者此也。總之，治學到我輩階段，無所著述，甚為可惜。兄之一生，至少須於安陽之外再有一大事，方對得起讀書三十年也。然西北不過是一法；其他亦有法，要看戰事如何耳。我之一病大約是一無結局，故此等問題多不敢想也。
傅斯年推心置腹的一席話，令李濟不好意思再僵持下去，只好帶著一顆悲傷、抑鬱、孤獨的滴血之心，在史語所考古組與中央博物院籌備處之間艱難支撐。就當時的情形言，無論哪一個方面，都不容許李濟輕易對嘔心瀝血為之經營的事業撒手不管。何況此時以史語所為主體組織的西北科學考察團之事正在緊張地籌劃之中，中央博物院的主力人馬，對岷江流域彭山一帶的田野發掘剛剛取得大捷，並醞釀對牧馬山墓葬大規模發掘。頭戴中央研究院史語所考古組主任、中央博物院籌備處主任兩頂“官帽”的李濟，此時如同乾手插進濕面裡，想抖摟得一干二淨几乎是不可能的。歷史給予他的，只能像在駐美大使任上的胡適自嘲的那樣：“做了過河卒子，只能拼命向前。”
早在1941年春，受“西北考察熱”影響，在李濟倡議下，經傅斯年、朱家驊及時任國民政府教育部部長陳立夫等實權派要員批准，擬組織一個西北科學考察團和川康古蹟考察團，對西北敦煌一帶和四川、西康兩省的古蹟作一次大規模調查和發掘。西北科學考察團由中研院史語所、中博籌備處、中國地理所三家合作，並從西南聯大文學院抽調以研究中西交通史聞名的北大文科研究所導師向達（覺明）出任團長。由於事涉多家機構，此事一直在不間斷地聯繫、組織中，遲遲未能成行。而川康古蹟考察團卻較為順利地按計劃實施起來。
川康古蹟考察團由抗戰期間流亡李莊的中研院史語所、中博籌備處、中國營造學社三家機構聯合組成。考察團以吳金鼎為團長，全面主持工作。 1941年1月，吳金鼎率隊赴敘府一帶作考古調查和發掘，並在較短的時間內，就獲得南溪葬地、九家村崖墓、雙江頭、舊州城等遺址。同年3月至4月，考察團由敘府沿岷江而上，至成都及周邊地區，在新津發現堡子山葬地，舊縣城故址。繼而在彭山發現蔡家山葬地、雙江葬地；在溫江發現古城埂遺址；在成都發現青羊宮葬地；在郫縣發現馬鎮古城等頗有考古價值的遺址。
調查工作告一段落，考察團成員撤回李莊休整。 1941年5月，吳金鼎再度率中央研究院考察團自李莊乘船溯江而上，沿急流湍急的岷江直奔彭山而去。
當考察團一行抵達彭山地區後，經過調查走訪，發現此處山嶺相連，古蹟頗多。自漢代始，隨著各類墓葬制度和喪葬風俗的興起，彭山縣境成為四川漢代崖墓分佈最為廣泛、密集和重要的地區。考察團將地理方位與崖墓的分佈情況作了大致了解後，決定以彭山縣城東北約五公里，位於武陽江、府河與岷江交匯處的江口一帶群山定為考察重點，並把江口鎮東南一座名叫寂照庵的寺廟做工作站安營扎寨。此後以江口附近山中崖墓為起點，開始一路向西連排式發掘。儘管考察團人數不多，卻是一支意氣風發、才華橫溢的精銳之師，尤其吳金鼎、曾昭燏、夏鼐三人，作為中央博物院乃至整個中國考古與博物館界最明亮的新星，橫亙於中國西南知識分子群落之中，光彩奪目，令人無法忽略他們的存在。而三人周身散發出的強勁勢力與剛健鋒芒，以及從大洋彼岸帶來的最為新鮮的蔚藍色思想與科技之光，也將隨著此次調查發掘，在中國西南地區創造出前所未有的輝煌。