且說梅貽琦等人在李莊鎮內鎮外轉了一圈，江也渡了，山也爬了，酒也喝了，汗也流了。接下來的7月3日，開始對幾位研究生進行考評。
按北大文科研究所的製度，每一個研究生配一位正導師，一位副導師，語言組第一屆研究生研究的範圍和導師為：
馬學良，雲南非漢語研究，導師李方桂、羅常培。
周法高，漢語歷史音韻，導師羅常培、丁聲樹。
劉念和，漢語歷史音韻，導師羅常培、魏建功（未就聘）。
每當研究生答辯時，不論是正副導師，按理都要參加。此時，與其他組的研究生一樣，以上這三位研究生都將出席在板栗坳戲樓院召開的論文答辯會。但身處戰時，受各種條件限制，導師、學生皆被戰爭炮火分割為幾地，且有的導師如魏建功等早已與北大文科研究所分道揚鑣，哪裡還有師生齊聚一堂的機會？因而，不但當年鄭天挺在致傅斯年信中相商“北大可每年或每學期，請一位教授隨同前往，俾稍減史語所之麻煩，並負其他事務責任”的事未能落實，即是在李莊板栗坳進行的這個答辯會，也因缺乏導師與學術委員會人員而變為一種外在形式，比不得在北平時北京大學校園內的氛圍，更無法與該研究所的創辦者胡適當年在美國哥倫比亞大學博士論文答辯時，面對的蕭煞情景相提並論了。
可能由於胡適在美國哥倫比亞大學的那段被搞得灰頭土臉、口吐白沫，差點倒地不起的特殊經歷，使他銘記在心，並在自己入主中國學界執掌學位生殺大權的漫長歲月裡，顯得格外寬容和民主，從而令無數後生小子感念不已。據一位叫陶元珍的北大文科研究生回憶：抗戰前的北大文科研究所，常舉行研究報告會，由研究生提出研究報告，所主任及導師加以批評。有次一位姓韓的研究生，提出一篇有關隋唐之際佛學的研究報告，宣讀完畢之後，胡適以研究所主任資格首做批評，言詞謙和卻滔滔不絕，剛說到中途，韓君突然打斷他的話頭說：“胡先生，你別再說下去了，你越說越外行了。”隨即把胡批錯了的地方一一指點出來。胡適立刻停止批評，毫不動氣，請韓姓學生的導師、佛學權威湯用彤對報告繼續加以檢討。當報告會結束時，胡適說：“以後舉行報告，最好事先讓我們知道題目，以便略作準備，免得像我這次對韓君的報告作錯誤批評啊！”此後胡適並未因此懷恨那位韓姓學生，反而特別重視，為其學習、謀生幫忙多多。幾十年過後，陶元珍不無感慨地說：“他（胡適）的民主風度，應用到學術上，實足獎掖後進的學者，促成學術的進步，與藉口維持師道尊嚴，壓抑後進，僵化學術者，真不可同日而語。”
此時北大研究所研究生的論文答辯，儘管鄭、羅二位導師早已知道弟子們各自研究的題目，但也不敢像胡適那樣聽完報告就開始滔滔不絕地大發議論，甚而提出批評，倒是把胡適大度、寬容的方式方法延續下來。其主要原因在於這批研究生來到李莊後，與昆明相隔千山萬水，鄭、羅二人已是鞭長莫及，只是名譽上的指導教授而已。實際的情況是，李莊的這批學生，除了相互切磋，靠史語所藏書自學，主要依靠史語所幾位大師指導。如羅常培在他的《滄洱之間》中所言：此時的“馬、劉兩君（馬學良、劉念和）受李方桂、丁梧梓（聲樹）兩先生指導，李君（李孝定）受董彥堂（作賓）先生指導，李、董、丁三位先生對他們都很懇切熱心。據馬君告訴我說，李先生常常因為和他討論撒尼語裡面的問題，竟至忘了吃飯，這真當得起'誨人不倦'四個字。任君（繼愈）研究的題目是'理學探源'，他在這裡雖然沒有指定的導師，可是治學風氣的熏陶，參考圖書的方便，都使他受了很大的益處。”
早在昆明時期，馬學良就曾跟隨李方桂赴雲南路南縣的尾則村做過倮倮語調查研究。師徒二人在路南縣境奔波了一個多月，各掉了十多斤肉，白皙的皮膚也早已變成灰黑色，總算把撒尼語的詞彙記錄下來，並整理出了一個語音系統。遺憾的是，由於經費短缺，時間不足，未能進一步記錄其語法系統。 1940年秋冬，馬學良與張琨等研究生，隨李方桂與史語所大隊人馬遷往李莊板栗坳，並繼續在李氏的指導下，整理研究撒尼語資料，同時著手撰寫畢業論文。
此時，鄭天挺和羅常培看到馬學良的論文，就是有關撒尼語的整理研究成果。對於馬生本人及論文的評價，羅常培在他的《蜀道難》一書中作瞭如下敘述：“三日上午，約馬學良君來，評定他所作的《撒尼倮倮語語法》。……李先生對我說，他這篇論文在已經出版的關於倮倮語的著作裡算是頂好的。這雖然含著獎掖後學的意思，但是我看過論文初稿後，也覺得李先生的話不算是十分阿好或過譽。我一方面佩服馬君鑽研的辛勤，一方面更感謝李先生指導的得法。”羅氏的記述，字裡行間透著溫暖和感念的真情，令人讀後久不能忘。經過一天的忙碌，答辯會結束，對各位研究生提交的論文，鄭、羅二人均感到滿意，除個別地方需要“小修”外，全部通過。整個過程沒有出現當年胡適在哥倫比亞大學論文答辯時叫天天不應，呼地地不靈，“面如死灰”的悲壯場面，師徒雙方皆感欣慰。
7月5日凌晨，李方桂夫婦忽聞外面傳來槍聲，立即驚起，出門察看。只見板栗坳遠山近林籠罩在墨一樣的黑暗中，並無異常動靜。剛要返回室內，槍聲再度傳來，且越來越密集，越來越清晰，似是沿長江邊向板栗坳推移。
“土匪，是土匪，不是搶劫就是火併。”暗夜裡，李方桂輕聲對夫人說。
“要不要喚起梅校長？”李夫人徐櫻悄聲問著，此時梅貽琦就住在李方桂家中的樓上。
“他可能剛睡著，不要喚他，估計沒啥大事。”李方桂回答著，夫人徐櫻不再作聲。槍聲響了一陣，漸漸稀疏起來，見板栗坳周邊仍沒異常動靜，李氏夫婦方回歸室內。早上六點鐘，梅貽琦等即起床準備下山，下午在李莊碼頭登船赴宜賓。早餐時，李方桂夫婦問道：“校長，昨夜聽到什麼異常動靜沒有？”
梅貽琦搖搖頭道：“開始熱得睡不著，等睡著的時候就什麼也不知道了。”
當李方桂講述了昨晚外面槍聲大作，並斷定是土匪騷擾作亂時，梅貽琦略作驚奇狀，叮囑道：“看來你們以後要多加小心，我在瀘州和敘永分校時，就听說川南一帶土匪自抗戰以來，像蝗蟲一樣在川江兩岸竄起了。亂世出盜賊，自古亦然，只是你們別發生意外就好。”梅貽琦斷斷續續地說著，吃罷早餐，離開李家，同鄭、羅二人一道告別了史語所與北大文科研究所諸君，在李方桂夫婦陪同下，往山下走去。
至一山坡，李莊鎮內風物已看得分明，梅貽琦等在一棵大樹下站住向對方辭謝。李氏夫婦戀戀不捨地望著三位師友，各自眼裡含著淚水。握別時，李方桂道：“今日一別，何時再得一見，天南地北，恐遙遙無期矣！”一句話引得夫人徐櫻的淚水刷地落下，眾人頓感愴然。梅貽琦在當天的日記中寫道：“亂離之世會聚為難，惜別之意，彼此共之也。”
八點半左右，梅氏一行來到了李莊郊外上壩月亮田中國營造學社租住的院子，看望梁思成夫婦與劉敦楨等研究人員，並藉此告別。
四川氣候潮濕，秋冬時節陰雨連綿，這對在昆明時就一直身體欠佳、曾患有肺病未得到根除的林徽因來說無疑雪上加霜。 1940年冬，梁家從昆明趕來時，天氣的陰寒加上路途顛簸勞累，不到一個月，致使林徽因肺病復發，連續幾個星期高燒40度。此時李莊隨著民國戰亂，百事凋敝，醫療衛生條件極差。恰逢梁思成為了營造學社的生計問題，已赴重慶向國民政府教育部“乞討”活命與學術研究的經費。當他從信中得知愛妻發病的消息後，向重慶的朋友們藉錢，買了些藥品匆忙回趕。儘管心急如焚，從重慶到李莊，也要在水上漂流三天三夜才能抵達。據梁從誡回憶說，當時沒有肺病特效藥物，也不可能進行肺部透視檢查，病人只能吃點於事無補的藥物，憑體力慢慢煎熬。因了這一場病，林徽因臥床不起。儘管在稍好時還奮力持家和協助梁思成做些研究工作，但身體日益衰弱，梁思成的生活擔子因而越發加重。
按照輩分，梅貽琦與梁啟超算是同代人，梁思成夫婦自屬晚輩，但平日相處做事卻沒有隔代之感，故雙方交情頗好。此次梅貽琦等人來李莊，沒有忘記這對可愛的夫婦，此前的6月30日，幾人曾專程登門看望過梁氏一家，林徽因臥病不能起床，幾人在病室談約半小時便匆匆告辭，為的是“恐其太傷神也”。
此次梅貽琦等三人下山登門“再看梁夫人病”，令梁、林夫婦甚為感動，為表示禮節和禮貌，林徽因強撐著發燒的病體，令人將行軍床抬到室外與來客交談。對於當時的情形，梅貽琦在日記中記載道：“大家坐廊下，頗風涼。徽因臥一行床，雲前日因起床過勞，又有微燒，諸人勸勿多說話，乃稍久坐。”
當梅貽琦問梁思成近來生活、工作等情況時，梁氏有些傷感地說：“除徽因有病外，由於營造學社經濟窘迫，到重慶政府'化緣'又沒得到幾個錢，大半年來未開展什麼具有開拓意義的工作，也不能組織野外考察，只是貓在這房子裡，整理前兩年在昆明野外考察的資料，同時把抗戰前在山西五台山佛光寺考察的報告也找了出來，繼續整理。佛光寺的研究報告在長沙和昆明時整理了一大部分，遷李莊時草稿一併帶來，現在正好藉這個缺少經費外出考察的機會加一整理。如這部報告能順利完成，接下去準備寫一部英文的中國建築史方面的著作”云云。梅貽琦等人聽了，一股憂傷之情瀰漫心頭，不知話題如何說下去。最後，主客雙方又談了一些生活方面的事務，斜躺在帆布床上的林徽因認為李莊缺醫少藥，不利於養病，提出希望自己與中國營造學社同仁重返昆明，與西南聯大的朋友住在一起工作、生活。梅貽琦聽罷，以自己所知的醫學知識，深感對方的病情很難在短時間內好轉，恐怕還要在眼前這張帆布床上度過一段漫長的歲月。而且由李莊遷昆明，千山萬水又談何容易，故未作響應。
談話在鬱悶與壓抑的氣氛中結束，梅、鄭、羅三人離開營造學社，在李莊羊街六號李濟家中吃過湖北做法的涼麵後至江邊一茶樓飲茶，藉等船來。此時，董作賓、芮逸夫、楊時逢、陶孟和、李濟、梁思成、梁思永等皆來送行。李濟的父親、詞人——李老太爺（郢客）也從家中顫巍巍地走來參加到送行之列，此舉令梅氏甚覺不安。臨別時，李老太爺與梅貽琦握手曰：“江乾一別。”梅氏聽罷，一陣酸楚襲上心頭，“言外之意，不禁淒然”。
下午三點鐘，長豐輪自下流開到李莊碼頭，仍以地漂（躉船）登輪，梁思成堅持獨自踏“地漂”將梅貽琦一行送到輪上。望著思成瘦弱的身體和因過度勞累而灰黃的臉龐，想起林徽因躺在病床上送自己出門時，那雙透著淚光、令人愛憐的眼睛，梅貽琦不禁生出了“餘對此小夫婦更為繫念也”的感慨。在無盡的祝福和感念中，長豐輪載著三位學界鉅子，迎著滾滾的江水向宜賓方向駛去。