1976年春天，托尼·斯卡克爾多次曠課，他甚至沒有參加3月份為母親舉行的忌日紀念，當時有傳說他患了流感。 4月，托尼因腸胃出血去看醫生，又有傳言說此病症乃吸毒或飲酒過量所致。後來他去愛爾蘭的姑姑家裡住了幾個星期，儘管斯卡克爾家人說這趟旅行是早就安排好了的，但在這風聲鶴唳之時，不免又引起人們一番猜測。
說句公道話，在本案的一開始，斯卡克爾家，特別是羅斯頓·斯卡克爾對警方的調查工作還是相當配合的。他允許警方在沒有搜查令的情況下隨時搜查他家的住宅，甚至還交給辦案人員一套斯卡克爾家族在紐約州溫德漢滑雪區別墅的鑰匙。
貝爾赫文島的居民們都知道，斯卡克爾家與當地警署之間一直保持著非常友好的關係。羅斯頓·斯卡克爾向來出手大方，特別在妻子安妮去世以後，儘管家裡雇了不少傭人、保姆和家庭教師，經常外出的斯卡克爾先生還是為兒子們的胡作非為無法無天頭疼不已。人們經常看見下了班的警察在斯卡克爾家忙裡忙外，接送公子小姐們上下學，在開派對的時候為客人們泊車，以及跑腿、送信、買東西等等。這些雜活兒對收入菲薄的警員們十分重要。在1975年，一個格林尼奇警探的全年工資不過15萬美元。貝爾赫文的私人保安隊基本上是由不當班的警察組成，他們在巡邏的時候會不時地把車停在斯卡克爾家的豪宅前，然後進去喝一杯咖啡，或吃一片三明治。警署的頭腦們更是斯卡克爾家的常客。據說由於這層關係，無論小斯卡克爾們鬧出什麼出格的事來，當地警方都會為他們“妥善解決”。人們不禁要問，這類事情是否也發生在瑪莎·莫克利兇殺案的調查中？
在警方調閱托尼的病歷後不久，斯卡克爾家中斷了與警方的合作，同時聘請資深刑事律師蒙尼·馬格利在與警方的交涉中代表斯卡克爾家的所有家庭成員和工作人員。蒙尼·馬格利要求斯卡克爾家族的任何人不得再與辦案人員談話，但他允許警方向工作人員了解情況。
在斯卡克爾家眾多的工作人員中，有一個人引起了警方特別的興趣，他就是在瑪莎·莫克利兇殺案發生的當天走馬上任的家庭教師肯·利托頓。
肯·利托頓畢業於名校威廉斯學院，在校期間他曾是品學兼優的好學生和挺不錯的運動員。在瑪莎命案前後，肯就職於布朗維克男子私立中學，是該校的理科教師和橄欖球隊教練。肯·利托頓聰明、碩健，在師生中都有很好的口碑。斯卡克爾家有三個孩子是他的學生，托尼、約翰和大衛。在此之前，肯曾受羅斯頓·斯卡克爾之託臨時照管小斯卡克爾們。這次他剛與斯卡克爾家簽訂了長期的合同。羅斯頓需要的家庭教師不光能幫助孩子們的功課，還得身強力壯，能製服那幫野性十足的小衙內。
因為肯·利托頓的房間還沒有收拾出來，1975年10月30日，肯搬進斯卡克爾家的第一天，斯卡克爾先生讓肯暫時住在他自己居住的主臥室裡。這間臥室在二樓的東南角，有一個很大的陽台正對著威爾士街和莫克利家。
據案發後肯·利托頓對警方的說法，那天晚上8點45分，他率領小斯卡克爾們從海灘俱樂部晚餐歸來，即上二樓臥室開啟行李，然後看電視。在這段時間裡，大約有十幾個少男少女，包括莫克利小姐，在斯卡克爾家裡。 9點30分，管家南妮·司韋尼聽到狗叫後讓肯·利托頓出去看看，幾分鐘後他回到屋裡。 10點左右，朱莉看見肯·利托頓在廚房。 10點03分，據肯講，托尼來到二樓主臥室和他一起看電視節目《現場追截》，10點32分節目結束後托尼離去。肯·利托頓說此後他在主臥室裡一直呆到第二天早晨。
在瑪莎·莫克利兇殺案調查的前期，肯·利托頓與警方非常合作，但他始終拒絕指認托尼·斯卡克爾為作案人。多年後他對記者林·列韋特說：“我沒有什麼可隱瞞的，我只是認為不可能是托尼。”1976年4月，根據布朗維克男子私立中學校方的要求，肯·利托頓為自己聘請了律師強恩·米爾勃京，以後不久便離開了斯卡克爾家。
自偵破工作開展以來，格林尼奇警方在相當大的程度上依賴於斯卡克爾家的自願合作，一旦這種合作中斷，辦案人員們便有些束手無策。其實人們心裡都明白，這是因為斯卡克爾家是名門望族。如果警方面對的是平民百姓，一切都不是問題。
在將近半年的時間裡，偵破工作毫無進展。直到1976年秋天，警方自認為有了重大突破。 10月18日，肯·利托頓沒有通過測謊實驗，他說這是因為他被自己“最近的犯罪行為和被捕搞得心神不定”。 1975年年底，格林尼奇警署曾去信肯·利托頓的老家馬薩諸塞州作背景調查，當時的肯還沒有任何犯罪記錄。自瑪莎·莫克利兇殺案以來，這位28歲的前威廉斯學院優秀畢業生、布朗維克私立中學的明星教員日漸墮落。
1976年夏天，他因在南塔磯的三家商店和一條船上搶劫和偷竊價值總共4000美元的物品而被拘捕。南塔磯的幾位證人告訴警方，肯終日酗酒，情緒低落，自暴自棄。
由此而成為嫌疑人的肯·利托頓在其後的數年裡又多次被捕，並因酗酒和神經錯亂而長期住院。另一方面，緊盯著肯不放的辦案人員們不管對他的調查多深入，工作多細緻，卻始終找不到任何足以指控肯·利托頓為凶犯的證據。偵破工作再次停滯，這一次，長達10多年。
同時，由於瑪莎·莫克利兇殺案引起的種種調查、懷疑、流言蜚語以及羅斯頓·斯卡克爾的無能，斯卡克爾家族的工業王朝迅速衰落。 1983年，大湖礦業公司掛牌出售。兩年後，被荷士赫芝公司以15億美元的低廉價格買斷。經過一代人的努力而創建的大湖礦業，斷送在了第二代人的手裡。 1993年，羅斯頓·斯卡克爾以300萬美元賣掉了貝爾赫文的豪宅後遷居佛羅里達。
雖然瑪莎·莫克利兇殺案被官方懸置起來了，瑪莎的家人們卻從未放棄過。戴維·莫克利先生在繁忙的工作之餘一直與警方通力合作，甚至提供一些他的職權範圍內所允許的幫助。在莫克利家從貝爾赫文島搬到紐約之後，他們仍與格林尼奇警署保持著密切的聯繫。
1988年，戴維·莫克利因心髒病去世，莫克利夫人杜麗絲搬到了安那波利，戴維生前曾在那裡買下了一棟湖邊的別墅。丈夫在世時，杜麗絲從未直接插手過女兒的案子。現在莫克利先生帶著遺憾走了，杜麗絲覺得無論是為了女兒還是為了丈夫，她都必須做點什麼。
但是她能做什麼呢？戴維·莫克利是一位成功的企業家，他在商界、政界和司法界都有不少的朋友同仁和廣泛的聯繫，而杜麗絲呢，她只是一位賢妻良母、家庭婦女。不過有一點，她和所有的婆婆媽媽一樣，喜歡嘮叨。於是，莫克利夫人開始向所有樂意傾聽的人講述瑪莎的故事，她不能讓她“在這個世界上最親近的人”被這個世界遺忘。
就瑪莎的性格而言，她不像是一個受害者。在大多數人的印像中，受害者一般都是弱者，但瑪莎卻不是。她人緣極好，天生的領袖人物，不管到哪裡都能入鄉隨俗，無論做什麼都得心應手。杜麗絲說：“你不用告訴她，她知道她應該做什麼，怎麼做。”瑪莎自尊而自信，從來沒有害怕過什麼，也從來不為什麼事發愁操心。 “瑪莎是個很厲害的姑娘，”杜麗絲說。瑪莎很有主見，在這個世界上似乎沒有任何事可以難倒她，也沒有任何人可以左右她。也許正因如此，她被殺害了。如果她軟弱一點，隨和一點，多少滿足一點對方的要求或慾望，瑪莎就不至於落得如此慘烈的下場。然而，那就不是瑪莎·莫克利了。瑪莎的自尊和倔強使任何人都不可能強迫她做她不願意做的事。她的年輕漂亮，她的熱情和輕佻，使瑪莎吸引了不少男孩子，她也喜歡男孩子們追求她。但她懂得保持距離，懂得適可而止，沒有人可以對她隨心所欲。但也許正是瑪莎這些令人永遠懷念的性格特徵最終鑄成了她的悲劇。
林·列韋特是第一個聽杜麗絲·莫克利講瑪莎故事的記者。此前，在他為自己的文章收集素材的過程中，林發現幾乎找不到任何可供公眾查閱的關於瑪莎命案的文件和檔案。於是，他和《格林尼奇時報》聯手起訴警方，要求公開有關本案調查偵破的原始記錄。 1983年5月，經康涅狄格州信息自由委員會裁決，格林尼奇警署被迫公開了某些材料。儘管不少內容被刪除，但對記者和後來參與此案的有關人員而言，仍不失為寶貴的第一手資料。不幸的是，因為沒有報紙願意發表，林·列韋特在1983年撰寫的關於瑪莎·莫克利兇殺案的文章被打入冷宮達八年之久。
1991年春，威廉·肯尼迪·史密斯在佛羅里達州的棕櫚海灘因強姦罪被起訴。威廉的母親簡·肯尼迪是已故肯尼迪總統和已故前聯邦參議員羅勃特·肯尼迪的妹妹。此案頓時成了一場媒體的盛事，記者們趨之若鶩，惟恐落於人後。同時，具有異常嗅覺的記者們也敏銳地察覺到，歷時16年而未決的瑪莎·莫克利命案會不會是另一起肯尼迪家族利用金錢和權勢對執法的干擾？當時甚至有謠傳說，1975年10月30日，威廉·肯·史密斯也在斯卡克爾家裡。儘管這在後來被證明純屬捕風捉影，但客觀上卻促使官方考慮重新調查瑪莎一案。威廉·肯·史密斯最後被無罪開釋。
1991年6月21日，林·列韋特的文章終得發表，題為《瑪莎命案兇手仍逍遙於格林尼奇》。
1991年8月9日，康涅狄格州及格林尼奇市兩級警署聯合召開新聞發布會，宣布將對瑪莎·莫克利兇殺案重新立案。在案發當天即赴現場的格林尼奇警署警探長弗蘭克·伽爾和州司法特派員傑可·所羅門被指定主持有關工作，康涅狄格州警署刑事實驗室負責重新審核檢驗所有的物證和資料。杜麗絲和喬恩·莫克利母子倆在會議上宣布，他們決定出資將州警署的兩萬美元懸賞提高到五萬美元，並在警署的行政辦公室開設免費舉報電話熱線。
此後，莫克利夫人接受了不計其數的採訪，來訪者包括電視、報紙、雜誌的記者和一些知名作者。有關的出版物中最為轟動的，是著名犯罪文學作家多米尼克·達恩1993年出版的、以此案為藍本的小說《煉獄季節》及同名電視劇。另一位作者捷瑞·奧本赫摩在其所著有關依莎兒·斯卡克爾·肯尼迪的《另一位肯尼迪夫人》一書中也專有一章記敘瑪莎·莫克利兇殺案。
與媒體的熱鬧相比，警方的工作就遜色多了。 1993年10月，經過兩年多對所有資料，包括警方筆錄、現場證據和驗屍結果等的研究，州警署刑事實驗室向格林尼奇警署提交了一份厚達六英寸的報告。 1994年1月21日，該實驗室負責人在一次會議上稱，他們已盡了最大的努力，但終因證據有限，無法提供任何對案情有突破的發現。
其間，關於瑪莎·莫克利兇殺案的另一本書《邪惡豪門》的作者梯姆·杜馬斯曾採訪過康涅狄格州警署刑事實驗室。據書中記載，專家們對此案能作出肯定判斷的只有兩點：一、瑪莎的屍體最後被挪到大松樹下，說明作案人對環境十分熟悉。二、作案現場一共有三處，意味著作案人的猶豫和無準備，也表明了這不是一起預先策劃的兇殺案，作案人自己都未曾料到會是如此結果，同時也說明此人有某種程度的心理和精神上的障礙。當梯姆·杜馬斯問，兇手是否是一位左撇子，如托尼·斯卡克爾，一位著名的法醫學人士不置可否地說，右手的反手也會有同樣的效果。
1994年10月，格林尼奇警署承認本案又一次陷入僵局。用傑可·所羅門的話說：“只能寄希望於罪犯的自首了。”
至此，瑪莎·莫克利兇殺案的偵破調查工作已經是三起三落。有關當局認為，最大的障礙仍是斯卡克爾家族的不合作。但媒體卻指責警方的無能，致使犯罪現場的原始勘查雜亂無章，以致許多寶貴的證據被嚴重污染，甚至毀於一旦。
儘管斯卡克爾們拒絕配合警方破案，實際上他們自己也在私下里進行調查。當官方宣布對瑪莎·莫克利兇殺案重新立案後不久，1992年，斯卡克爾家族聘請了總部設在紐約的薩頓私人偵探事務所。該所實力雄厚，經驗豐富，參與瑪莎命案工作的首席偵探傑姆·馬菲曾在聯邦調查局供職15年，其餘人等也都曾是警界及司法界高手。羅斯頓·斯卡克爾要求薩頓專案組從頭開始調查本案，以尋找斯卡克爾家族以外其他人作案的證據。如果作案人確係斯卡克爾家族成員，羅斯頓則希望專案組與律師們配合，為此人提供最為有力可靠的辯護。
由薩頓偵探們的調查結果彙編的資料，即是瑪莎·莫克利兇殺案中著名的薩頓文件，亦稱薩頓報告。
薩頓專案組的調查歷時數年，耗資百萬，其結果卻似乎於斯卡克爾家族更加不利。偵探們發現越來越多的線索矛頭直指小斯卡克爾們，其中最為關鍵的是，托尼和邁克·斯卡克爾先後分別改變證詞，推翻了他們各自不在現場的證據。
托尼原先對警方的說法是，他於1975年10月30日晚上9點30分左右在後門與瑪莎·莫克利告別，然後進屋做功課。眾所周知，托尼並不是一個刻苦用功的學生，那天他喝了不少酒，還剛與一個漂亮的姑娘調了情，何況天色已晚，第二天又不上課，“做功課”之說聽上去就不是那麼合情合理。經警方再三追問，托尼說功課的題目是清教徒和亞伯罕·林肯。但據布朗維克男子私立中學的任課老師和肯·利托頓講，學校根本就沒有佈置過這樣的作業。
1994年10月7日，薩頓專案組相約與托尼談話。此時的托尼·斯卡克爾已經36歲，結婚後與妻子和兩個孩子住在馬薩諸塞州。談話過程中托尼忍不住流下了眼淚，他告訴專案組的偵探們，1975年10月30日晚，他並沒有在9點30分離開瑪莎·莫克利，他倆在一起又呆了20分鐘左右。以下為薩頓報告原文：
他們開始長時間（約20分鐘）的接吻和撫摩，包括相互撫弄（乳房、陰道和陰莖），直到最後手淫的雙方都達到了性高潮。這時（大約晚上9點50分）瑪莎和托尼整理好各自的衣服，瑪莎對托尼說再見。托尼最後看見瑪莎匆匆穿過斯卡克爾家後院的草坪朝自己家裡走去。托尼說他沒有解開瑪莎的胸罩。他將手伸進瑪莎的印花高領衫里摩挲她的雙乳。他還說他解開了瑪莎的褲子，稍微拉下來一點，伸手進去撫弄瑪莎的陰道。他說當瑪莎用手揉捏他的陰莖使他達到高潮時，他弄髒了自己的衣（內褲）。他說離開瑪莎後他回到屋裡，但沒有換衣服也沒有沖澡。
托尼還說在此之前，9點30分左右，他和瑪莎曾進屋裡去過一次。當安迪婭·莎克比爾按門鈴時，托尼告訴瑪莎等著，他取了鑰匙交給安迪婭。
這段話誠然是在警方敲定的作案時間段裡將托尼和被害人連在了一起，推翻了他不在現場的證據，但同時也推翻了警方關於作案動機的結論。事實上，瑪莎並沒有拒絕托尼的性要求，這位闊少爺在獲得滿足之後似乎沒有必要再殺人。
1995年2月6日，薩頓調查人員再次找托尼·斯卡克爾談話。除了一些細節有出入外，內容基本上與第一次大同小異。在兩次談話中，每當提到有關案情的具體問題時，托尼都回答不知道，或乾脆不說話。當年警方辦案人員與托尼的談話中也出現過類似的情形。
此外，薩頓文件中還有一份由斯卡克爾家的律師湯姆·希里丹交給專案組的資料。這是一份心理檢查記錄，患者姓名一欄裡填寫的是“托米·巴特勒”。 1976年1月，格林尼奇警署調閱托尼·斯卡克爾的病歷後，同年3月15日，斯卡克爾家的醫生安排托尼以化名托米·巴特勒到一所教會醫院作心理會診。此次會診除了得出與耶魯大學醫學院豪爾博士基本類似的結論外，主持檢查的帕狄克·格拉門博士還讓托尼做了完成句子的測試。醫生給出句子的前半段，由托尼接上後半段。以下是該測試中的部分句子，有的念起來不是很通順：
“他通常感到性關係——使他很不舒服。”
“在他和她做愛之後——他把自己灌醉。”
“我的性慾——非常弱。”
“我童年時最害怕的是——母親。”
“當她拒絕了他時，他——她一耳光。”
“對一個男人而言，打女人——如果她不聽話。”
格拉門博士認為，托尼“在與女性相處時特別敏感和易怒”。
真正大爆冷門的，是1992年8月4日薩頓專案組與邁克·斯卡克爾的談話。邁克告訴調查人員，他當年也對警察撒了謊。 1975年10月30日晚11點20分左右，當他們哥兒幾個從泰利恩家回來後，他並沒有上床睡覺。在11點40分到12點30分之間，他又外出轉了一圈，並到過作案現場或現場附近。以下摘自薩頓報告：
從家裡出來後，他朝威爾士街跑去，經過莫克利家，向右拐進一條車道。順著車道一直走到盡頭，來到那棟房子的一樓窗戶前。邁克稱他以前曾數次來這裡偷看房間裡的女人（未提名字）。在大多數情況下，該女子未穿衣服。這一次，女人穿著睡袍似的衣服躺在沙發上。邁克看了一會兒，又來到莫克利家的房前，爬上一棵樹，朝一間他以為是瑪莎的房間裡張望。他對著窗戶叫了幾聲：“瑪莎，瑪莎。”但無人答應。邁克說，他後來在樹上手淫直至達到性高潮。從樹上下來後，他走到威爾士街一盞路燈旁停下來。邁克說他當時覺得在後來發現瑪莎屍體的地方“似乎有人”。他“衝著黑暗”叫了幾聲，又順手撿起幾塊石頭之類的東西朝樹叢里扔去，但還是覺得很害怕，便一溜煙跑回了家。他從房子的後面轉到前面，發現所有的門都鎖上了，於是翻牆從二樓自己臥室的窗戶爬進去。他覺得他在外面呆了有30到45分鐘，到家時大約是後半夜12點30分，然後他就睡覺了。
據專案組的偵探們分析，這段話有幾處值得懷疑的地方。一是邁克反复陳述他在案發現場附近奔跑、叫喊、扔石頭，還專門提到威爾士街上的那盞路燈，似乎不是無意的。很可能他知道有人看見了他，聽見了他，或是他自己在現場留下了什麼蛛絲馬跡。要知道，DNA鑑定技術是在20世紀90年代才發展起來的。重新立案鑑定物證很可能把他牽扯進去。
二是邁克說他爬上的那棵樹正好就是瑪莎房間窗前的樹。瑪莎養的兩隻寵物貓就經常從那棵樹上出入。
莫克利家的房子稱得上是巨宅，如果邁克不能肯定那到底是不是瑪莎的房間，又剛好找對了，這種巧合似乎有點離譜。
三是邁克爬到瑪莎的窗前叫她的名字，好像是為了故意給人一種印象：他不知道瑪莎不在家，更不知道瑪莎已經被害。
最值得懷疑的是，邁克說當他回家的時候，發現所有的門都上了鎖，於是只好翻牆從窗戶爬進去。據薩頓偵探們從斯卡克爾家人及工作人員處了解到的結果，斯卡克爾家從來不鎖門。那邁克為什麼不敢堂而皇之地從隨便哪扇門走進去呢？他是怕人看見什麼嗎，譬如濺到身上的血跡？
如若真是邁克·斯卡克爾殺了瑪莎·莫克利，那麼作案動機又是什麼呢？邁克與瑪莎同齡，他們之間的交往早於托尼與瑪莎的交往。瑪莎在她的日記中寫道，兄弟倆都對她有意思，但她更鍾情於托尼，對邁克則要“多加小心”。薩頓偵探們在調查中得知，不少人知道邁克和瑪莎的關係非同尋常，有些人甚至直言不諱地稱瑪莎為邁克的“女朋友”或“前女友”。邁克的姨媽蘇·列諾茲就對專案組說過：“瑪莎·莫克利曾一度是邁克的女朋友。”以下是薩頓專案組關於這一點的結論：
大量的證據證明，邁克與瑪莎曾有過男女朋友的關係。也有人證實，托尼和邁克曾經為了瑪莎爭風吃醋而大動干戈。由此我們推斷，當邁克一行人在9點30分開車去泰利恩家以前，托尼與瑪莎之間的挑逗和調情使邁克大為不快，甚至大為光火。
而且，邁克那天也喝了不少酒，後來又在泰利恩家裡吸了毒。
當薩頓偵探事務所剛從羅斯頓·斯卡克爾手裡接過這宗案子時，傑姆·馬菲做的第一件事，就是請他以前在聯邦調查局的老同事們幫忙分析作案人的性格特徵。傑姆·馬菲請的是一個叫做“學術分析所”的私家公司，該公司的專家大多曾就職於聯邦調查局。以下是專家們的分析結果：
該犯年齡為14至18歲，住家離被害人不遠，只需步行便可到達。其家庭的社會和經濟層次與被害人相當，能頻繁地與被害人接觸。在學校和家裡均表現出行為、情緒及心理上的問題或障礙。不能與兄弟姐妹和睦相處，經常與他們爭鬥。作案時受到酒精或毒品的影響。在兩性關係上不成熟。
如果說，前面所有的特徵都同時適用於托尼與邁克，那最後一條恐怕就非邁克莫屬了。
其實，薩頓事務所最早想要勾畫的作案人是肯·利托頓，因為斯卡克爾先生花大把鈔票請他們來，是為了找出斯卡克爾家族以外的兇手。所以當薩頓偵探們著手此案時，他們將肯·利托頓列為他們的第一嫌疑人。但專家們關於罪犯特徵的分析與肯·利托頓相去甚遠，可以說是風馬牛不相及。 1975年的時候，肯28歲，他出身於平民家庭，和瑪莎·莫克利素不相識。