明朝與“後金”的戰爭明朝嘉靖三十八年（1559年）。
這一年，大明朝除東南沿海倭寇因王直被明廷誘殺而猖狂報復興起一輪新的劫擾以外，帝國其它地方還算安靜。蒙古一部的圖門可汗於嘉靖三十七年起開始在遼河一帶折騰，但明朝當時有名將李成樑和戚繼光，他們對蒙古人狠打的同時又玩懷柔那一套，所以東北邊疆並無大的紕漏。當然，也恰恰在嘉靖三十八年這一年，明朝建州左衛（今遼寧新賓）的女真奴隸主貴族他失（清人稱塔克世）生下一個兒子，肉頭癟臉，典型的女真孩子。這孩子生時無異狀，哭聲不響亮，屋子裡面無紅光，小崽子撅小屁股就尿坑，再普通不過。而恰恰這個肉包子一樣的女真孩子，實為大明王朝掘墓人之一。
這孩子不是旁人，正是努爾哈赤，即日後在中國史上赫赫與劉邦、李淵、趙匡胤、忽必烈、朱元璋比肩而立的“清太祖”。
滿清立國後編了一堆“神話”，附會帝系一族祖先的“天禀奇異”，其實百分百都是瞎話。有據可考的，是努爾哈赤六世祖猛哥帖木兒，此人乃元末一個萬戶（所以他名字很蒙古化）。大明初建立，他被明廷授與建州衛都指揮使，可以說一家人數代受大明的深恩厚澤。由於從這位蒙古名的女真爺們開始，努爾哈赤一族才得發跡，日後滿清就把他追尊為“興祖直皇帝”。明朝成化年間，建州三衛勢力日益強大，明廷派軍在誘殺努爾哈赤五世祖董山後縱騎蹂躪，建州女真死掉近一千二百人，數百堡壘被摧毀，諸部衰落。至努爾哈赤祖父覺昌安這輩，由於家世凋零，他只得與當時女真最強的王杲結姻，為四子塔克世娶王杲長女額穆齊（這兩人生下努爾哈赤），又把孫女（其長子禮敦之女）嫁給王杲的長子阿台。
額穆齊病死，塔克世娶女真另一大酋王台的女兒為妻（努爾哈赤繼母）。但是，王杲與王台有子不共戴天的血仇，而覺昌安、塔克世父子與王台走得很近，常常一起充當明朝軍隊鷹犬，清剿對大明三心二意的女真人。
萬曆六年（1578年），明朝遼東總兵李成梁率大軍平滅不斷進攻明朝邊地的女真大酋王杲，把他抓起送北京凌遲處死。王杲死後，其子阿台據守古垺城。建州女真另外一個酋長尼堪外蘭與覺昌安、塔克世父子一起，站在明軍一邊，騙古垺城內的女真同胞投降。城門打開後，明軍縱兵大殺，目的在於徹底誅除這些桀驁不馴的女真蠻子。覺昌安帶兒子塔克世入城找尋自家嫁與阿台的親孫女，結果明軍看見大辮子腦袋就殺，父子二人混亂中雙雙被宰。另外一個可能是，高麗血統的明將李成梁心思陰狠，故意縱兵殺掉覺昌安父子。所以，高麗棒子算計女真棒槌，第一回合取勝。
明朝對此次“誤殺”表示歉意，慰問努爾哈赤，讓他襲任建州左衛指揮使，賠償他三十匹馬，又贈三十道敕書（專賣憑據）。狼子野心的努爾哈赤當時翅膀不硬，壓抑悲憤與怒火，接受了封職與賠償。而“復仇的怒火”，肯定一直在胸膛裡熊熊燃燒。
萬曆十年（1583年），努爾哈赤以其父祖所遺十三副鎧甲起兵，率先滅掉了引明兵圍攻阿台的女真酋長尼堪外蘭，因為此人一直被認為是殺害努爾哈赤父祖的“真兇”之一。尼堪外蘭被殺，努爾哈赤攻取圖倫城。由此，努爾哈赤開始了他長達三十年的統一女真諸部的戰爭。
從大系方面分，女真有建州女真、海西女真與野人女真三大部。當時皆轄屬於明朝的“奴兒乾都司”。建州女真主體聚合於撫順關以東、鴨綠江以北及長白山南麓，海西女真主要居於東遼河流域及松花江長游烏拉河、輝發河一帶，野人女真（東海女真）主要散居在長白山北坡，烏蘇里江靠海處以及黑龍江中下游一帶。頭十年，努爾哈赤吃掉了建州女真所有部落。接下來，古垺山大戰，他打敗海西女真與蒙古科爾沁部的九部聯軍，然後乘勝擊滅海西女真四部以及東海女真大部，把海西女真最強盛的葉赫部打得失魂落魄。再後，野人女真的瓦爾喀、庫爾哈、薩哈連等部相繼降服。萬曆四十三年（1615年），北自蒙古嫩江、南至朝鮮鴨綠江，自東海至遼邊，皆在努爾哈赤掌握之下。
有人會問，努爾哈赤掃蕩過程中，明朝幹什麼去了，怎麼聽憑他一方獨大。
這是因為，明廷樂得其成，希望這些女真蠻夷們相互廝殺，並一直堅信努爾哈赤是對大明忠心耿耿大“狼狗”，不時對其加官晉爵。正是手中握有不少明廷的封赦和賜物，努爾哈赤常常炫耀明朝和他的“關係”，威懾女真同胞部落。其間，他本人與兄弟等人多次入北京“進貢”，大打秋風。獲賜金銀不說，又賺取了朝廷對他的信任。 1595年，明廷更授其“正二品龍虎將軍”的職銜。如此高官，努爾哈赤面子不小，與同胞打仗時常常讓人扛著這些官稱招搖炫耀。同時，由於萬曆年間太監到遼地開礦徵稅，明朝邊民不少人逃亡到努爾哈赤轄地，無形中又增強了他的實力。
1616年，努爾哈赤在赫圖阿拉（今遼寧新賓縣）建國，國號“大金”，史稱“後金”，他本人被“擁推”為“奉天覆育列國英明汗”。這一年，努爾哈赤五十八歲，定年號為“天命”。努爾哈赤的“都城”隨著他勝利腳步逐步推移，由赫圖阿拉至界凡城，由界凡城至薩爾滸城，由薩爾滸城至遼陽城，由遼陽城至瀋陽城。在“牛錄製”基礎上，努爾哈赤創建“八旗制度”，各旗旗主互不轄屬，完全聽命於努爾哈赤一人。
明朝萬曆四十六年（1618年）陰曆四月十三日，羽翼已豐的努爾哈赤終於向老主子大明朝宣戰，揭開了撫順、清河之戰的序幕。此後，相繼有薩爾滸大戰、開原、鐵嶺大戰、遼沈大戰、遼西大戰、寧遠大戰，努爾哈赤步步緊逼，最終在寧遠城下止步。後金對明朝的戰略進攻，發展到雙方戰略相持的地步。
女真旗開得勝的欣喜開戰之前，努爾哈赤不念大明王朝對他列祖列宗的恩德，反而公佈“七大恨”
，作為發動進攻的藉口。 “七大恨”最原始的原文不可考，內容絮絮叨叨，基本上是一個看家護院的奴才因為主子怠慢自己加上拉偏手而大發“祥林嫂”式怨嘆，由於原文過於卑陋欠理，滿清立國後有可能把原始檔案篡改或銷毀，歷史學者孟森先生多方鉤沉，研判，尋找出“七大恨”最接近真實、原始的版本：
金國（後金）汗諭官軍人等知悉：我祖宗以來，與大明看邊，忠順有年。只因南朝（指明朝）皇帝高拱深宮之中，文武邊官，欺誑壅蔽，無懷柔之方略，有勢力之機權，勢不使盡不休，利不括盡不已，苦害侵凌，千態莫狀。其勢之最大最慘者，計有七件：我祖宗與南朝看邊進貢，忠順已久，忽於萬曆年間，將我二祖（覺昌安與塔克世父子），無罪加誅。其恨一也。癸巳年，南關（女真哈達部）、北關（女真葉赫部）、灰扒、兀喇、蒙古等九部，會兵攻我，南朝休戚不關，袖手坐視，（我努爾哈赤）仗庇皇天，大敗諸部。後我國復仇，攻破南關，遷入內地，贅南關吾兒忽答為婿。南朝責我擅伐，逼令送回，我即遵上依命，復置故地。後北關攻南關，大肆擄掠，南朝不加罪。然我國與北關，同是外番，事一處異，何以懷服？所謂惱恨二也。先汗忠於大明，心若金石，恐因二祖被戮，南朝見疑，故同遼陽副將吳希漢，宰馬牛，祭天地，立碑界銘誓曰：“漢人私出境外者殺，夷人私入境內者殺。”後沿邊漢人，私出境外，挖參採取。念山澤之利，系我過活，屢屢申禀上司，竟若罔聞，雖有冤怨，無門控訴。不得已遵循碑約，始取動手傷毀，實欲信盟誓，杜將來，初非有意欺背也。會值新巡撫下馬，例應叩賀，遂遣幹骨裡，方巾納等行禮，時上司不究出原招釁之非，反執送禮行賀之人，勒要十夷償命。欺壓如此，情何以堪！所謂惱恨者三也。北關與建州，同是屬夷，我兩家構釁，南朝公直解紛可也，緣何助兵馬，發火器，衛彼拒我？畸輕畸重，良可傷心！所謂惱恨者四也。北關老女（即葉赫部首領布齋之女東哥，她因貌美，被當作工具多次許配給女真各部首領，一直未能出嫁，33歲時才嫁予蒙古首領蟒古兒泰，又稱“葉赫老女”）系先汗禮聘之婚，後竟渝盟，不與親迎。
彼時雖是如此，猶不敢輕許他人，南朝護助，改嫁西虜（蒙古部）。似此恥辱，誰能甘心？所謂惱恨者五也。我部看邊之人，二百年來，俱在近邊住種。後前朝信北關誣言，輒發兵逼令我部遠退三十里，立碑佔地，將房屋燒毀，稼禾丟棄，使我部無居無食，人人待斃。所謂惱恨者六也。我國素順，並不曾稍倪不軌，忽遣備禦蕭伯芝、蟒衣玉帶，大作威福，穢言惡語，百般欺辱，文牘之間，毒不堪受。所謂惱恨者七也。懷此七恨，莫可告訴。遼東上司，既已遵若神明；萬曆皇帝，復如隔於天淵。躊躇徘徊，無計可施。於是告天興師，收聚撫順，欲使萬曆皇帝因事詢情，得申冤懷，遂詳寫七恨，多放各省商人，顒望佇侯，不見回音。
迨至七月，始克清河，彼時南朝，恃大矜眾，其勢直欲踏平我地。 ……今反覆告諭，不憚諄諄者，敘我起兵之由，明我奉天之意。恐天下人不知顛末，怪我狂逞，因此佈告，咸宜知聞。 ……大致歸攏，主要內容如下：明朝無故挑釁，殺我父祖二人；明朝違背盟約，在邊境駐戌；威脅我女真交出十人在邊境砍殺；明朝支援葉赫部，使已聘我之女轉嫁蒙古人；明朝派兵驅趕我部眾在邊境開地稅糧；袒護葉赫，遣使來書凌蔑我；明朝以是為非，以非為是，幫助偏向天譴之葉赫部。
誓師後，努爾哈赤率族人拜天焚表，兵分多路，直殺撫順城下。然後，努爾哈赤讓一個在城外被捉的漢人往城里送信，逼守朝的明朝游擊將軍李永芳投降，信中軟硬兼施，充滿恫哧：
“明朝發兵疆外，幫助葉赫部與我打鬥，我現在興師而來。你不過撫順一游擊之將，縱敢與我戰，必不能勝。如果你今日投降，我大兵可即日深入；如果你不降，即是深入。聽聞你平素以才智自稱，應該識時務。我國現正廣攬人才，如果你投降，定當與我國一等大臣並列，結為婚姻，多加恩養。如你不降，最後一定身中萬箭而死，死又何益！如果你降，我大兵絕不入城驚擾。如果不降，我軍入城後，男女老弱一個不剩！千萬別以為朕（已經以皇帝自居）是虛喝高聲嚇唬你！”
李永芳惶恐，仍舊憑本能立在南方城牆之上，指揮明兵進行守衛。但後金兵有數万之眾，來的又忽然，很快就大豎雲梯攻城。守城明軍金怯懦不識兵，登時驚潰。
見此情狀，李永芳真個“識時務”，縱馬迎降。撫順守備王命印不降，格鬥而死。努爾哈赤立刻命令李永芳收降城中頑強抵抗的軍民，殺掉不少人後，終於完全佔據了撫順。
後金兵有備而來，不僅攻克撫順大城，一日內又襲破周圍堡壘四千多，破小城十多個，俘虜人畜三十多萬，立刻當作“戰利品”分給部眾做奴隸。
努爾哈赤不食言，授李永芳總兵，並把自己七兒子阿巴泰的女兒嫁與他為妻。
所以，李永芳就成為明朝官員中第一個向後金投降的“名人”。此外，撫順城內一位名叫範文程的明朝生員也前來投附，此人號稱是宋朝名臣范仲淹之後，努爾哈赤特別高興。而這位範文程，也成為後金日後最重要的漢人謀士之一。
明朝遼東總兵張承胤聽說撫順失陷，大驚之下，即刻率一萬余明兵來救。氣勢正銳的努爾哈赤八旗兵嚴陣以待，雙方交戰中後金旗開得勝，他們這些人有著多年真刀真槍的實戰經驗，把明朝基本沒有作戰經驗的正規軍打得大敗。總兵張承胤及副參將蒲世芳皆於戰中陣亡，明軍基本被全殲，近萬匹戰馬和無數輜重皆為後金所得。
修整八月個，努爾哈赤一鼓作氣，又撲向位於撫順東南的清河城（今遼寧本溪縣北）。清河城地勢險要，位於四山夾峙之中，是後金進入遼東腹地的必經之路。清河城不僅地勢險，城牆厚，又有萬餘名明軍嚴陣以待。本來，如果明軍在城外小路或山間狹地層層設伏，大可以誘敵深入，步步殲之。但守城的明朝遼東副將鄒儲賢沒有軍事頭腦，擁兵固結，死守孤城，結果遭至後金兵奮不顧死的包圍和強攻。最終，在付出了死傷數千兵的代價後，後金兵蟻附登城，幾乎殺盡了守城的明軍和城內居民。明將鄒儲賢先把全家老小闔門關進衙署焚死。然後，他躍馬持槍，衝陣而死。此人雖無謀，確實是條漢子。
繼折毀撫順城後，努爾哈赤又下令平毀清河城，遍毀周圍幾十里範圍內的明軍防禦設施，盡遷其民，搶走一切可以拿走的東西。
撫順、清河兩城的丟失，對明廷不啻是晴天響雷。
薩爾滸大戰大明朝痛徹心肺的失敗遼東二城喪於努爾哈赤之手，明廷大驚。這不僅僅是喪師隕將的問題，而是失去京師屏障的大問題。於是，一直惰政的明神宗不得不強撐起精神，親自過問遼東政事。
明廷上下也都忙碌不聽，調兵遣將，為此戰特意在全國按畝加派“遼餉”，同時向朝鮮發出敕諭，讓對方派出人員馬匹支援明朝對後金的戰爭。
忙乎大半天，在挑選遼東戰爭最高指揮官時，明廷卻犯下大錯，千不該萬不該，挑中了多年前在朝鮮指揮乖方的楊鎬為遼東經略。此人的上任，其實就已經預示明朝在遼東戰場的失敗。
楊鎬在蔚山戰役失敗後落職，在家悶了十幾年。至萬曆三十五年，他被明廷重起，巡撫遼東，馬上主動開釁擊襲蒙古炒花部。接著，由於他與李成梁家族的親密關係，力荐李如梅為大將，為此受到朝中言官彈劾，复遭落職。閒了幾年，趕上努爾哈赤崛起，明廷集議，有人認為楊鎬“熟諳遼事”，起用他為兵部右侍郎經略遼東。
明神宗十分信重楊鎬，特賜其尚方寶劍，他有權不經上報立斬總兵以下官員。
同時，明廷任周永春為右僉都御史巡撫遼東。周永春駐廣寧，楊鎬駐瀋陽。朝鮮國王深感明朝之前幫他抗倭的“救命”之恩，派元帥姜弘立率一萬多人涉過鴨綠江，來幫助明朝攻打後金。
楊鎬挺會用權。他到遼東後，用皇上所賜尚方寶劍，立刻就殺了清河城逃將陳大道和高炫，徇首軍中，以警效尤。
楊鎬，文人弄兵，實無大略，不過是一個官場沉浮多年的“官油子”。朝廷方面，大學士方從哲等人從“政治家”角度出發，惟恐戰爭拖延久會勞帥費餉，鬼催一樣日發紅旗催促楊鎬出戰。
於是，萬曆四十七年春，陰曆二月二十一日，明軍諸道誓師。二十一日，大舉出塞。兵分四道：總兵馬林出開原為北路，山海關總兵杜松出撫順為西路，遼東總兵李如柏出鴉鶻關趨清河城方向為南路，總兵劉綎出寬甸為東路，朝鮮兵協助東路進攻。此次出兵動靜大，號稱大兵四十七萬（真實數目可能是十二萬人），約定於陰曆三月二日會兵共擊後金。
由於天降大雪，明軍諸路兵早晚不一，由集中主力的戰略臨時變更為“各個擊破”（結果是被“各個擊破”）。
後金努爾哈赤初聞明軍大舉，也很心慌，派人送信說，只要朝廷“賜”我們白銀三千兩、黃金三百兩、綢緞三千匹，後金就不與明軍交鋒。說實話，由於心急，女真人開價真的不高。同時，後金派一萬多兵丁趕至薩爾滸（今遼寧撫順東大伙房）搬運大石，在界藩山上築城防守。
明軍當然不會與後金談判，諸路繼進。
穩定心神後，努爾哈赤制定了最為簡捷的戰略方針：“憑爾幾路來，我只一路去！”這種戰法，即本朝太祖的“集中優勢兵力打擊敵人”。
結果，鐵背山前，明軍杜松輕敵，他不待李如柏部明軍來會，孤軍深入，率明軍突入後金軍嚴備的薩爾滸谷口，自願鑽入口袋陣。此次大戰，後金兵有四萬五，明軍只有兩萬出頭，雖然明軍上下英勇死戰，終於寡不敵眾，杜松於激戰中中箭而死，部將相繼陣亡，明軍近兩萬士兵被殺。如此，諸路明軍中，西路軍至此報銷。這一路明軍在接戰開始時其實還佔上風，打得後金軍幾不能當。但明軍士兵貪功，只要有一名後金兵墮馬，會有十來個明軍下馬爭割首級，以至於部伍混亂，越打越不行，最終反勝為敗。
北路軍總指揮馬林是個懦夫。聽聞杜鬆一部戰沒消息，他嚇得再也不敢前進，在尚間崖（今遼寧撫順縣哈達）掘嵌自守，扎三營為犄角。努爾哈赤本人與皇太子諸子皆親自投入戰鬥，先破明軍車營大陣，猛衝猛殺，明軍不敵。除馬林本人逃命以外，其手下兵將基本被後金全殲。行至中固城（今遼寧開原縣）的明朝“友軍”女真葉赫部首領金台石聞馬林敗訊，急忙撒丫子回逃，根本沒有給明軍幫忙。
擊敗馬林後，努爾哈赤聞知劉綎與李如柏二路明軍朝自己逼近。審時度勢後，他們決定僅以極少數兵馬牽制襲擾李如柏部，集中主力攻打劉綎的明軍。
劉綎一軍因道路崎嶇加大雪，三月初四才行進到富察（今遼寧寬甸東北），而且他根本不知道劉松、馬林二部明軍事家敗亡的消息，仍舊按原計劃行軍，且士氣高昂，大有“來此朝食”的意氣。其實，出發前，劉綎曾以不熟地形建議緩師，但由於他與楊鎬在朝鮮共事時不和，立刻受到對方的尚方寶劍嚇唬，只能硬頭皮出軍。
軍行至清風山，劉綎遇到後金派來的間諜，謊稱杜鬆手下，要劉與他會軍進攻。劉綎為搶頭功，更死命往前趕路，行至阿布達里岡（今遼寧新賓榆樹鄉，踞後金首府赫圖阿拉很近），明軍正遇後金埋伏的士兵。劉綎慌忙布陣，陣未成，後金軍一部已從高岡馳下，奮擊明軍。劉綎所部明軍殊死搏戰，其手下數千親兵皆百戰勇士，戰鬥力極強，與後金廝殺在一處。不久，後金軍傾翼迂迴衝上，人馬越來越多，明軍逐漸不支，忽然大潰。劉綎縱馬力戰，最終於後金兵亂刀之下，其屬下兩萬多明軍，僅僅逃出幾個人。
後金兵乘勝而前，殺至富察甸，正遇本來充當接應的康應乾部明軍以及一萬多朝鮮援軍。後金兵高呼上前，很快殺盡了數千明軍。卑鄙的朝鮮元帥姜弘立見勢不妙，在如此關鍵時刻竟然勒兵不戰，向後金投降。念二十餘年前朝鮮即將亡國時大明伸手相援，看今日朝鮮軍見危不救反而向後金投降，棒子們的人格卑下，由此可見一斑。朝鮮軍隊投降後金後，還把戰敗後與大部隊失散的數百明將明兵盡數交與後金軍隊。明軍游擊將軍喬一琦血戰三天三夜，剛剛在朝鮮軍營吃碗冷面，就被棒子兵以刀相逼，喝令他出營向後金軍投降。喬一琦雙眼冒血，大叫一聲，躍身投崖而死，為國盡忠。不過，投降的棒子們也沒有好下場，姜弘立等軍將等一直被扣壓，屬下士兵皆被發放到各旗為奴隸，最終只有不到三千人逃回朝鮮，其餘都被後金殺掉或者虐待至死。
至此，楊鎬所統四路大軍，三路皆喪。他立即下令李如柏回軍。李氏家族一直與後金有著千絲萬縷的聯繫，當時對劉綎又見死不救，不少人懷疑李如柏與後金之間其實是有某種私下交易。
此次薩爾滸大戰，明軍文武將吏戰死三百一十多人，軍士死亡五萬多（明官方數字是四萬五千八百多人），丟失駝馬甲仗軍資無算。楊鎬以十二萬之眾，敗於六萬後金軍，罪過不可謂不大。這次楊鎬再無人替他在朝中開脫，被逮論死。
不久，為了全取遼沈，後金以界藩為臨時都城，在萬曆四十七年夏天，攻取了開原、鐵嶺。
開原位於遼河中游左岸，是明朝軍防重鎮。由於警備鬆懈，四萬多後金兵一鼓作氣緣城而上，總兵馬林以及大將於化龍等人皆陣中被殺。破城後，後金兵在開原屠殺三天，殺掉居民近十萬人，然後焚毀城市，飽掠而去。
又過一個多月，後金兵攻擊鐵嶺，守城明軍全部戰死。
在攻取開原、鐵嶺的同時，後金又擊敗前赤援明的喀爾喀部蒙古與葉赫女真。
“夷虜”聯合，終成明朝東北巨患。
薩爾滸之戰後，後金擁有二十萬左右的精兵，而殺掠而得的衣甲騾馬又充實了他們的後勤保障。努爾哈赤手中握有了真正開國立朝的大本錢。
據實而講，明軍諸路中，杜松、劉綎等部明軍戰鬥力很高，可惜的是單部兵員佔下風，戰法又死板，最後被後金各個擊破。明軍與後金產陣，基本都是先結營，以鳥銃、火砲對著後金軍狂轟。但那時的火器威力還不夠，後金軍總能冒死前衝，快速殺至明軍陣前，沒有心理準備的明軍往往發慌，只要他們掉頭，必定逃不脫被大辮子金兵砍殺的命運。事易時移，十九世紀中晚期清軍名將僧格林沁與英法聯軍交戰，仍舊使用這種不要命的“奮勇直前”戰法，但僧格林沁不抵“馬克泌”，兩、三萬清兵騎兵在西洋連發機關槍下落葉般墮地而亡。所以，如果明軍熱兵器在當年有“馬克泌”機槍一半的威力，“後金”可能早就成為歷史名詞。
薩爾滸大戰，後金僅僅以傷亡五千的微弱代價，打敗了十二萬明朝的精銳部隊，並殺掉了其中的一半人。
在明朝“九邊”中，遼東稱為“九邊之首”。由於遼東位於京師左翼，故又稱“遼左”。遼東疆域極闊，其東隔鴨綠江與朝鮮相鄰，西至山海關接引京師，南至旅順口與登、萊二州隔海相望，北轄開原、鐵嶺控挖白山墨水，東西一千餘里，南北一千六百里，一面阻海，只有山海關一線與內地相通。如此東西雄藩，明朝在這麼山川肥美的地方竟然未設州縣，只有於開原、遼陽兩處設立州治，其餘皆歸衛所管轄。當初明朝的考慮，是因為遼東華夷雜糅，主要注意力在於“北虜”的殘元勢力，對於“東夷”女真人主要以“撫”為策，想使“二虜”互攻，坐收漁利。特別疏忽的是，明政府對於遼東地區一直沒有積極開發，沒有執行大規模移民實邊的工作，致使此地防禦體系脆弱。如果早早安插些“兵團”在其中，控制險隘要地，日後也不會如此狼狽。
遼沈大戰多事之秋的沮喪薩爾滸大戰後，經略楊鎬被免職，明廷擢熊廷弼為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史，經略遼東。至此，熊廷弼開唱他的悲劇主戲。
熊廷弼，字飛百，江夏人（今湖北武漢），萬曆二十五年鄉試第一，二十六年進士及第。此人身長七尺，有膽知兵，能在飛馳中縱馬左右開弓，絕對是文武奇才。但此人又是百分百武漢人性格，“性剛負氣，好謾罵，不為人下，物情以故不甚附”。他在萬曆三十六年時，曾經巡按遼東，根據當地實際情況，督民屯田，繕建城堡，核軍實，絕賄賂，整肅軍紀，大得軍民之心。
楊鎬喪師敗績，明廷因熊廷弼有遼東工作經驗，派他代替楊鎬為遼東經略。
他本人還未出京，開原亡陷的消息已經傳來。聞此訊，熊廷弼憂心忡忡，上奏表言：“遼左乃京師肩背，河東乃遼鎮腹心，而開原又為河東根本。欲保遼東，則開原必不可棄。奴酋（指努爾哈赤）未破開原時，北關（葉赫）、朝鮮猶足為其腹背之患，今其已破開原，北關不敢不服，朝鮮不敢不從。建奴既無腹背之憂，必合東西之勢以交攻，然則遼沈何可守也？乞朝廷速遣將士，備芻糧，修器械，毋窘臣用，毋緩臣期，毋中格以沮臣氣，毋帝撓以掣臣肘，毋獨遺臣以艱危，以致誤臣、誤遼、兼誤國也。”如引激動冒上之語，明神宗均報允，並賜其尚方寶劍。
可嘆的是，熊廷弼剛一出關，鐵嶺失守消息傳來，瀋陽及附近各城堡軍民一時逃竄，遼陽洶洶，人心極亂。
熊廷弼臨危制亂，星夜兼程往遼東急赴，祭奠死節將士，斬殺懦怯逃將，並劾罷總兵李如楨，然後，他督促兵士製造戰車、修復城堡防禦設施，請求朝廷調十八萬大軍，分佈於清河、撫順、柴河、三岔兒等要口，首尾相應，“小警自為堵禦，大敵互為應援。”並挑選精騎尖兵，乘間殺入後金部落，更番襲擊，以使對方疲於奔命。
在他一系列計劃得施之後，遼東守禦已經形成體系。
萬曆四十七年（1619年）秋，努爾哈赤部隊完全平滅葉赫女真。審時度勢之後，熊廷弼只得退守過陽堅城，準備以堅守為大計，先保證城池不失，然後漸謀進取。本來朝廷已經批准其計劃，但熊廷弼在朝中招來小人，使他不能安位。戶科給事中姚宗文昔日是熊廷弼好友，丁憂回朝後想補官，但一直未補上。於是，他就想假稱自己有招徠蒙古部落的功勞，屢屢上疏，均不得報。計窮之餘，他就給老友熊廷弼寫信，讓他這位勢振一時的遼東經略代為已請。熊廷弼當時正忙於遼事，沒顧上此事，結果使姚宗文大為怨恨。不久，他在吏部重新得官，以中央特派員身份赴遼東閱視軍情，自然與熊廷弼意見多左，二人嫌隙日深。此外，遼東當地人出身的御史劉國縉以兵部主事身份協助熊廷弼在遼東募兵，他主張招募兵士以遼人為主，結果，招兵一萬七千人，未幾大半逃散。熊廷弼把此事奏聞朝廷，劉國縉深恨。而這位劉國縉，與姚宗文一樣，昔日在朝中和熊廷弼同為言官，三人意氣相得，終日以排擠東林黨人、攻擊道學為能事。日久相失，姚、劉二人結伴，對從前老友熊廷弼怨毒滿心。所以，二人表里相結，在朝中傾陷熊廷弼。
姚宗文從遼東閱視軍情回朝，馬上寫奏疏，陳說熊廷弼剛腹自用，致使國土淪喪，最要命的有幾句：“軍馬不訓練，將領不佈署，人心不親附，刑威有時窮，工作無時止。”然後，他又暗聯與自己聲氣相通的御史言官，一同劾奏，必欲把熊廷弼從遼東經略位子上弄掉。
當時，恰值明光宗病死，明熹宗初立，朝中多事，各黨各派大打出手，互相攻訐。在受到眾多攻擊的情況下，憤怒至極的熊廷弼只能上書求去，朝議以袁應泰代領其職。幸虧被派往遼東勘驗熊廷弼工作的兵科給事中朱童蒙是個君子，他回朝後直陳熊廷弼在遼東的功勳：“臣入遼（東）時，士民垂泣而道，謂數十萬生靈，皆（熊）廷弼一人所留，其罪何可輕議！獨是（熊）廷弼受知最深，蒲河之役，敵功瀋陽，（其）策馬趨救，何其壯也！”因此，賴君子回護，熊廷弼此次未遭牢囚之災。
袁應泰是忠臣大好人，但其謀略相比於熊廷弼，遠遠不如。在其任上，瀋陽、遼陽，相繼失陷，他本人也最終自殺殉國。
袁應泰，陝西鳳翔人，也是進士出身。他入遼東主掌軍務後，一反熊廷弼從嚴治軍，治軍以寬，並把一直與女真勾打連環的不少蒙古饑民安置於遼陽、瀋陽城中。本來袁應泰想先收復撫順，未待其出發，天啟元年（1612年）春，後金先發製人，八路大軍出攻瀋陽東南四十里的奉集堡，挑起遼沈大戰序幕。
天啟元年陰曆三月初十，努爾哈赤率數万後金精兵，對瀋陽發動猛烈進攻。
守將賀世賢陝北人，勇猛過人。他城外設置數道防禦，後金兵一時不能靠近堅城。
於是，在知悉賀世賢有勇少謀的情況下，努爾哈赤施用誘敵出戰的計謀，以老弱之兵引誘明軍出城來戰。賀世賢中計，率數千親兵追擊“潰逃”的後金兵，結果正中其計，被埋伏的後金兵打處正著，明軍完全被打散，後金軍乘胜勢正殺入遼陽城門。激戰之中，賀世賢身中數箭，血戰而死。
攻入瀋陽後，後金兵大開殺戒，屠殺兵民近十萬人，全取瀋陽堅城。
接著，後金軍隊在渾河南岸的野戰中充分發揮本身的優勢，大敗明軍川浙籍兵將組成的精銳部隊。在付出死傷數千人代價後，殲滅近四萬明軍，直逼遼東最重要的堡壘城市遼陽。
明朝在遼陽經營二百餘年，牆厚城堅，城防特別嚴密。
袁應泰聞報瀋陽失陷，驚駭異常，忙把遼陽周圍各大軍事據點的明軍調撤回來，齊守遼陽大城。這樣一來，後金軍一路無阻，遼陽實際上成為一座孤城。