萬曆三十九年考核京官，京師由東林黨人主持，浙、齊、楚等首領多被罷黜；南京由浙黨等主持，東林黨人盡遭排斥。一個朝廷怎麼會同時在兩個地方考察官員呢？原來，這是由於明朝有一項獨一無二的兩京製度。兩京分別為南京和京師即北京。要說各國都城的數量，明朝也不為多，它的獨特之處在於兩個都城各設一套中央機構，且多有相同之處，彼此獨立，各不統署。兩京製度的建立有著深刻的歷史原因。
明朝立國之初，朱元璋的勢力範圍主要在南方。 1368年，朱元璋在應天府稱帝，並建都於此，改名為南京。此時朱元璋還有向北遷都的打算，不過他理想中的京師是開封，所以暫且將開封府稱北京。但後來，朱元璋樂不思蜀，漸漸淡去了遷都開封的念頭，遂去掉開封的“北京”稱號，改“南京”為“京師”。
燕王朱棣在朱元璋去世後從北平發動靖難之役，攻占京師，奪取帝位，初時也定都南京。此時蒙古族的殘餘勢力還在北方威脅著大明王朝的社稷安危，而北平“地勢雄偉，山川鞏固，四方萬國，道裡適均”，若遷都於此，即可以抵禦蒙古貴族的威脅，又可以佔據有利地形，控制南方各地。朱棣繼位後於永樂元年改北平為北京，並大規模修築北京城，做遷都的準備。
1421年明朝遷都北京，並改北京為京師，同時復原南京的名號。
明成祖遷都北京後，出於種種原因，仍然保留了南京的都城地位，並保留了一套中央機構。南京和京師一樣，設六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構，官員的級別也和京師相同。北京所在府為順天府，南京所在府為應天府，合稱二京府。
不過，南京各機構設員較少，管轄範圍也僅限於南京。雖品級與北京各官相同，權力卻大大不如。時人均把南京官視為閑職，官員由北京調往南京，也往往是一種貶斥。明中期以後，黨爭激化，在北京失意的官員多集中在南京。一時之間，南京頓時成為反對派的大本營。於是便出現了對立的兩黨各據一京，互相貶斥，針鋒相對的情況。