西晉末年，中原地區先後爆發八王之亂和永嘉之亂，地方割據勢力連年混戰，爭鬥不休，使得民不聊生，許多人流離失所，逃亡他鄉。此時的南方卻相對安定，西晉駐守南方的宗室建立了東晉王朝，暫保一時平安。北方人民和世家大族，為避戰亂大批渡江南遷。為安置流亡江南的士族，並維護他們的特權，東晉及以後的宋齊梁陳各朝先後在其管轄地區內用北方的地名設置了一批州、郡和縣，後世稱為僑州、僑郡、僑縣。
北方人口大量南遷集中在永嘉年間（316年前後），史稱“永嘉南渡”。當時今北京、河北、山東、河南等地區的人，相繼渡過淮河、長江向南遷徙。南遷人口達九十萬之多，約為當時北方人口的八分之一。南遷集中在江蘇、安徽、四川、湖北及江西、湖南諸地，這是我國歷史上一次重要的人口大遷徙。
大量南遷人士，相聚而居，保持原籍貫和地區，於是在南方出現了大批北方的州郡名，只是加上一個“南”字。如在京口設立南徐州，在江乘設立南瑯琊郡與南臨沂縣。地方行政區劃，因之陷入極大混亂之中。當時南遷的北方人，並非來自某一州、郡、縣的人聚居一處，而是分散在不同的地區，因此便有多處相同的州、郡、縣出現。收復北地後，又在原州、郡名前加“北”字，以示區別。如此一來，南北地名混淆，有的一地數名，大大影響了地方行政效能的發揮，破壞了中央集權制。
由於戰亂連綿不斷，北方人民不斷南遷，於是僑州郡縣越來越多，領土卻越來越小。有時甚至會出現兩郡同置一縣和兩州同治一郡的雙頭郡縣，行政區劃十分混亂。為解決問題，東晉南朝曾多次實行合併郡縣，以增加政府財政收入，許多僑州郡縣被省並。但在省併的過程中，朝廷又往往把一些江南的郡縣，轉移給僑州郡管轄，使得一些僑州郡有了實際轄地。這樣不僅沒有徹底消除僑州郡，反而在一定程度上進一步混亂了長江中下游固有的地方行政系統。
東晉南朝儘管行政區劃混亂，然而，無可爭辯的事實是，自孫吳、東晉以來，因六朝建都江南，促進了長江流域和南方其他地區經濟的發展。南北朝以後，經濟上長江流域已與黃河流域並駕齊驅，隋唐以後經濟重心則進一步南移，長江流域的經濟水平超過黃河流域。南遷的九十萬人口占當時南方人口的六分之一，他們帶來了先進的生產技術和勞動力，大大促進了南方經濟的發展。