王充還根據元氣自然論批判讖緯迷信的種種荒謬說法，提出了否定鬼神迷信的無神論觀點。為了把帝王加以神化，讖緯迷信往往把帝王說成是人與異物交感的產物，例如堯被說成是堯母與赤龍交感而生，劉邦被說成是劉母夢中與龍交感而生，等等。王充指出，只有同類的東西之間才能交感施氣，可是龍與人不同類，“何能感於人而施氣”。龍其實不過是獸類，把帝王說成是龍種，那就等於把帝王說成是禽獸生成的雜種。
他認為，天道自然，風雨變化自有其時，企圖通過祭祀來改變天氣是徒勞無益的；對祖先的祭祀只是懷念祖先的一種儀式，並不是說通過祭祀就真的可以得到祖先神靈的保佑。因此，用祭祀求助於鬼神是沒有效果的，重要的還是依靠自己，“夫論解除，解除無益；論祭祀，祭祀無補；論巫祝，巫祝無力。竟在人不在鬼，在德不在祀，明矣哉。”（《解除篇》）
迷信的說法認為人死之後變成鬼，鬼有知、能害人。王充否認這種說法。他認為人和物是一樣的，既然物死之後不能變成鬼，那麼人死之後也不能變為鬼。他又用精神依賴於形體（身體）的關係說明人死無知、不能為鬼。他說：“人死血脈竭，竭而精氣滅，滅而形體朽，朽而成灰土，何又為鬼？”（同上）就是說人死之後精氣消失，形體腐朽，精神不復存在，那又何來有知之鬼？既然鬼根本就不存在，那麼自然也沒有所謂鬼能害人之事。最後，他指出，鬼的觀念完全是由於人的疾病所導致的幻想，說人有病的時候就容易恐懼，“畏懼則存想，存想則目虛見”（《訂鬼篇》），所謂活見鬼不過是這樣一種“虛見”而已。
王充用細微無形的元氣說明萬物的構成，和以往人們把某種有形的物質形態作為萬物本源的世界觀相比，在理論上更為圓通。他的元氣自然論為後來以氣為本的唯物主義世界觀提供了基本的理論模式。