董仲舒在江都王劉非那裡度過了6年。劉非沒有多少文化，又非常迷信，而董仲舒所學的《春秋》又是專門講陰陽五行、讖緯神學的，因此，劉非對董仲舒刮目相看，時常向他請教。
江都一帶時常發生小規模的農民起義，使劉非極為頭痛，毫無辦法。董仲舒到那以後，一面囑咐各郡、縣用儒家仁義道德去教化農民，一面又起草奏章建議朝廷用武力鎮壓。這樣雙管齊下，把農民起義鎮壓下去，從而博得了劉非歡心，使劉非對他更為敬重。
公元前135年4月，長陵高園殿發生火災；6月，遼東高廟又發生了火災。正在家裡養病的董仲舒聽到這兩件事，心裡惴惴不安，連忙抱病給漢武帝寫了一份奏章，大談“天人感應”，說漢高祖廟園失火，是天對當時政治不滿，有意降禍人間。他的草稿剛寫好，恰巧中大夫主父偃來看他。主父偃也是個精通孔孟學說的人，他當了官後，便搜刮民財，敲詐勒索，無惡不作。他平時與董仲舒也不合，於是便把董仲舒的草稿送給漢武帝。漢武帝看後，大發雷霆，召集使臣商討對付的辦法。當時，董仲舒有個弟子叫呂步舒，也參加了討論。他不知道這份奏章是自己老師寫的，因此慷慨陳詞，要求殺掉寫奏章的人。董仲舒被關進了監獄。後來，呂步舒知道了真相，百般營救，董仲舒才出了獄。此後整整十年，他都沒有得到漢武帝的起用。