我國自古就是一個多民族聚居的國家，各民族相互之間的文化交流也為我國醫藥學寶庫增加了豐富的內容。據考中就有幾十種少數民族地區藥物，比如陶弘景的註釋就明確地指出的來源於西北氐族、羌族地區的藥物就有近20種。漢以後歷代又不斷地把少數民族地區的藥物補充到本草書中，我們從一些藥物的名稱就可以體味出這一現象的存在。如戎鹽、胡荽、番紅花、藏香，戎、胡、番等都是古代邊遠少數民族的稱謂。又如訶梨勒、蓽澄茄、蓽撥、胡椒等原產南海或中亞國家，但最晚在唐、宋時期，廣東、廣西一帶壯、侗、黎、苗等多民族聚居地已有出產。說明有些傳入藥物由於地域或氣候的關係，也是少數民族地區首先使用的。
有些民族，如藏族、蒙古族、維吾爾族、朝鮮族、壯族、彝族、傣族等都有一套符合居地特點和本民族生活習慣的防治疾病的方法。有的起源古遠，也有的有較為完整的理論指導，所以有很強的生命力。直至今天它們在我國邊遠地區的醫療衛生工作中，仍在起著一定的作用。
民族醫學中，影響最大的要算藏族醫學。據史書記載，公元前幾個世紀，藏族人就已認識到某些動物、植物、礦物可以解除人體的病痛，後來還掌握了酥油止血、青稞酒治外傷等知識。唐貞觀十五年(公元641年)文成公主下嫁吐番(西藏)王松贊乾布為妻。文成公主帶去了大量的生活、文化物品和隨行人員，其中有多種醫書、醫療器械及隨行醫生，這是漢、藏第一次大規模的文化交流。後來這些醫書被譯為藏文，取名《門傑欽木》(《醫學大全》)，是藏醫學的最早文獻。松贊乾布還聘請內地、印度、阿拉伯醫生共同編寫了一部綜合性醫書《敏吉村卡》(《無畏的武器》)，並命令全藏醫生傳習這兩部書，遺憾的是後來這兩部書均失傳。至唐中宗景龍四年(公元710年)，金城公主又下嫁松贊乾布的五世孫尺帶珠丹，再次帶去醫生及大批醫書。漢、藏醫生根據這些醫書又編纂成《門傑代維加布》(《月王藥診》)，成為藏族醫學中現存最早的文獻。其中有關於雪盲、天花、炭疽、心臟震顫、心臟位置不正等病的論述，在理論上明顯地吸收了中醫陰陽、五行等學說的思想，診脈方法與中醫也大體相同。書中還介紹了導尿、灌腸、放腹水、針撥白內障、夾板固定復位治療骨折等技術。所載藥物達300多種，除與內地本草相同的以外，也有西藏高原的特產。
公元8世紀，巨型藏醫著作《居悉》(《四部醫典》，又譯作《醫方四續》)問世。是由宇妥·元丹貢布主持編寫的，因此他被藏族人尊為“醫王”、“醫聖”。他曾到五台山、藏南、日喀則、康定，以及印度、尼泊爾、巴基斯坦等地，一邊行醫，一邊吸收各方來的醫學理論和醫療方法。以他為首的藏族醫學家經過20多年的不懈努力，於公元753年完成了《居悉》這部不朽醫著。 《居悉》是用詩歌體裁，以藥王答疑的形式寫成的。全書分四部分，156章，79幅彩圖。這是古代藏族醫學理論和實踐的系統總結。書中反映了藏醫與中醫有著密切的聯繫，同時也吸收了一些印度醫學的內容。
藏醫學用“龍”、“赤巴”、“培根”三大要素來解釋人體的生理功能和病理變化。 “龍”相當於漢語“氣”，它的功能是主呼吸、肢體活動、血液循環、五官感覺、食物分解、大小便排泄。 “赤巴”相當於“火”，使人體產生熱能，並維持體溫，增強胃的消化力，使人知飢渴，長氣色。 “培根”相當於“土”和“水”，功能是增加胃液、磨碎食物，主管味覺，輸送體液和營養，滋潤皮膚，調節胖瘦，調節睡眠。龍、赤巴、培根三者之間互相協調，統一活動。人體除三大要素，還有七種物質和三種排泄物，七種物質為血、肉、脂肪、骨、骨髓、精、飲食精微；三種排泄物為糞、尿、汗液。人體在正常情況下，三大要素、七種物質和三種排泄物之間保持著相對平衡狀態。藏醫治療主要有飲食、起居、藥物、外治四種方法。前兩種方法用於輕病，藥物也如中藥一樣，用動物、植物、礦物藥，有單方，也有復方，複方有時多達數十味。外治法有藥水擦耳、按摩、拔罐、針灸、外敷、藥物熏洗、穿刺、放血等。
藏醫有一部最重要的藥物著作《協稱》(《晶珠本草》)。是由帝馬·丹增彭措在1840年編成，收載藥物1400多種，性、味、功能詳備，反映了近代藏醫本草學的成就。
藏醫在國外也有一定影響，約在16世紀時，《四部醫典》被譯成蒙古文字。現國外有俄、英、德、日等國文字的摘譯或節譯本。至今國內在青海、內蒙、甘肅、雲南、四川等部分地區，藏族醫學仍在醫療衛生保健中發揮著積極作用。
我國各民族雜居的情況很多，所以各民族醫學之間也是相互滲透的，蒙族醫學同樣受中醫、藏醫的影響很深。元朝時，由於蒙古族統治者感到本民族文化與地域遼闊、人口眾多、民族複雜的大帝國的政治不相適應，故而很重視吸收外族文化。在醫藥方面，對漢族醫藥學和養生之道以及阿拉伯醫藥比較重視，他們請阿拉伯名醫為御醫，掌管上都醫藥院，在大都設立“回回藥物院”，翻譯阿拉伯醫學著作《回回藥方》等。元朝飲膳太醫忽思慧編寫的《飲膳正要》是一部很有價值的食療著作，其內容明顯地受漢族飲食文化和中醫藥的影響。就是飲膳太醫一職也是來自《周禮》的“食醫”。蒙古族以游牧為業，善騎射，在骨傷病方面有著比較豐富的經驗。 《蒙古秘史》等文獻中載有用燒紅的鐵烙治流血的傷口；用蒸氣熱罨〔yan掩〕的活血方法治療內傷；用牲畜熱血浸泡的方法治療箭傷等等。 《元史》載，有一次名將布智兒身中數箭，成吉思汗命人把箭拔出來，當時，布智兒的傷口血流如注，人也昏過去了，成吉思汗又命人把一頭活牛的腹剖開，把布智兒放到牛腹中，浸泡在熱血裡，過了一會兒布智兒就甦醒過來了。元代的《永類鈐方》和《世醫得效方》對骨傷骨科都有重要的貢獻，《永類鈐方》最後一卷為“風損折傷”，《世醫得效方》對整骨、金鏃傷治法設有專篇論述，二書都載有很豐富的骨傷科經驗。如關節脫臼的複位和骨折的整復與今天所用方法大體相同。對夾板固定治療骨折也在前代的基礎上有所發展，特別是懸吊復位(即今之牽引復位)是世界傷科史上一項創舉。總之，在蒙古族馳騁中原的朝代，骨傷科的成就非常突出，在麻醉、縫合、器械等方面，都位居世界之首，不是偶然的。因此不能忽視蒙古族醫治骨傷疾病的豐富實踐經驗，以及與中醫骨傷科的互相充實。
歷史上蒙、藏兩族關係融洽，藏族的紅教和黃教先後曾得到蒙族人民的崇拜，並在蒙族地區陸續建立了很多寺廟。宗教活動中醫藥學傳播也是一項重要的內容，藏醫學因此能傳入蒙古，對蒙古族醫學理論的發展起到了相當重要的作用。蒙族醫學的基礎理論與藏醫大同小異，藏族醫學所說的“三大要素”、“七種物質”，在蒙古醫學中則稱之為“三元”、“七恆”。蒙族的醫藥學著作有《蒙藥本草從新》、《普濟雜方》、《蒙藥正典》、《珊瑚驗方》等。清代時滿族將領對軍中蒙古族醫生的骨傷病治療非常欣賞，甚至明確規定把“上三旗士卒之明骨法者”選拔出來，專為軍中官吏服務，稱他們為“蒙古醫士”。 《清史稿》中的有關資料反映出蒙古族的骨傷病的治療技術，在清代各族醫生中是出類拔萃的。
19世紀中葉，朝鮮北方連年受災，大批災民進入延邊，得到清朝政府的認可而定居下來，成為我國的朝鮮民族。與此同時，朝鮮的東醫學也傳入當地，並得到了不斷提高和發展，形成了以下幾個學派：經典學派，以我國中醫藥學理論為主；活套派，注重臨床實踐的民間民族醫生；東西醫學融匯派，主張“西診東治”；四象醫學派，該學派對朝鮮族醫藥界影響最大。四象醫學是朝鮮東醫學家李濟馬根據《靈樞·通天篇》“五態人”提出來的，其學術觀點主要反映在他所著的《東醫壽世保元》中。
少數民族醫藥學也是我國醫藥學中重要的組成部分，由於各少數民族所處的地域，以及歷史、文化、生活習慣不同，因此形成了各具特色的不同的民族醫藥學，對中華民族、特別是對本民族的人民衛生健康事業都做出了貢獻。