週以前醫事管理制度已不可詳考，從出土文物分析，醫與巫關係密切，利用占卜預測疾病凶吉佔有較大比重，到商代仍是如此。
被稱為“官經”的《周禮》，雖然據考出自東周，但其中官名不可能隨意編造，所以它能反映西周王室的官制、制度。 《周禮》中醫與巫的職與責已明確分開，醫官隸屬於“天官冢宰”，巫祝之官隸屬於“春官宗伯”。醫官設“醫師”，下置上士二人，下士四人，府(保管)二人，史(書記)二人，徒二十人；“食醫”：中士二人；“疾醫”：中士八人；“瘍醫”：下士八人；“獸醫”：下士四人。醫師為眾醫官之長，主管醫藥行政。國內有患病者，由醫師分給各醫官進行治療，並將治療效果記錄在案。到年終則根據各醫官的治療效果，確定他們的薪俸。十全為上；治十失一，次之；治十失二，再次之；治十失三，又次之；治十失四為下。以此為根據，分為五等。食醫專門負責為周王調配食物，相當於今天的營養師。凡糧食、飲料、肉類、菜類等各種食物，要根據季節合五味的規律，而有一定的調配法度。疾醫治療內科疾病，有病者則分而治之，經治死亡，要把患者死亡原因記錄下來，上呈醫師。瘍醫專治瘡瘍、外傷、骨傷疾病。獸醫負責醫治獸病，經治死亡，也要記錄數目以作為職位升降的依據。這是有關醫事制度的最早文獻，但周代的醫療事業並不僅如此，從史實看，當時各諸侯也各有專職醫生。大概秦國的醫術較高明，所以《左傳》記載了晉景公、晉平公生病都是向秦國請醫生，於是醫緩、醫和載入了史冊。這一史料也表明了當時各諸侯國之間存在著醫事交流活動。
但以上皆為替週天子、諸侯服務的醫官，畢竟他們所服務的對像是有局限的，所以社會上主要還是依靠不受政府管轄的民間醫生。扁鵲(秦越人)就是其中的優秀代表，他名聞天下，來往於各諸侯國之間自由行醫，專科也隨俗為變。這些情況說明在東周末期，醫療水平和社會需要已不滿足“疾醫”的粗略劃分，在民間已形成更細的醫學分科。
秦代的醫政情況，有關文獻不多。只是從史傳中知有太醫令、侍醫等職。太醫令為醫政最高長官；侍醫隨王左右，應不時之需。戰國時秦國醫官即如此設置，大約東周末諸侯國間建制亦有不同，但總未離醫師(太醫令)掌管諸醫(侍醫)這一主幹。
西漢醫官設置分兩支，各設太醫令、太醫丞、侍醫(又稱醫待詔)。一支隸屬太常(掌宗廟禮儀，選試博士的中央機構)；一支隸屬於少府(為皇室服務的機構)。當時各諸侯國也設太醫、侍醫，如淳于意的弟子中就有濟北王的太醫、齊王的侍醫。侍醫中也出現了女醫，又稱乳醫，即婦產科醫生。
東漢醫官則均屬少府統領，有太醫令一人，掌醫事管理，下轄藥丞二人，主藥事；方丞二人，主配方。員醫293人，員吏19人。其他醫官名有侍醫、尚藥監、藥長、醫士長、醫工長等，其中可能有一職多名情況。
三國時，魏襲漢制，設太醫令、太醫丞、尚藥監、藥長寺人監、靈芝園監等。
西晉太醫令有“銅印墨綬”，隸屬於宗正。東晉宗正並於太常，太醫屬官則歸屬於門下省，門下諸事由侍中掌管，後代醫令隸屬於侍中自此為始。
南朝宋設太醫令一人，丞一人，屬起部(營造宗廟、宮室的機構)，亦屬領軍(掌中央軍隊，為相府屬官)。這個制度一直延用至南朝齊。梁朝太醫令下又設太醫正，太醫又都兼尚藥之職，太醫令仍隸屬門下省。陳襲梁制。北魏行西漢舊制：太醫令屬太常，而門下省設尚藥局。太醫令下有太醫丞、太醫博士、太醫助教等官職，並有固定品秩。北齊與北周醫制大體相同，尚藥局設典禦二人，侍御師四人，尚藥監四人，主管禦藥之事。北周除太醫之外，還設小醫下大夫、小醫上士、瘍醫上士、瘍醫中士、瘍醫下士、醫正上士、醫正中士、醫正下士、食醫下士、主藥下士，以上屬天官(吏部)。獸醫上、中、下士屬夏官(兵部)。醫院的設立始於南北朝，是為“貧病不能自立者”而設。 《南齊書》、《魏書》均有記載。從南北朝的醫官職稱也反映了當時已有醫學教育職能。劉宋太醫令秦承祖曾上奏建議設置醫學，成為創辦醫學教育的第一人。
隋文帝楊堅統一南北後，對國家典章制度做了很多重大改革，醫事管理制度也更為完善。隋代醫官分別歸屬門下省、太子門下坊、太常寺、太僕寺。門下省統尚藥局、尚食局，負責宮廷醫療保健事宜；太子門下坊統太子藏藥局，專門為東宮服務；太常寺統太醫署，為最重要的醫事管理和醫學教育機構；太僕寺統獸醫，為御厩服務。隋朝醫官分工很細，且頗具規模，醫學教育也有分科施教的開端，設醫博士、按摩博士、祝禁博士、獸醫博士等。
唐承隋制，但無論在醫政管理，或是醫療、藥事、教育諸方面，均比隋制更為嚴密。最重要的是唐代太醫署的醫學教育已具有醫科學校的規模，可以說是世界上最早出現的醫科學校。唐太醫署設有行政長官16名，即令二人、丞二人、醫監四人、醫正八人。太醫令主持太醫署各項工作，太醫丞為輔佐，以下有醫監、醫正。其屬下分醫學、藥學兩個部分。
醫學分為四科，即醫科、針科、按摩科、咒禁科。每科置博士、助教、醫師、醫工、醫生。四科中醫科最大，人數也最多，師生共164人；其次為針科，師生52人；按摩科36人；咒禁科21人。醫科中又分五個專業，學習年限各不相同。即體療(內科)七年；少小(兒科)五年；瘡瘍(外科)五年；耳目口齒四年；角法(理療)三年。各科人數也不同，體療學生最多，佔醫科學生半數以上，而角法學生僅一人。醫科學生入學後，先學基礎課，有《素問》、、《脈經》、《針灸甲乙經》等經典著作，然後分別學習各自的臨床專業。針科的基礎課與醫科相同，然後學習經脈、孔穴、針法。按摩科學習消息導引之法，也包括骨傷治療。咒禁科學“符籙〔lu錄〕祝祓〔fu扶〕”之法。醫學部的考核制度也非常嚴格，入學時“考試登用如國子監(太學)”，入學後每月由博士主持考試一次；每季由太醫令、太醫丞主持考試；年終則由太常寺(太醫署的上級機構)對學生進行總試。根據考試成績的優劣，決定學生的前途。學生學業超過署內醫官的水平，則取而代之；如果學習九年，仍考試不合格，即勒令退學。而且嚴格的考核並不僅限於學生，“凡醫師、醫正、醫工療人疾病，以痊多少而書之，以為考課”，這樣就保證了教學質量，同時也鞭策在職醫官鑽研醫術，勤於實踐，以圖不斷地進取。
藥學部分有府二人、史四人、主藥八人、藥童24人、藥園師二人、藥園生八人、掌固(倉庫保管)四人。藥學在長安城內置一所藥園，種植藥物，並在百姓中招收20歲以下的青年充當藥園生。藥園生在老師的指導下，學習栽培、採集、鑑別和炮製藥物，學成後可補升藥園師。藥園的建立不但在實踐中培養了藥學人才，而且成為藥材實物研究的基地。故世界第一部藥典完成於唐代決不是偶然的。
唐代太醫署作為醫學教育場所，在世界醫學發展史上也是令人矚目的。它比歐洲最早的醫學校——意大利薩勒諾醫學校要早出現200多年，而且規模之大、分科之細、組織之嚴密都是後者無法相比的。
唐代的醫學教育並不局限於中央，而是遍及全國的。貞觀三年始(公元629年)，各州府也多建立了地方性醫學教育機構，由醫藥博士(後稱醫學博士)掌管。這些反映出當時醫學教育事業很興旺，因此唐朝吸引了許多國家的醫學生和僧侶來我國留學，有些國家還仿唐太醫署制度，建立本國的醫事制度。
我國是世界上採取麻風病人隔離制度最早的國家。至晚在秦朝即已有“癘〔li〕遷所”，秦律中已有關於對麻風病人強制性隔離的記載。至唐“癘人坊”較前更為普遍，起初癘人坊與病坊(醫院)均分置於寺廟中，唐武宗禁佛，廢僧寺後，則由地方管理。
五代十國時，軍閥割據，政權分散、交替頻繁，不可能創立新的典章制度。惟翰林醫官之職為這個時期所置，後為宋朝所延襲。
宋朝的醫事管理體制多次變革，總的來看，宋朝廷是歷代王朝中對醫學最重視的政府，不僅更重視醫學教育，而且在醫書的整理，藥物的管理及社會保健、慈善事業等方面，在製度和設置上都有新的舉措，因此做出了比較突出的成績。
宋朝設立翰林醫官院主管醫藥行政，而由太醫局專管醫學教育，這樣二者就分立了。
翰林醫官院(後改名“醫官局”)掌管醫藥政令和宮廷醫療事務。內設大方脈(內科)、小方脈(兒科)、產、眼、針、瘡腫、口齒、金鏃等八科，由醫官院統一分配醫官。宋初醫官院無定員，寶元元年(公元1039年)才規定設院使、副使、直院、尚藥奉御、醫官、醫學、祗候等102人。至徽宗時“醫職冗濫”，醫官院曾達千餘人，醫官品秩設和安大夫、成安大夫等14階，後又增設翰林醫官、翰林醫效等八階，已達22階。由於醫職官銜多稱“大夫”或“郎中”，所以後來我國北方稱醫生為“大夫”，南方稱醫生為“郎中”，形成習慣稱謂。翰林醫官是從40歲以上，各種考試合格的人中選拔任用的，其中，成績最優秀的留翰林醫官院，其他的充任醫學博士，或放外州任醫學教授。除中央外，外州郡也設有醫官，名額限定，不足的由當地經過考試進行補充，做了醫官後不稱職的也可以罷免。宋代法律規定了醫生的職業道德要求及對於醫療事故的懲處辦法。凡利用醫藥詐取財物者，以匪盜論處；庸醫誤傷人命者，繩之以法；主管官員不恤下屬痛苦者亦予懲處。
宋朝的太醫局是專門的醫學教育機構。太醫局設提舉(校長)一人，判局(副校長)二人，並特別規定判局一職要由“知醫事者”擔任。以下分設三個學科：方脈科(學習大方脈、小方脈、風科)；針科(學習針灸及五官科)；瘍科(學習瘡腫、折傷、金瘡、書禁)。三科的必修課程是《素問》、《難經》、《諸病源候論》、《補注本草》、《千金要方》，再根據本科需要，設不同專業功課。每一科設教授一人，學生以300名為定額，按“三舍法”(王安石改革教育在太學創立的一種考核、因材施教的辦法)，分“上舍”40人，“內舍”60人，“外舍”200人。考試完全仿照太學考試辦法：每月一次私試，每年一次公試，間年舍試一次。成績優秀者補升內舍或上舍。除考試外，令醫學生輪流為其他三學(即太學、律學、武學)學生及各營將士診治疾病，並要記錄治療經過與效果，年終根據療效，優秀的遞補、獎勵；療效差的(即十失其五者)開除學籍。學習和考核注重理論和實踐兩個方面，這確是醫學教育的重大進步。南宋時太醫局多次變動，但考試制度一直沒變。除中央而外，各州郡也仿照太醫局，開辦地方醫學校，置醫學博士教習醫學，有些是以精通醫術的現任官員兼任教師。
宋朝還設有“禦藥院”和“尚藥局”。禦藥院保管國內外進貢的珍貴藥材，供宮廷使用；尚藥局是國家最高的藥政機關。北宋實行王安石新法時，藥品屬國家專利品，由政府控製藥品貿易，設“賣藥所”及“修合藥所”(即炮製作坊)若干處，以供應配方和賣藥。這種政府辦的官藥局，由於杜絕商人投機，價格低廉，並保證質量，而且疫病流行時還可以免費提供防治藥物，所以給百姓以求醫問藥的方便，也有利於國家和社會，它後來改名為“太平惠民局”及“和劑局”，並推廣到全國各州郡。官藥局的創辦也對規范成藥的處方及推廣使用成藥方面起到了積極的作用。宋朝廷還令裴宗元、陳師文等醫官整理官藥局所收集使用的方劑，編成了作為製劑規範的《合劑局方》。後又經增補，改名為《太平惠民和劑局方》頒行各地，對當時及後世影響很大。
宋朝除醫官院、尚藥局設置外，在醫療、保健、慈善事業上還採取了一些措施，設置了一些機構。如安濟坊(由僧人主持，為貧困百姓治療疾病的場所)、保壽粹和館(宮廷中病患者的療養院)、養濟院(負責外地來賓、旅客患病時的療養事宜)、福田院(設於京師四郊，收養孤、寡、病、老者)、漏澤園(安葬貧困死者或無主屍骨)等。
宋朝廷非常重視醫籍整理工作，對醫經、本草、方書等各類醫籍的修訂都有突出成績，這與國家設立了“校正醫書局”有很大的關係。校正醫書局集中了一批當時著名的醫學家和其他學者，有計劃地對歷代重要醫籍進行了蒐集、整理、考證、校勘工作，並陸續刊行。流存於今的許多醫學經典著作，如《素問》、《傷寒論》、《金匱要略》、《金匱玉函經》、《脈經》、《針灸甲乙經》、《諸病源候論》、《千金要方》、《千金翼方》、《外台秘要》等，都是這一時期經校正醫書局整理過的，由此對古代醫籍的存留和傳播作出了重要的貢獻。
宋王朝的醫事管理機構，可以說是醫政、藥政、醫療、教育、醫籍整理、社會福利面面俱到。特別是醫療衛生事業已明顯地不局限於宮廷，在面向社會方面邁進了一大步。儘管由於封建社會的種種弊端，有些措施的貫徹是很勉強的，甚至名實不符，但從制度本身看，可以說比以前歷朝有著明顯的進步。
金、元時代，在醫藥製度上，既有承襲宋制的一面，又有著自己相應的特色。此間把翰林醫官院改稱為“太醫院”，此後太醫院的名稱一直延用至明、清兩代。為了提高醫療水平，防止庸醫殺人，至元九年(公元1272年)，還設立了“醫學提舉司”，以負責掌管諸如醫生資格的考試、在職醫官的考核，以及醫書的編審、藥材的辨驗、醫務人員的培訓等各項事宜。
明朝鑑於承宋製而來的金元醫事制度已發展得相當齊備，因而多直接沿用，僅在職官配置及機構職能方面略作調整，並在洪武六年(公元1373年)開始設置御醫。
清朝的太醫院制度可以說更加完備了。除了行政設置、醫士員額等規定外，還明確了“各處該班”的御醫值班制度。在醫官職務的升補上，清太醫院的製度也較歷朝嚴格，除考試選拔，還需有醫官保結。太醫院分科，順治時分11科，後來以其中九科分類時間最長，即大方脈、傷寒、婦人、小方脈、口齒咽喉、眼、瘡瘍、正骨、針灸。嘉慶中將正骨科併入瘡瘍科。道光二年(公元1822年)上諭：“針刺火灸究非奉君之所宜，敕令太醫院永遠停止針灸一科”。但民間卻從未忽視過針灸療法。至同治間，又將大方脈、傷寒、婦人並為一科，故只有五科了。清代去掉了以前各朝的祝由、禁咒等科，無疑也是醫學去偽存真的一次進步。
清太醫院醫學教育有“內教習”、“外教習”之分。內教習學生為太監，外教習學生為醫官親男弟侄。同治元年(公元1862年)，清政府在北京設立，曾設醫學課程，但仍是教習《素問》、《脈訣》、本草、方書等。每年春秋兩季由太醫院教習廳派員考試，每屆六年由太醫院會同禮部大試，所以仍是太醫院辦學的辦法。光緒年間，各地始有中醫學校，當時清政府已向外派遣留學生，其中即有醫學生。此間由教會興辦的西醫學校也陸續出現。清政府辦的第一所西醫學校是“北洋施醫局”，於光緒七年(公元1881年)創立於天津，其後改名為“北洋醫學堂”。
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