北曲雜劇的光焰漸漸黯淡，又一種新的戲曲樣式——明清傳奇，繼宋、元和明初的戲文之後，佔領了從明初期到清後期(約公元1368—1768年)近400年的戲曲舞台。
對於明清傳奇的誕生，學術界存有不同的看法：有人以高明的《琵琶記》為界，把此後經過文人改編和創作的戲文統稱為明清傳奇，有人則將梁辰魚《浣紗記》以後主要為崑曲和弋陽腔創作的戲文稱為明清傳奇。顯然，這只是時間早晚的差異。實際上，從劇本文學體制和音樂形態來看，明清傳奇和宋、元及明初的戲文並無太大的差別。因此，很難把兩者截然分開。高明的《琵琶記》既可被看作南戲中興後的第一傑作，又被稱為“傳奇之祖”，便是這個道理。
明清傳奇是明、清兩代主要的戲曲劇本文學體制。而“傳奇”的本義是指唐代興起的文言短篇小說，即唐傳奇，取“無奇不傳”之意。宋、金、元時期，人們把宋雜劇、金院本、元雜劇、南戲、乃至諸宮調等也稱作“傳奇”。這裡要講的當然不是上述這些傳奇，而是專指與南曲戲文有著密切的繼承關係的明清傳奇。
明清傳奇繼承南戲體制，採用靈活處理舞台時空的分出形式。一般是長篇巨帙〔zhi制〕，少則二三十出，多則四五十出，甚至五六十出。這樣長的篇幅，可以容納豐富的故事內容，組織複雜的戲劇衝突，從容細膩地刻畫人物，穿插文、武、冷、熱等不同場子，使唱、念、做、打各種藝術手段都有所發揮，成為有頭有尾、載歌載舞的一本大戲。但是，這麼龐大的結構很難駕馭。有的傳奇作家為拼湊篇幅，胡編亂造，導致結構鬆散，臃腫蕪雜，不適合舞台演出，成為所謂“案頭曲”。
明清傳奇節奏緩慢，形式固定：第一出必然是“副末開場”(即“家門大意”)，由末或副末用兩首詞或一首詞略述全劇大意，交代創作意圖，這是從宋、元南戲繼承下來的定例。
第二三出照例是“生旦家門”，由生扮的男主角和由旦扮的女主角先後登場，自我介紹。一般從第四出開始，其他角色陸續登場，展開故事。其中，少不了家宴、別親、應試、赴任、計議、寄柬、游春、賞秋、閨思、聯姻、報捷等情節，還時常穿插綠林占山、蠻夷興兵等場面，最後總是奉旨完婚、除奸表忠或入道昇仙的大團圓結局。
傳奇的角色行當齊全。清乾隆年間的崑曲戲班有“江湖十二角色”之說。 (見李斗《揚州畫舫錄》)崑曲傳奇一般有十門角色，即生、小生、旦、老旦、貼、外、末、淨、副、醜，以生、旦、淨、醜最為重要。傳奇劇本總是以一生一旦為全劇之綱領，通過他們的悲歡離合來串聯人物、展開故事，反映社會生活。
在音樂方面，明清傳奇和宋元南戲、元雜劇一樣，採取曲牌聯套體音樂結構。但是，明清傳奇的音樂既不像元雜劇那樣限制太多，又比早期南戲嚴謹規範。明清傳奇的每個登場人物都可以唱，除獨唱外還有對唱、齊唱。明清傳奇不僅繼承了南曲曲牌，還吸收了北曲曲牌，並運用“借宮”、“集曲”、“南北合套”等音樂手段和音樂形式，以增強表現力。
宋、元和明初的戲文屬於南曲系統，採用四種聲腔演唱，即弋陽、海鹽、餘姚、崑山。弋陽腔起自民間，形成於江西弋陽一帶，流傳很廣，皖(今安徽)、浙(今浙江)、蘇(今江蘇)、湘(湖南)、鄂(湖北)、閩(福建)、粵(廣東)、滇(雲南)、黔(貴州)，以及北京、南京都曾留下它的足跡。弋陽腔“向無曲譜，只沿土俗”，可“錯用鄉語”，“順口而歌”，具有很大的靈活性和很強的適應性。 “其節以鼓，其調喧”(湯顯祖《宜黃縣戲神清源師廟記》)。不用管弦伴奏，只以鑼鼓掌握節奏，腔調高亢、喧闐〔tian田〕，風格粗獷、豪放，為下層觀眾所歡迎。用弋陽腔演唱的劇目十分豐富，最有影響的一批作品是：《織錦記》、《同窗記》、《金貂記》、《珍珠記》、《白袍記》、《長城記》、《草廬記》、《白蛇記》等。
海鹽腔是元末官僚、戲曲作家楊梓邀請當時著名音樂家貫雲石和鮮于去矜，在當地流行的民歌小調的基礎上加工創造的。它體局靜好，清柔婉折，多用官語，為官僚士大夫所喜好。明嘉靖、萬曆初年最為盛行，流行範圍相當廣泛，《金瓶梅詞話》中有多處關於海鹽腔的描寫。用海鹽腔演出的傳奇作品有：《劉知遠紅袍記》、《玉環記》、《四節記》等。
餘姚腔因形成於浙江餘姚而得名，明代成化年間(公元1465—1488年)已有戲曲演出，嘉靖年間流傳到江蘇常州、鎮江、揚州、徐州，安徽徽州、池州、太平一帶。其“俚詞膚曲”，“雜白混唱”，為文人雅士所鄙夷，主要活躍於民間。後因其他諸腔的興盛而漸漸消逝。
崑山腔早在元末就有了，傳說是顧堅在民間樂曲基礎上創造的，但只是一種散曲清唱(嘌〔piao票〕唱)，未和戲曲結緣，僅局限於崑山一帶。到了嘉靖、隆慶年間，經民間音樂家魏良輔改革後，才發生了根本性的變化。
魏良輔號尚泉，江西豫章(今南昌)人，長期寓居太倉。起初，他是學北曲的，因勝不過當時的另一位北曲名家王友山，遂發憤改學南曲。他結識了擅北曲的張野塘，並招為快婿。身邊還聚集著當時蘇州的洞簫名手張梅谷、著名笛師謝林泉、老曲師過雲適，及學生張小泉、季敬坡等，形成一個志趣相投的藝術團體。魏良輔刻苦鑽研，“足跡不下樓者十年”，大膽吸收北曲和海鹽腔等諸腔之長，融進吳下山歌的營養，“轉喉押調”，“度為新聲”。魏良輔十分講究字音的高下、疾徐、清濁的變化，注意聲調平、上〔shang賞〕、去、入的婉協，以及字頭、字腹、字尾的區分，採用了包括簫管、弦索、鼓板在內的完備的伴奏，從而在崑山腔原來基礎上創造出一種轉音若絲、流麗悠遠的“水磨調”，“出乎三腔之上，聽之最足盪人”(徐渭《南詞敘錄》)。
魏良輔改革後的崑山腔深受蘇州一帶各階層人士的歡迎和喜愛，唱曲活動如火如荼。不久，崑山人梁辰魚(伯龍)依照崑山新聲創作了傳奇《浣紗記》，獲得演出成功，使崑山腔從清唱曲躍居為戲曲聲腔，迅速擴大了影響。海鹽腔、餘姚腔逐漸衰落，湮沒無聞。弋陽腔不得不退避三舍。崑山腔傳進北京，獲得統治者和文人士大夫的寵愛，贏得“官腔”稱號。 “四方歌曲必宗吳門”，崑山腔成為明清兩代擁有最多作家和作品的第一聲腔劇種。由於明清傳奇主要是依照崑山腔新聲的格律和排場演唱的，故有人稱之為“崑曲傳奇”。