成就了中國伊斯蘭教義學的學者們，同其前輩有著質的區別。他們不僅不排斥，且而自覺地學習、鑽研中國傳統文化，深得儒家思想的精髓。他們的漢學功力很強，不遜於教外的儒士們。因此，這些學者都是博通四教(儒、釋、道、伊斯蘭)的大家。他們或者是“由儒入經”，即先學習“性理、史鑒、諸子百家之書”，然後再學習伊斯蘭教經典；或者是“由經入儒”，即先學習伊斯蘭教經典，然後再學習“儒者之書”。王岱輿是“先經後儒”者，壯年才開始學習儒家之學。劉智則是“先儒後經”者。他15歲開始學習漢學，曆八年，遍讀經、史、子、集。而後用六年時間，學習等伊斯蘭教典籍。又三年讀“釋藏”，又一年讀“道藏”。繼而又閱讀“西洋書”137種。馬注自稱聖裔，為穆罕默德45代後人。但他是個“先儒後經”者。馬注不僅通儒，而且習佛，直至35歲才開始研究伊斯蘭教理。他對老莊也深有研究。他對“道可道，非常道。放之則包羅天地，卷之則不滿寸衷”的解釋是，“蓋心無盡，虛空亦無盡也”。他認為老子的道是“心道”，以心規范世界。此語頗精闢，發前人所未發。
關於伊斯蘭教義與中國傳統文化的關係，伊斯蘭教義學家有如下幾點主要見解：
“二教同源說”
中國伊斯蘭教義學家認為，伊斯蘭教同儒家“二教同源”。這裡所謂“二教同源”有兩層意思。一是說“教理同源”，二是說“道統同源”。
第一，“教理同源”
中國伊斯蘭教義學家認為，伊斯蘭教義的基本宗旨同儒家思想是完全一致的。這在社會政治學說和倫理觀念方面表現得尤為顯著。王岱輿認為，儒家學說的根本是“忠孝”二字。這也是伊斯蘭教理的關鍵所在。對於孔孟之道的修身、齊家、治國、平天下的一套政治理論，王岱輿佩服得五體投地。他說，他不敢妄議其是非，伊斯蘭教也有相同的主張。劉智說，他用了十餘年的時間僻居山林、研讀“百家之書”，終於得了一個真理，那就是“天方之經大同孔孟之旨”。劉智認為，伊斯蘭教“五功”(念、禮、齋、課、朝)是“五典”(仁、義、禮、智、信)的反映。仁、義、禮、智、信是“內五功”；念、禮、齋、課、朝是“外五功”。劉智認為，天方之書不異於儒家經典。聖人立教不以方域來區分，因為人同此心，心同此理。 “聖人之教，東西同，今古一”。根據這個原則，穆斯林遵習“天方之禮”也就等於遵習“先聖先王(即堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔、孟)之教”。馬注的思想與王岱輿、劉智的思想完全相同。他說，如果一定要在伊斯蘭教理與儒家思想中找出區別，那也是有的。
回之於儒，教異而理同也。 (《清真指南》卷三)
聖不同時而道同，地不同音而義同，字不同跡而理同，教不同術而認同，服不同製而心同。心同跡異，不可以跡間心。 (《清真指南》卷五)
在馬注看來，即使二者(儒、伊斯蘭)在形態上有不同之處，也不能以此不同之處去離間二者的相同之處。二者的相同之處，在“道”、在“理”、在“認”、在“心”。二者的共同點全在根本上。馬復初也認為，東海聖人(孔、孟)和西海聖人(穆罕默德)，心同道合。雖然如此，“但各有專任，彼此不相侵亂”。孔孟尤重“人道”，而穆罕默德則兼論“天道”。 《天方正學》的作者藍煦說得很直率：
世人於回、儒，往往分視之，而未能參觀，良由不明天方經意，以致見少多怪。豈知回儒經書，文字雖殊而道無不共，語言雖異而義無不同。是以不揣固陋，於天方經語略以漢字譯之，並註釋其義焉。證集儒書所云，俾得互相理會，知回、儒兩教，道本同原，初無二理，何必拘泥語言文字之末，而疑其有同有不同耶。 (《天方正學·自序》)
《清真釋疑》、《清真釋疑補輯》，從某種意義上甚至可以說就是為了論證伊斯蘭教與儒家“教理相同”而著述的。 《清真釋疑》的作者金天柱(北高)是清乾隆(公元1736—1795年)初年人，曾任翰林院四譯館回回館教習。 《補輯》成書於清同治年間(公元1862—1874年)，由唐晉徽董其事，參與增補者有穆斯林舉人、進士30餘人。其中馬安禮出力較多，其評述(以“率真子”名義)頗精當。 《補輯》的增錄原則是“同教諸君子互參詳譯，凡與儒理暗合者，隨時錄出增補《釋疑》書內”。這兩部書是為了釋疑而寫，寫作時的預定讀者對象，也不僅僅限於伊斯蘭教教內。或者不如說，它主要是針對教外讀者群而編纂的。馬安禮在《補輯》中說，伊斯蘭教理與儒家學說可以“互相發明，並行不悖”。儒、伊斯蘭兩教都是“正道”。他們就是要把“正道”昭然於天地間，讓世人共同敬仰、共同遵信。其最終目的是使“清真者”成為“儒者”，“儒者”成為“清真者”，這就是“共同成為清真儒者也”。
第二，“道統同源”
中國古代很重視學說傳承系列。這種傳承系列就是道統。這可能與宗法制有關。佛教傳入中國後，其派系宗祖理論又強化了道統觀念。孔子暗示自己上承堯舜，孟子自命道續孔子正統。韓愈有《原道》說，正式提出一個道統傳承譜系：堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔、孟。孟子之下，便是韓愈自己。朱熹認為，孔孟之後應是周(敦頤)、程(顥、頤)，而周、程之後則是朱熹他自己。這個道統是為了辨道、判道的，不屬於其內者就是異端。韓愈《原道》就是為了闢佛斥老。從另一方面說，如果某一學說同這一道統攀上了關係，也就具有了成為正統理論的合法外衣。這樣，它就能站穩腳跟，不至於被視為異端而逐出思想界。
清代中國伊斯蘭教也試圖同上述道統攀上關係。
清代中國伊斯蘭教義學家認為，《尚書》、中的昊天上帝就是安拉，就是真主。後人(包括孔子)混同天、帝是一個大錯誤。帝是主宰，天是帝之動靜。阿丹(亞當)就是盤古氏，雅伏西(雅弗，《聖經》傳說人物，挪亞之子)就是伏羲氏。真主播化之靈是有感應的。 “感神光於阿丹，拜丹青於唐主，皆感興之微末”(《天方典禮》)。中國伊斯蘭教內有一種傳說，唐玄宗曾拜穆罕默德之像，畫像隨之消失。唐玄宗因此受到感化，於是伊斯蘭教傳來東土。按伊斯蘭教內學派見解，穆罕默德其身雖在阿丹之後，其神卻在阿丹之前。中國伊斯蘭教義學家“托古改制”，利用據說是孔子的一段話來為自己的目的服務。有人問過孔子：“你是聖人嗎？”孔子說：“我不是。”繼問：“'三皇'、'五帝'是聖人嗎？”孔子說：“也不是。”又問：“那麼，誰是聖人呢？”
孔子動容有間，曰：丘聞西方有聖人焉，不治而不亂，不言而自信，不化而自行，蕩蕩乎人無能名焉。丘聞其為聖人也。 (《正教真詮·群書集考》)
他們認為孔子說的“西方聖人”就是指穆罕默德而言。他們說，真主“降生之列聖”，除了穆罕默德(封印的至聖)之外，還有“孔(子)、耶(穌)、佛(釋加牟尼)、老(子)”等人(見《歸真要道》)。於是，他們得出一個結論：“華西一體”。
“二教互補說”
中國伊斯蘭教義學家不僅認為伊斯蘭教與儒家同源，而且認為伊斯蘭教可以彌補儒家之不足。他們說，儒家學說有兩點不足，其一是不講求“先天原始”，其二是不考究“後天歸复”。王岱輿說：
第其始之所以來，終之所以往，造化原本，生死關頭，一切不言。夫生人之理，有始、有中、有卒，儒者獨言其中，而不言始卒，天下深觀之士不免疑焉。 (《正教真詮》)
這裡所說，儒家只言“中”，不言“始”和“卒”，是說儒家沒有像伊斯蘭教那樣的真主如何造人、死後如何進天園或下火獄的理論。而這一點，同儒家比較，恰恰是伊斯蘭教的長處。據伊斯蘭教觀點，人生有先天、當今、後世之“三世說”。先天，指真主用泥土造人之時期。當今，指人類生活的現實社會。後世，指人類在總清算日後，根據每個人的德行，或進天園享永生之福樂，或下火獄受痛苦之刑罰。伊斯蘭教的“三世說”是一個歷時概念，其終點是“後世”，人類在那里永存。佛家的“三世說”是一個共時概念。伊斯蘭教“後世說”與佛教“輪迴說”不能同日而語。根據佛教“輪迴說”，人可以從後世託生，或人、或狗。根據伊斯蘭教“後世說”，後世是人類總毀滅後得到的永生。關於“後世”、“死後復活”等觀念，在中國伊斯蘭教義學家的所有著作中都有論述。馬復初的《四典要會》之一典《幽明釋義》以及《大化總歸》，是專門闡釋這一觀念的。他說，中國聖人，堯、舜、孔、孟，“俱未聞死後復生之說”。他寫作《大化總歸》的目的，就是為了補敘王岱輿、劉智等先賢對死後復生論說之不足。
據中國伊斯蘭教義學家的觀點，如果“真主造人”、“死後復活”等內容為儒家所吸收，儒家學說將更加完備。
另一方面，中國伊斯蘭教義學也吸收儒家好多東西，這一點，前面已經提到，茲不重述。
“因變說”
清代中國伊斯蘭教義學家認為，應該在“變”中觀察和認識伊斯蘭教。在他們看來，伊斯蘭教本身是隨時代而變化的，所以教義、教理也應該注入時代精神。教義學說不能膠柱鼓瑟，必須回答時代提出的問題。這叫作教理之圓融。教理圓融的關鍵在於引入新的見解。在固守伊斯蘭教義之“故套”的前提下，“年年更易”，才能“萬紫千紅”，才能如天地般之長久。王岱輿在從反面論證這一問題時說：“理不圓融機不活，空讀清真萬卷經。”馬注在回答“近日學者講經，多屬故套，殊覺重複厭聽”這一自設答問時說：
故套即是根本。但恐枝葉未鮮，無怪聽者以為重複爾。即若六經四書，儒門根本，而百家諸子愈演愈精，不越孔門之故套。若越故套，即異端爾。蓋春夏不離四時，萬紫千紅，年年更易，故亙古不厭天地之久長。近之學人，道聽途說，以耳為目者多，真知灼見者少，膠柱鼓瑟，蛙見執迷者眾，婆心應身者少。總由所學不精，則見不明；見不明，則知不切；知不切，則理不通；理不通，便墮入邪道。 (《清真指南》卷六)
與此相應，伊斯蘭教義學家主張，在教義的灌輸上，辦法要多種多樣。傳播教義要同當地的習尚和當地的文化傳統相結合。對於伊斯蘭教來說，要緊處便在辯證施教這裡。猶如中醫之道，熱者予以涼之，寒者予以溫之，虛者予以補之，實者予以瀉之。 《清真指南》寫道：
九教之道，莫善於因。因教者，東土之良藥也。東土之教，唯儒為最。儒之有文，若山之有木。故用文者，若匠之取材，可以為朝堂，可以為民屋，可以為梵宇，可以為清寺。 (《清真指南》卷四)
其實，結果遠非如此簡單。正如我們所見到的，中國伊斯蘭教在“因其文”的過程中，也部分地改變了自身的質。
清代中國伊斯蘭教義學家還有一個十分重要的觀點，伊斯蘭教不僅因時而且因地地發展著、演進著。在這方面，馬注的言論具有代表性。他說，在穆罕默德時代情形已經是如此。當時，屢降天經，目的就在於改弦聖教。這種變化是非常自然的。就像你久居日本不能不穿和服，長住廣東不能不會廣東話一樣地自然。伊斯蘭教在中國的傳播與發展，使其染上中國作風、中國氣派，是一種不依人們意志為轉移的必然結果。形成這種結果的原因是什麼呢？是中國的大的人文環境、文化氛圍與阿拉伯—伊斯蘭世界不同。