清代前期康熙、雍正、乾隆三朝，國勢興盛。清朝統治者崇奉佛教，尊重道教，入主中原後實際上是以儒家學說施政的，而對於“回教”則是防範多於信任。入關之初，清廷為了鎮懾前明殘餘勢力，曾經宣傳過“漢不及回”。但是，當著需要平衡民族關係的時候，清廷便改變調門，大呼“回不及漢”。康熙年間，世有傳言，稱穆斯林“夜聚明散”，意在謀叛。康熙頒布詔書，予以批駁，說“漢不及回”。雍正元年(公元1723年)、雍正八年(公元1730年)地方官吏奏請朝廷嚴禁回教，革除回俗。雍正痛斥了這些地方官吏的無知和昏庸。但同時認為回民是“甘為異類”的“鄙薄之徒”，“回教原一無所取”。所以雍正的民族政策是“回漢兼抑”。
乾隆後期，陝甘地區爆發以伊斯蘭教為旗幟的反清農民起義。清政府開始對伊斯蘭教採取高壓政策。籠絡中國伊斯蘭教上層分子，“以回制回”；利用不同教派，破壞和削弱伊斯蘭教；一旦矛盾激化，形成械鬥，則堅決地以武力鎮壓，這是貫徹高壓政策的基本策略。終清一代，這一策略沒有太大的變化。
乾隆四十七年(公元1782年)發生了一起直接涉及中國伊斯蘭教的文字獄。在中國伊斯蘭教史上，它被稱為“海富潤事件”。乾隆三十九年(公元1774年)，海南三亞穆斯林海富潤離家到內地遊學。七年後，即乾隆四十六年(公元1781年)，海富潤自陝西返海南，因病滯留漢口，居住在禮拜寺內。寺旁有一裕興帽店，主人是南京的穆斯林袁國祚。袁氏熱心於伊斯蘭教事業，曾刊印劉智等人的著作。袁國祚贈送海富潤《天方至聖實錄年譜》一部10本、《天方字母解義》一本、《清真釋疑》一本、《天方三字經》一本。乾隆四十七年五月，海富潤途經桂林時受到盤查，查出阿拉伯文、波斯文伊斯蘭教著作21本以及上述漢文伊斯蘭教著作。知府賈中孚遂將海富潤逮捕下獄，並上報廣西巡撫朱椿。朱椿發文要求江南各省協查此案，同時上奏朝廷。湖北方面在接到朱椿來文後，即將袁國祚拿獲，並蒐出多部漢文伊斯蘭教書籍。江蘇方面在接到朱椿來文後，即將改紹賢(為袁刻《天方至聖實錄年譜》作序)、袁國裕(國祚之兄)、譚正文(存放《天方性理》、《天方典禮》二書版片)三人拿獲。金天柱(《清真釋疑》作者)因官方不知其踪跡，得以倖免。劉智已死，其孫劉祖義被傳訊，其家被查抄。因改紹賢在序文內提到過“廣西胡公”(胡世雄)，也把遠在外省的胡世雄解來蘇州。廣東方面搜查了省城禮拜寺及海富潤之家。雲貴方面，石屏州知州親赴86歲賽璵(為《天方至聖實錄年譜》作序)家搜查。整個事件涉及南中國各省，受其株連者不勝枚舉。乾隆皇帝見到上報的奏摺後，認為措置失當，詔諭此案不必辦理。詔書中說，“新教”是“邪教”，但已除淨。至於“舊教”，在陝西及直隸居住者很多，其經典沿襲舊本，並無謗毀悖逆之語。漢文伊斯蘭教著作皆似“鄙俚書籍”。回民因為“愚蠢無知”才信奉此教。這一事件對於朝廷不過是虛驚一場，只好不了了之。
在鎮壓了陝甘穆斯林反清起義以後，清政府管理中國伊斯蘭教的主要手段是實施“鄉約”制度。所謂鄉約制度，就是讓鄉里、親屬之間互相聯保的一種制度。 “鄉約”為中國古制。明朝類似的鄉約制度已在穆斯林中間實行。嘉靖(公元1522—1566年)初年，明朝政府在色目人住地設“保長”，“居人俱聽約束”。萬曆年間(公元1573—1620年)明朝政府“以回夷編立保甲”，並令其不得聚會，不得持有兵器，等等。清雍正年間(公元1723—1735年)就在甘肅河州地區實行鄉約制度。乾隆四十六年(公元1781年)以後，這種制度在西北穆斯林聚居區普遍推行。 “鄉約”又是一種職務。鄉是基層行政單位，鄉約是一鄉兼管宗教與行政的負責人。穆斯林以鄉為單位具結，鄉約為其代表，向政府保證不發生違法犯禁之事，而政府則不干預其宗教事務。鄉約分寺約與回約兩種。寺約在有清真寺的地方實行。由地方官選擇教內“公正之人”充當寺約，責令其約束本坊教眾。一般地說，寺內阿訇很可能即為寺約。回約在沒有清真寺的地方實行。按其鄉里人數選擇一名“老成者”為回約，責令其約束本里教眾。清政府對寺約或回約，各給印札，令其分段管理，一般約期三年，期滿更換。凡實行鄉約的教坊，不需再立掌教、阿訇名目。在這些地區，阿訇只在教內自稱；對外或對官方，則稱“鄉約”或“頭人”。實行鄉約地區的清真寺，有一定的政治權力。鄉約後又稱“學東”。學東則不一定是阿訇。甘東南地區自乾隆四十九年(公元1784年)後，每個教坊均實行學東制。學東管理清真寺財產，並負調解、處理民事和教務之責。學東之下有阿訇，主持宗教活動。另有“鄉老”，協助學東處理各種事務並同阿訇一起念經。學東原先是選舉的，後來變為世襲。
中國伊斯蘭教屬於遜尼派的哈乃斐教法學派。此派認為，只要做“教乘”即堅持“念、禮、齋、課、朝”五功，就應該算是一名好的穆斯林。但是，蘇非派認為，這是不圓滿的，還應該修煉“道乘”，念誦“齊克爾”(內部秘傳箴言)。每個蘇非教團都有自己獨特的“齊克爾”。從明末清初開始，一些蘇非教團傳入中國，形成中國式的蘇非教團即“門宦”，又被稱為“新教”。於是，中國伊斯蘭教開始分化。沒有形成門宦制度的部分，相對於門宦新教，被稱為“舊教”或“老教”即“格的木”。即使在門宦盛行的時期，中國絕大多數穆斯林仍然屬於“格的木”。門宦實行教主制。在門宦內，一切權力歸教主，教徒的行動必須聽從教主的命令(討口喚)。門宦一般都神化教主，教主亡故後為其修建拱北，世代崇祭。在門宦存在地區，教務和政務或者由教主直接控制，或者教主派出其代理人(“熱衣斯”)實行分級管理。教主擁有大量動產與不動產。有的教主甚至建立親兵衛隊。教主一般是世襲的。人們認為，教主制的形成是門宦形成的主要標誌。
教派、門宦的分化是清代中國伊斯蘭教史上的重大事件。
中國伊斯蘭教有四大門宦，三大教派。四大門宦是“哲合林耶”、“格底林耶”、“虎非耶”、“庫不林耶”。三大教派是“格的木”、“西道堂”、“伊合瓦尼”。就信徒人數而言，格的木居第一位，哲合林耶居第二位，伊合瓦尼居第三位。
哲合林耶哲合林耶係阿拉伯語音譯，意為高聲，故又稱其為“高念派”，即高聲誦念“齊克爾”。因其念經時頭要左右搖擺，曾被誣稱為“搖頭教”。哲合林耶是人數較多、傳播較廣、影響較大、發展較典型的一個門宦。它主要分佈於青海循化、甘肅臨夏、寧夏西吉、海原、固原一帶以及雲南和中原部分地區。它的創始人是馬明心。此人是甘肅人，生於康熙五十八年(公元1719年)，死於乾隆四十六年(公元1781年)。他於雍正六年(公元1728年)10歲時隨叔父去麥加朝覲。在也門入“沙孜林耶”道堂求學。乾隆九年(公元1744年)回到循化，遵師命傳授沙孜林耶道堂宗旨，取名“哲合林耶”。馬明心提倡簡化部分宗教儀式，反對強徵天課，強調布施應用於救濟窮人，教權應該傳賢不傳子，清真寺掌教應該由教眾自由選聘。馬明心的這些主張，很受當地穆斯林的歡迎，信仰者日眾。
哲合林耶傳承世系如下：
第一輩教主馬明心，死於乾隆四十六年(公元1781年)；第二輩教主穆憲章，死於嘉慶十七年(公元1812年)；第三輩教主馬達天，死於嘉慶二十二年(公元1817年)；第四輩教主馬以德，系馬達天長子，死於道光二十九年(公元1849年)；第五輩教主馬化龍，系馬以德長子，死於同治十年(公元1871年)；第六輩教主馬進成，系馬化龍長孫，死於光緒十五年(公元1889年)，他實際上未能行使教權；第七輩教主馬元章，系馬明心四世孫，死於民國九年(公元1920年)；第八輩教主馬震武，系馬元璋第四子。
哲合林耶是一個教乘和道乘兼修的門宦。這是它在宗教功修方面的明顯特徵。但是，不太重視朝覲。認為朝拜教主拱北、道堂可以代替朝拜麥加。道乘方面的主要功課是高聲誦念齊克爾。雖然方式多種多樣，但用樂音高聲唱誦卻是共同的。教主的宗教功修主要是坐靜，每週兩次。教主傳承必須有憑證即“傳教衣帽”。清真寺一般不設宣禮樓，以打梆子代替宣教的呼喚。拱北和道堂同時又是進行群眾性活動的場所。在教區內，實行分級管理的“熱衣斯制”。在服飾方面，哲合林耶信徒頭戴六牙帽，表示“六大信仰”，教主的為綠色，老年人的多為白色，青壯年的為黑色。男子穿中式帶襟長袍，不留鬍鬚。不主張婦女戴蓋頭、蒙面紗。
哲合林耶以伊斯蘭教為旗幟舉行過數次反清武裝鬥爭。計有乾隆四十六年(公元1781年)的蘇四十三起義，乾隆四十九年(公元1784年)的田五起義，同治元年(公元1862年)陝甘地區大起義。
虎非耶虎非耶係阿拉伯語音譯，意為低聲，故又稱其為“低念派”。這個門宦支系較多，約有21個。各支門宦之間沒有道統傳授的直接關係。主要分佈於臨夏、蘭州、天水、循化、西寧、銀川、同心、西海固以及新疆、雲南等地區。其中花寺門宦(在甘肅臨夏)創立較早，創始人是馬來遲。馬來遲曾去也門留學，於雍正十二年(公元1734年)回國。回國後，創花寺門宦。馬來遲和馬明心同在也門沙孜林耶系統的虎非耶道堂學習。但是，回國後兩人各立門戶，在乾隆年間終致失和，釀成流血事件。
格底林耶格底林耶係阿拉伯語音譯，意為大能。這個門宦源於波斯人格底爾所創建的蘇非教團。主要分佈於臨夏、蘭州、海原、固原等地區。其中大拱北門宦創立較早，創始人是祁靜一。祁靜一於康熙(公元1662—1722年)中期開始傳布格底林耶宗旨。大拱北門宦有“出家人”，這是該門宦的顯著特點。出家人不娶妻室，在遠離家鄉的深山老林中靜修，故有“清真和尚”或“清真道士”之稱。大拱北門宦不設教主，由出家人中推選一個當家人主管教務。由於大拱北門宦受佛、道影響，在宗教功修上特別注重“參悟”，出世思想也比較重。
庫不林耶庫不林耶係阿拉伯語音譯，意為至大者，自稱明朝傳入。據研究，其傳入時間不會早於清康熙年間(公元1662—1722年)。相傳庫不林耶是由穆罕默德後裔穆呼引的尼直接在中國傳布的。穆呼引的尼父子三人來到中國後，定居於臨夏東鄉大灣頭，改張姓，故又稱為“張門”。庫不林耶傳布不廣，人數不多，主要在大灣頭一帶。
格的木格的木係阿拉伯語音譯，意為古老。就中國內地伊斯蘭教而言，格的木是最古老的一個派別，故又有“老教”之稱。在門宦制度形成以前，中國伊斯蘭教因為沒有派別分化，所以也沒有“格的木”。門宦從中分化出去了，伊合瓦尼、西道堂也從中分化出去了，剩下的就是它自己——格的木。格的木歷史最悠久，從唐代傳入已有1300多年的歷史。格的木遍及全國，信徒最多。中國伊斯蘭教是以格的木為主體的。
格的木教義的基本內容包括信仰與功修兩個方面。在信仰上堅持“六大信仰”。在功修上堅持“五大功課”。至於道乘修煉，認為那是副功，並不是十分必要的。格的木實行互不隸屬的單一教坊制。它是以清真寺為中心聯繫周圍穆斯林群眾而形成的一種寺坊管理制度。清真寺既是宗教活動的場所，又是政治、經濟、文化的中心。
伊合瓦尼伊合瓦尼係阿拉伯語音譯，意為兄弟；又稱“艾亥里遜奈”，意為遵經。中國伊合瓦尼可能源於阿拉伯的瓦哈比派。瓦哈比派18世紀中葉以後在阿拉伯半島流行。這個教派主張按照和“聖訓”的原始精神，改革伊斯蘭教。中國伊合瓦尼倡導“憑經行教”、“遵經革俗”。它的創始人是馬萬福，甘肅臨夏東鄉果園村人，通稱馬果園，東鄉族，生於道光二十九年(公元1849年)，死於民國二十三年(公元1934年)。光緒十四年(公元1888年)，馬果園利用朝覲之機在沙特受教，接受了瓦哈比教義。回國時，帶回一批瓦哈比派典籍。馬果園返歸故里後自稱伊合瓦尼，聲言門宦不符合教義，號召“打倒門宦，推翻拱北”。伊合瓦尼主張力行“五功”，不提倡道乘修持，認為念經不該要報酬，重視“中(文)阿(拉伯文)兼修”的經堂教育，實行互不隸屬的單一教坊制。後來，伊合瓦尼分裂為兩派。一派被稱為“蘇派”，或“一抬教”。另一派被稱為“白派”，或“三抬教”。白派又自稱為“賽來夫”。伊合瓦尼主要分佈於甘、寧、青各省，在內地一些大中城市也有伊合瓦尼的信徒。
西道堂西道堂的創始人是馬啟西。他是甘肅臨潭人，生於清咸豐七年(公元1857年)，死於民國三年(公元1914年)。馬啟西是晚清秀才，有較深的漢學功底。他所創建的西道堂主要宣講漢文伊斯蘭教典籍，特別是劉智的著作。馬啟西說：“介廉(劉智字)種子，關川(指馬明心)開花，我要結果。”馬啟西認為，中國穆斯林一定要學習漢文和傳統文化。這一主張在西道堂所創辦的小學和中學中得到實現。宣揚劉智學說、以中國傳統文化去闡發伊斯蘭教學理是西道堂的顯著特點之一。西道堂的另一個顯著特點是實行集體所有製，過集體生活。西道堂坐落在臨潭舊城西的一個大村莊，面積約有百餘畝。西道堂除從事宗教活動外，還創辦農、工、商、文等各項事業。西道堂成員特別是上層分子文化水平都比較高，成員中60%達到小學程度。因此，他們創辦的宗教以外的事業大都是非常成功的。截止1949年，西道堂創建的集體農場有13個，林場13個，牧場3個，大型商號11個，還有商隊；此外還有多處工場和手工作坊。
西道堂以“五大功課”為全功，反對道乘修持，重視禮拜、齋戒，重視宗教節日，有教主但不世襲，實行教坊制。西道堂重視教育，主張不分男女都上學唸書，不強制兒童讀經。據研究，西道堂同乃格甚板底教團有某些淵源。
蒙古滅掉西遼後，新疆大部包括在窩闊台汗和察合台汗的轄區內。蒙古人在這裡實行宗教寬容政策，允許各種宗教存在。佛教、伊斯蘭教、基督教、摩尼教等都得到不同程度的發展。東部地區以佛教為主，高昌(在今吐魯番附近)是其中心。北部地區有基督教。南部地區盛行伊斯蘭教，其分佈以喀什噶爾、和田為中心，在塔里木盆地南緣，向東延伸到羅蔔(今若羌)一帶，北緣向東延伸到庫車一帶。
元朝後期，統治新疆地區的察合台系蒙古貴族開始分裂。禿黑魯帖木兒於元順帝至正七年(公元1347年)在阿克蘇被擁立為察合台汗。以後這個汗國被稱為東察合台兀魯斯，首府阿力麻里(今霍城西北)。在東察合台汗中，禿黑魯帖木兒是一個很有作為的統治者。他在位期間極力推行伊斯蘭教，使伊斯蘭教得以迅速發展，據說有16萬人成為這一宗教的信徒。禿黑魯帖木兒本人也成了一個穆斯林。元至正二十三年(公元1363年)，禿黑魯帖木兒亡故。經過10餘年的內亂，其子黑的兒火者被擁立為東察合台汗。他在當政時期征服了吐魯番，強迫當地的佛教徒改宗伊斯蘭教。這是新疆伊斯蘭教發展史上的重大事件，影響深遠。自此之後，在新疆東部，伊斯蘭教文明代替了佛教文明。黑的兒火者於明洪武二十四年(公元1391年)向明廷遣使朝貢。公元1408—1416年，“蒙兀兒人”(察合台系蒙古人)全部信奉了伊斯蘭教。哈密地區在15世紀末也完成了伊斯蘭化。在新疆南部地區，一直由蒙古的都格拉特部統治。它臣屬於東察合台汗國。明正德九年(公元1514年)賽德建立葉爾羌汗國。在葉爾羌汗國，隨著伊斯蘭教的深入發展，和卓家族勢力從中亞伸入南疆，並逐漸地控制了當地的伊斯蘭教。
“和卓”系波斯語音譯。在新疆伊斯蘭教歷史上所謂的“和卓”指的是中亞地區具有聖裔身份的宗教貴族。中亞地區的聖裔有兩類人，一類人稱為“賽義德”，一類人稱為“和卓”。就身份的顯貴而言，賽義德略高於和卓。但新疆地區和卓都自認是哈里發阿里與穆罕默德之女法蒂瑪的後代，實際就是“賽義德”。和卓又分為兩系，一係是有證書的，稱為“和卓·賽義德·阿塔”，一係是遺失了證書的，稱為“和卓·朱巴里”。 16世紀中亞的和卓都屬於後一系，很難肯定他們是真正的聖裔。
16世紀中葉，一個自稱是和卓的瑪合杜木·阿札木來到喀什噶爾傳教。他是中亞蘇非派乃格甚板底教團二十世道祖。當時的葉爾羌汗拉失德為了對抗執掌汗國宗教大權的阿爾西丁家族，讓瑪合杜木·阿札木留了下來，並給予很多優待。瑪合杜木·阿札木死於明嘉靖二十一年(公元1542年)。明嘉靖三十九年(公元1560年)拉失德汗病亡，其子阿布都·哈林襲位。這時葉爾羌汗國的和卓勢力以伊斯哈克瓦里和伊禪卡蘭為代表。他們都是瑪合杜木·阿札木的兒子。瑪合杜木·阿札木長子穆罕默德·伊敏(即伊禪卡蘭)創建“白山派”，其幼子伊斯哈克瓦里創建“黑山派”。新疆的和卓家族勢力在17世紀初分裂為上述兩大派別。在進行宗教活動時，白山派教徒頭戴白帽，腰繫白帶，故又稱為“白帽回”或“白山宗”；黑山派教徒頭戴黑帽，腰繫黑帶，故又稱為“黑帽回”或“黑山宗”。這兩個派別都源於蘇非派，在教義上沒有分歧，只在禮拜形式上有些許差別。兩派的鬥爭是在宗教派別形式掩蓋下為爭奪世俗權力而進行的鬥爭。兩派之間，骨肉相殘，紛爭不已。這時，葉爾羌汗國完全被和卓勢力所控制，遍地開設宗教法庭，以教法處理民事刑事案件。世俗政權只是一個擺設而已。黑山派從1620年以來，先後四次統治南疆，約55年。白山派從1638年以來，先後三次統治南疆，約45年。和卓成為清代新疆歷史上不容忽視的重要社會力量。
康熙八年(公元1669年)，葉爾羌汗伊斯馬因支持黑山派，從喀什噶爾驅逐白山派首領阿帕克和卓。阿帕克逃往西藏。在達賴喇嘛幫助下，阿帕克聯合北疆準噶爾首領噶爾丹於康熙十七年(公元1678年)出兵南疆，消滅葉爾羌汗國。準噶爾汗國開始統治南疆。阿帕克和卓成為噶爾丹統治南疆的代理人。在南疆，伊斯蘭教和卓勢力終於實現了教權與政權的合一。康熙三十四年(公元1695年)阿帕克和卓因病死亡，葬於喀什噶爾。
阿帕克和卓在被驅逐出新疆的時期，曾到甘肅、寧夏、青海傳教。他直接傳授的門徒有九人。他們是西寧的馬守貞、鮮美珍、馬殿功、同太巴巴、李太巴巴，河州的馬宗生、祁信一，蘭州的劉伯陽，河西的安西太爺。馬守貞創建穆夫提門宦，馬宗生創建畢家場門宦，鮮美珍創建鮮門門宦，劉伯陽創建劉門門宦。
阿帕克和卓家族統治政權崩潰後，他的後裔們始終沒有放棄分裂割據的野心，時刻夢想捲土重來，復辟他們和卓家族“天堂”。乾隆二十二年(公元1757年)大小和卓叛亂。乾隆二十三年至二十四年(公元1758至1759年)，清軍大舉進攻庫車、喀什噶爾、葉爾羌等地。在清軍進剿與南疆各族人民的反抗下，大小和卓棄城逃亡。他們越蔥嶺至巴達克山，為當地首領素勒坦沙所擒殺。清政府統一了天山南北，加強了中央政府對新疆地區的管轄。
同治三年(公元1864年)夏，柯爾克孜族頭人思的克奪佔喀什噶爾。為了鞏固其統治並同清軍對抗，他派人赴浩罕汗國(18世紀烏茲別克人在中亞建立的封建汗國)請求軍事援助。浩罕王決定派遣阿古柏以及大和卓波羅尼都之曾孫布素魯克前往喀什噶爾。同治四年(公元1865年)一月，阿古柏率兵入侵我國新疆。
阿古柏原是浩罕汗國的一個無賴，靠鑽營及裙帶關係當上了大官。浩罕汗王為了消除阿古柏對自己的威脅，派他協助布素魯克入侵新疆。阿古柏利用穆斯林對和卓的信仰，把布素魯克扶上汗位。
阿古柏先後攻占喀什噶爾、和田、庫車、庫爾勒和喀喇沙爾。此時，阿古柏自封“畢調勒特汗”(“洪福之王”)。同治八年(公元1869年)，阿古柏逼走布素魯克。第二年開始北侵，是年底，佔領北疆大部分地區。
光緒元年(公元1875年)，清政府任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。光緒二年三月(公元1876年4月)，左宗棠由蘭州進駐肅州，開始向新疆進軍。他的方針是“先北後南”，即先收復北疆，再攻取南疆。同年十月，北疆全部收復。光緒三年三月(公元1877年4月)，清將劉錦棠率部由烏魯木齊出發，進攻吐魯番。是役殲滅2000餘人，有一萬餘敵被迫投降，摧毀了阿古柏的主力。阿古柏在庫爾勒自殺。
阿古柏死後，其子伯克·庫裡繼續同清軍戰鬥。光緒三年七月(公元1877年8月)，清軍劉錦棠部開始收復南疆的戰鬥。九月底，收復南疆東四城庫爾勒、拜城、阿克蘇和烏什。接著，清軍向西四城進發，於光緒四年初(公元1878年2月)，完全克復南疆西四城喀什噶爾、葉爾羌、英吉沙與和田。在清軍進攻喀什噶爾時，伯克·庫裡逃往國外。
到光緒四年初(公元1878年2月)清軍完全收復南疆。阿古柏勢力在新疆共存在13年之久。
新疆地區的伊斯蘭教派，比內地要復雜一些。總的來講，絕大多數穆斯林屬於遜尼派，遵從哈乃斐派教法。莎車部分維吾爾族及塔什庫爾幹的塔吉克族穆斯林，屬於十葉派。其中莎車這部分維吾爾人是十葉派中的十二伊瑪目派；塔吉克人則是十葉派中的伊斯瑪儀派(七伊瑪目派)。在遜尼派內部，又存在著兩類不同的教派：一類是重視教乘功修的教派，包括傳統遜尼派和近年新興起的聖訓派(瓦哈比派)；另一類是注重道乘修持的神秘主義派(即伊禪教派)。伊禪派是一個相當複雜的教派，其內部又分若干支派：早期主要是白山派與黑山派兩大支派；近代以來則主要有格底林耶、哲合林耶、虎非耶、切斯提耶、蘇合拉瓦底耶、伊斯拉米耶、庫不林耶、買吾裡威耶、乃格甚板底耶、賽合爾班迪耶等。在這些大的支派下面，往往還分化出若干小的分支派別，如蘇合拉瓦底耶內部又分依納克耶、伊斯哈克耶、達瓦尼耶、依西克耶等，虎非耶下面也有所謂喀什道堂與莎車道堂的不同。
下面我們擇要介紹幾個大的教派。
遜尼派是以維護正統凱拉姆體係為主導思想的教派。重視教乘，將道乘僅視為一種副功。認為今世與後世是一個統一體，只有立足今世，才有來世的幸福。嚴守傳統習俗，反對標新立異。其教權組織形式是單一的清真寺制度，清真寺之間互不隸屬，各自獨立，互不干涉，各行其是。
聖訓派有人稱其為“瓦哈比派”。 1981年首先在和田，1983年繼則在喀什噶爾，在一些著名的大毛拉倡導下逐漸形成。主張“遵經革俗”，一切按和“聖訓”辦事，男女平等，強調既尊主、順聖，又學習現代科學技術，適應時代步伐，不做井底之蛙。反對鋪張浪費及借宗教名義斂錢榨財，反對婚姻上講排場、索重禮及一切非教門規定的陳規陋習。反對崇拜教主、朝拜麻札，反對伊禪思潮，認為這些行為違背經訓，是多神主義，有損於真主至尊的地位。其主張受到中青年的普遍贊同與擁護，現影響已擴及莎車、葉城、墨玉、皮山等地。
格底林耶據傳，18世紀由中亞傳入新疆，主要分佈在喀什、莎車、和田地區。重道乘，不重教乘，認為先有道，後有教，道是本然之道，是非創造性的，是無始無終的永恆存在；教是世俗的，是由世人創造的。
哲合林耶既重教乘，更重道乘，主張“不求今世求來世”，要人們清心寡欲，修行煉功，明心悟性。念誦“齊克爾”時集體圍一圓圈，搖頭高聲念誦，要求“傳揚四方”以“揚明正道”。相傳18世紀由中亞傳入新疆，追隨者多為貧苦農牧民及小手工業者。崇拜聖徒、聖墓。每年秋收後，和田、莎車一帶的信士成群結夥地去伊瑪目加帕爾薩迪克麻札進行朝拜，多時可達萬人左右。據稱，朝拜該麻札七次，雖不能稱“哈只”，但其功亦等同於朝覲一次麥加克爾白。教主“皮林木”，人稱“伊禪”，均自稱是“聖裔”，代代世襲，是其教派的最高精神領袖和世俗領袖。
虎非耶18世紀傳入新疆。教道兼修，認為教中有道，道中有教，相輔相成，不可偏廢，只有兼修才能使信仰完美，達到近主的目的。除“五功”外，還要靜坐參悟，手持贊珠低聲贊念齊克爾。視默念心誦為“暗悟顯貴”。主要在星期一、五、日活動。據傳，西北迴族的北莊門宦、丁門門宦源於該派莎車道堂，靈明堂門宦源於該派喀什道堂。
十二伊瑪目派集中在莎車縣，約五六十戶人家，首領是馬木提艾克伯克，有小悼念堂一座。嚴格遵循十葉派的伊瑪目教義，崇拜阿里，相信馬赫迪一定重返人間拯救人類，行聖徒和聖墓崇拜，不封齋但過肉孜節。
伊斯瑪儀派實際上屬於伊斯瑪儀派中的印度“霍加”派。尊阿迦汗為“活主”，本世紀50年代以前，年年派人去孟買向阿迦汗貢獻賦稅和朝覲，朝覲過阿迦汗者被尊稱為“哈只”。每日只作晨禮和昏禮，其他三番拜及主麻日聚禮均不作；禮拜中僅有一次叩首，認為這樣作才能體現真主獨一性。
在中國伊斯蘭教近200多年的歷史上，內部教派鬥爭十分激烈。各教派往往因細微小事釀成大規模流血事件，骨肉相殘，穆民遭殃。
中國伊斯蘭教派有如下一些共同的特點：第一，中國伊斯蘭教的各種教派，絕大多數是流不是源。它們或是由外國傳教士直接傳入，或是由中國穆斯林從國外引進，很少是中國穆斯林自己獨創的。新疆維吾爾等族的遜尼派，源於阿拉伯地區遜尼派。新疆維吾爾等族的聖訓派，被稱作“遵經派”，主張“憑經立教”，是受18世紀中葉興起於阿拉伯地區的瓦哈比派及本世紀初興起於阿拉伯半島的伊赫萬運動的影響。門宦教派和伊禪教派，都源於阿拉伯和中亞地區的神秘主義修道派別蘇非派。塔吉克族改奉伊斯瑪儀派，是伊朗傳教士賽義德·蘇熱大力傳教的結果。莎車維吾爾族的十二伊瑪目派，是200年前由巴基斯坦等地遷來的。只有被稱作“漢學派”的西道堂，是中國穆斯林馬啟西所創，但他們也宣稱自己屬遜尼派，遵循大伊瑪目哈尼發學派，即哈乃斐教法學派。
第二，中國伊斯蘭教派分化的歷史都不長，雖然在很久以前就有不同教派的穆斯林在中國的土地上棲身與活動，但均非中國伊斯蘭教本身的教派分化。中國穆斯林的教派分化史，最早發生在新疆維吾爾族地區，迄今不過300多年的時間；內地回回等族的教派分化，大約始於17世紀末、18世紀初。
第三，中國伊斯蘭教各教派之間理論分歧不大。無論是格的木、西道堂、伊合瓦尼，還是門宦教派和伊禪教派，都是遜尼派，都承認四大哈里發為正統，都遵守大伊瑪目哈尼發的教法學理論。他們之間的主要區別，既非根本信仰的互異，也非政治主張的不同，而是在宗教修持、宗教儀式、組織形式等方面存在一些差別，均係細枝末節的分歧。
第四，中國遜尼派，保留不少十葉派的習俗和影響。如重綠色；特別尊崇阿里及其十二代子孫，稱之為“正道伊瑪目”；注重紀念阿里之妻法蒂瑪；傳習經典多用波斯語典籍，舉意詞用波斯語，日常宗教用語大量使用波斯語藉詞等等。
第五，各教派不同程度地都接受了中國傳統文化的影響，特別是受漢文化的影響頗深。如中國以嫡長子世襲王位為基本內容的正統觀念，中國封建帝王的覲見之禮，對以哲合林耶為代表的門宦、伊禪教派就有一定影響；莊子避世的人生哲學對格底林耶大拱北門宦影響很深；格的木、西道堂接受中國傳統文化的影響，更是眾所周知的。
基於上述分析，可以認為，中國伊斯蘭教各派之間的團結是有共同基礎的。儘管各派的分歧和爭執會存在，但是，大家都信仰伊斯蘭教，大家都是穆斯林。在“各信各德”、“一視同仁”的原則下，只要做到互不排斥，互不干涉，互相尊重，互相幫助，互相商談，就一定能求同存異，加強團結，共同建設我們的祖國。