到了明代，伊斯蘭教終於有了比較固定的稱呼——“回回教門”、“回回教”，或略稱之為“回教”。從此，中國把伊斯蘭教稱為“回教”。
大家知道，朱元璋是以“驅逐胡虜，恢復中華”相號召而開展反元鬥爭的。他本人當過和尚。朱明王朝建立以後，初期的政治氣候對於作為“色目人”主要成員穆斯林顯然是不利的。洪武元年(公元1368年)，太祖頒布詔書，“复衣冠如唐制”，禁止辮髮、椎髻、胡服、胡語、胡姓。明初還曾明令禁止閩南蒲壽庚後代入仕為官。 《明律》規定，色目人不得本類自相嫁娶，可以與漢人等通婚，但一定要兩廂情願。如果違犯，打80杖，男女入官為奴。這條規定似乎難以貫徹，但它表明統治者較前不同的一種政治傾向。
在經濟上，明初推行重農政策。這使歷來以經商為業的中國穆斯林受到歧視。農民之家可以穿絹紗，而商賈之家只許穿布衣。
明朝實行嚴厲的海禁。成祖繼位，佈告天下25條施政綱領，其中有一條就是實行海禁。對於外國的朝獻，明政府也予以限制，有的規定三年一貢，有的規定五年一貢，而且人數有定額。 “自是朝貢遂稀”。這不利於中國伊斯蘭教同伊斯蘭世界的聯繫。
在農民義軍推翻元朝統治的時候，元宗室退回漠北。可以想像，穆斯林退到漠北的也不會少。那些留居下來的穆斯林，由於社會地位的改變，外部壓力的加大，內聚力增強了。於是，回族開始形成。回族的形成是中國伊斯蘭教發展史上的一個里程碑，具有重要意義。隨著回族的形成，中國伊斯蘭教有了一個堅實的社會載體。
回族的形成是散點式的，多族源的，多地源的。就族源而言，回族先人包括阿拉伯人和波斯人等中亞人，在形成過程中，還大量地融進了漢、蒙(主要是漢)等族成分。就地源而言，回族並不是在某一地區形成後而散居全國的，在形成時就是多地源、散點式的，西北、中原、東南、雲南、海南都是回族發祥地，這些地方的回民相互之間幾乎不存在血緣的、經濟的聯繫。現在，泉州、海南、中原地區一些回族家族的族譜一直追溯到元代，是元時由國外遷入當地的。而海南的一些回族家族，據史書記載其遷居此地又可上溯到宋代，來自古占城者居多。這是回族形成時的最大特點：散點式。那麼，他們形成民族時的共性是什麼呢？一句話，是伊斯蘭教。而這個民族在後來的發展中把漢語作為共同語言，則是回族的另一個特點。
唐、宋、元留居中國內地的穆斯林是形成回族的基本成分。在回族形成的過程中，伊斯蘭教起了紐帶的作用。而回族的形成又促進了中國伊斯蘭教的發展。
在回族形成中有一個因素也不可忽視，那就是在回族形成的明代，中亞和中國邊疆地區的穆斯林向內地的移居仍在繼續。這也為回族的發展和壯大提供了生力軍。據《明實錄》統計，從洪武到成化的100餘年間(公元1368—1487年)，西方來歸的穆斯林近70批。在同一期間，從漠北蒙古地方來歸的穆斯林近50批，天順元年(公元1457年)一年就有五批境外來歸者，其中一批是70多人。蘇祿國王的後代也成為中國回族的成員。永樂十五年(公元1417年)，蘇祿國(該國信仰伊斯蘭教)東王訪問中國，回國途中客死德州。其長子回國繼位。其隨行的偏妃、次子安都祿及眾多的陪臣和國民，留居德州守墓。至萬曆時(公元1573—1620年)，已傳五代，“生齒漸繁”，德州穆斯林安氏已經成為一個有數百人口的大家族了。
明代穆斯林的分佈同現在基本相同。回回主要聚居於西北地區。在東部和南部，除唐、宋、元三代留居的穆斯林而外，明代有些回回又從西北地區遷往那裡。明朝政府為了防備居住在河西走廊一帶的穆斯林聯合吐魯番地方蘇丹作亂，曾在正統元年(公元1436年)、正統三年(公元1438年)、正統十二年(公元1447年)、成化十一年(公元1475年)相繼把甘州(治所在今甘肅張掖)、肅州(治所在今甘肅酒泉)、涼州(治所在今甘肅武威)等地部分穆斯林遷往江南、山東、河北、河南等地安置。正統三年(公元1438年)一次從涼州遷往浙江某地的穆斯林就有200多人。在東部，穆斯林主要沿運河分佈。對此，中國伊斯蘭教內有一種傳說：明初燕王朱棣掃北時，在其軍隊中有很多穆斯林。建文帝登基後，朱棣以北京為根據地，進軍南京。在南下途中，有相當數量的穆斯林官兵被留在運河兩岸的重鎮駐防。於是在那裡就形成了穆斯林的聚居點。明代北京的回回大都集居於城南宣武門外。雲南是穆斯林比較多的一個省份。穆斯林在雲南的存在可以追溯到唐代。但大量穆斯林的移居是在元明兩代。其移居大約可分為三期。第一期是公元1253—1263年。促成這一時期穆斯林遷徙的主要有兩件事：一為忽必烈、兀良合台對雲南的征討，一為朝廷把穆斯林和士兵賜給雲南諸王；第二期是元至元(公元1264—1294年)和大德(公元1297—1307年)年間。促成這一時期穆斯林遷徙的主要也有兩件事：一為賽典赤贍思丁任雲南行省平章政事(公元1274—1279年)，一為元朝10萬大軍由雲南向鄰國的遠征；第三期是明初，此時沐英父子鎮守雲南。據說沐英是穆斯林，他鎮守雲南，自然有利於伊斯蘭教的發展。
就全國來說，明代穆斯林分佈同其先人一樣，仍然是“大分散，小集中”。
明代內地穆斯林中出現了一些較有作為的人物。其中有代表性的是鄭和、馬沙亦黑和胡登洲。
鄭和，雲南人，本姓馬，賜姓鄭，出身於伊斯蘭教之家，其父曾去麥加朝覲。鄭和是成祖的宮內宦官，所以稱其為“三保太監”。從永樂三年(公元1405年)到宣德八年(公元1433年)的29年間，鄭和受皇帝欽命率領龐大艦隊先後七次下“西洋”，遊歷亞非30餘國。三保太監下“西洋”，為明初盛事。鄭和的壯舉促進了中外經濟文化的交流，壯大了明朝的國威。至今在東南亞一些地方還流傳著有關鄭和的故事。鄭和因“七下西洋”而名垂青史。這是一個作為政治家、外交家、航海家的鄭和。此外，鄭和對明代中國伊斯蘭教的發展也是有過貢獻的。據說鄭和到過西安，對那裡的伊斯蘭教非常關注。永樂六年(公元1408年)鄭和第二次出航時，曾奏請朝廷重修南京淨覺寺。永樂十五年(公元1417年)鄭和經福建出海，特地去泉州靈山，晉謁聖墓，行香祈禱，刻石記念。其刻石內容如下：
欽差總兵太監鄭和，前往西洋忽魯謨廝等國公幹。永樂十五年五月十六日於此行香，望靈聖庇佑。
鄭和下西洋的隨行翻譯、中國穆斯林馬歡將其沿途所見所聞作了實錄，成書《瀛涯勝覽》。其內容包括對一些伊斯蘭國家信仰情況的介紹。
馬沙亦黑，明欽天監，穆斯林大師，洪武十五年(公元1382年)受太祖之命，同翰林院李翀〔chong充〕、吳伯宗等譯回回天文書籍。
胡登洲，字明普，生活於嘉靖、萬曆年間(約公元1522—約1597年)，陝西西安渭城人。幼年學習伊斯蘭教經典及儒家之書。 50歲時去京城經商，在陝西臨潼遇見一位阿拉伯國家的貢使。胡登洲以教義中許多疑難費解的問題向其請教，貢使一一作答，胡登洲獲益匪淺。客居北京時，胡登洲從國學名士學習經史子集各部之書，對於性理之學，獨有心得。他哂〔shen審〕笑宋儒，說其言論不過是個“泥美人”而已。一日購得《毋噶麻忒》一部，胡登洲又師從阿拉伯國家貢使學習這部經典。這位貢使對胡登洲很有好感，向其盡傳中國所無之經典。胡登洲由是學問大進。回到故鄉後，胡登洲設館開學，收徒約百餘人。中國伊斯蘭教的經堂教育，經胡登洲的倡導和實踐，面貌為之一新，終於成為教內的一大事業。中國伊斯蘭教系統的教義傳授和宗教職業人士的培養，主要依靠經堂教育。胡登洲功不可沒。有人把胡登洲譽為經堂教育的開山鼻祖，亦不算太過。經堂教育的興盛是明代中國伊斯蘭教史上的一件大事。
經堂教育是明代中國伊斯蘭教史上的一件大事。所謂經堂教育，指的是在清真寺內開辦的以傳授伊斯蘭宗教知識和培養伊斯蘭宗教職業人士為目的的一種教育方式。經堂教育又稱寺院教育。清真寺內開設的講堂又稱回文大學。由寺內開學阿訇招收若干名學員，向他們講授伊斯蘭教經典以及阿拉伯文和波斯文。學員的生活和學習費用由坊內教眾捐贈。學員學期不固定，一般要五六年時間，直到開學阿訇認為可以畢業時為止。畢業時要舉行“穿衣掛幛”儀式。此後，如有教坊願意聘請，這些畢業學員即可充當阿訇了。
中國伊斯蘭教的宗教教育，從其傳入的時候起就已存在。到了明代，由於胡登洲的提倡而蔚為大觀。從胡登洲經三傳至清代常蘊華(俗稱常爸爸)而有陝西派與山東派的分流。山東派由常蘊華樹立旗幟，再傳至舍蘊善而風靡中原及東南部地區。
“四譯館”，明成祖時期設置，初名“四夷館”，隸翰林院。四譯館初分置八館，“回回館”為八館之首。這個機構不僅要培養通事(譯員)，翻譯並保存各國外交來文，而且要負責蒐集外國及歸化人的政情。回回館的教習、通事大都是穆斯林。政府派往各伊斯蘭國家的使節往往由這個機構的穆斯林大通事擔任。在主管外交事務的鴻臚寺中也有穆斯林。永樂三年(公元1405年)升鴻臚寺序班“哈只”為右寺丞。此人是個通曉西域語言文字的穆斯林。
早在元代，留居中國的穆斯林，由於接受了中國的傳統文化，已經表現出自己的特點。中國前輩學者把這種現象稱之為“西域人的華化”。
明朝初年，對色目人在政治、經濟等許多方面實行限制政策。有的地方還禁止在元代做高官的穆斯林的後代參加科舉考試。在這種形勢下，中國內地穆斯林不得不在自己原來名字以外，另起一個漢姓、一個漢名，一時蔚成風氣。隨著時間的推移，中國內地穆斯林幾乎都有了漢姓、漢名，並且漢姓世代相傳。同時開始重視家族譜牒的撰修。有的穆斯林只有漢名，有的穆斯林同時另有“經名”，一個人兩個名字。其中一個具有中國特點，而另一個則帶有外國味。這種現象至今猶存。明代穆斯林的改姓，主要是文化融合的必然，而不是政治強制的結果。這種改姓是有點規律的，大都以原來名字中的某個音為姓。例如，穆罕默德，多改姓“馬”；哈桑，多改姓“哈”；賽以德，多改姓“賽”；尾音有“丁”者，多改姓“丁”；尾音有“沙”者，多改姓“沙”，等等。此外，還有的是朝廷賜的姓。穆斯林原名字中有“穆罕默德”者特別多，所以中國穆斯林姓馬者就特別多。俗諺曰：十個回回九個馬。
明朝伊斯蘭教的社會影響，特別是對知識階層的影響，遠非其他朝代可比。這是由於穆斯林社會的形成、回回的改姓、經堂教育的發展等因素共同作用的結果。明代一般著作對中國伊斯蘭教的描述是客觀的、公允的，對其評價有的相當高。有一部作品甚至認為“儒不如回”。此處“回”指伊斯蘭教。它說，伊斯蘭教只信真主，此外無所崇奉，而儒者則信事鬼神；伊斯蘭教濟貧助弱，供養有定則，而儒者則“他人不問”。中國伊斯蘭教在明代雖然曾受過限制，但從未受到政府的禁止。從明代開始，中國伊斯蘭教除保持由西向東漸次下降的信仰階梯這種格局而外，又呈現出“北盛南衰”的局面(雲南除外)。
明代內地清真寺的修建也較元代為普遍。相傳為唐建的西安大學習巷清真寺(一說化覺寺)，經研究，應為明代建築。南京淨覺寺為洪武年間(公元1368—1398年)敕修。北京花市清真寺建於永樂十三年(公元1415年)，錦什坊普壽寺建於明朝初期，東四清真寺正統十二年(公元1447年)敕修，三里河永壽寺建於萬曆年間(公元1573—1620年)。北京阜成門外三里河，最遲在景泰七年(公元1456年)已闢有相當大的一處墳場，作為專門埋葬穆斯林的義地。就在這一年，明英宗批准撒馬爾罕使臣馬黑麻·舍力班的奏請，允許他去阜成門外義地祭祀祖墳。
在明代，各清真寺的教長由官方任命。教長人選要報請禮部審批並註冊登記備案，然後發給劄子，以為傳教憑證，否則是不准主持教務的。北京東四清真寺掌教馬氏，明洪武年間(公元1368—1398年)被賜漢姓，弘治年間(公元1488—1505年)給予劄子，令其主持該寺。