從明末清初到鴉片戰爭，是中國歷史上最後一個封建王朝清朝從興盛走向衰落的時期，這時官方儒學——朱子學除了反复咀嚼宋人的殘羹剩飯，再也拿不出任何新鮮貨色。相反，民間的儒學倒還具有相當的活力。清初的知識分子總結明朝亡國的歷史教訓，認為理學空疏無用，是導致國破家亡的重要原因。他們摒棄理學，提倡經世致用之學，以為這才是真儒學。經學家顧炎武(公元1613—1682年)提出“經學即理學”的口號，說理學講明心見性，實際是禪學。它們不研究六經之文，不討論當代之務，不從事修己治人的實學，也就是說在經學之外搞理學，所以走上迷途。其實本沒有離開經學的理學，因而真正的學問只有一種，那就是經學。不過顧炎武的經學既與董仲舒式的微言大義之學不同，也與繁瑣的考據之學不同，而是經世致用的實學。他的、《天下郡國利病書》都是闡發、體現他的實學思想的力作，後一本書就是經過多年的實地調查而寫成的，記述各地山川形勝、經濟狀況、風土人情等等，為反清復明、治理天下做準備。
與顧炎武齊名的大思想家黃宗羲(公元1610—1695年)，受王學自做主宰思想的影響，發展了儒學中的民主性精華，寫成偉大的政治哲學著作《明夷待訪錄》。他批評了以往的君主觀，尖銳指出君主是“天下之大害”，在創業時犧牲無數人的性命，守成時搜刮天下人的血汗，以滿足一己的私慾。他認為，上古時代人民是天下之主而君是客，三代以後則倒了過來，君是主而人民是客。三代以上之法是“天下之法”，後世之法則是君主“一家之法”。他要求廢除“一家之法”，恢復“天下之法”；變君主民客為民主君客，使人民重新成為君的服務對象。這些思想是近代民主意識的萌芽。為改變君主專制，他提出把學校變為議政機關，天子的政策法令要經學校議論通過方可實施。他的學校已經具有資產階級議會的某些功能，在當時能提出這種設想，的確難能可貴。黃宗羲也是著名的歷史學家，熟悉明史，有專著數部，以布衣身份從事《明史》的修撰，其中不少重大疑難問題是由他定下來的。他的《明儒學案》、《宋元學案》，保存了大量珍貴的宋、元、明哲學史資料，以學案體裁系統反映了宋、元、明各個學派的面貌和演變。他用史學之實，反對了理學的空疏。
與顧黃同時的大哲學家王夫之(公元1619—1692年)，繼承並發展了張載的學說，他認為，理不在氣外，道不在器外，真正的實體是氣或器，理或道是氣或器的運動規律。否定了程朱的高高在上的天理。在他看來，道隨器的變化而變化，不是一成不變的。同樣，人性也不是一成不變的，它日生而日成，在學習和實踐的活動中形成、變化。他還對宋明儒者“存天理，去人欲”的口號提出批評，認為理離不開欲，理是調節欲求的準則，去了欲怎麼會有理呢！王夫之思想深刻，知識豐富，達到了儒家理學的新高峰。
這時提倡經世致用的還有哲學家顏元(公元1635—1704年)，他認為理學家們要人讀書、靜坐、內省，而不鼓勵人們去做齊家治國平天下的實事，一面害了讀書人，使他們成為弱人病人無用人，同時也誤了國家，使它無人治理，無人保衛，走向滅亡。他提倡“實文，實行，實體，實用，卒為天下造實績”(《存學編·上陸標亭書》)，用實實在在的踐履，代替道學關於理氣心性的空談。
由於清政府用高壓手段禁止人們探討現實問題，鼓勵讀書人脫離實際搞考據。因此，顧、黃開創的以經世致用為目的的新經學和史學研究，乾、嘉以後逐漸轉變成為考據之學。
考據就是從文字、音韻、訓詁、名物製度、天文曆算、地理史實等各方面的研究入手，對古代典籍進行詮釋。清代對古文獻的整理和詮釋成績卓著，遠勝前人，其中一些成果在思想史上也產生了巨大影響。如胡渭的《易圖明辨》論證朱熹等人奉為神明的《太極圖》，原本是道教的《太極先天之圖》。閻若璩的《古文尚書疏證》證明道學的一本經典《古文尚書》，是晉人王肅編造的偽書。戴震的《孟子字義疏證》通過對天理、人欲等字和詞的解釋，批評宋明儒把理欲對立起來的觀點，認為他們的理是尊貴者壓迫卑賤者的工具，是殘忍的殺人凶器。他說，酷吏以法殺人，後儒以理殺人，而以理殺人更為殘酷。
但是，人畢竟生活在社會生活之中，清代深刻的社會矛盾和經濟危機強烈地吸引讀書人的注意。為了解決這些問題，許多人拋棄考據，轉而研究今文經學，尤其是公羊學。鴉片戰爭前後，公羊學者龔自珍(公元1792—1841年)、魏源(公元1794—1857年)提出改革朝政和學習外國技藝以製服它們的響亮口號，在當時的政界和知識界產生深刻的影響。這是儒學在封建社會結束時的最後閃光。