儒家學說發展的第三階段，就是宋明理學。要把理學的產生講清楚，必須回顧魏晉隋唐哲學思想的演進，尤其是儒、釋、道三教合流的情況。
原來在西漢初年佔優勢的道家黃老思想，雖然由於“罷黜百家，獨尊儒術”而讓位於神學經學，但本身仍有強大的生命力。它在民間傳播，勢力逐漸壯大，對東漢以後思想的發展發生重要影響。儒道思想的融合，在揚雄、王充那裡醞釀發展出反對神學經學的新哲學，尤其王充的元氣自然論，代表唯物論哲學的新高度。另一方面，一些道家學者把元氣自然論同儒家、陰陽家、神仙家乃至讖緯迷信結合起來，創造了以老子為教主的道教理論。這個理論既講修身治國，又講修煉成仙，且包含儒家倫理、災異譴告等等內容，逐漸受到統治者的信任、支持，形成中國土生土長的群眾性的宗教——道教。
魏晉時代，儒道兩大思潮繼續融合，產生了中國哲學史上的一朵奇葩——玄學。漢代哲學講宇宙論，談天地萬物、人類社會如何產生。玄學則不同，它改變思路講本體論，說明萬物存在依賴於跟它們完全不同的本體。萬物是現象，它們是相對的、暫時的，不能自存，它們是由於有絕對的永恆的本體才能存在。現像是由本體決定的，它們之間是本末關係。那麼本體究竟是什麼呢？玄學家王弼認為，本體具有現象的全部規定性，但又不能說它具有任何具體的規定性，它是無形無名的，因而可以稱本體為無。他主張天地萬物以無為本，他的理論被稱為貴無論。在哲學領域，貴無論要解決的不僅是末依賴於本，而且是本決定末。王弼認為從地位上說，要“崇本息末”(把末看作被決定的、第二性的東西)；從功用上說，要“崇本舉末”(抓住一本而統御、運用眾末)。在社會政治領域，貴無論要解決的是自然與名教的關係問題。所謂自然是道家理想的原始狀態，名教即儒家政治倫理、三綱五常。王弼認為，自然是本，名教是末，自然狀態結束，必然產生長官治理民眾的局面，而有尊卑之名。另一方面，名教雖然必要，但不能過分強調，還應盡量體現自然的精神，否則便失了“治之母”，形成嚴重的對立和爭奪。王弼本體論哲學在中國哲學史上佔有重要地位，它引導人們透過現象進入本質，通過雜多把握世界的統一性。這是漢代宇宙生成論哲學包括董仲舒和王充的哲學，無法與之比擬的。但是王弼本體論又有重要缺陷，由於他把本體規定為無，就使它和現象始終有兩截之嫌，二者之間是鬆散的外部的關係。其實本體應該是有無的統一，首先是有——真實無妄，其次才是無——無名無形。北宋程頤懂得這個道理，所以在談本體現象關係時說：“體用一源，顯微無間”(《程氏易傳·序》)，較好地解決了這個問題。其次，受這個看法的影響，王弼對自然與名教的關係，也處理成外部關係，按照他給名教尋找本體論根據這個目的來說，是不成功的。宋代儒者把王弼的自然換成天理(內容為抽象化了的仁義禮智)，以天理作為名教的本體，就實現了王弼想做而沒有做到的事。王弼貴無學說的缺陷，其他玄學家曾設法予以彌補，如裴頠〔wei尾〕提出崇有論，郭象倡導玄冥獨化理論等等，但這些理論又有自己的缺陷。總之，包括王弼及其他玄學家，都沒有超出時代的局限，提高理論思維水平還有待於後人的努力。
佛教是產生於印度的宗教，西漢哀帝時傳入中國。開始人們把它看作一種神仙方術，後來又用玄學貴無等理論來理解和解釋它。東晉以後，由於佛教經典的翻譯介紹越來越多，由於社會的動亂、黑暗，人們對今生絕望，普遍希望拿到進入天國的門票，還由於統治者的鼓吹、利用，佛教獲得廣泛的發展。它不僅有了自己的宗教組織，廣大信徒，而且有了自己獨立的理論。佛教理論成為中國人所理解的佛教理論，而不是純粹印度的理論。到了隋唐時代，隨著寺院經濟的興起、強大，理論思維的發展，終於創造出與印度佛教有重大區別的中國佛教宗派及其理論，如天台宗、華嚴宗、禪宗等等，把中國佛教推到鼎盛階段。
東晉以後，玄學式微了。在意識形態領域存在著三種力量：儒、釋、道三教。三教之間不斷鬥爭，不斷融合，展示了傳統思想與外來思想在中國土地上交會更新、向前發展的豐富內容。
在斗爭中，三教逐漸實現了融合。佛教本不敬王者，不盡孝道，但在中國封建宗法君主專制國度，這些是行不通的，於是它改變態度，向儒家三綱五常靠攏，申明自己忠君尊王，維護世俗政權；宣傳佛徒須遵行孝道，唐代高僧宗密把孝說成貫通古今儒釋的根本大道；並且盡量把儒佛兩家道德觀相比附，如以慈悲與仁道相比附，以佛家戒律與儒家德目相比附等等。道教一方面繼續效忠王權，依傍儒家，同時吸收佛教的宗教理論、儀式、制度來充實自己的理論，改進自己的儀式、制度等等。從儒家方面說，也有越來越多的人對佛、道採取寬容態度，認為都是傳統文化的一部分，佛道也都是勸善化俗之道，有輔助政教之功。另外也有人看到佛教哲學理論高深豐富而予以肯定。因此三教殊途同歸論，三教同源論也應運而生了。
三教融合繼續發展，融合的層面由外至內逐步深入，宋明道學就是這個大趨勢的產物。早在唐代中葉，思想家、文學家韓愈提出儒家道統說，以為堯舜、禹、湯、文武、周公、孔子以來的儒家道統，因受二氏(老、佛)的影響，自孟子死後即不得其傳，現在應該把道統接過來傳下去。這種思想代表了相當一部分儒家知識分子不滿意儒家思想僅能在政治、道德、民俗領域裡依舊章實行，但缺乏理論深度與魅力，不能在意識形態領域中佔上風的狀況。他們要重振儒學雄風，戰勝佛、道，取得思想領域的統治權。韓愈雖然提出了目標，但他的辦法不可取，他主張對佛道要用行政手段取締，“人其人，火其書，廬其居”(《原道》)，就是使僧道還俗，焚毀其經書，廟宇改作民居。他以後的儒者為解決他提出的也是時代提出的課題，進行了長期的探索。後來人們體會到，必須融合、吸收佛道哲學理論，把儒家倫理道德觀念加以哲理化，只有如此，才能有所成就。這就是宋明道學的思想路數。創立理學的北宋儒者如周敦頤、張載、程顥、程頤以及邵雍，幾乎人人“出入佛老”，經歷從讀儒書到讀佛老，有所體會之後再跳出佛老，回歸儒家的過程。經過這番洗禮，理學家們理解的儒家已經不同於先秦的原始儒學、漢代的神學、經學，他們大講孔子沒有講或講不清楚的性與天道，原來普普通通的儒家德目仁義、禮智變成天理、人性，萬物的本體。因此人們依儒家倫理而過的道德生活，不僅體現人與人的關係，而且體現人與天的關係，不僅有社會意義，而且有超越意義即準宗教的意義。
宋明時代的儒學是新的儒學，由於它以天理為本體和至善，所以稱為。它突出孔孟之道統，所以稱為道學，它產生於宋代，所以又稱宋學，而西方人則直接把它叫做新儒家(Neo—Confucianism)。上述北宋五位儒者，對理學的建立都做出了自己的貢獻。周敦頤開闢了新儒學的方向，張載為理學建立基本的框架，而二程提出天理說，為理學戴上醒目的皇冠。邵雍學說雖然偏出主流，但也是理學的一個方面軍。理學的創立者們在本體論上存在不同看法，張載以氣為本，二程以理為本，兩家互有批評。南宋朱熹以程頤的學說為主，吸收各家長處，建立起集大成的理本論的哲學體系。有集大成也就有學派的分化。與朱熹同時代的陸九淵，建立心本論的理論體系，與朱子抗衡，這派學說經明代王守仁的創造性發展而達到高峰。在理學中程朱的學說始終是主流派，陸王的心學，在明代一度行時，張載的氣學雖有羅欽順、王廷相、王夫之等對它加以弘揚，但總是作為主流派的附庸而存在。下面讓我們分別介紹各家的觀點。
周敦頤(公元1017—1073年)，世稱濂溪先生，其學說稱濂學。曾經在州縣做過小官，但平生志趣在於理學研究。著作不多，卻標誌著理學的成立，在思想史上意義重大。在道德修養上也下了很大功夫，人們說他人品甚高，胸懷磊落，有如“光風霽月”。做過二程的老師，深刻影響了二程的思想。
周敦頤對於易學特別是道教的易學理論有深入的研究。在道教所傳的易圖中，有一《太極先天之圖》，次序是自下而上，指示成丹的方法。周敦頤從道士手中接過此圖，改稱《太極圖》，次序為自上而下，展示太極衍生陰陽五行以及萬物人類的過程。作《太極圖說》來說明其中道理，又作《易說》、《通書》加以發揮。反對他的人以為，週抄襲道教文獻，道理也說不通，有損儒家聲譽。朱熹等擁護他的人則認為，圖與圖說道理深刻，是前所未有的，地位可以排到孔孟之間。現在來看，週的學說雖然帶有明顯的道教痕跡，與後來的理學著作相比顯得不夠成熟，但是它創造性地將儒學思想與經過改造的道教思想結合起來，構築了新的理論框架，改變了人們的思維方式。
朱熹等理學家在評價周敦頤的貢獻時指出，他用理學的道理統一了天、人，批判了佛老與俗學兩種錯誤的人生道路與價值取向，高揚了儒家精神。佛、道二教中人，很注意求天道和修身養性，但是對於齊家治國平天下，忠君孝親，仁義禮樂完全沒有興趣，修養的目的是得到解脫或長生久視。所謂俗學是俗人的原則，他們追求事功以及物慾享樂，齊家治國平天下對於他們來說只是達到功利目的的手段，他們根本不求天道也不進行身心的修養。在周敦頤看來，這兩種人有一個共同的特點，即是將天道與人事，修養與治國，內聖與外王分為兩截。世俗的一套是自私自利的，污濁的；佛道看起來高雅，實質也還是自私自利。所以如此的原因，在於人們千百年來受佛道和功利思想的影響，拋棄了儒家聖人的教導，走上人生的歧途。要改變這種情況，使人人向善，使國家大治，就要恢復儒家的地位，重建儒學理論。新的儒學理論是與佛道、俗學都不同的，貫穿天人，既教人修養，又教人治國平天下的聖人之學，這就是理學。一方面，它要追求天道，追求人的身心修養，成為“內聖”；另一方面，它還要講究治國平天下，實現“外王”。它的修養是與治國平天下相聯繫的修養，它的治平是在修養指導下的治平。因此，這個學說真正避免了佛道與俗學兩方面的片面性，是內聖與外王的完美結合。這是整個理學的精神，周敦頤的功績就在於首先揭示了這個精神。
北宋五子中出世較早的尚有邵雍(公元1011—1077年)，是一位像數派易學家。他也要為儒家倫理政治觀點尋找一個形而上的根據。他宣稱世上流傳的易學是文王易，屬於後天易，還有一種鮮為人知的先天易，這就是伏羲的易學。其中包含“皇極”——天地萬物的根本大道，可以用來治理天下萬事萬物。他自己的主要工作就是闡發這個先天易學。
先天易是一種像數理論，與以往像數學家所搞的後天易不同，它以乾坤坎離為四正卦，以數的變化決定象的變化。邵雍用《八卦次序圖》、《六十四卦次序圖》來說明數由一(太極)開始，加一倍地向前發展，在卦像上就表現為二，即動靜兩儀；四，即陽
他作《八卦方位圖》與《六十四卦方位圖》，以陰陽對立與陰陽消長的原則安排各卦的位置、四方與四時的位置，並由此展示事物盛衰生滅的循環運動。他還用《皇極經世圖》表示整個宇宙的周期性發展。圖中有元會運世四個時間概念，一元就是一個宇宙的周期，一元包括12會，一會包括30運，一運包括12世，一世包括30年，所以宇宙的一個週期就是129600年。我們所處的這個元之中，天開於第一會，地開於第二會，萬物出於第三會，唐堯出在陽氣最盛的第六會，三代到宋都在走下坡路的第七會，第11會時萬物消滅，第12會時天地都壞。然後再開始一個新的元。元的周期性運動的實質就是陰陽的推移與消長，開始是一陽生，並逐步發展壯大，中期陽達到極盛，然後是一陰生，並逐步發展壯大，終期陰達到極盛。
邵雍也同周敦頤一樣，企圖將天人統一起來，用一個哲理化的儒家原則來說明一切，並指導人的倫理政治生活。但是他的體系過於龐大繁瑣，包含許多生拼硬湊的內容，特別是他主張在名教之樂之上還有“觀物”之樂，這種樂是認識了宇宙規律，將一切都看作過眼煙雲，得到解脫之後而產生的具有道家色彩的樂。因此，二程和許多理學家並不十分讚賞他。邵雍要將自己的數學傳授給二程，他們卻表示，我們哪有工夫學那個！邵雍在王安石新政時期，態度謹慎，既不表示支持，也不表示反對，因而沒有受到打擊。程頤說，“邵堯夫(邵雍的字)在急流中被渠安然取十年快樂”(《河南程氏外書》卷十一)，程頤是位堅定的保守派，他說這話並不是讚揚。
對理學框架的建構做出重大貢獻的是張載(公元1020—1077年)，字子厚，關中眉縣橫渠鎮人，故人稱橫渠先生，把他的學說叫做關學。張載好學深思，用功甚勤，往往夜裡睡在床上還在思索，有了好的想法，便立即起身掌燈將它記錄下來。張載的本體論是批判繼承佛老思想而形成的。佛老以虛無為本體，用來說明看起來實在的世間萬物原來是虛妄不實的，引導人們出世，這是張載反對的。但是無形的本體能更好地與形體各異的萬物聯繫在一起，這又是佛老思想的優點。所以張載心目中理學的本體應該是既有最實的內容，又有最虛的存在形式。受《易傳》的啟發，張載認為它就是以太和或太虛形式存在的氣。
張載認為，氣有聚散兩種狀態，氣之散是它的本來狀態，那就是太虛，氣之聚是它的暫時形態，那就是天地萬物。氣聚而為萬物，萬物散而為太虛，這便是氣的永恆運動。氣為什麼能運動變化呢？他用陰陽矛盾對立來解釋。氣分為陰陽兩體，由於一分為二，所以它能變化，又由於合二而一，所以它神妙莫測。張載還用他的氣本體論批評了佛、道的錯誤，特別指出佛家把天地萬物歸結為人心的作用，甚至歸結為“見病”(視覺差錯)，是完全悖理的。張載的唯物主義和辯證法思想，在哲學史上有突出地位，但他是一位理學家，目的是為儒家倫理確立本體論的依據。理學家、心學家直接把儒家倫理設定為天理，為本心，簡易直捷；張載以氣為本體，由氣到仁義禮智須要有中介。這個中介就是氣的超越性。他指出，氣雖然是萬物本體，但氣的本然狀態——太虛，與具體事物之間有著原則的不同。太虛就是人們所說的天。太虛之氣是極清的，因而是神妙的；形成萬物之後，其氣重濁，窒礙不通。這種自然的差別使天與地及萬物截然不同，“地，物也；天，神也；物無逾神之理”(《正蒙·參兩》)。 “萬物形色，神之糟粕”(《正蒙·太和》)。在這個基礎上，張載又賦予天以倫理性，如天生物有先後順序(天序)，物生之後有大小高下的差異與和諧的秩序(天秩)，儒家君臣父子的常規，尊卑上下的禮數就是對天序天秩認識的結果。他還指出，天不言而信，是因為它有誠的本性；天生成萬物，是因為它有仁的本性。這樣，儒家倫理道德的重要原則，完全在太虛——天那裡找到了根據，因此遵守儒家道德規範就有了不尋常的意義，使人像天，與天合一，得到超越。
張載的人性論對理學的發展起了重要作用。他認為，人既有來自太虛的天命之性，也有來自本身形體的氣質之性。天命之性對於任何人都是一樣的，即誠、仁、義、禮、智、信等，但氣質有清濁厚薄的不同，使人有智愚及貧富貴賤之別。他要求君子不以氣質之性為性，而要盡力恢復天命之性，也就是進行道德修養。他把性分為天命、氣質兩種，用前者說明人性善，用後者說明現實道德水平及遭遇的差別，是孟子以來性善論的重大發展。朱熹極力稱讚這個理論“極有功於聖門，有補於後學”(《朱子語類》卷四)。
在認識論與修養論方面，張載提出人的知識有兩種，其一是天德良知，其一是聞見之知。前者是對太虛、仁義等哲學與倫理學問題的神秘直觀；後者是對具體事物的感性認識。他肯定天德良知不是從聞見中來，而是從修養中得來，但是也不否認聞見對於產生天德良知有一定啟發作用。人的認識與修養有一個從漸修到頓悟的過程。這些觀點對後來的理學家有所啟迪。雖然張載對理學的建立有很大貢獻，但由於他沒有突出天理，關於氣的自然哲學又講得比較多，受到程朱的批評，在理學中的地位比不上程氏兄弟及周敦頤。
理學的正宗與主流是程顥(公元1032—1085年)、程頤(公元1033—1107年)兄弟開創的學說(人稱洛學)。二程是河南(今洛陽)人，出身官宦人家，與司馬光、富弼等人相友善，反對王安石的新政，為此他們在變法時期受到打擊，在後來的反復當中又遭折騰，政治上相當坎坷。他們年輕時曾經師從理學開山周敦頤，從事理學的研究和講學之後，又與張載、邵雍相互切磋。優越的學術環境，加上本人的聰穎與努力，使他們在理論上達到前所未有的高度。
二程理論體系中最重要的概念是理或天理，他們著力闡發的就是天理論。世界上有氣有理，氣就是陰陽，陰陽的推移消長，形成世界萬物的運動變化，生生滅滅。但是氣之所以能夠如此，是因為在它之中有一個理起支配作用。理總是與氣結合在一起，氣是有形的，是形而下的東西，理是無形的，是形而上的東西。理是氣的所以然，是氣的根據。程頤說，“所以陰陽者是道也”(《河南程氏遺書》卷十五)。所以陰陽者即是使陰陽成為陰陽的那個東西，程頤認為那是道，道就是理。萬事萬物各有其理，這些理是不是毫無關係呢？不是，二程指出，“萬理出於一理”，(同上書卷十八)也就是說有一個最根本的理，由它生出萬理。所以，歸根結底，“天下只有一個理”(同上)，這個理就是儒家倫理的根本精神，被當作天地萬物本體的仁義禮智。天理是理學王冠上的寶石，天理論的提出標誌著理學建構的基本完成。在天理論基礎上，二程提出人性論和格物致知論。後來朱熹以二程特別是程頤的理論為骨幹，結合其他理學前輩的學說，創造了集大成的朱子學。二程的學說將結合朱熹的理論繼續闡發。
二程的哲學思想基本是一致的，但也略有不同。程頤嚴格區分形上形下，心屬形下，與理分屬兩個不同層次。朱熹繼承發揮了這個思想，提出性是理而心不是理，必須將心性區別開來的思想。程顥比較看重心的作用，也不大區分形上形下，這些觀點受到陸九淵(號象山)和王守仁(號陽明)的讚揚，成為陸王心學的重要思想資源。
理學最重要的代表人物是朱熹(公元1130—1200年)。從北宋開始，中國封建社會進入後期發展階段。朱熹生活的南宋，外有金人、蒙古人的壓迫，內有深刻的社會危機。在他看來，只有重建儒家思想的權威，才能整飭人心，維繫南宋王朝的存在。他依照程頤所開闢的理本論的道路前進，也就是把儒家道德規範上升為天理，確認天理作為萬事萬物本體的地位，規定天理是萬物的規律，是人的價值目標。教導人們去人欲、存天理，修養道德，成為聖賢。朱熹關於理氣的學說認為，世界上有理有氣，理氣結合，形成萬物，理是生成事物的根本，氣是生成事物的材料，理構成事物的本性，氣構成事物的形體。理的總體就是太極，太極之理存在於每個人每件事物上，所以人人具一太極，物物具一太極，太極就是人物之性。那麼太極之性究竟是什麼呢？他說：“性是太極渾然之體，本不可以名字言，但其中含具萬理，而綱領之大者有四，故命之曰仁義禮智。”(《朱文公文集·答陳器之》)對於三綱五常(仁、義、禮、智、信)的論證來說，王弼的本體論勝過董仲舒的神學目的論，而朱熹的以理為本又大大勝過王弼的以無為本。但是，既然宇宙只有一個太極之理，怎樣解釋世界的複雜性——事物之品類萬殊、人間的尊卑貴賤呢？朱熹利用二程“理一分殊”說給以解釋。所謂分殊指氣由於偏全清濁厚薄等不同狀況形成的分位的差別，如得氣之偏者為物，得氣之全者為人，在人之中得氣之清者為聖智，得濁者為下愚，得厚者富貴，得薄者貧賤，等等。理雖然只有一個，但是它在不同分位的氣中所能顯露出的方面則有很大差異。這就巧妙地為萬物之間的差異，主要是人間的差異找到了說明。
朱熹的心性論比較全面地解決主體(心)與作為人性的天理之間的關係問題，指示了成聖即培養理想人格之路。他贊成張載“心統性情”(《朱子語類》卷五)的觀點，就是說心包括性和情兩個方面，性是體，情是用，如果心使情從性(天理)上發出來，這心就是道心，這情就是善的。如果心使情從形氣上發出來，這心就是人心，這情就不一定是善的。如果人心膨脹，情慾增多，乃至泯滅了道心，就成為惡。這就是說，人既有為善的根據(人性是理，是善)，也有為惡的可能(人有形體，有各種物質要求)，而人心是能動的，人究竟為善為惡全在人心的選擇、決斷。所以朱熹認為，要使人為善成聖，必須使道心為主宰而人心聽命，“革盡人欲，复盡天理”(《朱子語類》卷十三)。
雖然天理就在人心，但人並不是生來就知道什麼是天理，什麼不是天理。朱熹認為要想認識天理，必須依照《大學》的教導格物、致知。他說，天地萬物都有理，所謂格物就是即物而窮理，針對一事一物講明、探索其中包含的天理。人心都有知(這裡的知是指對儒家倫理的了解)，但這知開頭總是片面的、膚淺的，要想把這一點知擴展開去(致知)，必須藉助於格物。今日格一物，明日格一物，積累到一定程度，就會豁然貫通，“眾物之表裡精粗無不到，而吾心之全體大用無不明矣”(《大學章句》)。他的知雖不從格物來，但格物可以對致知起啟發和輔助作用，這種對格物的肯定，多少有利於自然科學的研究，清末人們把自然科學稱為格致，與他是有關係的。另外，朱氏所謂豁然貫通並非感性認識向理性認識的飛躍，乃是一種對於本體——理或性的神秘頓悟。朱熹生前由於政治的原因，他的學說曾被朝廷稱作偽學，一度受到壓制打擊。但他死後不久情況就根本改觀了。北宋以來，《大學》、《中庸》、、《孟子》的地位逐漸提高，經朱熹表彰，影響更大，編為四書，重要性幾乎超過五經。朱熹的《四書集注》從元代到清代，一直是士人的必修教科書，科舉考試的標準答案，反對它會遭到嚴厲的懲罰。一種學說處在這樣的特殊地位，不可避免地要走向僵化，明代以後朱子學正好走了這條路。
朱子以後新儒家的另一重要代表人物是明代倡導心本論的王守仁(公元1472—1529年)，人稱陽明先生，他的學說被稱為王學或陽明學。他認為當時的人們把儒學當作純學問甚至做官的敲門磚，而不用來修養身心，產生了不小的流弊。他還認為流弊的根源在於朱熹提倡的理學在理論上有問題。朱熹認為理在萬物，要即物窮理。王守仁認為理不在物而在人心，因為“心即理也”(中)。王守仁原來也是學朱子學的，為實踐“格物”的理論，曾面對竹園“格”了七天七夜，不但一無所獲，而且病了一場，從此開始懷疑朱子學，特別是它把心與理分而為二的傾向。一度潛心於佛、道，頗有所得。後來他被貶到貴州龍場驛(今修文縣)做官，仍舊苦苦思索心、理關係問題，一天夜裡突然悟到：“聖人之道，吾性(心)自足”(《年譜》)，於是大呼大跳一番，從此“悟道”，走上心學之路。所以王學的起點是他在朱子學中發現，但在朱子體系中不能解決的問題，促使王學產生的酵母則是佛道，特別是禪宗的明心見性之學。
禪宗認為人心即是佛性，王守仁認為人心即是天理。當然這心是指人的本心。本心是天理與明覺的統一，所以天理自然能發現於心，本心發出來的也必然是天理。理對於朱熹的“心”是外在的，而對於王守仁的“心”則是內在的，這是一個重大的轉變。從倫理觀上說，朱熹是要用道德規範(義務)去管束人，王守仁則變為用道德自覺(良心)去管束人。從世界觀上說，朱熹的理既是自然規律，又是道德規範，他主張通過格物從前者推出後者，其實行不通。王守仁“心即理”的理論，只涉及道德良心，道德觀念，而不涉及自然規律問題，也就是說不再把兩者拉扯、混淆在一起，顯然比朱熹簡易、直捷，特別是它大大高揚了人的主觀能動性，教人自尊無畏，不盲從外在權威，即使是儒家聖賢。他曾說過：“學貴得之於心，求之於心而非也，雖其言之出於孔子，不敢以為是也，而況其未及孔子者乎！求之於心而是也，雖其言之出於庸常，不敢以為非也，而況其出於孔子者乎！”(中)真理要由自心認可，自心不認可的，即使出自孔子也不能相信。自心認可的，即使出自普通人，也不該輕易否定。
王守仁確立了自己的基本思想之後，曾經多次改變自己的“教法”，從不同角度宣傳自己的基本思想。他講過知行合一，靜坐，存天理去人欲，誠意，最後在1521年推出致良知說，最終完成了自己的體系。 “知行合一”實際是說知行統一。知與行都是本體心的髮用，不同之處在於知是開始，行是完成；知是思想內容，行是實際活動。這個理論有比較濃的實用色彩，所以，從善的一路說，只知不行的不算知，如有人嘴上說孝，實際不盡孝道，是不知孝；而從惡的一路說，有一惡念便算是行，如人有反對君父的念頭，就算有反君父的行為。標準如此不同，不能說是公允的。致良知是王守仁“心即理”思想與《大學》框架相結合的產物。他認為，良知是心的本體，是天理又是最根本的知，不過，要把良知變成現實的知和行，就要下“致”的工夫，《大學》所說的“致知”正是這個意思。在《大學》，致知與格物聯繫在一起，要致知必須格物。王守仁說格就是正，使不正的改變為正；物不是物體，而是人所從事的事務、事情，它們自然離不開人的意念。所以他說：“意之所在便是物。”(上)於是對於他來說，格物就是“正念頭”，使不正的念頭得正。同一個道德行為，從為善方面說是致良知，從去惡方面說是格物。從貫徹天理方面是致知，從使事情符合天理方面說是格物。用格物窮理說解釋的《大學》是朱熹的陣地，用致良知說解釋的《大學》是王守仁的陣地，有了《大學》的陣地，陽明學便能與朱子學抗衡了。
王守仁建立陽明學，本意是要提高封建士大夫的道德自覺，挽救當時的政治危機。但是由於他激活了久被壓抑的人心，灌輸了自作主宰的意識，為不滿現實的各階層人士所歡迎。各方面的人按自己的理解去解釋陽明學，使它在王守仁去世後不久即分化為許多派別，其中王艮、王畿的現成派，代表市民利益，在明代後期十分活躍。清兵入關既打斷了商品經濟的發展進程，也結束了整個王學的發展，朱子學重新被定為一尊。
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