儒家的特點之一就是闡發它所尊崇的經典《易》、、《詩》、《禮》、《樂》、《春秋》。本為六經，後因《樂》亡佚，成為五經。儒家經學，歷朝都有，但是在思想活躍的時代如先秦、兩宋，它以子學、理學的形態出現，而在思想不活躍的時代則以經學形式出現，如兩漢、清代。
西漢建國之初，在連年戰亂之後，經濟凋敝，人民窮困，社會無力負擔眾多的非生產人員，另一方面，大一統政治局面的確立，又限制了人們自由思想，因此先秦諸子百家爭鳴的盛況結束，只有為數不多的儒家經師，在民間傳播與當時政治狀況較為合拍的關於六經的知識。在傳播過程中，逐漸形成兩種不同學派。一派稱今文經學，所講授的經典用漢代通行的隸書寫成，基本傾向是結合當時政治，發揮經典中的微言大義；另一派稱古文經學，其經書用籀文、蝌蚪文書寫，一般著重於文字訓詁和典故的解說，不聯繫當時實際。
西漢建國之初，統治者在探索尋找最適宜的意識形態，開始找到的是黃老之術和刑名之學，但後來逐漸發現儒家對鞏固宗法制的中央集權君主專制國家更為有效。於是開始重視經學。文帝、景帝時立詩博士，武帝立五經博士，所立的都屬今文經學。古文經學未受重視，只能在民間傳授。
今文經學派的最重要代表人物董仲舒(公元前179—前104年)，是一位專門研究春秋公羊學的專家。所謂公羊學，即公羊高、公羊壽為《春秋》寫的傳注(《春秋公羊傳》)中所包含的學術觀點。他以春秋公羊學為骨幹，融合陰陽家、黃老、法家思想，建立了“天人感應”的目的論思想體系。漢武帝於元光元年(公元前134年)舉賢良對策，董仲舒上對策三篇，提出“罷黜百家，獨尊儒術”，為武帝採納。從此，他的學說成為漢代官方認可的正宗思想。
董仲舒適應漢代大一統政治形勢的需要，在原始儒家禮治思想基礎上提出“三綱”思想，所謂三綱即“君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱”。在他那裡君臣之間已經沒有孔孟那種相互尊重的關係，而是單方面要臣為君做犧牲，強調臣對君要“委身致命”，“善皆歸君，惡皆歸於臣”(《春秋繁露·陽尊陰卑》)。在父權和夫權方面也有相應的加強。不過董仲舒畢竟是儒家而不是法家，他鑑於秦亡的教訓，重申重民思想。 “且天之生民，非為王也，而天立王以為民也。故其德足以安樂民者，天予之；其惡足以賊害民者，天奪之。”(《春秋繁露·堯舜不擅移、湯武不專殺》)這就是說，天是為了萬民的安樂，才給他們設立君主；能安樂百姓的，天給他君位。如果他賊害百姓，天就要奪走他的君位。他一面要加強君主專制，一面又要重民，因而在統治方法上提出“任德不任刑”的主張。任德不任刑不是不用刑，而是刑德並用，以德為主。從經濟上說，要防止產生大貧大富的嚴重對立，“大富則驕，大貧則憂。憂則為盜，驕則為暴”，不利於社會的穩定安寧。因此對貧富要加以調節、限制，使之在一定的程度之內，這就是使富者可以顯示其貴，但不致於驕橫，貧者能養生而不至於憂慼。為此，他提出“限民名田”(限制兼併)，“去奴婢，除專殺之威”(解放奴婢，不許主人有擅殺之權)等緩和矛盾的具體措施。在政治方面主張少用刑罰，多用教化，宣傳“教化立而奸邪皆止”(《漢書·董仲舒傳》)。
兩漢以後，儒家的倫理本位觀念沒有變，只是隨著條件的改變，闡述的方式和強調的重點有所不同罷了。但是它的哲學理論卻發生了很大的變化。董仲舒思想體系的特點在於他的以天人感應為特徵的神學目的論。天有幾層意思，其中之一即至上神：“天者，百神之君也。”(《春秋繁露·郊義》)它是有意識有意志的神，它為世界安排秩序，為百姓設立君主。天對於地上的事情十分關切，如果國家政治清明，百姓安居樂業，它就降下祥瑞(顯示吉祥的特殊自然現象)來給以表彰；如果政治昏暗，民不聊生，它就會降下災害，對君主進行“譴告”；受到譴告而不思改變，天就降怪異來恐嚇；受恐嚇仍不改弦更張，天才真正把殃咎降到他的頭上。總之，至上神對人特別是人君，非常仁慈，想方設法使之省悟，改過從善。
此外，天還有道德的意義。天有陰陽五行(金、木、水、火、土)之氣，陰陽五行都具有道德屬性。陽為德，陰為刑，木性為仁，金性為義，火性為禮，水性為智，土性為信。如果人君的行為是合於儒家倫理道德的，那麼陰陽五行的運行就是正常的，如果人君的行為不道德，譬如缺少仁德，弄得民不聊生，這就引起木產生不正常現象，春凋秋榮。人君見到這種情況就應當以自己的德行來救治。他如果“省徭役，薄賦斂，出倉谷，賑窮困”(《春秋繁露·五行變救》)，那麼就可以感應得木恢復正常狀態。這是以氣為中介的天人之間道德的神秘感應。
一般地說，宗教的或神秘主義的觀念，總是使人屈從於天、神，限制人的主觀能動作用。然而董仲舒的天人感應說卻有所不同，在他看來，天固然決定人，人也影響天。天人同在一個神秘的系統之中，相互影響，相互作用。人特別是君主通過自己的思想言行，不僅能決定個人的道德修養、政治的清明昏暗，甚至還能參與決定自然運動的正常或反常。正如董仲舒所說，“人主之大，天地之參也”；“人之超然萬物之上，而最為天下貴也”。 “事在強勉而已矣，強勉學問，則聞見博而知益明；強勉行道，則德日起而大有功；此皆可使還至而有效者也。”(《漢書·董仲舒傳》)我們知道，孔子不談怪力亂神，但董仲舒卻大談這些東西。孔子把自己看作普通人，董仲舒卻把他看作前知幾百年的神人。董仲舒生在陰陽五行學說和鬼神迷信十分盛行的時代，接受這些思想毫不奇怪，不吸收這些內容他的思想就不能被人們接受，但是他始終沒有離開儒家重人事的傳統，思想的重點是人的“強勉學問”，“強勉行道”，創造仁禮結合的理想政治局面。
為了突出聖王的教化，董仲舒提出自己的人性論。他認為人性可以分為三種，一是聖人之性，這是天生有善無惡，對於仁義禮智是不學而能，不慮而知的。還有所謂斗筲〔shao稍〕之性，是天生有惡無善，而又不堪教育的人。在這兩者之間的是中民之性，這是大多數人所具有的人性，其本身的特點是質樸，可以引導他向上，也可以引導他向下。他認為實際上只有中民之性方可以稱之為性，因為所謂性只是未定型的毛坯，只是一種可能的善，而不是現實的善。 “性者，天質之樸也。善者，王教之化也。無其質，則王教不能化。無其王教，則質樸不能善。”《春秋繁露·實性》)是天讓民有未善之性的，也是天讓王者對民施以教化，使之為善的。所以董仲舒不同意孟子的性善論，認為如果肯定民生來具有善性，那就否定了王的教化作用，王者的偉大體現在何處？
董仲舒並不完全同意當時的鬼神迷信，但他的體系畢竟建立在神靈的和神秘的天這種觀念的基礎上，所以他又執著地相信許多神秘的東西。他本人常常推測“天譴”的含義，還像巫師一樣求雨、止雨，使當時的儒家具有相當的妖妄之氣。一次董仲舒針對幾項災異，寫了奏章草稿，企圖引出一些政治結論，對時事有所針砭，但心存猶豫沒有呈送上去。忌恨他的大臣見到後，認為這奏章可能引起皇帝的惱怒，便偷出來交給皇帝。皇帝把諸儒找來，隱匿了奏章作者姓名，讓他們看並發表意見。董仲舒弟子呂步舒不知是恩師所寫，說奏章全是胡說八道，愚蠢透頂。於是董仲舒被捉到監獄，定了死罪。雖然後來皇帝念他舊日講學有功，赦免了他。但他嚇得從此再不談災異。西漢後期，讖〔chen襯〕緯迷信十分猖獗，舉國上下一派妖氣，這主要應該歸罪於大貴族大官僚，但董仲舒也不能完全脫離干係。
董仲舒強調發揮人的主觀能動性，但他形而上學的體系又極大地限制了它的發揮。他根據五行相生相剋的道理，提出黑白赤三統輪流當權的歷史循環論，解釋朝代更迭的現象。譬如，秦朝屬白統，劉邦為“赤帝子”，他斬白蛇起義，以赤統代替白統，乃是歷史的必然。每統當令都有相應的正朔(正月初一)和服色(服飾的顏色)，所以劉邦建漢之後，應該改變秦朝的正朔服色，按赤統要求，以建寅之月的初一為正月初一，服色尚赤。他認為人能夠改變和應該改變的就是這些，至於儒家的大道是根本不能變的。 “若夫大綱，人倫道理，政治教化，習俗文義，盡如故，亦何改哉！”(《春秋繁露·楚莊王》)道理何在？人必須服從天，儒家之道來自於天，所以不能改變。他說：“道之大原出於天，天不變，道亦不變。”(《漢書·董仲舒傳》)董仲舒以天的名義給人的活動劃定了界限：遵守儒家倫理政治原則，不能違反，不能揚棄。
董仲舒的倫理學思想有一個非常突出的特點，就是強調“義利之辨”。孔孟主張重義輕利，並不是不要利，不談利。有利在前，先要衡量要了它是否合於義，確認符合於義，便可以取之。董仲舒把孔孟思想發展到極端，認為只能談義，不能談利，主張“正其誼(義)不謀其利，明其道不計其功。”(《漢書·董仲舒傳》)就是只追求道義，不謀求功利。他要人們把功利二字從心中抹掉，並不是真的不要功利。試想如果人人都只追求道義，一心忠君孝親，全面遵行三綱五常(仁義禮智信)，這不是最有利於君父、最有利於封建宗法君主制的國家嗎？所以，董仲舒是以義為利，以義求封建國家之大利。他的義利觀對宋明時代的儒者產生極大影響，他們讚賞董仲舒，提出“窒慾”，“存天理，滅人欲”的口號。董仲舒的思想在封建社會上升時期，也未見得合理(將君父與臣子，國家與個人的利益協調起來豈不更好？)，而在封建社會沒落時代更顯出壓制工商業發展和個性解放的反動作用。
綜觀董仲舒的理論體系，可以看到他提出的政治原則、道德準則，恰恰是漢王朝這個中國歷史上第一個封建宗法君主專制國家長期尋求的建國方略。他把國家組織和家族組織結合在一起，把儒家的仁禮與法家的刑政結合在一起，避免了孔孟的迂闊和韓非子的寡恩，使封建國家建立在穩固的基礎之上。這個體係對整個封建社會都是有意義的。影響之深遠只有極少數人的體系能與之相比。有人認為董仲舒把孔子的道理歪曲了，如果沒有董仲舒，孔子之道將大行於天下。這是一種非常幼稚的看法。不可否認孔子思想的基本原則也適用於漢代，但它畢竟是春秋時代的產物，如果沒有董仲舒根據幾百年的歷史經驗和漢代實際情況對它重新解釋，它在漢代就不可能起作用。從西漢建國到董仲舒回答武帝策問，其間經歷60多年，讀過的人成千上萬，為什麼沒有人把獻給高帝、惠帝、文帝、景帝去作為國家的根本指導思想？就因為單純的、未加解釋的不管用，經董仲舒解釋的才活了，才管用。因為有解釋，傳統才能存在，有改變，傳統才能延續。董仲舒在儒學發展史上是大有功的人物。
武帝“獨尊儒術”還只是指出方向，儒術實際上被尊起來是宣帝、元帝時期的事情。特別是石渠閣會議之後，經學的地位達到最高點，今文經學成為國教，絕不容許有任何懷疑。一門學問發展到這種地步，它的生命也就停止了。在西漢後期，今文經學的粗劣變種讖緯經學出現。這種東西實際上是巫師、方士用宗教預言、符籙瑞應等附會儒家經典，影射政局的變化，王朝的興衰，權貴的命運等等，是赤裸裸的神學迷信。統治者倡導讖緯，表現了他們的精神空虛和腐敗沒落。這樣一來，經學就形成三大派：今文經學、古文經學、讖緯經學。東漢初年，統治者看到經學內部的意見分歧，影響人心與政局的穩定，於是由漢章帝出面召集白虎觀會議，裁定經學的正宗理論。但是這次會議並未能實現經學的統一，欽定的權威反倒加速了經學的崩潰。
官方儒學——神學經學沒落了，但這並不意味整個儒學的沒落，相反的，它在神學經學之外萌發出勃勃生機。西漢末葉，揚雄不滿於讖緯和神學經學的荒誕無稽，試圖在經學之外恢復正統儒學。他吸收了黃老思想，仿照周易的模式，演繹出“太玄”的哲學體系，批評有神論，批評當時的苛政、奢侈以及外戚、宦官的專權等等。
揚雄認為，漢代的經學已經走偏了路，不再具有儒家實質，只是虛有其表而已。好比羊披著虎皮，仍然是羊而不是虎。它見了草就高興，見了豺狼便發抖，忘了自己有一張虎皮。他對於當時活躍起來的道家、道教與其他各家也不滿意，頗多指摘。在他看來，只有孔孟之道是正確的，所以他要學習孟子，對於當時的異端邪說來一番掃蕩廓清，使真正的儒學思想大行於天下。不過他也不主張全部照搬先秦儒家的東西，他自己便有因(繼承)有革(變革)地開創儒家理論的新局面。他堅持以仁義為道德理想，以禮為行為準則，做人以孝為根本，為政以修身、教化為根本，為君子以學習與實踐聖賢之道為根本等等儒家思想。他在天命問題上與孔子、孟子都不一致，特別是反對董仲舒的目的論思想，認為天道是自然無為的，萬物都是自己發展變化，天在這裡並不做什麼。在人性論上，他既不同意董仲舒的性三品說，也不同意孟子的性善論，而提出自己的“善惡混”的思想。在他看來，人性中既有善，也有惡，兩個方面混雜在一起，努力發揚性中之善就是善人，著意表演性中之惡就是惡人。這個理論與孟子性善論、荀子性惡論相比可以說各有所長，但是它否定等級，承認人性的普遍性，承認人人皆可為善，則顯然優於董仲舒的人性論。另外，揚雄哲學思辨的深度也顯然高過孔、孟、荀、董，他的《太玄經》提出的本體論思想，是魏晉玄學的重要思想資源。
東漢初年的王充，繼承揚雄的事業，高舉反對虛妄的旗幟，用元氣自然論批判神學目的論，同天人感應和讖緯迷信展開針鋒相對的鬥爭。對於他來說，天不是神，天和地一樣是自然的物體。天氣向下，地氣向上，它們在兩間交會，自然地又是偶然地產生出人和萬物，這裡完全沒有神意。天地既不能有意識地做什麼，也不能查知人事，所謂祥瑞、譴告純粹是偶然現象，決不是感應的結果。他積極倡導無神論，指出人的精神現象並不神秘，那是一種特殊物質——精氣活動的結果。精氣依附於血脈、形體。人死之後血脈竭、形體朽，精氣也就不存在了，正如火依賴於薪，薪盡則火滅一樣。形體朽，精神滅，所以人死無知，不能為鬼，更不能害人。王充尊重孔子和其他儒家聖賢，但認為他們是人不是神，堅決反對神學經學對他們的神化、妖化。他寫《問孔》《刺孟》，指出聖賢雖高於普通人，也難免犯錯誤，指出他們的錯誤是有益的。凡此種種都體現了儒家現實的和理性主義的思想光輝。
東漢後期，神學經學日益荒誕、繁瑣，特別是皇帝、外戚、宦官以及其他權貴，用他們自己的昏庸無道、窮奢極欲的行動，把儒家倫理道德破壞得乾乾淨淨，因此多數知識分子厭棄了神學經學。他們開闢新的路子，以學術研究的觀點對待儒家經典，他們不願出仕，寧願在野，而且大辦私學傳授自己的觀點。在這種客觀形勢和思想氛圍中，強大的社會批判思潮應運而生。這個思潮的代表人物是王符、崔寔〔shi拾〕、仲長統。他們把握儒家的社會政治和倫理道德的基本觀點，對當時社會現狀，春秋以來的歷史做現實的理性的分析，與神學經學家，即使是那些想救治社會疾病的神學經學家完全不同。王符認為，東漢的嚴重社會問題是奢侈性工商業畸形發展。豪強地主兼併土地，積累了巨萬家財，他們在生活上追求享樂，刺激了奢侈性工商業的發展，吸引很多人捨棄農桑，投身這一行業，結果虧了本業——農業，造成“一夫耕，百人食之，一婦桑，百人衣之”的局面，於是種種社會病接踵而至：貧窮、竊盜、鎮壓……為挽救危機，他主張“崇本抑末”，重農桑，抑遊業。崔寔看到土地兼併的嚴重性，富戶有家財巨億，有田畝農夫，像個封君，另一面窮人無立足之地，一家老小不得不為富人服役。他們的救治方案是，恢復井田，使人人都有田產。他們都認為最大的病根在於皇帝、外戚、宦官、大官僚腐朽墮落，為了一己私利破壞公法，破壞儒家倫理道德，從根本上動搖了王朝的基礎。皇帝起了極壞的作用，窮奢極欲，造成巨大的浪費；任人唯親，重用宦官，寵貴外戚，形成兩個極其貪婪邪惡的勢力。整個官僚體制又培養出大大小小奸邪昏庸的官僚。王符等人看到了王權的禍害，但囿於傳統觀念萌生不出民主意識，認為王權是必要的，但要用重民思想加以補充。但是整個制度的問題，豈是一種思想所能解決得了的？他們雖然開了很多藥方，到頭來也只能眼看東漢政權走向覆滅的深淵。仲長統總結春秋以來各個王朝的發展趨勢，認為大體上有三個階段，一是興起階段，統治者打敗群雄，但立足未穩，所以勵精圖治，奮發向上；二是鞏固階段，尊卑上下關係已定，統治權力穩固，帝王只須守成；三是崩潰階段，統治者迷信自己的政權，以為永遠不垮，於是腐化墮落，破壞道德法律，殘酷壓榨人民，這就蘊育著新的社會大動亂。他的發現是深刻的，可以適用於整個封建時代，但真正的藥方是沒有的，面對東漢覆亡前的種種現像只有哀嘆。
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