書院是唐末以來一種重要的教育組織形式。書院萌芽於唐末，形成於五代，大盛於宋代。
書院之名，始於唐代，原為藏書與修書之所。唐玄宗開元六年(公元718年)設麗正修書院，開元十三年(公元725年)改稱集賢殿書院，這是由中央政府設立的官方藏書、校勘、整理與修書的機構，還不是教學機構。民間出現的書院，是供個人讀書治學的地方，在《全唐詩》中的詩題出現過。
如《全唐書》卷二四五有韓翊的《題玉真觀李秘書院》，卷二七八有盧綸的《同耿拾遺春中題第四郎新修書院》，卷二七九有盧綸的《宴趙氏昆季書院因與會文並率爾投贈》，卷二九九有王建的《杜中丞書院新移小竹》，卷三三三有楊巨源的《題五老峰下費君書院》，等等。在私人設立的書院中，亦出現了授徒講學的活動。
宋初，書院便以其特有的強大生命力，得到較大程度的發展，並成為一種重要的教育組織。當時出現的著名書院有白鹿洞書院(江西廬山)、岳麓書院(湖南長沙岳麓山)、石鼓書院(湖南衡陽石鼓山)、應天府書院(河南商丘)、嵩陽書院(河南登封太室山)、茅山書院(江蘇江寧三茅山)等。
據曹松葉先生《宋元明清書院概況》統計，宋代書院共有203個，北宋佔24%強，南宋佔75%強。以江河流域計算，長江流域佔74.76%，珠江流域佔21.53%，黃河流域佔3.52%。以省份計算，最多的是江西省，有80所；其次是浙江省，有34所；再次是湖南省，有24所。以民辦和官辦計算，民辦的佔50%以上，民辦多於官辦。民辦書院以江西、浙江、湖南為最盛。
從上述可見，南宋書院興盛，尤其是南宋理宗時期解除了對理學的禁令之後，掀起了大辦書院的高潮。長江流域書院發達，是與宋代這一地區的經濟與文化發達分不開的；至於江西、浙江、湖南書院林立，則是因為江西有白鹿洞書院的影響，並由於朱熹(公元1130—1200年)、陸九淵(公元1139—1193年)等著名學者在此講學；浙江是南宋首都臨安的所在地；湖南有岳麓書院的影響。這些政治、經濟和文化的因素，對於宋代書院的發展起了重要的作用。
宋代書院主持人一般稱洞主、山長、堂長、院長、教授等。在規模較大的書院中，還設有副山長、副講、助教等，協助山長工作。書院的組織機構比較簡單，管理人員少，管理相當嚴格，學生也參與管理。
南宋時朱熹制定了《白鹿洞書院學規》，提出書院的教育方針是實施“五教”：“父子有親，君臣有義，夫婦有別，長幼有序，朋友有信。”為了實現這個方針，朱熹還提出了為學、修身、處事、接物的重要原則。
為學之序：“博學之，審問之，慎思之，明辨之，篤行之。”
修身之要：“言忠信，行篤敬，懲忿窒慾，遷善改過。”
處事之要：“正其誼(義)不謀其利，明其道不計其功。”
接物之要：“己所不欲，勿施於人；行有不得，反求諸己。”
《白鹿洞書院學規》概括了儒家道德修養的基本原則，體現了古代封建社會教育的主要精神，它不僅是南宋時期書院的教規，而且對元明清三代書院都有指導作用，還為一般官學所採用。
書院允許不同學派進行會講，開展辯論。南宋產生了書院講會制度。淳熙二年(公元1175年)呂祖謙(公元1137—1181年)在江西信州主持著名的講會——鵝湖之會。會上朱熹與陸九淵兩個學派就學術問題展開了激烈的爭辯。淳熙八年(公元1181年)朱熹特地邀請陸九淵到白鹿洞書院講學，並把他的講義刻在石上，立於院內。這就為兩個不同的學派共同講學、互相論辯樹立了榜樣，開書院講會制度之先河。此後各學派學者紛紛參加各地書院組織的講會，宣講自己的觀點。從講會制度的組織、儀式、規模及規約來看，講會制度已超出了書院教學的範圍，成為一個地區性的學術討論會及學術交流會。這樣既擴大了書院的影響，提高了書院的社會地位，又豐富了書院的教學內容，提高了書院的教學水平和學術研究水平。
宋代許多著名的書院，既是教學活動的中心，又是學術研究的勝地。如朱熹研究“理學”，在書院講授的也是“理學”；陸九淵研究“心學”，在書院講授的也是“心學”。宋代書院的主持人大多是著名的學者，他們用學術研究促進了教學，又以教學帶動了學術研究。學術研究是書院教學的基礎，而書院的教學又是學術研究的成果得以廣泛傳播和進一步發展的重要條件。學術研究和教學相結合，是書院教學的突出特點。
書院允許不同學派共同進行講學。宋代有許多學派正是通過不同觀點的爭辯而逐步發展起來的。書院請名師講學時，歡迎各地各界人士前來自由聽講。如朱熹、陸九淵在各地書院講學時，前來聽講的四方學子往往多達數百人。朱熹的學生、女婿黃乾在白鹿洞書院講“乾坤二卦”時，“山南北之士皆來集”。書院提倡自由講學，自由聽講，來者不拒，熱情接待，互相切磋，取長補短的做法，可以把書院內的教學工作與書院外的學術活動有機地結合起來。這些做法與經驗，有利於開闊學生的視野，有利於消除各個學派之間的門戶之見，對於提高教學質量和學術水平也是十分有益的。這在一定程度上也體現了“百家爭鳴”的精神，儘管這種“爭鳴”的範圍有限，但較之只准先生講學生聽、只此一家別無分店的一般官學教育卻自由得多。
書院的教學強調學生以個人自學鑽研為主，教師則著重用自己的治學經驗來指導學生的學習。書院提供充分的書籍條件，教師十分注意指導學生讀書和研究學問的方法。書院強調學生要善於提出疑問，教師指導主要採用答疑方式。當時流行的“語錄”，多是書院師生之間質疑或解答問題的記錄。教師鼓勵學生問難論辯，督促學生帶著問題讀書。朱熹就強調讀書須有疑，“疑者足以研其微”，疑漸漸解，以致融會貫通，方始是學。呂祖謙在麗澤書院講學時，曾提出求學貴在創造，要求學生獨立思考，獨立研究，各闢門徑，超出習俗的見解而有新的發明。書院大師們講學，常常事先備有“講義”，即講學的綱要。在教師指導下，學生通過質疑問難，可以把學習引向深入；如果讀書不求甚解，囫圇吞棗，那是不會有什麼長進的。
書院中的師生關係十分融洽，師生之間感情深厚，這在當時的官學中是少見的。官學之中師生關係較冷漠，而書院中教師多能以身作則，誨人不倦，對學生充滿深情。師生朝夕相處，接觸頻繁，感情甚篤。教師熱心教習，愛護學生；學生虛心求教，尊敬教師。師德高尚的教師還主動向學生推薦比自己高明的教師。
朱熹在白鹿洞書院的講學中，循循善誘，日復一日，一天不講學就心不安，甚至在病中還堅持講經論道。他對學生要求嚴格，但不是消極的防範或生硬的抑制，而是積極誘導，不強調“學規”條文的強行約束，而強調在啟發中自覺遵守，所以學生對他很尊敬。
陸九淵在教育學生的過程中，能根據學生的個性，對症下藥，因勢利導，曉之以理，動之以情，收到很好的教育效果。
書院教育重在陶冶人的品格，反對以追逐科舉及第為直接目標的官學教育和社會風氣，強調教育的首要任務在培養人的德性。書院大師們常以“人師”自律，學生也以“正其誼(義)不謀其利”和“明其道不計其功”的“醇儒”嚴格要求自己。學生堅持尊師重道，他們從師，不僅要學知識，更要學做人。他們對教師感情甚深，從學術到生活，從生養到死葬，都有極為動人的事例，如“程門立雪”就是一個為人們所傳頌的尊師故事。一些名師，生前深受學生的愛戴和尊敬，死後會葬時的場面也令人感動。如朱熹和陸九淵去世時，前來送葬的學生都有千人。書院名師去世後，他們的弟子為了繼承師業，紛紛在各地建立書院，廣招生徒，繼續傳播和研究老師所創立的學說，有些弟子對師說還有所發展，並取得了新的成就。
書院很重視對學生讀書的指導，書院大師們曾對讀書方法作過總結，如“朱熹讀書法”總結了六條讀書經驗：循序漸進(遵循教材的客觀順序與學生的主觀能力，規定學習的課程或進度)、熟讀精思(把書本讀得很熟，並反复尋繹文義，以理解書本的內容)、虛心涵泳(以客觀的態度去理解書本精神，不好高務奇、穿鑿立異、執著偏見)、切己體察(使書本中的道理、自己的經驗與實際生活結合起來，並以書本中的道理去指導自己的實踐)、著緊用力(即以剛毅勇猛、堅持到底而不懈怠的精神去讀書去研究)、居敬持志(嚴肅認真與精神專一的態度，樹立一個具體目標而去讀書與研究)。這是千百年來人們讀書經驗的總結，其中包含有很多合理因素。 “循序漸進”包含有讀書的“量力性”原則，“熟讀精思”包含有讀書的“鞏固性”原則，“虛心涵泳”包含有讀書的“客觀性”原則，“切己體察”包含讀書的“結合實際”的原則，“著緊用力”包含有讀書的“積極性”原則，“居敬持志”包含有讀書的“目的性”原則。朱熹還寫過一首“觀書有感”的小詩：“半畝方塘一鑑開，天光雲影共徘徊。問佢哪得清如許，為有源頭活水來。”描述了一個透明如鏡的池塘，它之所以如此清澈明亮，是因為有源頭活水不斷流動補充的緣故。朱熹以此來比喻讀書、做學問也應“通而不塞”，要有源源不斷的新知識和新見解來補充，才能使人見識通達、頭腦清新，這個比喻是十分形象和發人深思的。
元代對書院採取了保護、提倡和加強控制的政策。元太宗八年(公元1236年)，元在燕京(今北京)創立了太極書院。至元二十八年(公元1291年)元朝明令提倡書院，從而大大促進了元代書院的發展。據王頲先生《元代書院考略》統計，元代書院共有408所，其中新建134所，再建59所。在408所書院中，除九所尚無法知道其所在地點外，其餘399所則分佈於全國13個行省中的七個行省：江浙行省167所，江西行省80所，中書省55所，湖廣行省42所，河南行省37所，陝西行省九所，四川行省九所。由此可見，有人說“書院之設，莫盛於元”，這是有一定根據的。
元朝書院傳授的內容，主要是儒家經書和理學家的著作。元代初期程端禮擬訂的《程氏家塾讀書分年日程》，被歷代書院所採用，它是書院全面的“教學計劃”。程端禮指出了讀書的順序是：先讀朱熹的《小學》，再讀《禮記·大學》、、《孟子》、《禮記·中庸》，再讀《孝經》、、《書經》、、《儀禮》、《禮記》、《周禮》及《春秋》經並三傳等，再讀《四書集注》，再抄讀五經，在讀經書的基礎上讀史書《通鑑》，並讀韓癒的文章以及《楚辭》，最後練習作文。
值得注意的是，元朝有的書院還教授其他學科。如濮州歷山書院設有醫學，南陽府博山書院設有數學、書學，鄱陽縣鄱江書院設有蒙古字學等。這在元朝書院中是頗具特色的。
元代書院一方面在數量上得到了較大的發展，遍及於全國許多地區；另一方面，由於中央朝廷任命書院的山長和教師，控製書院的招生、考試及學生的去向，政府撥學田給書院，使書院官學化的傾向日益嚴重，許多書院甚至被納入了地方官學系統，與路、府、州、縣學一樣，成為科舉考試制度的附庸，喪失了宋代書院淡於名利、志在問學修身的初衷。儘管如此，元代的書院對於當時文化教育的普及、理學的傳播以及人才的培養，仍然起到了一定的作用。