隨著經濟、文化的發展，明清私人藏書的總數，已大大超過宮廷所藏，校勘精審的善本書，也以私家所藏為多。明清兩代出現了一些著名的藏書家和藏書樓，他們的作用有兩個方面：一是校勘、鑑別古籍。二是保存古籍。
明初的私人藏書，以一些藩王為多。他們的藏書既有皇帝賜予的宋元善本，又有他們依仗權勢大量搜購與翻刻的圖書。像明太祖的兒子周王朱橚〔su速〕和寧王朱權都有大量珍籍秘本，寧王朱橚的五世孫朱睦(木挈)〔jie接〕，收購了山東章丘李開先的遺書，在開封築萬卷堂，成為皇族宗室中最有名的藏書家。
就全國來講，私人藏書最集中的地區是以江浙為主的我國東南沿海地區。
明代藏書家，據統計不下數百人。對後來影響較大的約10餘家，其中以下幾個藏書家和他們的藏書樓最為著名。
宋濂和他的青蘿山房：宋濂(公元1310—1381年)，字景濂，號潛溪，又號玄真子，浙江金華人。他是朱元璋的重臣，明代著名的學者。宋濂藏書始於青年時代，元末避戰亂遷居浦江青蘿山(今浙江浦江縣東)，築室讀書，藏書樓稱“青蘿山房”。戰亂中因宋濂藏書置於青蘿山中，未受到損失。他在《送東陽馬生序》中講道，少時因家貧，無力購書，因此，常藉書繕抄，計日以還。寒冬酷暑，仍不懈怠，從不超過借期，故人多將書借他，他得遍觀群書。宋濂的藏書達八萬卷以上，其中有不少是他親自繕抄之書。宋濂晚年因長孫宋慎被列入胡惟庸黨，全家被貶往四川茂州，宋濂於途中病死。他的“青蘿山房”藏書也散失了。
葉盛與菉〔lu 錄〕竹堂：葉盛(公元1420—1474年)，字與中，號蛻庵，江蘇崑山人。成年後便訪求佔書，28歲步入仕途，公務之餘，訪求、抄錄、整理、校勘圖書，“服官數十年，未嚐一日輟書”。他的官邸十分簡單，但總僱有幾個抄書人長年為他抄書。每有遷徙，沒有什麼行李，只有載書的馬車和跟隨他的抄書人。經過幾十年辛勤訪求與抄寫，到了晚年，他擁有圖書4600多冊，22700多卷，成為江蘇一帶最大的藏書家。他曾計劃建造一座藏書樓保存其書，並親自定名為“菉竹堂”，但在他生前未能如願，死後才由其孫葉恭煥主持建成。葉盛根據自家藏書編成《菉竹堂書目》六卷，著錄家藏書二萬多卷。葉盛非常珍惜圖書，他說：“夫天地間物，以余觀之，難聚而易散者，莫若書也。如餘昔日之所遇，皆是也。”(《菉竹堂書目序》)由於有了這個認識，他教育子孫對於圖書“讀必謹，鎖必牢，收必審，閣必高。子孫子，惟學斅〔xiao效〕，借非其人，亦不孝。”他希望子孫愛護藏書，並不是只藏不用不借，而是要求借得其人，否則圖書就容易散失。
范欽與天一閣：范欽(公元1506—1585年)，字堯卿，號東明，浙江鄞〔yin寅〕縣(今寧波)人。范欽於嘉靖十一年(公元1532年)中進士，官至兵部右侍郎。嘉靖四十年(公元1561年)，他在家鄉鄞縣月湖之西創建“天一閣”藏書樓，藏書多達七萬多卷，為浙東第一。
范欽一生嗜好收藏圖書。為了搜求圖書，他遍訪浙江藏書家與書坊，收購異本。他在江西、廣西、福建、陝西、河南等地做官時，廣蒐圖書，抄錄善本。使他因書藏豐富而遠近聞名。
范欽針對歷來對藏書的兩大危害天災(水、火、蟲災)與人禍(管理不嚴、易遭散佚)，制定了有效的措施，叮囑子孫嚴格執行。從建築設計上看，天一閣的修建是相當科學的。 “天一”名稱取自“天一生水”與“地六成水”之說。天一閣分上下兩層，上層喻天，天一生水，不分間，通為一廳；下層喻地，地六成水，所以下層分為六間。為了防潮，圖書全部置於上層。樓上前後都有窗戶，書櫥前後有門，兩面貯書，便於通風。書櫥中還放有防蟲芸草。為了防止書樓遭火，樓前挖有一池塘，用以貯水，並定名“天一池”。這樣“天一閣”把防水、防火、防蟲，都考慮到了。范欽為保護天一閣，制定了十分嚴格的守閣之約，規定：天一閣“書庫門上的鑰匙，每房子孫各掌一把，要開庫門，必須是各房子孫全到方可；閣中之書不借外人；子孫有讀書之志者，就閣讀之；讀者不許夜登，不嗜煙草”。這樣就防止了散失之患，且“永無火厄”。這個規定直到1949年，還堅守不渝。故使天一閣藏書保存了400多年，可謂私家藏書史上的一大奇蹟。天一閣避免了天災，但無法完全避免人禍。明末戰亂、乾隆帝敕修撰《四庫全書》時調書、鴉片戰爭中英軍攻陷寧波、以及中外文化奸商的盜竊，使天一閣遭受不少損失。至1949年初，天一閣藏書只剩下13000多捲了。現在，國家十分重視對天一閣的保護，維修了藏書樓，還陸續收回散失的舊藏3000多卷，並在閣後修建一座具有民族風格的書庫，收藏近年漏貯和徵集的古籍。
王世貞與小酉館：王世貞(公元1526—1590年)，字元美，號鳳洲，又稱弇〔yan眼〕州山人。江蘇太倉人。 《明史》說他“生有異禀，書過目終身不忘”。 19歲中舉，22歲中進士，後任南京刑部尚書。王世貞嗜書成癖，每遇好書，總想法弄到手。一次，他碰到一部宋刻本《兩漢書》，版刻精美，裝幀考究，他愛不釋手。由於一時拿不出那麼多的現錢，便用一座莊園來換了這部書。他的同窗好友朱太史藏有《六臣注文選》，極為珍貴，他因無力買進，“每每念及，常以為恨”。王世貞的莊園名為弇州園，園中建有他的藏書樓，名曰“小酉館”，藏書達三萬多卷。除此之外，他另建“爾雅樓”，專藏宋版書；“九友齋”，專藏善本書。
胡應麟與二酉山房：胡應麟(公元1551—1602年)，字元瑞(或明瑞)，號石羊生，又稱少室山人。浙江蘭溪人。胡應麟25歲中舉，其後科場不第，把一生的精力放在藏書、校書和寫作上。他10多歲時，隨父親在北京居住，從那時起，就訪遍京城書肆，購得不少好書。後回到故鄉蘭溪，經常典賣家產以購圖書，致使父親留下的家產被他賣光。為了買書，不惜花錢，常常弄得連吃飯的錢也沒有了。他在《少室山房筆叢》中說自己“窮搜委巷，廣乞名流，尋之故家，求諸絕城，中間節衣縮食，衡慮困心，體腹筋骨靡不所憊”。他建造“二酉藏書山房”，共收藏圖書42384卷。
黃居中、黃虞稷父子與千頃齋：黃居中(公元1562—1644年)，字明立，又稱海鶴先生，福建晉江(今泉州)人。萬曆舉人，曾任南京國子監監丞。其子黃虞稷(公元1629—1691年)，字俞邰〔tai台〕，又字楮〔chu處〕園，16歲中秀才，後一心埋頭書事，不求功名。黃居中一生“銳意藏書，老而彌篤〔du賭〕”，收集圖書六萬多卷，在南京建“千頃齋”用以藏書。黃居中做官的俸祿，除吃穿外，全都用在購書上，著名藏書家錢謙益在《黃氏千頃齋藏書記》中說他“寢食坐臥，宴居行役，未嚐一息廢書也。”黃虞稷根據家藏圖書編成《千頃堂書目》，收錄明代圖書極全，後來黃虞稷參加編纂《明史·藝文志》的工作，他編的書目，事實上成為《明史·藝文志》的草本。
祁承爜〔ran 染〕與澹生堂：祁承爜(公元1565—1628年)，字爾光，號夷度，浙江山陰(今紹興)人。祁承爜從小就喜歡圖書，早年仕途坎坷，屢試不中，但他愛書之情與藏書之心矢志不渝。每次去杭州或京城，總是遍訪書肆。初期藏書逾萬卷，其藏書樓載羽堂在萬曆二十五年(公元1597年)因火災而毀。明萬曆三十二年(公元1604年)他在42歲時中進士，官至江西右參政。由於經濟上的寬裕與活動面的擴展，他的藏書迅速增長，終於藏書10萬餘卷，並在故鄉紹興梅里建了曠園，在園中建了“澹生堂”作為藏書樓。他在豐富藏書的基礎上，提出了我國最早的比較系統的藏書建設理論，寫出了《澹生堂藏書約》。分為《聚書訓》、《藏書訓略》和《讀書訓》三篇，分別對圖書採訪、編目、典藏和閱讀進行了論述。 《聚書訓》、《讀書訓》主要是記述古人聚書讀書的事蹟；《藏書訓略》分“購書”與“鑑書”兩節，提出“眼界欲寬、精神欲注、心思欲巧”的購書三術和“審輕重、辨真偽、核名實、權緩急和別品類”的鑑書五法。以及四個分類要點，為我國古代圖書建設作出了貢獻。
毛晉與汲古閣：毛晉(公元1599—1659年)原名鳳苞，字子九。晚年改名毛晉，改字子晉。江蘇常熟人。他“通明好古，強記博覽”(《毛子晉墓誌銘》)，從小喜歡讀書，抄書，編書。二十四五歲以後，他開始收藏與刻印圖書。他收集圖書是採取高價購買的辦法，據說他家門口貼一告示，申明本戶主人購書計頁付錢：宋刻本每頁200；舊抄本每頁40；時下善本，別家出1000，主人出1200。因此遠近書商紛紛上門，他家居的常熟迎春門外的七星橋一帶湖州書舶雲集。因而使毛晉收藏了許多宋元時期的善本。杭嘉湖一帶是藏書豐富的地區，有許多藏書家。凡買不到的善本，毛晉就尋訪借抄。他發明了“影抄”的辦法，所謂“影抄”，就是用紙蒙在底本上摹寫原書，照原書點畫行款，所抄之本與原書無異，保留了原書的面貌。毛晉僱用了很多人為他抄書，清人吳偉業在《汲古閣歌》中寫道：
比聞充棟虞山翁，里中又得小毛公。
搜求遺佚懸金購，繕寫精能鏤版工。
毛晉藏有大量的影抄本，提高了毛氏藏書的價值。經過近30年的收集，毛晉藏書多達84000餘冊，分別收藏於他的藏書樓——汲古閣與目耕樓中。毛晉一遇善本便開坊刻印，以廣流傳。所以《汲古閣歌》說他“君獲奇書好示人，雞林巨賈爭摹印。”汲古閣不但是藏書樓名，也是他刻書的書坊名稱。為了刻印《十三經》、《十七史》，在崇禎十四五年(公元1641—1642年)，他就賣掉了良田300畝。毛晉刻印的經、史，多為宋元善本，書版幾次校正。沒有確鑿證據者，從不輕易改動。加之所用紙墨精良，裝潢考究，故當時有“天下之購善本者，必望走隱湖毛氏”之說。汲古閣藏書後來散失，刻坊10萬多塊書版後來也損失殆盡，這是非常可惜的。
錢謙益與絳雲樓：錢謙益(公元1582—1664年)，字受之，號牧齋，又號蒙叟、東澗遺老等。江蘇常熟人。明代進士，官居禮部侍郎，降清後不久便隱居鄉間。
錢謙益的詩詞、文章“聲華炟赫，莫與為比”。他最初求書是為了讀書，所以愛書如命，他的藏書一般不輕易借人。錢氏購得劉子威等四個藏書家的遺書，又重金收買了趙琦美的脈望館的全部藏書。到了晚年，他在家鄉紅豆山莊建造了絳雲樓，把平生收藏的書籍，重新整理、編目，裝滿了73個大書櫃，藏於樓中。清順治七年(公元1650年)絳雲樓不慎起火，焚毀了錢氏全部藏書，錢謙益痛不欲生，說道：“甲申之亂，古今書史圖籍一大劫也。吾家庚寅之火，江左書史圖籍一小劫也”(《宋本漢書跋》)。後來錢謙益將餘書贈給族孫錢曾，錢曾在此基礎上設立了述古堂藏書室，並出版了《述古堂藏書目》。
明末的許多藏書樓，清朝仍然保留了下來，如常熟的絳雲樓、汲古閣，寧波的天一閣，南京的千頃齋，在清初仍負盛名。後來除了天一閣，其他藏書樓或因失火，或因經管不善，藏書逐漸散失。清代中期建的藏書樓還有江蘇吳縣黃丕烈的“士禮居”和“百宋一廛〔chan禪〕”，浙江海昌吳騫的“拜經樓”，江蘇蘇州孫星衍的“平津館”，浙江杭州汪憲的“振綺堂”、汪啟淑的“開萬樓”、鮑廷博的“知不足齋”、戶文弨〔chao超〕的“抱經堂”，浙江嘉興朱彝尊的“潛採堂”，浙江寧波盧址的“抱經樓”；江蘇崑山徐乾學的“傳是樓”，北京大興翁方綱的“三萬卷樓”，滿族昌齡的“謙益堂”，蒙族法式善的“梧門書屋”，山東歷城周永年的“借書園”等。這些藏書家和藏書樓，為保存中國文化，傳播知識，作出了貢獻，為時人所稱道。
清王朝的後期，內憂外患，戰亂不已，各地藏書多有損失。道光以後，私人藏書已不能與乾嘉時期相比。晚清時，有海源閣、鐵琴銅劍樓、皕宋樓和八千卷樓等四大藏書樓值得介紹。
山東聊城楊氏海源閣：閣主是楊以增(公元1787—1855年)。他任江南河道總督的時候，收購了蘇州汪士鐘藝芸書舍的藏書；後來其子楊紹和(公元1832—1875年)在北京又收購清怡親王府樂善堂的圖書以及其他一些圖書，到了其孫楊保彝(公元1852—1910年)時，海源閣達於鼎盛期。楊保彝編的《海源閣書目》，著錄藏書經、史、子、集四部3336種，共208300多卷。海源閣於1929年和1930年兩次被山東土匪佔據，當做司令部，藏書連遭匪劫，後來逐漸散失。海源閣部分藏書分別被北京圖書館和山東圖書館所收購。
江蘇常熟瞿氏鐵琴銅劍樓：樓主是瞿紹基(公元1772—1836年)。瞿紹基祖孫四代，仕途坎坷，隱居鄉間訪書讀書。他們的藏書樓原稱恬裕齋，因避光緒載湉音諱，改名“敦裕齋”，後因瞿紹基子瞿鏞家珍藏鐵琴一張、銅劍一把，他的詞集稱《鐵琴銅劍樓詞草》，到了瞿紹基孫瞿啟甲於光緒二十四年(公元1898年)刊印其家藏書目錄時，便以“鐵琴銅劍樓”稱其藏書處了。瞿氏藏書多達10餘萬卷。鐵琴銅劍樓的藏書目錄僅著錄宋、金、元珍本及稀見抄本(普通書未著錄)，計有經部82種，史部265種，子部370種，集部525種，共1242種，可見其藏書的價值了。
瞿氏後人剛直不阿，光緒時皇帝曾派侍郎等四人來到鐵琴銅劍樓，要想取走一書，並答應封瞿氏後裔三品京堂，賞錢上萬，但瞿氏後人不為利祿所動，拿出乾隆賜給恬裕齋的詔書加以推辭，光緒帝因不能違背祖訓而作罷。瞿啟甲於辛亥革命後，積極倡導公共圖書館事業，並親自創辦常熟公共圖書館，還曾任當時北洋政府時的眾議員，後因拒絕曹錕賄選而憤然辭職。抗日戰爭中，瞿啟甲將珍貴善本全部運往上海藏匿，得以完整保存。瞿啟甲去世，其子濟蒼、旭初、鳳起三兄弟妥管藏書，爾後全部捐獻國家。鐵琴銅劍樓圖書現藏於北京圖書館。瞿氏家族的藏書允許外人入樓閱覽，設有閱覽室，供應茶水膳食，頗得好評。
浙江歸安(今吳興)陸氏皕宋樓：創始人陸心源(公元1834—1894年)，字剛甫，號存齋，晚號潛園老人，浙江歸安人。咸豐九年(公元1859年)中舉，先任南韶兵備道台，後官至福建鹽運使。被參削職歸家後，在城東闢潛園，藏書、校書終身。陸心源嗜書成癖，他在任職廣東南韶時運回老家圖書就有100多箱。時值戰亂不少藏書家的藏書流散於社會，陸心源便乘機收購珍籍。到了光緒八年(公元1882年)他收藏圖書已達15萬卷。陸氏將一個大藏書樓分作兩部分，一部分稱為皕宋樓，另一部分則稱“十萬卷樓”。 “皕宋”意思是說黃丕烈藏宋版書100部，將其藏書室稱為“百宋一廛”。 “皕”意雙百，皕宋樓，表示所藏宋版書倍於黃丕烈。 10萬卷樓則藏明清刻本與名人手校、手抄本及稿本。另建守先閣藏普通刻本與抄本，對外人開放。
李宗蓮在《皕宋樓藏書志》中指出，皕宋樓比范氏天一閣藏書還多，宋元善本，皕宋樓為天一閣的兩倍；且天一閣管得太嚴，而皕宋樓則讓人閱覽；另外，皕宋樓收書選擇嚴格，天一閣收書較雜。總之，他認為皕宋樓藏書質量和數量都高於天一閣。
浙江杭州丁氏八千卷樓：樓主是丁申(公元？—1880年)、丁丙(公元1832—1899年)兩兄弟。丁申字竹舟，丁丙字嘉魚，別字鬆生，晚號松存。浙江錢塘(今杭州)人。丁氏兄弟二人，博覽群書，過目成誦，當時有“雙丁”之稱。
清咸豐十一年(公元1861年)因為戰亂，文瀾閣《四庫全書》散失。一日，丁丙在西溪鎮購物，發現商店包裝紙竟是四庫散頁。於是兄弟二人四處搜尋撿拾，每天往返數十里，將文瀾閣殘編運至西溪，經過兄弟二人的努力，搜拾《四庫全書》800多捆，隨後轉運到上海。戰亂平息後，又全數運回。經他倆搶救出的《四庫全書》共8689冊。後因所缺甚多，在光緒八年(公元1882年)又開始進行補抄，先後向省內外很多藏書家借書作底本抄寫，歷時七年，共補缺書891種，2174頁，使文瀾閣藏書大體上恢復了原貌。丁氏兄弟對文化事業的貢獻，值得稱頌。
丁家藏書一萬種，計40萬卷，並於光緒十四年(公元1888年)建築了嘉惠堂，內有三個藏書樓：八千卷樓，收藏《四庫全書》，著錄圖書達3400種，存目書1500種；後八千卷樓：收藏《四庫全書》未載之書，計8000多種，主要是佛教、道教、小說、戲曲方面的圖書；小八千卷樓，又稱善本書室，藏有宋元刻本200多種以及精美的明刻本、舊抄本、稿本等2000種。
清光緒三十三年(公元1907年)，丁丙逝世八年後，丁氏後人因經商失敗，虧空嚴重。兩江總督端方請江蘇著名藏書家繆荃蓀與丁氏後人洽談，以75000兩銀的代價購買這批圖書。這批圖書後收藏於我國最早的公共圖書館之一——江南圖書館(今南京圖書館前身)內。
明洪武元年(公元1368年)曾立洙泗、尼山二書院。此後各地屢有設立。但自嘉靖以後，明朝統治者為了打擊政敵，曾三次下令廢毀書院。又加之重科舉，興學校，使書院發展緩慢。由於王陽明辦龍場書院，主貴陽書院，修濂溪書院，闢稽山書院，明代統治者對書院態度有了些變化。據統計，明代書院共有1710所，遍及19個省。
清初，全國書院甚少，雍正十一年(公元1733年)諭令每省設書院一所，由政府撥經費，聘請，學生由各省道員與布政司會同考核。同時放寬對書院的限制，各地紛紛建立書院，據統計，清代書院多達近3000多所。
明清兩代書院都有藏書。書院藏書來源，一為私家捐置。如明代洪武初年，江西吉水劉惠庭建仁山書院，“聚古今圖書，以待來學者”(光緒《江西通志》卷八一)。河南襄城李敏設紫雲書院“聚書千卷與學者講習”(《明史·李敏傳》)。清代張伯行入閩，建鰲峰書院，“出家所藏書千卷，充牣〔ren紉〕其中”(《碑傳集》卷一十七)；二為書院購買。清代馮光裕主持貴州貴山書院，“遣人至江南，購經史群籍數千卷”(《碑傳集》卷七一)；三為朝廷或地方官府所頒贈。如清乾隆十六年(公元1751年)上諭賜江南(今南京)鐘山書院、蘇州紫陽書院、杭州敷文書院“武英殿新刊《十三經》、《二十二史》各一部，資髦士稽古之學”(《清通考》)。此後各省大書院都有“御書樓”。 “尊經閣”等建築，以藏朝廷賜書。
至於以鑽研經史為主的書院，更重藏書。阮元在杭州和廣州先後創設詁經精舍和學海堂，精舍後被毀，同治五年蔣益灃重建，買四部書1300冊作為藏書。學海堂建文瀾閣為藏書樓，貯藏很多刻版。廣東廣雅書院藏書最豐，有43500餘冊。
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