從明末到清初，中國東南海上貿易處於被動局面，而葡萄牙人、荷蘭人和英國人則控制著海上貿易的主導權。當時的中國商貿船隻基本上都是舢板，不能遠航，最多不過到東南亞一帶，所以西洋人稱中國當時的貿易為“舢板貿易”。在這種情況下，中國與印度的商品交易便主要靠西方人轉手。當時中國輸往印度的商品主要是茶葉、絲綢、藥材和瓷器；而印度輸入中國的商品則主要是棉花、糖和布匹。在上述中國貨物中，大部分被運往歐洲，在印度銷售的只是少量。
在鴉片戰爭之前，英國人在同中國和印度的貿易中以貴金屬換取中國和印度的貨物，雖然攫取了暴利，但也出現了貿易逆差，為解決這一問題，他們在鴉片和棉花上尋找出路，終於導致鴉片戰爭。
印度鴉片早在18世紀前期即輸入中國。乾隆三十年(公元1765年)以前，每年輸入數量不超過200箱，多作藥用。到嘉慶元年(公元1796年)，由於中國吸毒者益眾，朝廷開始限制進口。 1770—1789年，由孟加拉輸出的鴉片從1400箱增加到4000箱，其中多數運往香港，再轉銷中國其他港口。鴉片貿易給英國商人和印度商人帶來巨大利益，印度各地競相種植罌粟、加工鴉片。 1830—1834年，從印度輸入中國的鴉片數量為17000箱；1835—1839年，輸入26000箱。而此時，中國也已開始了鴉片種植。 1840年的鴉片戰爭以中國失敗告終，鴉片輸入量又逐年猛增。五口通商時期，鴉片輸入的主要口岸由廣州改為上海，1854年7月—1855年6月，上海進口鴉片總值白銀911萬兩。 1858年，中英簽訂《通商章程善後條約》，鴉片成為合法商品大量輸入中國，1880—1881年度，印度輸入中國的鴉片達105507箱，價值約14320萬盧比。到1884年以後，印度輸華鴉片數量開始逐漸減少，因此時中國已增加罌粟的種植量。 1890—1891年度，印度出口鴉片85873箱，價值9260萬盧比。 20世紀初，中印政府簽約削減鴉片貿易量，1910—1911年度，印度出口鴉片43921箱，價值12760萬盧比。到第一次世界大戰前，已減至4000箱以下。
從這些數字可以知道，印度的鴉片生產及其輸入中國，都是英國人一手操縱的，他們是最大的受益者，而中國人民是最大的受害者；鴉片貿易不僅使中國的白銀大量外流，也毀壞了人民健康，而鴉片戰爭則更使中國走向衰落。這一時期，除了一些物質交流外，便談不上中印文化交流。可以說，從清朝建立到鴉片戰爭之前，中國與印度幾乎沒有官方的直接交往，只是從陳炯倫的《海國聞見錄》(1730年刊出)和謝清高口述、楊炳南筆錄的《海錄》(1820年刊出)等書中知道，中國人在那近200年時間裡並沒有忘記印度，也還有人到那裡去旅行考察。當然，西藏和新疆等邊境地區的經常性民間往來，以及商人、民工等到那一帶做生意、謀生甚至定居的可能仍大有人在，只是這方面的文字記載不多罷了。鴉片戰爭以後，中國開始了受列強宰割的時代，而印度也完全變成了英國的殖民地。
在這一時期，中印間的交往雖然減少，但中國人對印度的關注尚為深切。鴉片戰爭前後，中國先進的知識分子以強烈的憂患意識體恤國情，觀察世界，其中不乏對印度的關注。魏源於1852年完成了百卷巨著《海國圖誌》，其中第十九至二十二卷介紹了英國人征服印度的過程、英俄對印度的爭奪、五印度各國的概況等；第二十九和三十卷則詳細介紹了五印度的歷史沿革。鴉片戰爭以後，1879年3月至9月，黃茂材等一行六人受官方差遣在印度考察。這是近代史上受官方派遣去印度的第一起事件。黃茂材著有《印度札記》、《遊歷芻言》、《西徼水道》等，介紹了他在印度看到的許多新鮮事物。 1881年7月，馬建忠、吳廣霈受清廷派遣在印度停留25天，交涉鴉片事務。回國後，馬建忠著有《南行記》，吳廣霈著有《南行日記》，寫出了他們在印度的見聞。 1889年，薛福成被任命為出使英、法、意、比四國大臣，黃遵憲被任命為駐英二等參贊。 1890年，二人同船西去。後來，二人均有涉及印度情況的著作。 1898年戊戌變法前後，康有為和梁啟超都十分關注印度問題，有關著作很多，在中國很有影響。
鴉片戰爭當中及其以後，印度也不時有人到中國來，加之印度報刊的介紹，印度方面對中國的了解也逐漸加深。在第二次鴉片戰爭中，英國人派往中國的軍隊中有不少印度士兵。他們是被驅使來鎮壓太平天國革命的。但其中有許多人來華後發現自己被利用了，加之同情太平天國革命，便掉轉槍口與太平軍一起作戰。當時在太平軍中有不少印度士兵，有的甚至為了中國的革命而獻出生命。 1893年，印度近代著名的哲學家辨喜就曾來過中國。他是近代印度民族主義者中最早來華的人物，他在自己的著作中表達了他對中國人民的同情和友好情誼，並預言中國人民將有一個偉大的未來。他的思想在印度早期的知識分子中有一定的影響。 1900年，中國爆發了義和團運動，英國又從印度調集來軍隊鎮壓。英軍中的印度士兵多數是不情願的。當時有一個士兵把他在中國的見聞用印地文寫成日記，回國後在印度發表，題為《在中國的十三個月》。書中揭露了英國人的暴行，對中國人民寄予極大的同情，也介紹了中國當時的一些情況。
總之，從這一時期到辛亥革命前後，由於中印間的往來接觸和各種新聞報導，使彼此間增進了了解和同情。