與唐代相比，中國與印度的醫藥交流到宋元明時期出現了不同的特點：在醫學理論方面，古印度的醫理到宋代時已基本被中醫融合消化，元明時代更是很少有人再提。而在藥物方面，這一時期的交流則更加頻繁，數量可能更為可觀。其主要原因是海上交通和貿易的發展，使中印間的藥物得以成批量流動。
《元史》卷十二和卷一三一，都有印度進獻藥物的記載。 《明史》卷三二六記榜葛剌國的“貢物”，有乳香、熟香、烏香、麻藤香、烏爹泥、藤竭、粗黃等。另據《西洋番國志》、《星槎勝覽》等書，當時印度人特別喜歡中國的麝香，中國與當地人有麝香交易。
這裡要特別提起的是。
明人李時珍的是中國歷史上最著名的一部藥書，它為我國中藥學和植物學的發展作出了重要貢獻。此書共52卷，190餘萬字，收載藥物1892種，附方11096則，附圖1100餘幅。書中，李時珍根據古籍的記載和自己的親身實踐，對各種藥物的名稱、產地、氣味、形態、栽培、採集、炮製等作了詳細的介紹，並通過嚴密的考證，糾正了前人的一些錯誤。他在書中介紹和考證了許多來自印度的藥物，並廣徵佛書，給其中許多藥物注出了梵文譯名，這是十分難能可貴的。因此，一書也匯集了中印醫藥文化交流的寶貴史料。但需要說明的是，李時珍在書中所列印度傳來的藥物，許多都是明代以前傳來的，而有些相關的古籍已經失傳，這就使他的工作更加意義重大。下面舉幾個具體的例子。
如，《本草綱目·石部》卷——“光明鹽”條寫道：“《吳錄》雲：天竺有新淘水，味甘美，下有石鹽，白如水晶。”在“消石”條寫道：“昇玄子《伏汞圖》雲：消石生烏場(印度西北一國)。”
又如《本草綱目·草部》卷一二“仙茅”條，說仙茅又名婆羅門參，“梵音呼為阿輸乾陀”，“頌曰：其根獨生。始因西域婆羅門僧獻方於唐玄宗，故今江南呼為婆羅門參。”“頌曰：五代偽唐筠州刺史王顏著《續傳信方》，因國書編錄西域婆羅門僧《服仙茅方》，當時盛行。雲五勞七傷，明目益筋力，宣而復補。雲十斤乳石不及一斤仙茅，表其功力也。本西域道人所傳。開元元年婆羅門進此藥，明皇服之有效，當時禁方不傳。天寶之亂，方書流散，上都僧不空三藏始得此方，傳與司徒李勉、尚書路嗣恭、給事齊杭、僕射張建封服之，皆得力。”
再如《本草綱目·木部》卷三五“訶梨勒”條，說它又名訶子，“梵言天主持來也”。 “《金光明經·流水長者子除病品》雲：'熱病下藥，服訶梨勒'。”
同樣，對鬱金香、藿香、茉莉、瞿麥、曼陀羅花、白藥子、天竺乾薑、庵羅果、天竺桂、沉香、檀香、熏陸香、蘇合香、龍腦香、阿魏等等，都作了相應的註釋和解說。類似的例子還有很多，這裡不能一一列出。
總之，在中印醫藥文化交流中的貢獻主要表現為以下兩點：一、它博取前人有關記載，給以總結和辯證，儘管有時不免有牽強附會甚至誤解之處，但大多數都是正確的，是有據可依，有理可循的。其對印度藥物記載之翔實，徵引之廣泛，勝過歷代任何同類書籍。二、它收取了一些印度傳入的藥方，並對其製作、效力等進行介紹和評價，說明當時這些藥方仍被醫家採用。而一些含有印度藥物的藥方，則可證明當時有一部分印度藥方已經漢化，融入了中醫。這是兩種文化交流的必然結果。