明清時期政治中心移至北京，但未影響南方商業的發展。明代北京(公元1421年明成祖由南京遷都於此)城內有三百六十行。店鋪林立，南北貨雲集。大街上有許多專業性的市場(批發)，如米市、豬市、羊市、騾馬市、煤市、花市、菜市、果子市、缸瓦市等，交易時間主要在早晨。此外還有定期開放的燈市(正月初八至十七日)和廟市(以城隍廟最熱鬧，每月朔望和二十五日開市)。清代的北京，商業更超過明代，以廟市而論，即由明代的22處，增加到36處，護國寺、白塔寺、隆福寺、土地廟是當時有名的四大廟市。北京而下全國較大的城市在明中葉已有55處，其中很多城市就是商業或手工業中心，而不是“完全與政府的消費有連帶關係”的政治中心了。清代有“天下四大聚”——北京、蘇州、漢口、佛山和“四大名鎮”——佛山鎮、景德鎮、漢口鎮、朱仙鎮之稱。僅北京是政治中心，其他都是以工商業發達而著稱的。如蘇州向來是絲織業的中心；佛山是冶鐵業的中心；景德鎮是製瓷業的中心；漢口鎮為長江上下游總匯，“五方雜處，百藝俱全”，鹽、米、木、布、當、藥六個行業最大；朱仙鎮(在開封西南45里處)，元開賈魯河後成為通往開封的水陸轉運點，南船北馬於此相接，為重要的商品集散地，其商業發展與宋時汴京之依仗政治中心有所不同。總的說，明清時期城市商業繁盛之處主要集中在南方，北方的商業和南方比，較之宋代更是相形見絀，南北之間已出現了新的不平衡。
明清時期城市的市場形制是宋代市製崩潰後情況的延續，倒是商業組織上有些新的變化。宋代牙人還是以個人身份進行活動，明代允許牙人在交納相當費用的條件下設立牙行，清代牙行須領官帖(交牙稅)，對商品交易有一定的特權(買賣必須通過牙行)，城市商人為擺脫牙行進行了不少的鬥爭。唐宋的飛錢、便換，至此形成票號、錢莊。行、團等行業組織發展成為具有一定設備和規模的行會性的會館、公所。所謂行會性就是：明清的會館(由包括許多行業的同鄉商幫組成)、公所(非同鄉商人組成的同業組織，嘉慶以後興起)，是由商人按自己的意志創立的——很多與反對牙行的控制有關，而非如唐、宋的行、團行是為應付官府的科索而建立，官府對之有很大的控制力。會館、公所抵制外來競爭的排他性的壟斷色彩已較濃厚，對本組織之外新設店舖有嚴格的限制——需有人作保，交納很多的銀兩作公費，並宴請同業，否則不准設店營業，對內控制也較強，規定了行規，違反行規者開會議罰，對外爭議由本行“董事”出面交涉。由行業性組織轉變為行會性組織(公所的行會性更強)，也是明清與宋代的不同之處。所有這些特點都標誌著城市商業已發展到一個更高更新的水平。
農村商業在明清也比宋代有了新的發展。鎮市以下的農村集市貿易較前更旺，集期縮短，市集增多，品種擴充，商人活躍，南方集市尤盛於北方。在北方，“河北郡邑，乃有數十里無聚落”；連德州附近的商河縣，也是“其為市不過附近居民貿易有無而已”。而在南方則縣里的墟市已很普遍，如廣東一個縣就有二三十個以至五六十個墟市。有些地方還以一二種大宗商品為主要交易對象，以致形成專業性的市集，如絲墟、竹墟、桑市、蠶市、谷市、魚市、牛市、雞鴨市等。
不過尤為重要的是在更高層次的鎮市上面。這一時期，市鎮勃興，數目大增，太湖流域更是突出，如吳江縣明弘治前有四鎮三市，嘉靖時增加為四鎮十市，萬曆時更上升為七鎮十市了。鎮有各種類型，集散型的商業集鎮與生產型的手工業專業市鎮相繼出現；已非過去僅為滿足農民一般的商品購銷要求的普通的商業市鎮可比。前者實已形成專門性的農副產品市場，其貿易大宗除轉輸糧食外，大都是重要的農產原料或重要的農村家庭手工業產品。如蘇州的楓橋是一個大糧食市場，湖州的雙林鎮是一大絲市，上海郊區集鎮上有專業的棉花市場，盛產棉布的蘇常鬆各府州縣的集鎮上則出現了許多棉布交易市場。後者則依託於某項手工業生產的發展，如吳江縣盛澤鎮可為代表，它的興起即與絲織業有直接關係。明初這裡還是一個五六十戶人家的小村，明中葉才改為市，明末就發展成“狹巷穰穰”、“居民稠廣”的鎮；入清更盛，以至推為吳江諸鎮第一。所產絲綢質量好，商人不遠萬里“輦萬金來買者摩肩連袂”。在明代，城裡有牙行的同時，鎮上也出現了牙行。盛澤鎮有綢絲牙行“千百餘家”，松江各鎮的牙行“奉布商如王侯，而爭布商如對壘”(葉夢珠《閱世編》)。為方便客商起見，牙行不僅供給住宿，而且代客買貨，有的還代客護送貨物，商人未來時牙行也常從農村收購一些貨物存著。進入清代，對大宗商品，外地客商很多在鎮上自設坐莊，自己收購，不通過牙行，牙行只能起出租房屋介紹情況的作用，而收一些房租和行傭了。但一般農副產品牙行牙人活動餘地還很大。有的奸牙欺行霸市，十分無賴。
明清時期，市鎮商業突飛猛進的發展，說明商品交換已不僅僅局限於地方性小市場範圍之內，許多大宗商品要靠前來鎮上的商人拓展市場，把產品推銷到遠方去。能反映市場要求、擴大市場聯繫的商業，已成為溝通城鄉之間、工(手工業)農之間、產需之間的橋樑，商業的這些作用日益顯著和加強。而小生產者對商業的依賴性也同步地在加深。供給原料、推銷成品都要靠商人，一旦“天邊估客到來稀”，就只好“門裡妻孥相向啼”了。