明清時期比宋代更進一步的是農產品商品化程度又有很大的提高。最突出的是棉花種植面積迅速擴大。在明代，河南、山東、山西都種植棉花；黃道婆的家鄉松江地區更成為全國著名的棉花集中產區。清代主要產棉區又擴展到河北、湖北、湖南、江西、江蘇、四川。河北冀、趙、深、定各州的棉農佔農戶的“什之八九”。每年“新棉入市，遠商翕集，肩摩踵錯，居積者列肆以斂之，懋遷者牽車以赴之，村落趁墟之人莫不負孥紛如”(乾隆御題《棉花圖》)。甘蔗在閩、廣、台灣普遍種植，如台灣是“蔗田萬頃碧淒淒，……一望蘢蔥路欲達”，所產蔗糖遠銷日本南洋。明萬曆時始在閩廣種植的煙草，入清已推廣到全國各地；福建產菸區，種煙已耗地十之六七；南方的湘、桂，北方的陝、甘也都產菸。柞蠶在清代大量發展起來，由山東傳至貴州、陝西等地。有悠久歷史的茶，在18世紀中出口激增後，其生產更趨擴大。僅武夷山一地就年產幾十萬斤。農業商品性生產的發展為商業的發展提供了優越的物質條件。
棉花、甘蔗、煙草、桑等經濟作物的發展，縮小了糧田面積，使這些經濟作物集中產區的糧食不能自給，比之宋代更需餘糧區的接濟；再加城市工商業人口的增長，私營釀酒業的發展，對糧食的需要量更為擴大。如江南地區在宋代還可在區內調劑(蘇常之米)，到明代就非得自兩湖、江西、安徽運進食米不可，“湖廣熟，天下足”，即反映了糧食產銷路線的改變，清代更遠自四川購米。關外的糧食在清代也進關供應直隸、山東甚至贛、閩。在清代，廣東也成缺糧省，其米取給於廣西、湖南；台灣米則經海路運銷福建。閩廣兩省也都是經濟作物發展較快的地區。
經濟作物本身是手工業的原料；棉花盛行後棉布代替絲麻成為主要的大眾化衣著材料。江南松江、常熟、嘉定等地在明代是全國最大的棉織業中心；附近一帶盛產的棉花還不夠用，需從北方產棉區輸入棉花；松江等地之布則行銷北方以至邊地(北方“不善織”，棉佈業不發達)。當時人所說的“今北方之吉貝賤而布貴，南方反是，吉貝則泛舟而鬻諸南，布則泛舟而鬻諸北”(徐光啟《農政全書》卷三十五)，就是對棉布棉花南北對流貿易的概括。這種情況入清還維持了一段時間。清中葉，北方棉織業也發展起來，江南棉佈在北方的市場日益縮小，但在質量上尚佔優勢。絲也發生原料生產和成品製造在空間上分離的現象。如明代東南的絲織業，三吳閩越最多，原料取於湖(湖州)絲；西北的絲織業山西潞州最好，原料取於四川的閬中。農產原料(如棉、絲)以不同的距離(較遠或很遠)大量銷於外地，以供那里手工業生產所需，這是明清時代伴隨手工業生產與原料地域分工而出現的新動向。商業不但是地區間經濟聯繫的紐帶，而且已日益起著聯繫成品生產者與原料生產者的中介作用。
糧食、棉布等主要消費品和棉花、絲等農產原料進入遠(或較遠)距離的流轉，以至佔流轉量中的首位及前幾位，這就使地區間販運貿易呈現著明顯的嶄新的面貌。生活必需品(成品及原料)已確立了自己在販運貿易中的主導地位，奢侈品貿易不得不退居其次。宋以來的此消彼長的變化過程至此已最後完成。
日用生活消費品的供應在零售市場上也躍居首要地位。城市中大量的工商業人口的吃穿用都離不開商業，如明代的南京是“薪粲(柴米)而下，百物皆仰給於貿居”；北京是“九門一閉則煤米不通，一日無煤米則煙火即絕”；蘇州是“吳人好費樂便，無宿儲，悉資於市”(《姑蘇志》卷十二《風俗》)。商業和城市居民的關係正日益密切。在農村，隨著經濟作物和農村手工業比過去有更大的發展，農民出售糧食和棉、絲等手工業原料以及布、綢等手工業產品，而取得較過去更多的收入，這就促進了雙向貿易比過去有進一步的擴大。除傳統的鹽、鐵、茶等以外，早先主銷於城市的外地手工業品如瓷器、染料、食糖等越來越多地進入農村。而非以往(宋時)的香燭、紙馬、油、醬、醋、鹽、粉、麩面、椒、姜、藥餌之類零星商品的小額供應所能滿足。日用消費品已有了更為廣闊的農村市場。商業更頻繁地為城鄉人民的日常生活服務，其聯繫生產與消費方面的作用比前大為加強。
過去農民出售餘糧餘帛，是“由商業變成商品”，不是明確的商品生產，進入宋代，特別是明清，農民生產的糧食中已有相當部分是專門準備出售的商品糧，有些品種如供釀酒用的糯米、苦高粱則有著更高的商品率。其他產品專供出售而生產的這時也更多了，而且有的產品其最終目的是為了謀利，而非單純為了謀生。如某些地區部分農戶集中種植棉花、菸葉、甘蔗、桑樹、茶樹以至花生，從事織布(如蘇鬆地區)、製糖、養蠶、製茶等專業，即可藉以發家致富，獲取更多的貨幣；已不是生產、出售產品僅用以換取自己所不生產的生活和生產資料的那種“簡單商品流通”(商品→貨幣→商品)可比。這是過去農村中罕見的或很難談起的新情況，這種以實現更多的交換價值為目的的商品流通(貨幣→商品→更多的貨幣)，可稱為“發達的商品流通”。明清時期，商品流通已在更大範圍內、更大程度上自不發達向發達轉化，商業正以努力推銷產品、供應原料為培育這種發達的商品流通發揮著積極作用。說到古代商業在更新的階段中所發生的質的變化，這也正是一個足以引起高度重視的標誌。