明代的藏書工作較之過去是較為遜色的，政府對圖書只重視收藏，不重視保管，更少有校書活動。特別是到了明代後期更為明顯。
早在滅元之初，明太祖朱元璋就命令部隊注意收集散於各地的圖書。滅元以後，將集於大都的宋、金、元三朝舊藏，盡載南京，建立文淵閣、大本堂收藏。洪武三年(1370)三月，明承襲元秘書監製度，使主管內府書籍，初步奠定了明政府藏書體系。明成祖即位後，常到便殿閱覽圖書，發現國家書庫中古籍不全時，便命令選派熟悉典籍的官員，到各地購求典籍，並指示他們，凡遇好書，可高價收購。因此，從民間收集了許多圖書。成祖永樂六年(1408)《永樂大典》編成，貯於文淵閣。永樂十九年(1421)隨都遷到北京。明仁宗以後，皇帝藏館續有擴建，有廣寒殿、清暑殿、瓊花島、通集庫、皇史宬等用以藏書。到宣宗時，秘閣藏書達二萬餘部，近百萬卷。正統年間，楊士奇整理、編成《文淵閣書目》，計當時文淵閣藏書達四萬三千二百冊。
《永樂大典》書頁
但以後由於不注重保管，更沒有整理，有些圖書往往被館閣官員借沒；藏書損失、蟲蛀、霉爛也無人過問，以至藏書散失嚴重。因此，到萬曆年間張萱等編《內閣藏書目錄》，對照《文淵閣書目》“十無二三”，所增加的僅是當時文集、地志，而其他唐宋時代的，基本上已沒有，損失慘重。
明代私人藏書非常興盛。據葉昌熾《藏書紀事詩》和吳晗《江浙藏書家考略》統計，明代知名藏書家達四百二十七人。明私家藏書首推明室諸藩，如晉莊王、寧獻王等都在藩府積累藏書，數量都在萬卷以上。除了藩王外，大量的是官僚、重臣，以至士大夫階層和鄉村地主豪紳都有私家藏書。如明初宋濂(1310～1381)藏書數万卷。嘉靖以後，由於社會經濟進一步繁榮，出現了私人藏書樓。
嘉靖年間建於寧波的“天一閣”，是明兵部右侍郎范欽的藏書樓。他購置了浙江豐氏“萬卷樓”的藏書，廣泛購抄，羅致海內奇書，注意當時各地出版的地方志和明代文獻，藏書達七萬卷以上，成為浙東第一藏書家。
明萬曆以後，各地私家藏書更為普遍。最為著名的有毛晉的汲古閣和祁承的澹生堂。
汲古閣是明末毛晉(1599～1659)的藏書樓，位於江蘇常熟。毛晉是鄉村地主，嗜好圖書，遇有好書不惜重金購買。他收書達八萬四千多冊，構築汲古閣和目耕樓收藏。毛晉還影鈔宋版書，世稱“毛鈔本”，還曾刻《十三經》、《十七史》等並編成《津逮秘書》等。毛晉的藏書還對外開放，允許別人借閱，當時看書人頗多。
澹生堂是山陰(浙江紹興)祁承㸁的藏書樓。祁承㸁是明萬曆進士，歷任大官，喜好收藏圖書，親手抄錄古今圖書千卷之多。澹生堂最終積累了八萬卷之多，為防止圖書散失，祁承與兒孫親自編目、插架。他認為聚書是為了讀書，他說：“世有勤於聚而儉於讀者，即所聚天下書，尤之聚也。”他的這種觀點是很有見地的。
另外，還有一些有名的藏書樓，有趙琦美的“脈空館”，胡應麟的“二酉山房”，何良俊的“消森閣”等。
明代私人藏書樓的發展，促進了我國目錄學的進步，出現了一批質量很高的書目。例如黃虞稷的《千頃堂書目》，著錄圖書萬卷，按經、史、子、集編排，其所收圖書以自己所見、所藏的明代著作為主。在每類明代著作之後，附錄《宋史·藝文志》未載的和遼、金、元三代的圖書。各書除卷數外，還有作者的簡歷介紹，是一部查考明代著作的工具書。又如晁瑮的《晁氏寶文堂書目》在子雜、樂府二門中所收的元、明話本、小說、雜劇、傳奇等著作之多，為明代書目所僅見，其著錄圖書，常於書名下註明版刻，由此又可考見明代版本的源流。
清王朝建國以後，為了維護其統治秩序，除了在政治上、軍事上殘酷鎮壓漢族人民的反抗外，在思想文化上採取更為嚴密的控制，大興文字獄，大肆屠戮知識分子，強化和鞏固集權專制統治。與此同時，提倡封建理學，舉博學鴻儒，網羅明代遺臣，纂輯各種圖籍，以加強思想控制。清政府除了接受原明代的國家藏書外，還不斷下令徵集圖書。當時收藏政府文獻的有“內閣”、“翰林院”、“國子監”、“皇史宬”等處。康熙二十五年(1686)下令各省徵集圖書。乾隆三十七年(1772)確定編修《四庫全書》時，更進一步下詔大肆搜羅。 《四庫全書》於乾隆五十二年(1787)編成，抄成複本，分藏七處，即所謂“四庫七閣”。
清代前期私人藏書家比歷代都多，承前明遺風，各地藏書家頗不乏人，特別是明末江南各地。據葉昌熾的《藏書紀事詩》中不完全統計，清代有四百九十七人。著名的有錢謙益、錢曾、朱彝尊、曹溶、阮元、孫星衍、黃丕烈、孫慶增、盧文弨、鮑廷博等。通過他們對圖書的搜藏，客觀上起到了保存文獻的作用。
同時，清代私人藏書家普遍重視利用藏書進行學術研究，特別是在有關圖書校勘、目錄、版本、藏書管理等領域作出了很大貢獻。明末清初的常熟人錢曾(1629～1701)築有“述古堂”、“也是園”藏書，嗜好宋代版本，總結出以版本的行款、刀法和紙墨的顏色等鑑別印本年代的規律，再從祖本、翻刻或原版、修版來確定版本的價值。他的《讀書敏求記》的提要，是我國第一部版本目錄。乾隆年間的盧文的盧文弨是清代最有名的校勘學家。他以家藏圖書，親手校勘，精審無誤。他的校勘成果，後來刻成《群書拾補》一書。他所校的《荀子》、《逸周書》成為後代校勘的範本。蘇州人黃丕烈的“百宋一廛”是最負盛名的宋版藏書樓。作為版本學家，他將其版本鑑別記錄匯成《士禮居藏書題跋記》及續編多種，又刊印《士禮居叢書》，故受到了文化學術界的重視。
在我國目錄學史上的另外一個重要人物是清代章學誠(1738～1801)。章學誠是嘉慶年間著名的史學家，他曾寫過不少書。而《史籍考》、《校讎通義》反映了他的目錄學見解。 《史籍考》已佚。在《校讎通義》中，他提出了目錄學“辨章學術，考鏡源流”的任務。他總結了我國歷代目錄著錄內容和方法的經驗，特別是在“互見”、“別裁”、“索引”等方面發展了目錄著錄方法。他對目錄學的貢獻是巨大的。
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