漢武帝除了打匈奴，另一件大事就是忙著做神仙。人間至尊不過癮了，衰老和死亡橫豎叫他寢食難安。升天該有多好，升天不成，長生不老也不錯。他養了大量方士，也就是道士，有人說親眼見過神仙，有人通過各種方式證自己活了幾百歲。最厲害的是一個叫李少君的人，證明他活了八百多歲。武帝聽他講話，眼睛就會發亮，對他言聽計從，修了一個大七圍、高三十丈的青銅柱子，上有仙人雕像，手托承露盤。武帝每天吃露水，和著玉屑吞下，吃得拉肚子。李少君死了，武帝相信他不是去見鬼，是去見神仙安期生。道士多得很，這時又冒出一個山東人叫公孫卿的，在他的慫恿之下，武帝制定了龐大的計劃，要去封禪泰山。這原是帝王的一樁古禮，登泰山祭祀天地，為民祈福祉。但漢武帝另有想法，要當神仙。皇帝號稱天子，天子不升天是說不過去的。或者退一步：李少君能活八百歲，漢武帝至少該活一千歲吧？他下令文人寫詩作賦，司馬相如這類文人是很積極的，這個人寫過《長林賦》，挖空心思讚美勞民傷財的皇家獵場。司馬遷同樣接到了歌功頌德的旨令，卻收集了一些無關緊要的資料呈上去，聊以塞責，武帝不高興，但很忘把這個小郎官兒忘了。
漢武帝封禪泰山之前，先去崆峒山（今甘肅平涼縣西），巡遊黃帝曾經巡游過的地方。這也是道士的主意，學黃帝不學別的，專學黃帝成仙。司馬遷也去了，趁機走訪老年人，打聽黃帝的傳說，和他研究過的《尚書》相印證。作為遠古歷史文獻的《尚書》是殘缺不全的，需要補充很多資料，包括民間傳說。司馬遷的工作，是大膽設想，小心求證。
這一轉眼，司馬遷三十四歲了（公元前112年），跟隨武帝各處巡遊，長了不少見識。可能真是上天的安排，不是讓武帝成神仙，而是讓司馬遷成為歷史學家，記錄華夏文明的進程。
次年，他奉命出使西南夷，安撫不大聽話的西南諸國邦主，沿途做筆記，收集官府保存的各種資料，在李冰治水的都江堰停留了好幾天。行期近一年，為他寫《西南夷列傳》打下了基礎。這一年裡，漢武帝的封禪大典正式舉行，十八萬人，浩浩蕩蕩的隊伍向泰山進發，道士靠前，儒生退後，比如公孫卿就比公孫弘氣派多了。司馬遷沒能去，感到遺憾，職業的衝動使他對這件事十分看重。不過他父親在隊伍中，能目睹這一盛典。
可是封禪大隊在陝西中部卻發現了黃帝陵，武帝緊張了：不是說黃帝升天了嗎？怎麼會有墳墓呢？公孫卿解釋說：黃帝當然是羽化登仙了，這兒只是衣冠塚。武帝轉憂為喜，大手一揮，繼續前進。
到洛陽，發件了一件事：太史令司馬談病倒了。儒生和道士共同開會，討論封禪的細節，一輩子謹慎的司馬談，終於忍不住，談了幾句不同的意見，說這樣搞封禪，並不符合古禮。他很快被告發，興頭上的武帝十分惱火，喝令他離開隊伍。這對於一個史官來說，無異於五雷轟頂，司馬談病倒洛陽。
司馬遷趕來了，趕在父親的彌留之際。
司馬談撒手西去，但他是閉上眼睛去的，他惟一的兒子司馬遷，跪在床前哭著發誓，一定要繼承他的遺志。古代的史官，子承父業是常事。司馬遷小時候就確立了這一志向，二十歲出遊，行程數万裡，強化了這個意志。司馬談留下遺著《六經要旨》，和一大堆未經整理的史學筆記。
司馬遷匆匆料理了父親的喪事，快馬加鞭追趕武帝。父親的眼睛什麼都看不見了，而他必須看清封禪大典的所有細節。他趕到泰山，卻被擋在山腳下，不許到泰山頂上去。所謂封禪，山頂祭天叫封，山腳祀地為禪。滿山遍野十幾萬人，車駕旌旗無數，的確壯觀。司馬遷千方百計打聽山頂上的情形，聽說那情形並不妙，剛剛舉行祭天大典，霍去病的兒子霍嬗就得了怪病，沒過幾天死掉了。漢武帝非常掃興，也感到害怕，不敢按預定計劃去東海看神仙，而是繞道向北，繞了一個大圈子。整個行程一萬八千里，皇帝威風十足，就是沒見神仙。司馬遷倒是獲益非淺，沿途考察了很多他所需要的東西。
此行的一大收穫，是後來寫成的《封禪書》，一萬三千多字，在《史記》中幾乎是篇幅最長的，而今人夏松涼先生的註釋多達數万字。這篇文章記錄了從虞舜到漢武帝，三千多年的時間裡帝王們的祭祀活動，為後人研究古代史提供了極為重要的資料。他的史筆，一向是言之有據，翔實而又生動，視野遼闊，語言極具個性色彩。
《封禪書》那麼長，而講述漢武帝的《孝武本紀》卻那樣短，涉及武帝平生功業，僅六十來個字，其他幾頁都選自《封禪書》。不知道司馬遷是不是別有深意。 《史記》一百三十篇，這一篇是最奇怪的。也許針對當朝皇帝，很多事都不好講，包括皇帝的偉業在內。司馬遷的風格，是方方面面都要講，比如講漢高祖劉邦。對漢武帝，既然不能按他一貫的風格講，他就乾脆不講。其實，不講也是一種講，如同沉默常常是一種表達。司馬遷寫《史記》，五十二萬字，如果把它比喻為一幅國畫，那麼它留白的地方是非常多的。所有的省略都是意味深長。這和他長期學習《春秋》有密切關係。所謂春秋筆法，一般人都懂。歷代的學者們，對《孝武本記》是否出自太史公之手爭論不休。
兩三年後，也就是封禪大遊行結束後不久，三十八歲的司馬遷繼任太史令，可以整天呆在皇家圖書館，讀各類書籍，接觸塵封的檔案。武帝不重視史官的工作，反而給他留下了空間。不然的話，那些檔案就加密存封了，向不同級別的官員有限開放，還要分出時間段。他伸手拂去那些塵埃，讓歷史得以清晰呈現，包括不少宮廷秘密，比如漢景帝的登基是靠運氣，有些羞於見人的。寫史不是揭密，但也會披露一些不為人知的東西，這些東西當中，有時會藏著被掩蓋起來的歷史真相。
一般歷史學家，能夠寫下真相就難能可貴了，而司馬遷道出真相之後還要評價，每篇文章的末尾都有“太史公曰”，立場很鮮明。認真讀《史記》，會明白什麼人才是大歷史學家，知識的後面是勇氣。所謂讀史明智，只說出了一半，大歷史學家是大智大勇。
當上太史令的幾年間，他好像仍未娶親，肉身都交給迷宮重重的精神探險了。人類的傑出人物，像他這樣的也不少，康德、尼采都是獨身一輩子，雖然後者鬧過轟動一時的戀愛風波。精神過於集中，肉體可能被遺忘。司馬遷一頭扎進圖書館，有時把稀微晨光都當成黃昏了。他又時常一副呆相，衣衫陳舊灰頭土臉，相親相不中也是可能的。總之，精神的觸角愈是延伸，肉體的鋒芒越發遲鈍，不像有些人，比如中國的辜鴻鳴、法國的薩特，兩種東西齊頭並進。司馬遷攢錢也很困難，買書和考察都是自己掏錢。武帝給他一點俸祿，並未撥給他研究經費，為他組建寫作班子。浩如煙海的史料，他一個人去對付，要鑽進去更要打出來。他治史的方式是史無前例的，既是原創，又是開創。歷史在他手上，是活生生的歷史，千年宛如昨天的歷史。他密密麻麻地記錄著，謹慎而又大刀闊斧地篩選著，日日夜夜地思考著，他自知責任重大，一管毛筆千鈞重。一個長期處於這種緊張狀態的男人，忽視身體再正常不過了。只有到了身體遭切割、不復完整的那一天，他才轉過身來對身體高度關注，可惜為時已晚。
年近不惑的司馬遷和女人睡過覺嗎？
這問題好像不夠嚴肅，但是，很多人都想到了這個問題，因為《報任安書》的激烈程度，以及他提到自己的幾句話，會令人作這樣的猜測。人們想到了卻又不能說，為什麼？
司馬遷的筆下，可沒有這類禁忌。當時獨尊儒術，還沒有尊到他的的頭上，他本人無疑是春秋以來百家爭鳴的產物，不是統治術下的乖孩子。
這些學術問題，不應該是板塊狀的，它們迫切需要“思想的細心”。 ——這話是德國哲學大師海德格爾講的，我讀他已有若干年，幾乎一直在想：海氏為何把歷史性和歷史學分開來談？歷史性是一切歷史學的前提，文獻史要變成問題史，而離開了這個前提的歷史學形同故紙堆。海氏的學問縱貫古今，他給學生上課，旨在啟發思索，他那無限豐富的知識，無不指向比知識更高的東西。孔子教弟子也是如此，重在傳道。孔子甚至說：“朝聞道，夕死可矣！”
司馬遷為太史令剛好十年，真夠辛苦的。他大約娶親晚，四十幾歲才有了一個女兒，後來嫁給楊姓男人。他本該和夫人再生幾個孩子，讓其中的某個男孩兒繼承他的事業。他沒做到，為此痛心疾首，深感侮辱先人。早知漢武帝要剝奪他的生育權，他無論如何要提前結婚，生下一堆男孩兒女孩兒。
這期間他已經開始寫作，偉大的工程在狹小的寓所內有序展開，並且有點做地下工作的味道。有人曾經偷走了他一些草稿，呈給漢武帝。武帝看了搖頭，很不以為然。不過，皇帝對史官的輕視再度起了作用，他沒有追問下去，沒有派人去燒那些竹簡，在他看來，玉女經和長生不老術要重要得多。
司馬遷汲取教訓，比以前更像一位地下工作者了。夜深人靜孤燈之下，他瘦削的身形不時傳來幾聲咳嗽，波瀾壯闊的歷史，以一手漂亮的漢隸從容書寫。