蓋茨回到微軟後，向人們展示了蘋果的東西，大家一下子被麥金托什的圖形操作系統迷住了，而且接受蘋果開發任務的工程師們很高興地在麥金托什的操作系統下工作。此時，蓋茨的心情更加沉重了。一方面，在他面前是隨著計算機進入家庭而帶來的無限的商機、美好的未來，另一方面，是很大的在這次技術革命中被淘汰的危險性。蓋茨一向看重連接用戶和計算機系統的操作系統，知道它比其他任何一種應用軟件更容易重要，也容易形成壟斷。但是現在，喬布斯的蘋果在新的操作系統軟件方面搶到了先機，而施捨給他的微軟的三個無足輕重的應用軟件。
蓋茨採取了亡羊補牢的措施，他知道要在短時間內在操作系統上趕上蘋果已經不可能了，微軟只能先減小蘋果麥金托什對微機市場，尤其是操作系統市場的衝擊，贏得時間，然後再迎頭趕上。蓋茨從來是個置於死地而後生的人，早在哈佛大學讀書時，他就是這樣。那一年他剛上大二，從一本雜誌上看到一篇介紹Altair公司微處理器的文章，於是就給該公司老闆寫了封信說他們為貴公司的微處理器寫了個BASIC語言的解釋器，這樣用戶就可以在Altair的處理器上使用BASIC編程了。其實，當時這個解釋器完全是蓋茨杜撰出來的。 Altair公司倒很認真，要來看看蓋茨的東西。蓋茨和艾倫等人居然在幾星期內趕製出來了一個。 Altair公司對蓋茨等人的工作很滿意，乾脆雇了艾倫。幾個月後，艾倫說服了蓋茨退學，全時辦起了自己的公司微軟。六年後，蓋茨再次被蘋果公司逼到角上，他不甘心在這次千載難逢的計算機革命中當一個配角，而必須奪得操作系統的控制權。蓋茨作了非常正確的戰略佈局，事實表明，蓋茨當時在諸多環節中如果走錯一步，微軟都難以成為日後的霸主。
首先，他兌現對蘋果的承諾，開發麥金托什上的應用軟件。整個開發工作進展緩慢，蓋茨暗暗高興，這說明在麥金托什上開發應用程序比在DOS下難。這些工作對微軟了解蘋果，並為自己今後開發圖形操作系統都很有用。第二，他答應了IBM一起開發新的操作系統OS/2的合作。顯然，IBM此目的是想從微軟手里奪回自己PC機操作系統的控制權，但是微軟還是答應了，因為這樣一來可以藉助IBM的力量鍛煉隊伍，二來可以製約蘋果，但是，微軟在推廣OS/2上並不賣力。最關鍵的是第三步棋，微軟暗地裡偷偷地、非常低調的學習蘋果悄悄開發Windows。並拋出了兩個玩具版Windows 1.0和2.0，這兩個必須依靠DOS的版本很不成功。當時，沒有人認為微軟能做好圖形界面加鼠標的操作系統。蓋茨暗地裡卻請了很多高手來助陣，包括施樂公司最早做圖形界面的一些人，當時最好的操作系統VMS的主持人David Neil Cutler以及操作系統著名專家Jim Allchin等。 Jim Allchin當時對微軟的技術根本瞧不上，他說，你們微軟的東西是世界上最爛的。蓋茨倒很大度，回答說，正因為它們很爛，才要請你來把它們做好。最後，蓋茨的誠意和微軟的股票期權打動了Allchin。
完成了在研發上的佈局，蓋茨要在市場上盡可能用它落後的DOS堅持到微軟新一代操作系統開發出來。微軟的做法概括起來是兩句話，薄利多銷和來者不拒。 1980年，蓋茨把他在哈佛認識的同學史蒂夫·鮑爾默請來做微軟的CEO。如果說蓋茨是微軟這條巨輪的船長，那麼鮑爾默則是開船的大副。鮑爾默到了後，把公司管理得正規起來，他為微軟制定了後來證明是非常有效的營銷方案。微軟將BASIC免費提供給IBM，同時已近乎免費的價格，即每個拷貝5美元，將DOS預裝在IBM PC機上，這個價錢便宜得大家連盜版都懶得盜。 （也正是這些原因，微軟早期軟件銷量大但是不很掙錢。）但是，微軟用這些條件換回了DOS的銷售權。我們在"藍色巨人"一章中講過，IBM心思根本不在微機上的，也沒有意識到這個合同最終使得IBM失去了對微機操作系統的控制權。免費的BASIC和五美元預裝的DOS其實是微軟的一個釣餌，它是為了吸引軟件公司和計算機愛好者在上面開發出各種各樣的軟件，使用戶產生對微軟的依賴。在眾多應用軟件公司中，蓮花公司（Lotus）的製表軟件1-2-3最為成功，幾乎每台IBM PC微機上都裝了一份，這使得在很長的時間裡，開發應用軟件的蓮花公司居然比開發操作系統的微軟還大。
但是，DOS的缺陷是任何搞計算機的人都一眼能看得見的。它是一個非常小非常簡單的操作系統，甚至算不上嚴格以及上的操作系統，因為它沒有操作系統的一些基本功能比如進程的管理。最早的IBM PC因為硬件速度較慢，內存較少，使用DOS未嘗不可。但是，隨著硬件速度的提高，DOS的問題馬上就顯示出來了。首先，它不能直接訪問640KB以上的內存，因為它當時就只是為內存特別小的微處理器設計的。第二，它在任務管理上完全是串行的，像現在一邊聽歌一邊上網這種事在DOS上永遠做不到。尤其是等到三十二位的處理器80386出來，DOS就大大的限制了硬件性能的發揮。作為技術出身的蓋茨很明白這一點，但是他別無選擇。在很長一段時間內，微軟必須全力推廣技術上已經非常落後的DOS，而且還大張旗鼓地對根本沒有前途的DOS做了幾次非實質性升級，這樣可以爭取時間。微軟的這種做法其實很冒風險，因為它是在用大刀長矛死死抵抗著蘋果和以及後來IBM（OS/2）的洋槍洋砲。但是這一次，微軟居然打贏了。微軟是怎樣創造奇蹟的呢？