從2004年到2006年，喬布斯和蘋果都經歷的兩場大的劫難，但都奇蹟般地生存下來。
2004年，喬布斯患上癌症，醫生估計他最多還能活3到6個月。醫生建議他回去把一切都安排好，其實就是在暗示他"準備後事"。醫生馬上給他做了手術，很幸運的是，那是一種少見的可治癒的惡性腫瘤。手術後，他很快就好了。這次經歷，使喬布斯對死亡有了真正的認識。他認為，死亡推動著生命進化和變遷，舊的不去，新的不來。現在，新的人和新的技術，在不久的將來，也會逐漸成為舊的，也會被淘汰。蘋果沒有沉浸在iPod的成功中，加緊了新品的開發。
蘋果公司這兩年也不太順，經歷了產品受阻和期權風波。
華爾街總是期望上市公司不斷創造營收的奇蹟。為了獲得進一步增長，在壟斷了播放器市場後，2003年蘋果開始尋求在高額利潤的音樂市場上分一杯羹。世界上整個音樂市場當時被五家大的唱片公司百代（EMI）、環球（Universal）包括下屬的寶麗金、華納兄弟（Warner Brothers）、Sony和BMG壟斷。後兩家今天已經合併。這五家基本上各自簽約不同的藝術家、各賣各的音樂，共同維持著一個高利潤的市場。大部分聽眾可能都有一個體驗，就是每個人可能只喜歡一張唱片中的一兩首曲子而不是全部，但是，買CD時必須整張CD一起買。蘋果建議唱片公司和它一起開發音樂付費下載市場，把一個專輯拆成一首首的曲子來賣，這樣聽眾可以只選擇自己喜歡的來下載。這個主意當然很好，問題是唱片公司和蘋果如何分成，當然誰都想多得一些。喬布斯是個非常優秀的談判高手，他把在價格上最強硬的Sony放在最後，他和其它四家公司共同達成了協議，Sony只好就範，否則就永遠被隔離在廣大的iPod用戶群以外。蘋果推出音樂付費下載以來，下載量遠比想像的要增長得慢。整個2006年，蘋果公司在股市上的表現都不好，這時，蘋果又爆出了期權風波，更是雪上加霜。關於這個風波媒體上報導很多，大致情況如下：
想了解美國的高科技公司，必須了解它的股票期權制度。在傳統的公司裡，一個員工的收入和福利包括獎金和退休金等現金。一般員工並不擁有公司的一部分。很多高科技公司，為了將員工的利益和公司的前途綁在一起，發給員工一些股票的期權（Stock Option）。所謂期權就是在一定時間，比如十年內，按一定價格，比如當前市場價購買股票的權利。獲得期權的員工，會對公司有主人翁的責任感。如果公司的股票上漲，那麼擁有股票期權的人可以以過去低的價格買進股票，即所謂的exercise，然後以現在高的價錢賣出，從中賺到差價。股權只有當公司股票不斷上漲時才有意義。遺憾的是，沒有一個公司的股票只漲不落，因此股權有時會變得毫無意義。一些公司為了讓股權變得有意義，在中間做手腳，修改股權授予時間，用最低的價錢將股票授予管理層和員工。蘋果公司就是在這件事上栽了跟頭。 2006年，美國證監會開始調查蘋果公司這一行為。經過長期調查，證監會掌握了確鑿的證據，蘋果公司終於低頭了，並交了罰款。最後，蘋果公司首席財務官安德森（Fred Anderson）為此受罰。
從後來的情況發展看，這位被解僱的財務官覺得委屈，跑到《華爾街日報》去鳴冤。喬布斯一手對付證監會的調查，一手開發新品。 2006年底，蘋果公司推出了AppleTV。 AppleTV不是任何意義上的電視機，而是一個豆腐塊大小的計算機，這個盒子可以存儲幾千小時的音樂或者幾十小時的電影。它一頭可以和互聯網連接，下載音樂和電影，另一頭，和家裡的電視機和音響連接，播放出環繞立體聲、高清晰度的音像。別小看了這個價格和iPod差不多的豆腐塊，它很有可能成為未來每一個家庭客廳的娛樂中心。很多人認為，在個人電腦之後，家庭的娛樂中心將成為一個新的產業。事實上，十年前，蓋茨在他的"未來之路"中預言音像製品將數字化，可以根據用戶特殊需求下載並存在一個服務器中，這個服務器可以管理和控制所有的家電。現在蓋茨的這個夢想快實現了，但是卻讓蘋果搶先了一步。現在，在這個領域有三個候選者，蘋果、微軟和Sony，後兩者靠各自的遊戲機作為家庭娛樂中心。蘋果擁有最大的iPod用戶群，微軟有很強的技術儲備，Sony有領先的藍光（Blu-Ray）DVD技術，誰能笑到最後還不知道。
蘋果的第二個新的拳頭產品就是前不久剛上市的iPhone手機。我有幸在第一時間目睹和試用了這個革命性的產品。說實話，這是我見到的最好的手機。它已經超出一個普通的手機加iPod播放器，它還具有了一個完整的、聯網的計算機和一般電視機的主要功能。用它上網查郵件和衝浪的體驗和用一般手機是不同的。至於其它很酷的功能，各種新聞已經有了很多報導，我就不再贅述了。雖然它六百美元的價格實在貴了點，但是根據電器十八個月降一半價錢的規律，iPhone很有可能成為今後普及的手機，成為蘋果即iPod以後新的成長點，它甚至會衝擊傳統的手機行業。
如果稍微比較一下蘋果十年前的產品和現在的產品，我們很容易發現，蘋果早已經不是一個單純的個人電腦生產廠商，因為它有大量類似家電的產品，比如iPod、AppleTV和iPhone。因此，一些專家認為，蘋果正在從計算機公司向家電公司過度。但是，這些產品和傳統的家電又不一樣，每樣東西都給人耳目一新的感覺，讓人看了後，不由得發出感慨—原來這東西還可以這麼玩兒。今天，蘋果已經成為一種時尚家電的品牌。如果要問什麼是創新，這就是創新！