令人望而生畏的形象塑造、鋪天蓋地的廣告轟炸、充滿狂熱的人海戰術，在某種程度上造就了三株神話，在所有的對手都還沒有來得及反應過來的時候，三株已躍然而上，在華山之巔傲視群雄了。
然而很快，這些造就了三株神話的奇功異技，其內含的種種毒素也在漸漸地散發出來。
早在1994年，國內一些城市的工商行政管理部門就開始注意到了三株廣告的不規範性。在三株的廣告中經常出現一些擅自引用專家言語、誇大功效及詆毀同行的詞彙。這年5月，中國科學院上海生物工程研究中心的一位叫尹光琳的研究員在《新民晚報》刊登聲明，指稱三株在《三株廣場》宣傳冊子中刊發的以其署名的《三株——人類微生態平衡的飛躍革命》一文屬冒名作品。
1995年5月，廣東省衛生廳專門發出了《關於吊銷三株口服液藥品廣告批准文號的通知》，該通知稱，“濟南三株保健品廠在《珠江經濟信息報》上刊登的藥品廣告，超越了《藥品廣告審批表》審批的內容，出現獲獎內容，擅自增加'防治腫瘤'、'有效預防和輔助治療肝炎、肝硬化'……從即日起吊銷三株口服液的藥品廣告批准文號，暫停在我省做任何形式的廣告宣傳”（根據粵衛藥政〔1995〕30號）。
應該說，這是一份十分嚴厲、在某種程度上等於宣判了三株口服液在廣東省“死刑”的通知。儘管事後經過三株各方面的活動，三株口服液仍然得以在廣東銷售，此事也沒有被媒體曝光放大，可是，危機的導火線無疑已露出了猙獰的端倪。當時，三株口服液已經取得了相當好的市場業績，而其營銷隊伍也開始龐大起來，一些地方的營銷人員為了擴大產品的消費面，便擅自誇大三株口服液的功效，凡是常見病、急性病等等，都拿來跟三株口服液掛上鉤，終而把本來對腸道清潔有一定功效的產品誇大成包治百病的靈丹妙藥。在一則廣告宣傳單中，甚至宣稱三株口服液可以治療“老年糖尿病、胃癌、直腸癌、食道癌、胰腺癌、白血病、風濕性心髒病、高血壓”等40多種疾病，並出現了“有病治病，沒病防病，無病保健”等充滿江湖氣息的字眼。
到了這年的9月，《杭州日報》記者潘憲發表《濟南三株公司屢屢發布虛假廣告三株杭州撞剋星》一文，國內先後有近10家報紙進行了轉載，引發出一起全國性的新聞事件。據這篇新聞稿報導，當年8月15日，三株在杭州地區的《富陽報》刊登廣告，宣稱三株口服液可以治療霍亂病，而當時該城市正受到急性腸道傳染病的困擾。三株的廣告一出，馬上引起杭州市的高度緊張，工商行政管理部門、衛生部門當即進行了查處。潘憲還在這篇新聞中披露三株公司曾經有過盜用《開發時報》刊名、在廣東及河南等省份遭到查處的事實。
此文在國內各媒體發表後，山東三株公司當即以詆毀罪名把潘憲告到了法庭。有意思的是，其狀告的理由不是因為新聞稿嚴重失實，而是因為潘憲在新聞中一再提及“山東三株”，而三株公司認為在杭州發布廣告的是具有獨立法人資格的“杭州三株公司”。這是吳炳新考慮得比較“超前”的一個策略：三株在各地設立分公司時均將其註冊為具有獨立法人資格的有限責任公司，這樣各家分公司在各地的所作所為便在法律意義上與“濟南三株”沒有任何關係，而傳媒則很難預想到這一點，因此往往會陷入被告的境地。
這樣的辯駁，在法律上可能有一定的依據，然而在情理層面上畢竟十分脆弱。最終，潘憲與濟南三株的官司拖了將近1年，以淡化和解了事。