在這裡我們必須專門來研討一下三株與政府的關係。這是一個非常微妙的話題，在體制轉型期的中國，一家企業如果沒有與政府部門取得併保持一種協調性的關係，那將是非常難壯大的。反之，如果過於親密，也可能發生一些意料之外的災難。
在處理政府與企業的關係上，三株有一套秘不示人的理論。這一理論在當年的三株公司內部被列入“絕密”級。
從三株創業那日起，三株在公共關係的處理上就從不吝嗇。為了擴大三株的影響面，結交天下名流，三株經常召開各種主題和規格的專題研討會，聘請政府、傳媒的主要官員出任三株的顧問等等，在短短一兩年時間內便編織了一張十分龐大的關係網絡。很顯然，三株的最初動機是單純的，由於國內消費市場，特別是保健品市場的競爭十分慘烈，三株通過這張關係網自然可以為自己避開不少的陷阱和障礙。
在嚐到了甜頭之後，三株突然發現這其實是一個非常巨大的資源。
於是，從1995年下半年開始，在三株的一些內部文本中便出現了很多與此相關的言論。
吳思偉在1995年6月的三株地區經理擴大會議上便談到：“……我們對下半年的第二項重點工作現在做一個部署。要求各指揮部，在所有的省與衛生廳、工商行政管理局、醫藥管理局建立經濟共同體關係。時間定在7月30日以前。怎麼建設，各有千秋，情況不同。但原則上講，大家先去接觸，根據實際情況，可以提出……對競爭激烈的地區一定要設立信息科，有專門的組織機構，配備兩名專職幹部，從事這方面的專職工作。”（摘自《三株實業》第18期，三株集團1995年6月地區經理擴大會議專刊）
7月，吳思偉在瀋陽公司再次對他的“利益共同體”理論進行了闡述。他說：“中國的民營經濟從晚清直到民國就是一個官商結合的經濟，現在正開始著第二次官商結合，公私合營也合進去了，民國是官商結合，到現在又出現了官商合營的問題。現在的情況是政府的職能部門在改革，要求它作為一個經濟實體，有自己的利益，即便沒有這個，它也需要有自己的福利等方面的要求，所以現在是官商結合的又一個年代。企業要想蓬勃地發展，必須與官方結合起來，政府在合法的前提下傾注全力給你支持，它給你支持還是漠視不管，對企業發展是至關重要的。”
同時，他還具體地談到瞭如何組成利益共同體的方法：“……跟他們搞合作搞聯營，藥政部門每個月都要搞宣傳，你宣傳我出經費，跟你一起協辦，有各種各樣的形式。與工商行政管理部門，每年廣告法的宣傳我都出錢，由他們去操作，勞務費等都打進去……我們協助你進行廣告法的宣傳，怎麼花都是你的事，而費用我們全包了。必須建立與這些部門單位間的良好關係，然後再建立個人間的良好關係，這些工作做不好，不要想做任何事情。”（摘自《三株實業》第19期，1995年7月25日）
與吳思偉相似，吳炳新在一篇由他署名的《三株營銷新思路》一文中，明確提出了一個“讓基層衛生局做我們的代理商”的工作目標。他寫道：
“最近，我們接待了××衛生局局長的來訪。他提出要做我們××地區的代理商。衛生局找上門來跟我們合作，這是我們巴不得的，我們認為可能他是有代表性的，將這一經驗在全國推廣，就使我們打開了另一條銷售渠道。
“現在的基層政府機關、醫藥部門都很困難，都想著搞點額外收入增加機關的費用開支來源，跟我們合作，將使他們有一筆可觀的收入。按常規來說××衛生局的做法是有代表性的。
“衛生局既管醫院，又管醫藥商店，連醫藥批發公司都歸它管，那麼由它往下推，一切都合法化了，經營渠道一下就打開了，這是件好事。
“按照這個思路，各個公司在向周邊進軍的同時，都要注意衛生局這裡，爭取他們的合作。就要他們發財嘛。我們就給它出廠價，讓他們往外批發，我們再派上一個人給他們進行指導，給他們印上報紙，告訴他們怎樣進行宣傳，這樣來看，我們在開拓周邊市場方面，很可能走出一條捷徑。我們覺得這是個很好的思路。”
在可以收集到的三株公司內部文件中，我們不時可以讀到這樣的文字：
“北京剛結束的全國衛生廳局長會議通過了整頓醫藥市場的決定，小聰聰母液已被查封，這對我們是一個警告。因此，總部要求加強社會環境建設，搞衛生廳、藥政處、衛生局、藥政科是近期工作重點。想盡一切辦法，運用巧妙的形式，去與他們搞關係，共建、合作、宣傳藥政法10週年等等……此項工作是重點之重點！！”（1995年5月26日，三株營銷企劃中心發給各地區總經理、各直屬公司總經理、各子公司經理的傳真件）
“讓衛生局牽頭進醫院，一方面共同的經濟利益把我們雙方綁在一起，這樣外部環境問題可徹底解決，另一方面震懾了其他經銷商。鑑於此，7月份我們公司決定開展'紅十字'行動，通過各種相關部門、衛生局、工商行政管理局下屬的實體，大規模向醫院進軍。”（三株某分公司發表在1995年6月27日《三株實業》第17期上的經驗介紹，文末有吳炳新的批示：同意試行）
這些言論和觀念以內部文件的方式在三株中高層管理人員中灌輸、傳播，自然便生髮出一些具有“三株特徵”的公關行動。比如，三株的不少分公司在一些地方的人民檢察院設立了“明察秋毫基金”，在公安局設立了“保一方平安基金”，在一些縣市設立了“見義勇為基金會”。三株口服液能夠在很短的時間內席捲全國，並如此輕易地開展各種引人注目的大型活動，不可否認，吳氏父子所謂的“利益共同體”理論及實踐在其中起到了相當關鍵的作用。
除了與政府部門建立這種不無曖昧、隱晦的公共關係之外，三株在對競爭對手的態度上則是十分堅決和無情。 1995年8月，三株公司專門發出了一個編號為第25號的關於《三株公司信息工作規範》的文件，文件要求：
根據信息，進行系統分析，結合當地實際情況，出對策（例如，對其違法廣告進行舉報，對其義診活動進行破壞等）。
特殊使命：
1. 與各地區經理緊密配合，通過我們的公共關係，通過種種手段拉攏、瓦解競爭對手的公共關係，使其為我們服務。
2. 力爭在較短的時間內，在對手的內部建立“線人”。
（1） 對競爭對手內部人員進行耐心細緻的調查，尋找合適人員，通過直接、間接方式，聯絡感情、施以恩惠、建立長期關係，為我們提供對手的內部信息。
（2） 針對部分競爭對手有關招聘啟事，派人應聘或通過他人介紹進入對手內部任職，建立我們自己的情報員。
從這些充滿敵意和戰鬥氣息的文件，我們可以窺見20世紀90年代中期中國保健品市場競爭之慘烈和戲劇化。或許，在這樣的競爭氛圍中，三株並不是唯一在進行這些操作的企業，它肯定也有自己的難言之隱。只是從這樣的一個側面，我們對“三株神話”會有一個更為人文及社會化的考察。
所以，我們說，研究一家中國企業的興衰，往往應當多考慮非經濟的要素。很難說這些企業是被誰擊敗的，關鍵在於，企業與整個社會及市場均處在一種不規範的動蕩的大氣候中。恩格斯說過，“原始積累的每個毛孔都充滿了血腥”。在某種意義上，企業在初創期為了攫取超額利潤和加速原始積累的速度，都或多或少地會採取一些非正當乃至不可告人的戰術。然而，在企業躍上平台，步上穩定發展之後，企業家則應迅速修正，以更為透明化、規範化的方式來從事企業的經營活動。
一個與此相關的話題是，中國的民營企業家似乎有“道德分裂”的病症，他們往往是舊體制的衝決者，他們對社會的進步、民族的複興有著一份十分純樸的信念和責任感。可是，在具體的經營活動中，他們則又往往是經濟秩序的破壞者，是一個完全忘卻了哪怕是最起碼的品格道德的功利主義者。這樣的分裂，最終損害了作為一個階層存在的社會認同。三株集團在其晚期稍稍出現市場危機後，便爆發了大規模的人員逃亡，由此可見，有相當多的三株員工對這家公司缺乏由衷的文化認同和道德歸屬。