以區區30萬元，在短短三五年之內，便開創了資產達40多億元的三株帝國基業，吳氏父子無疑有著超出一般企業家的抱負和理想，他們也是國內最早提出要把企業辦成百年老店的企業家之一。
在企業戰略的設定上，父子倆在認識上有一定的差異性。銷售科長出身、經歷了“文化大革命”洗禮的吳炳新是毛澤東戰爭理論的狂熱崇拜者。而年輕的大學生吳思偉則滔滔不絕於彼得·德魯克理論，他特意聘用了南京大學日本企業管理研究所的專家為三株設計了一種“矩陣式的管理結構”，然後又委託北京大學的美國企業管理研究所進行修正，最後得出了一個讓他滿意的糅合了日本和美國管理精華的三株管理模式。
正是在吳氏父子這種反差迥異的管理理念的支配下，三株的管理體係發生過多次的轉型，其間也造成過一定的紊亂和衝突。在不同的時期，吳氏父子輪換出任總裁和董事長，在三株分別進行了各自的實驗。而最終的事實是，吳思偉的管理思路更多地體現在對經理層的改造上，而三株整體的公司管理框架，特別是最重要的營銷體系思路，仍是由吳炳新一手塑造的。
從一開始，吳炳新就為三株打造了一種區域管理式的模型，他把中國市場分割為4個大區——東北區、華北區、西北區和華東區，4個大區設戰區經理，也叫做“專員”。 4個大區沒有財務權，它們的財務監督、市場範圍及經費劃撥均由總部統一協調。吳炳新把這種體系歸結為“中央集權”，他稱之為“六統一”，即思想統一、組織統一、政策統一、企劃統一、行動統一和管理統一。為使集權體制具體化，他採納吳思偉的提議，引進了日本“販賣、人事、總部、製造”4個輪子框架結構，成立了製造中心、營銷中心、財務中心、組織人事中心。
伴隨著三株機構的日益龐大，喜歡創新的吳思偉又提出了“支薪經理階層”理論，並在三株進行嘗試。按照這種設計，三株形成了8級幹部體制，一級是總裁，二級是副總裁，四大中心主任是二級半，三級是各個省的總經理，一些重要的沿海中心城市如杭州、蘇州公司的經理則是四級，依此類推，總部先後與大約5000名各級經理簽訂了“終身合同”。在某種意義上，這是日後盛行的經理入股權、期權制度的雛形。至少吳思偉已經意識到，穩定經理骨幹層是保證三株事業長盛不衰的根本所在。
其後，三株公司的派生產品日益增多，組織結構也發生了新的調整，頗有研究價值的是，三株最終形成的組織形態是集西方事業部製與中國解放戰爭時期軍隊建制於一體的雜交物。一方面，根據新產品的推出，總部成立了不同的事業部，各部各自建制，獨立運轉，實行垂直領導。而在各大區及主要省份，為了保證三株產品的協調運轉，又成立了“市場前線指揮部”，在總部則成立“市場前線總指揮委員會”。吳炳新描述道：“市場前線總指揮委員會相當於國家軍委，各省機構變成市場前沿指揮部後，相當於前敵委。以軍事化管理模式運籌商戰，意味著軍事化的行動，而軍事化的最大特點就是絕對服從命令。”
且不論吳炳新的這些推理是否有真實的內在邏輯性，至少在市場推行的初期，這種軍事化的體制是起到了一定的作用。據稱，最鼎盛時，三株在全國所有大城市、省會城市和絕大部分地級市註冊了600家子公司，在縣、鄉、鎮有2000個辦事處，各級行銷人員總數超過了15萬，這恐怕是一個前無古人、估計也將後無來者的駭人紀錄。吳炳新曾豪言，“除了郵政網以外，在國內我還不知道誰的網絡比我大”。 1996年，正是憑藉著這樣一支龐大的營銷鐵流，吳炳新發動了所謂的夏季、秋季、冬季三大戰役。三株的傳單、橫幅、招貼和標語貼遍全中國，一舉實現銷售額80億元，這個數字如屬實則超過了當年全國保健品銷售總額的1/3。三株公司大有吞吐天地、冠蓋宇內的氣概。