“公開譴責事件”讓趙新先的資本擴張受到了戰略上和心理上的雙重打擊。自此以後，“三九系”的多家上市公司基本上失去了融資功能。根據年報數據顯示，到2002年底，三九集團的經營淨利潤只有2271.3萬元，資產負債率高達92%，債務總額為191億元，資產回報率僅為0.1%。在這種十分嚴峻的形勢下，趙新先轉變了多元化的資本擴張戰略，而試圖回歸中藥行業。然而，他的回歸，仍然表現得激情無限。他提出了三九專業化的“三化戰略”，即“中藥現代化、中醫專業化、健康服務化”。
他觀察到，中國商業似乎進入到了一個“渠道為王”的時代，比如說在家電領域，國美、蘇寧等連鎖渠道商迅速崛起，對製造商構成了強大的渠道優勢威脅。三九的藥品絕大多數是通過醫藥站和醫院出售的。趙新先敏銳地意識到，隨著醫療體制的改革，連鎖藥店勢將成為最熱門的投資領域。這個時候，他已經對中國製藥企業在技術上的開發和競爭能力產生了極大的懷疑。他認為：“對於沒有太多核心技術的國內製藥企業，其優勢不在技術，也不在研發，而應該是在國外製藥大佬進來之前盡快建立自己的生存壁壘。”他所謂的“生存壁壘”，就是要把三九從生產製造向營銷、商業服務方向轉型。
為了實踐這個理念，他提出在國際和國內兩大戰線同時出擊，分別實施“麥當勞計劃”和“沃爾瑪戰略”。
“麥當勞計劃”是在全球建立一個連鎖型中藥診所網絡。趙新先計劃在5年內開辦1000家連鎖診所。他算了一筆賬，在美國開一家診所大概需要20萬美元，一年可收入1000萬美元，總額就可達100億美元。根據他的調查，在美國就有大約1萬家小型的中醫診所，在加拿大也有2000家，如果能夠把這些資源整合起來，就可以十分輕易地建成一個全球性的中醫連鎖診所。三九先是在加拿大多倫多創辦了第一家中醫藥醫療中心，之後又在英國、美國和馬來西亞等國家相繼開設了50多家類似的中心。此外，還在洛杉磯開辦了一所現代中醫藥研究院。然而，因為種種緣故，這個激動人心的“麥當勞計劃”最終也跟三九的很多項目一樣，成了一個“半拉子工程”。
“沃爾瑪戰略”則是在國內編織一張最大的連鎖藥店網絡。趙新先對連鎖藥店的關注其實在2000年就開始了，在那年的7月30日，三九召開連鎖戰略研討會，確定從金融租賃公司籌資13億元，建立5000家連鎖藥店的發展計劃。後來，這個計劃又增加到了空前的1萬家店。趙新先對連鎖藥店寄予厚望。他不斷催促部下到各地跑馬圈地，控制終端。他甚至認為，連鎖藥店將是三九集團的第一品牌。在短短1年多時間裡，三九連鎖藥店就發展到了1000家的規模，但是由於開店費用很高，而規範化管理及營運成本控制不力，連鎖藥店很快呈現後續乏力之勢。趙新先再次犯了“戰略清晰、戰術紊亂”的老毛病。美國的《財富》中文版在一篇評論中，直接稱之為“中國'大躍進'式的冒進，美國安然式的牛皮泡泡”。
三九的第二大“專業化工程”，是籌建一家中醫院集團。它與海南省達成協議，收購海南中醫院，同時還跟廣東省的一些中醫院商談收購事宜。趙新先打算把這些中醫院整合成一個新的集團，買殼在香港上市。同時，三九在深圳東部籌劃開建一個規模驚人的健康城，其中包括90個洞的國際上最大的高爾夫城、一個超豪華的五星級健康賓館，以及一個包括療養院、臨終關懷醫院和特殊護理醫院在內的大型綜合健康服務系統，其總投資將超過40億元。
趙新先是那種頗有戰略直覺的企業家。在產業的每一個轉型點，他都能很早就意識到，並迅速地做出反應。但他在項目的執行上卻總是顯得“大而不當”，在一次又一次的佈局和衝殺中，三九的企業規模越來越大，但是能夠給企業帶來直接效益的項目卻始終未出現。在第三次擴張中，趙新先的表現像一個巔峰已過、力不從心的老棋士，開局宏偉，中盤紊亂，尾局不堪入目。 《新財經》在一篇評論中分析說：“三九的專業化戰略讓人疑惑，製藥業屬於生產領域，連鎖藥店業務屬於流通領域，醫療健康更側重於服務領域，三項業務均和'醫藥'有關，但實質則截然不同，投資風險更大。”在某種意義上，三九的此次專業化回歸是一次缺乏深思熟慮、更具冒險性的賭博。