正當趙新先宣誓打造全球第一中藥企業的時候，中國企業界的生態突然發生了變化。從20世紀80年代以來，實業型企業家一直是業界的主角，在家電、食品及醫藥領域湧現出了一大批善於運作、精於管理的企業家。然而，隨著互聯網的興起及資本市場在中國的甦醒，另一類型的企業家忽然成為新寵，他們更加年輕，更加善於運用資本這個放大器，同樣是白手起家，卻能在更短時間內完成財富的積累。面對這一勢不可當的商業潮流轉變，年近六旬的趙新先並沒有茫然失措。相反，他在資本市場和互聯網兩大領域中，都表現得異常激進。
2000年4月，三九集團的旗艦公司“三九醫藥”以“000999”的代碼在深圳證券交易所上市，國家藥品監督局副局長親自為股票上市敲槌開市，股票開盤當日昇幅為177.5％，募集資金近16.7億元，風光一時無二。
幾乎同時，中國證監會批准江西的一家上市公司宜春工程正式更名為“三九生化”。宜春工程是一家主營輪式裝載機及其配件的企業。它於1996年上市，3年後陷入經營困境。趙新先在四處併購的時候瞄中了它。三九購買了其上級公司手中持有的國有股，成為宜春工程的第一大股東，通過一系列的投資、重組，使其搖身一變為一家以生物製藥為主的上市公司。
同年11月，趙新先再度出手，他收購了上海膠帶股份有限公司29.5％的股份，成為該公司的第一大股東。膠帶股份於1992年在上海證券交易所上市，是有名的“老八股”之一，其主營業務是輸送帶、三角帶及其他橡膠製品。趙新先得手後，對其進行重組，使其變成一家主營生物基因工程藥物的上市公司。 2003年，該公司更名為“三九發展”。
趙新先在不到1年的時間裡，強勢出招，一舉成為3家上市公司的主人，無疑稱得上是國有企業資本運作的第一人。在當時的資本市場上，只有唐萬新的“德隆系”同時控股了湘火炬、新疆屯河及合金投資3家上市公司。在一次與媒體記者的交談中，趙新先不無得意地說：“在資本市場上，三九的表現僅次於德隆。”
事實正是，趙新先僅用1年時間，就為三九構築了一個十分讓人眼紅的資本平台。在三九醫藥上市的同時，三九還獲得特許，注資3.08億元成立三九深圳金融租賃有限公司。這是國內最早由實業型企業發起並控制的金融租賃企業，它為三九的融資及併購提供了一個十分優越的管道。 2001年3月，在公司的一次戰略決策會議上，趙新先更是進一步提出了培育10個上市公司的設想。他認為，三九在各地併購的很多企業，通過重組包裝，都具備了上市的條件。
跟草莽出身的新疆企業家唐萬新相比，趙新先有太多的優越條件。他併購上市公司，不必像地下老鼠那樣躲躲藏藏見不得人。作為一家大型國有企業的當家人，他的任何商業活動都代表了國有資本的利益，因而受到方方面面的關照和優惠；他的資金來源也沒有唐萬新那樣緊張，銀行的大門是朝著國有企業開的，尤其是三九這種效益良好的國有企業，無論哪個銀行都隨時願意為三九貸款——有一次，趙新先抱怨說，都是因為銀行不知節制地提供貸款，才讓三九的負債率越來越高。它有一個太成功的產品和品牌，所有的投資故事聽上去都是那麼的合理和富有想像空間。與趙新先形成鮮明對比的是，民間身份的唐萬新沒有顯赫的資本背景和如此寬鬆的運作空間，因而他不得不更加善於投機，不得不更加狡黠和兇猛，不得不去構築一個更加複雜而龐大的融資平台。因為資本屬性的不同，作為資本市場上國有和民營資本的代表性人物，趙新先和唐萬新的表現風格迥異，他們對中國資本市場的理解也完全不同。
趙新先有很深的實業情結，這也是他跟呂梁乃至唐萬新等股市莊家們最大的不同。三九在資本市場上所宣稱的項目，基本上都有投資和經營的痕跡，而不像其他資本炒家那樣不知羞恥、信口開河。趙新先曾透露，“德隆系”、“中科系”都曾經跟他接觸，希望聯手炒作高科技概念，而他在再三思考後都沒有答應。唐萬新因此曾嘲笑他說：“老趙是資本市場上的八旗子弟。”意指他家境顯赫、資源眾多而不知“利用”。
除了在資本市場上的激情表演，面對洶湧的互聯網熱浪，趙新先也表現得非常積極。 2000年4月24日，就在三九醫藥上市的同時，號稱全國最大醫藥健康網站的999健康網開通。趙新先宣布，三九將採用“四網合一”的思路，以三九全國的銷售網絡為依托，以全國醫藥連鎖店為端口，以三九健康網為樞紐，以中藥遠程診療網為延伸，組成一個超級醫療健康服務體系。在“概念就是一切”的互聯網熱中，趙新先的這番遠景描述，自然又是受到市場的一片追捧。
然而，在日後的經營中，“四網合一”根本無法實現，健康網的定位搖擺不定，從健康門戶網到學習型網站，再到電子商務，每一次轉型就意味著大量的資金投入。趙新先為了展現公司在網絡時代的超前形象，又不斷收購中小網站，到2003年，三九名下共有13個公眾服務網站和29個企業網站，其網站數目之多、性質之雜、燒錢之多都讓人驚嘆。
在這一時期，三九的發展戰略已經從之前的“八大產業並舉”，變成了“以生命健康產業為主營，網絡信息和金融租賃兩大產業為支柱”。趙新先的表述是：“主營好像是飛機一樣，支柱則像飛機的兩個發動機，它們推動主營發展。”
這樣的描述看上去無比鮮亮，它既堅持了三九的中藥路線，同時又嫁接了當今商業圈最炙手可熱的兩大產業——互聯網和金融。三九的戰略始終看上去非常美好，但是在執行中卻缺乏整合和深耕，第二次的擴張，仍然沒有讓三九實現決定性的飛躍。
一個事實是，三九集團自1990年之後便再也沒有開發出一個成功的中藥產品。後來的10多年裡，它一直靠三九胃泰以及皮炎平等“老臣”支撐著天下。 2000年，深圳召開全國性的高科技商品交易會，三九集團一口氣推出了一大批帶有高新科技含量的醫藥醫療設備，如精製中藥電子調配中心、三九智能煎藥機、網上中醫診療系統、近紅外線乳腺癌診斷儀、數字化心臟介入C臂系統等。另外，還有一批網絡信息產品亮相，如“VIOP”電話系統、三維數碼立體圖像製作系統、東方新幹線網絡信息系統等。這些新產品讓三九成為高交會上最耀眼的明星，人們對它的科研開發能力大為驚嘆。然而，讓人遺憾的是這些高新產品最終都沒有形成規模生產，自然也沒有為三九帶來相應的經濟效益。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情況下遭到中國證監會的警告。這天晚上，趙新先在中央電視台的新聞聯播節目中意外地聽到了自己的名字。新聞稱，中國證監會公開通報批評三九醫藥，指稱其在募集資本的使用上與招股說明書不符，大股東及關聯方佔用上市公司資金超過25億元，占公司淨資產的96％，嚴重地侵占了廣大中小投資者的利益，直接威脅到上市公司的資產安全。通報還公開點名批評三九醫藥的董事長趙新先，稱其“有重大失職行為，情節特別惡劣，應當予以譴責”。這是中國證券史上，中國證監會第一次用公開通報的方式，對一家上市公司董事長進行點名譴責批評。
這則新聞對一向形象良好的三九而言，損害之大可以想見。在過去的1年裡，莊家呂梁事件、銀廣夏事件以及基金黑幕等證券市場的負面新聞已經讓人們對上市公司失去了信心，中國證監會的公開譴責一發表，三九頓時成為又一個“股市巨騙”。
趙新先對這次事件毫無預知。在他的意識中，三九集團和三九醫藥本就是他的左口袋和右口袋，資金挪用應屬正常之事。想當年他創辦三九，便是把建職工用房的錢擅自挪用去買設備了，因此還被傳為佳話。有一次，他去北京大學做演講，還曾用嘲諷的口吻講過一段他與外國投資商的“鬥爭”逸事：“當初外方收購我們的股權時，按照當時我們的財務管理，外方的錢進來，是進到財務結算中心的，這個財務中心的錢放在這裡，大家可以花。我拿這些錢，搞了房地產，搞了旅遊，外方不滿意了。按他們的企業管理規則，公司的錢母公司不能佔用，寧可存在銀行里也不能動。外方的幾個代表就到上級管理機關告我們的狀，說你們的趙總花了我們的錢。上級領導也是業務幹部，就說，你們看看《中外合資法》，上面寫的是，為了利用外資搞中外合資企業，為什麼趙新先給你們打工？不就是為了錢嗎？”據記者記錄，趙新先的這番話，“引來了巨大的掌聲”。
沒有想到此一時彼一時，反差如此之大。不過儘管內心不滿，他還是表現出了企業家的風度和理性。 3天后，他出現在中央電視台記者的鏡頭前，第一句話是“接受批評”，第二句話是“道歉”。不過他始終認為，自己“其實沒有錯”。他對記者說，我們這些項目沒有造成國有資產的流失，而是為將來國有資產的增值做了保障。