南方藥廠歸屬解放軍總後勤部之後，總後勤部先後3次將71家軍隊企業劃歸三九集團管理。這些企業分屬旅遊、農業、汽車、食品、酒業、房地產等多個行業，均與醫藥業無關。由此，三九集團搭建了一個多元化的成長平台。
對三九來說，這些企業好比是一堆“免費的果子”，看上去琳瑯滿目，吃下去卻異常難嚥。它們大多是20世紀70年代末期部隊為了彌補軍費不足而搞生產經營的產物，工業基礎差，人員老化，關係複雜，經營思路狹窄。不過，趙新先對此卻顯得非常興奮。他認為這是一次三九集團迅速做大的天賜良機。他打比喻說：“這就好比部隊的一次大擴編，儘管收編的是雜牌軍，戰鬥力不強，但畢竟人多了、槍多了，我們靠三九機製完全可以把它們改造好。”後來的事實證明，趙新先對機制的積極效應過於樂觀，三九為了維持一些企業的正常運作，每年必須投入上億元的資金。
1996年，全國的國有企業改革進入最艱難的時刻，在民營資本及跨國資本的雙向夾擊下，深受體制之困的國有企業在很多領域裡都出現了集體潰退的現象，不少地方財政已經無力支撐沉重的包袱。於是，“國退民進”成了現實的策略，出售或併購國有企業原本是一種被禁止或不受提倡的行為，現在也成了最可選擇的出路，各地政府紛紛推出老企業改組、嫁接的新政策，企業併購風起雲湧。正在擴張興頭上的趙新先無疑看到了這一趨勢。他在企業高層會上說：“社會上這麼多的資產閒置，是三九下山摘桃子的大好機會，千萬不能錯過，過了這個村，就沒了這個店。”很快，三九擬訂了大規模收購兼併的戰略。
三九第一次“下山摘桃子”就非常成功。四川的雅安製藥廠是國內生產中藥針劑最早的廠家之一，到1995年底，這家老牌國有企業已經到了山窮水盡的地步，全年產值只有1000多萬元，利潤僅2萬元。趙新先在一次出差中發現了這家企業，當即拍板投資1700萬元予以收購，並委派最得力的干將入川經營。雅安廠的針劑貼上三九的品牌，通過三九的營銷網走向全國市場，一年後產值就達到了1億元，實現利稅2000多萬元。併購效應之顯著，出乎所有人的預料。
收購雅安的成功經驗頓時讓趙新先雄心萬丈。他認為，國有老企業的所有痼疾都是由體製造成的，只要將三九的機制和品牌注入，再加上適度的啟動資金，完全可以讓它們一夜之間鐵樹開花。 1996年底，三九召開雅安經驗學習會。會後，趙新先宣布成立三九投資管理公司，委派60多名幹部，奔赴全國各地，專事收購兼併工作。
筆架山上號令一響，一彪人馬浩浩蕩盪衝下山去。在當時國內，三九品牌響徹天下，舉目四顧，像它這樣既有國有企業的正宗血統，又有資金、品牌和銷售網絡者，幾乎沒有幾家。把企業交給三九，不但能夠得以救活，而且沒有賤賣國有資產的嫌疑。因此，趙新先每到一個省，書記、省長必出面接待；到了市裡，更是驚動五大班子集體迎送，各地媒體更是追踪報導，熱烈捧場。一些偏僻地方的企業聽說三九開始大併購，便千里迢迢地跑到深圳三九總部要求兼併。河南蘭考縣一下子就把7家企業都“送”給了三九；在西部某省，一個酒廠的廠長下跪懇請趙新先“吃”掉他的工廠。
趙新先併購企業，主要有3種方式：第一種是“承債式”，三九把企業的資產和債務全部打包吃下來；第二種是“控股式”，三九出一部分資金成為企業的控股方；第三種是“託管式”，只管經營，不承擔債務，從增長的效益中分成。總體而言，三九的併購成本非常之低。趙新先最倡導的併購理念是“輸出機制不投錢”，也就是說，當地政府把企業送給三九來管理，再搭上一大部分的股份，三九付出的是“三件寶”：機制、品牌和渠道。湖南的郴州藥廠是趙新先常常用來做宣傳的例子。這家老企業是婦科中藥生產基地，多年來獲得的藥品批號有50多個，可其經營卻一塌糊塗，在被三九兼併前，年年虧損，資產負債率高達99％。趙新先兼併該廠後做的第一件事情，就是給每個職工分送一本他主編的《論三九機制》，班組學習討論兩個星期，然後在企業內推行“幹部能上能下、職工能進能出、工資能高能低”的市場化管理，藥廠的產品也貼上三九的商標，進入三九的銷售渠道。 1年後，藥廠實現產值2200萬元，創造利稅300多萬元。很顯然，這樣的案例跟雅安經驗一樣實在太富有戲劇性，足以讓所有的地方官員們怦然心動。
在外人看來，三九的一次次攻城略地無疑是輝煌而炫目的。通過併購式的擴張，三九的產品從沖劑向針劑延伸，從消化類中藥擴充到抗癌類、婦科類等多個門類，儼然已構成了一個中藥帝國的雛形。 1999年9月，躊躇滿志的趙新先出席《財富》全球論壇上海年會並發表演講，暢談中醫、中藥是中華民族參與世界競爭非常有潛力的資源和最優秀的文化品牌。他提出，三九將用5年時間建成世界上最先進、最大的植物藥生產企業，用10年時間把集團建成亞洲最大、最強的綜合型製藥企業，用15年的時間進入世界500強的行列。美聯社記者問：“趙先生，您的演講是一個腦子裡的藍圖，還是戰略目標？”趙新先用軍人般的口吻堅定地說：“是一定要實現的戰略目標。”在那次論壇上，他見到了自己的偶像——GE的傑克·韋爾奇。後者在回到美國後評論他所見到過的中國企業家時說：“他們好像是在演戲。”
從1996年到2001年，三九出手併購了140多家地方企業，平均每個月併購2家。其中，承債式佔45％，控股式佔35％，託管式佔20％。就在這種跑馬圈地式的瘋狂併購中，三九集團迅速擴張成全國最大的中醫藥企業，總資產猛增到186億元，所屬企業遍及全國，形成了醫藥、汽車、食品、製酒、旅遊飯店、商業、農業和房地產八大行業，其旗下甚至包括一家華南地區最大的夜總會。
2002年，三九廠慶，趙新先吩咐重新裝修廠史陳列室。設計人員在陳列室的入口處，放置了一艘航空母艦的模型，軍艦的甲板上放了56架飛機，它們分別代表了集團直屬的56家二級子公司，在它們的旗下則還有上百家三級、四級公司。趙新先對這個創意十分滿意，每有貴客來，他必在軍艦前一一介紹。他說：“這就是中國中藥產業的航空母艦，我們要讓飛機達到100架。”到他退休之前，飛機最多的時候為98架。
發生在20世紀90年代中後期的那場國有企業併購浪潮被認為是“最後的晚餐”，很多國有企業經營者乘機將企業廉價改造，佔為己有；有些人則上下其手，通過倒賣企業牟取暴利；也有一些企業則在這次浪潮中順勢而上，低成本地擴大了企業的規模。三九在併購中，便享受到了一系列的優惠政策，如掛賬免息、低息貸款，以及低價獲得土地等等。然而，在“摘桃子”的過程中，由於趙新先太過於心急，因此，也盲目地吃下了很多“爛桃子”。它們看上去是免費的，但是要真正消化它們卻耗費了三九很大的資源，有相當一部分最後還是拯救無術。 1997年，三九以承債的方式兼併了太原洗滌劑廠，幾年經營下來始終重振乏力，並且與地方政府的關係也搞得越來越緊張，最終在這個項目上虧損7000萬元。此外，三九在蘭考的項目也虧損了5000萬元，鄭州的少林汽車項目虧損6000萬元，邯鄲啤酒項目虧損1500萬元，財務糾紛官司更是多達數十起。
據數據統計顯示，三九在醫藥行業內的併購成功率高達70％，而非醫藥行業則大半以失敗告終。擴張之初，企業的負債率為19％，而到1998年時，負債率卻已高達80％。在第一次擴張中，三九看上去變得兵多將廣，勢力遍及全國，但是沒有關聯度、缺乏整合的併購戰略其實已經埋下了十分危險的種子，它日日都在消耗三九的資本和品牌影響力。