2003年，四處狂奔而無所收穫的趙新先和他的三九衝到了懸崖的邊緣。
5月，曼哈頓時代廣場上的那塊“999三九藥業”廣告牌被悄然拆除了，趙新先堅守了8年的夢想隨風飄逝。為了這塊廣告牌，三九每月大約需支付12萬美元，8年下來總金額超過1000萬美元，三九的資金現狀已經養不起這道昂貴的風景線了。
9月28日，《21世紀經濟報導》刊文《98億貸款：銀行逼債三九集團》，披露三九共欠銀行貸款餘額98億元，已經陷入巨額財務危機。此文一出，頓時把三九的資金窘境曝光天下，接下來的1個多月裡，“討債大軍”紛至沓來，三九總部一片混亂。一些性急的銀行開始封存三九資產，凍結質押股權，並向法院提起了訴訟。三九在全國各地的數百家子孫公司都成了銀行逼債的對象。其中做得最絕的是浙江湖州的中國工商銀行，索性凍結了三九湖州藥廠的銀行賬戶，將所有進入的流動資金全數扣押，造成藥廠資金鍊斷裂，生產經營陷入停頓，只好宣布破產。
對於所有企業來說，銀行信用的破產幾乎是無可救藥的。三九到了自創辦以來最驚險的時刻。在這樣的時候，試圖自救的趙新先突然把矛頭對準了國有資產的擁有者。他認為：“三九負債率偏高的根源在於三九集團是一個怪胎，作為國有企業，其國有出資人是存在的，但卻沒有實際出資，國有出資人沒有履行出資義務。對於三九集團而言，國家不僅沒有出一分錢，而且也從未享受過債轉股、貼息貸款等優惠政策。”
很顯然，已經超過了60歲退休年齡的趙新先不想再坐等下去了。他想利用此次財務危機，徹底——至少部分地解決三九的產權問題。
在三九的產權問題上，趙新先表現得非常搖擺。
他一直覺得三九是他一手締造出來的。甚至在一次中高層幹部會議上，他對台下的部屬說：“沒有我趙新先，就沒有三九。”這句話在某種意義上是不錯的，在他治理三九的相當長時間裡，幾乎沒有受到過太大的約束和乾涉；他所受到的待遇也是極高的，除了全國勞模、全國政協委員等政治榮譽外，他還擁有軍中文職二級官銜，享受中將待遇，這在中國企業家中絕無僅有。不過，儘管他締造了三九，但三九卻始終不是他的。
趙新先在很長一段時間裡，沒有思考過這個問題。 1998年，國有企業改革進入攻堅階段，產權明晰化試驗一度受到默許，不少企業都開始嘗試經營層MBO，南方的TCL、美的等企業先行一步完成了產權改造。對此，趙新先表現得很無所謂，對前來採訪他的記者說：“三九是我做大的，MBO多此一舉。”到後來，他開始意識到產權的重要性，但也僅僅輕描淡寫地一句：“這個問題我考慮沒有用，這要我的'婆婆'去考慮才行啊。”1998年底，中央下達軍商脫鉤的命令，三九與解放軍總後勤部脫鉤，歸口中央大型企業工委管理；到2003年，國務院成立國有資產監督管理委員會，三九作為中國直屬187家企業之一，轉屬其管理。隨著“婆婆”的變更，趙新先在產權改造上的主動性漸漸變得越來越小。
當2003年秋天的財務危機總爆發的時候，趙新先突然覺得這是一個可以利用的機會。
他算了一筆賬：“三九發展到今天，上繳給國家的利稅是40多個億，上繳給銀行的利息是30多個億，上繳給上級將近10個億。這個數字跟三九在銀行的貸款數字相近，都在80億元左右。”由此，他提出了兩個要求：“一是實現出資到位的問題，解決50億元淨資產的最終歸屬；二是完成股份制改造，建立規範的法人治理結構，最終完成激勵機制和監督機制的完善。”在一次媒體訪談中，當有記者提問“三九如何走出困境，繼續去完成整合中國中藥產業的使命”時，他直截了當地回答道：“不把我的產權問題解決好，三九就沒有辦法去整合這個產業，只有三九把產權問題解決了，它才有整合的力量、整合的動機。”
2004年3月，在北京召開的全國“兩會”上，作為全國政協委員的趙新先在接受中外記者採訪時，再度把矛頭直指國資委。他說，國資委管轄的中央企業裡，存在著部分這樣的企業，即國家並沒有投入資本金，企業是靠向原來的上級單位借款發展起來的，不僅在當初的兩三年內還清了借款，而且向上級上繳了相當於借款數十倍的利潤，這樣的企業雖然歸屬國有企業，但國家早已沒有了實際的、直接的資本金投入。因此，作為國有資產的代表機構，國資委應當擔負起企業股東為獲得發展的流動資金增加投資，投入新的資本金的職能。
趙新先的這些言論其實是拿他的職業生命當了賭注。他大膽逼宮國資委，無非想達到兩個目的：其一，國資委擔負起出資人的職能，對三九注資50億元，這樣，銀行逼債風波自然化解；其二，國資委同意三九進行股份制改造，那麼他及其團隊就可以順勢成為三九的真正主人。這兩個目的無論達成哪一個都是令人滿意的。而他之所以敢於如此動作的原因是，三九自創辦以來一直由他掌控，從人事、財務到產業沒有第二人了然全盤，如今亂局如麻，除他之外何人敢接、誰人能解？
然而，事態的發展並非如他所願。果不其然，就在北京“兩會”期間發言的兩個月後，5月16日，國資委黨委書記李毅中親赴深圳，突然宣布免去趙新先三九企業集團總經理、黨委書記職務。其公開的理由是，國資委管轄的干部60歲必須退休，而趙新先已經63歲了，離職退休是正常的。他同時給予了趙新先很高的評價，稱他“40年如一日，為我國的醫藥事業，為三九企業集團的發展，作出了突出貢獻”。
趙新先的經歷再次證明，企業家是一個多麼殘酷的職業。
1995年，正如日中天的趙新先作為特聘兼職教授，受邀參加清華大學經濟管理學院的元旦座談會。時任國務院副總理兼經濟管理學院院長的朱鎔基對他說：“你放心，即使南方藥廠垮了，我還要請你當教授，為什麼？因為你可以從這裡總結經驗，企業是怎麼垮的。當然我不希望垮。”此言悠悠，竟藏無窮憂慮。
2004年10月，一直深受趙新先重用的三九集團副總裁、年僅43歲的陳重因病猝亡，在清理他的辦公室時，發現數額巨大的不明存款；隨後，審計署介入對三九的審計事宜，集團副總裁榮龍章、三九廣州醫院院長崔崇林、三九生化總經理張欣戎、三九汽車公司經理陳達成、三九工程公司總經理林長興等相繼被“雙規”或通緝。種種跡象表明，這些三九重臣們的問題都與趙新先有絲縷牽連。
根據後來的信息披露，趙新先涉嫌“向境外轉移資產”。香港特別行政區公司註冊處提供的資料顯示，三九在香港註冊了50多家公司，其類別均為“私人公司”，趙新先出任多家公司的董事長；而且在三九健康城等項目中，有數億元資金不知去向。香港科技大學郎咸平教授在研究了三九的財務狀況後，總結了趙新先的“撈錢六招鮮”：截、借、墊、套、挪、賴。
除了資金上的違法行為外，《財經》雜誌則另外給出了一種觀察的結果：趙新先被突然宣布退休後，其繼任者一直難以開展工作。一方面，三九的各項業務均出現崩塌跡象，用“一地雞毛”來形容一點不為過。號稱投資數十億元的健康城因土地審批問題胎死腹中，連鎖藥店項目難以為繼，最後不得不以區區400萬元的低廉價格轉讓。 2005年5月，三九集團將其所持有的三九發展和三九生化的國有法人股，分別以3500萬元和2.05億元的價格出售給浙江、山西的兩家民營企業，從這兩家上市公司中徹底退出，所謂的“三九系”宣告瓦解。到秋季，有媒體報導，龐大的三九集團共有500多家企業，從總公司到分支公司共分五級管理，到第三級公司大多已出現鳥獸散的失控局面。另一方面，面對如此復雜、艱鉅的重組工作，趙新先的一些舊部仍佔住“小山頭”不放，並且相信趙新先能再度復出。在此情形下，有關部門果斷出手將趙新先“拿下”。
無論如何，原本以為能安全著陸的趙新先在退休兩年多後又成了焦點人物。
趙新先被捕的經過是這樣的：
2005年11月19日，趙新先去北京頤和園遊玩，那天他的心情不錯，一路上讓家人拍了不少照片。在出園的時候，幾名警察攔住了他。第二天，趙新先出現在南方的深圳梅林看守所。它位於筆架山西南側一個很冷僻的山坳裡，四周長滿細高筆直的桉樹和碩大樹冠的荔枝樹。趙新先被關押在一間只有幾個平方米的囚室裡，囚室的窗口很高，踮著腳往外望，瞧得見南方浩瀚的星空。從這個地方向東走1000多米，再拐一個彎，就是當年趙新先睡過狗棚的地方。
從狗棚到囚室，趙新先走了整整20年。