我們一再談到的四大基本製度，在明清兩代出現了惡質化的態勢。明清的專制化程度，遠遠高於漢唐宋，是真正的高度專制國家。甚至有的學者認為，“專制”這個詞是從明朝開始的，明朝以前的中國並不算是專制國家。
首先，從中央和地方的權力分配製度方面來看。宋太祖趙匡胤“杯酒釋兵權”，一舉解決地方武裝割據的威脅，強化了中央集權的能力；明太祖朱元璋則廢除了宰相制，將中央權力內部皇權與相權的平衡性徹底打破。中國自漢以後，大量的行政性事務是在相府處理，並不在皇官，宋“百年不殺大臣”更是皇室對士大夫的“權力承諾”。朱元璋廢宰相制，建立大學士制度，其實是破壞了這種“恐怖平衡”，到了清雍正時期，設立軍機處後，情況變得更加糟糕，軍機處設在皇宮邊上的一排小平房裡，皇帝每天處理朝政，把軍機大臣們呼來喚去，整個兒變成皇室的奴隸了，所以皇權傾軋相權，始於此。
其次，在全民思想的控制摸式方面，南宋以後，程朱理學越來越禁錮人的思想，到了明清兩代，先是朱棣搞了一個《永樂大典》，再是乾隆弄出了一個《四庫全書》，政府從文本角度來限制思想自由，把它認為的異端邪說全數抹掉，全民思想就統一到了“四書五經”上。
再次，在社會精英的控制模式上，進一步強化和神聖化了科舉制。全中國的知識分子除了“君君臣臣”的儒家學說以外，什麼都不要去想、不准去想。順治五年，就是清兵入關第五年，清廷下令在全國的府學、縣學都立一塊臥碑，上面銘刻三大禁令：其一，生員不得言事；其二，不得立盟結社；其三，不得刊刻文字，違犯三令者，殺無赦。而這三條，恰好是現代人所要爭取的言論自由、結社自由和出版自由。中國以往的碑都是樹立的，只有這塊碑是臥立的，讀的時候要俯首彎腰，如果不遵從，那就可能“一臥不起” 了。有清一代，皇帝多次大興文字獄，使得天下文人戰戰兢兢，俱成“精神上的侏儒”。
最後，在宏觀經濟制度上，國家繼續用強有力的方式來管制宏觀經濟，對外遏制國際貿易，對內搞男耕女織，在工商業領域搞特權經營銷售。